任何一种管理理论和管理方法莫不是以相应的哲学观点作为基础的，整合管理也是如此，它是以系统思考作为其理论基础的。
1.东方管理思想精髓——整体意识
西方强调个人的自身价值，强调个性和自由。儒家主张“修身齐家治国平天下”，把个人、家、国、天下四者统一起来，在社会整体中确立个人的价值，强调培养个人对社会、对国家的使命感，以天下为己任，“天下者非一人之天下也，天下人之天下也”。“国家兴亡，匹夫有责”，倡导“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的崇高的人生价值的追求。从总体上论，儒家强调整体并不忽视个性，但我国历代统治者为统治的需要而使个性受到压抑，中国改革开放以后，强调发挥每个人的创造性和主动精神，但也出现了一些过分贪婪、自私、对社会对企业漠不关心的现象。因而继承和发扬儒家文化的群体意识和忧国忧民、爱国爱民的高度责任感，处理好个人与整体的关系，在充分发挥个人才能的基础上增强整体的凝聚力是一项紧迫的任务。强调群体意识与“团队精神”，强调实现个人价值与奉献社会相融合，是东方式管理的一个重要特点，也是整合管理中的文化底蕴。
2.中国的国粹——天人合一
有些外国学者认为，儒家的宇宙理论和伦理观念，对于调整人与自然、人与社会的关系，具有积极而普遍的现实意义。中国传统文化，在一定程度上反映了农业文明的成就，主张天人合一，强调人与自然的和谐，顺应而不是违背自然规律。“惟天地，万物父母”，“天地与我并生，而万物与我为一”；“四时有明法”，“万物有成理”（四时的变化有其规律，万物的生长也有其自然规律，这是无法改变的）。但是，人可以顺应自然，“望时而待之，孰与应时而使之”，与其消极等待，何如因时制宜地运用自然规律呢，显然，这种天人合一的自然观和生态观，对于现代社会发展所面临的生态危机来说，具有重要的现实意义，应当成为现代人类社会发展的重要战略思想。
儒家文化不仅从伦理道德、观念意识、行为准则、价值取向、管理哲学等方面为现代管理提供有益的养分，而且古代儒家学说中，还包括许多对管理活动的直接论述，如早在两千年前就提出的“衣食足而知荣辱，仓廪实而知礼义”的需求层次论，“贵上极则反贱，贱下级则反贵”的市场物价变化趋势，“人弃我取，人取我与”的经营策略，“因天下之力，以生天下之财；取天下之财，以供天下之费”的理财之道，“凡事预则立，不预则废”的预测观点，以及许多关于决策和战略策略的精辟论述，至今仍为一些企业家包括日本企业家所认真研究和学习。中国古代管理思想，是有待发掘的另一文化宝库。
3.学会系统思考
系统就是同类事物按一定的关系组成的有内在联系的整体。
以“系统”（一个工厂、企业、学校、研究所、政府机构以及一个工程项目等都是一个系统）作为研究对象，从“系统”的整体出发，用最合理、最经济、最有效的组织管理方法和技术，最优地达成“系统”的目的，这种方法和技术即称为系统工程。它是组织管理的技术，是组织管理“系统”的规划、研究、设计、制造、试验和使用的科学方法，是一种对所有“系统”都具有普遍意义的科学方法。
学习系统工程，最主要的是学习、掌握“系统”的概念，系统观点，系统思想和研究、处理问题的思路。这些是在管理实践中用得最多、最具有普遍适用性的东西。系统管理思想是管理科学的核心，它主导着现代化管理。系统管理思想主要包括追求整体功能、效益最优的整体管理思想，有机联系的统筹管理思想，区分层次的能级管理思想，有明确目的的目标管理思想，适应环境的弹性管理思想。
在掌握系统工程原理的基础上，可以根据整合管理的实际需要，学习一些系统工程的具体技术和方法，包括一些数学方法。不过，许多具体的技术方法，只有在系统思想的指导下和在系统工程的思路中加以应用，才具有系统工程的意义。这些具体技术方法（如最优控制方法、优化技术、线性规则、投入产出分折等）是系统工程的工具，而系统工程的灵魂是系统概念、系统思路、系统工程的思路。整合管理正是建立在系统工程等科学方法基础之上的新型管理。
管理科学的内容十分丰富。从事实际管理工作的人，要想全面、系统地学习管理科学和进行深造，的确不容易。但是，入门并不难。每个管理者要先花点时间和力气入门。入了门，有了一点基础，有了兴趣，在工作中尝到了甜头，自己就会自觉去学习更多的东西和进行深造。
管理科学则以管理思想为灵魂，各种不同的管理模式和管理方法，根源于不同的管理思想。不同的管理思想，又来源于不同的历史时代、不同的民族文化背景和不同的经济基础与上层建筑。世界上有许多管理思想，国外基于人性假设的管理思想就有许多种，其中有X理论，Y理论，超Y理论等。
管理系统同任何别的系统一样，都是由各种元素（分系统）组成。元素之间相互关系（即组织形式和结合方式）的总和构成了系统结构。管理系统的结构合理，才能使管理有序，而且对管理系统的功能起决定性的作用，应明白结构方面的哪些问题影响管理功能。
任何一个管理系统，它的功能主要取决于它的要素和结构，它的生命力则主要取决于它的机制。机制一般是指有机系统当其内部和外部条件发生某些变化时，系统的调节、变应能力，带有系统“本能”的性质，它渗透在机体的每个环节中，成为对系统进行控制的基础，即控制离不开对机制的操纵和利用。管理系统的机制，就是它的随机适应能力，即当管理系统的环境条件和系统的某些环节发生某种变化时，它可以随时使管理系统得到自动调节，以适应变化了的情况，使其继续朝着自己的管理目标运行。
20世纪90年代西方流行学习型组织、企业再造理论，对西方企业的发展道路进行反思，于是，彼得·圣吉所著的《第五项修炼》风靡一时。圣吉提出的核心修炼就是“系统思考”，这种思维模式按照他在中文版序中所说，与中国传统文化有千丝万缕的联系。因为“中国传统文化中保留了那些以生命一体化的观点来了解的、万事万物运行的规则，以及对于奥妙的宇宙万物本源所体悟出极高明、精微而深广的古老智慧结晶。在西方文化中，人们倾向于看见的是由一件件事物所组成的世界；人们深信简单的因果关系，不停地寻找能够解释一切的答案。”美国著名管理学家彼得·圣吉论系统思考的精义：
观察环状因果的互动关系，而不是线段式的因果关系；观察一连串的变化过程，而非片段的、一幕一幕的个别事件。因此整合营销的系统思考要求不仅要从整体上把握营销功能和组织，而且要研究主要机能如何互动，如营销、制造与研究开发之间的互动；研究这些互动的体察方式；研究系统中的关键力量；也许还必须考虑整个产业和环境中的互动力量。至于如何判断整体的原则是：互动因素是那些跟要解决的问题相关的因素，而不是以组织或系统中因功能而划分的人为界线为出发点。必须认清，在市场经济条件下的企业是个复杂的系统，是在一定的体制（机制）下的经营、信息、开发、供销、管理、生产、后勤及企业文化、思想政治工作等许多要素相互联系、相互作用、相互制约地构成的一个有机整体；而这整体又具有不同于各组成要素的新功能；这整体还与外部的市场环境、社会政治环境、自然生态环境密不可分。因而，必须运用系统观察及系统工程方法才能搞好企业。
用系统观念看问题，就不能把一个复杂的事物简单化地分成几块，然后通过抓住每一块的主要矛盾或主要矛盾方面就想取胜，这是对两点论的简单化、片面化。对于企业来说，影响企业的因素很多，并且都处于动态的变动中，相互制约着。企业就好似一盘棋，对于一盘棋来说，是不能简单地把“卒子”定论成次要矛盾或是次要矛盾方面。卒子过河就可能演变成致命的决定性因素；企业又好似一笼相互咬着的螃蟹，往往先要解决一系列的次要矛盾，然后才能接近并解决主要矛盾。
4.系统思维的作用
系统思维的作用很多，主要表现在改善领导者的思维方式和思维观念，促进领导决策的科学化。
（1）促使领导者思维方式的立体化、整体化
按照系统思维的观点，企业是由若干社会要素和自然要素组成的转换器系统，它的功能是把材料输入转换为产品输出，它的环境是时时变化的市场。企业领导者思维时不应只考虑材料消耗、产品质量、资金流动这些孤立因素，而应多视角、全方位地考虑这个转换器的结构、功能、输入、输出以及如何调节等问题。系统思维能使领导者对企业如何进行整合管理有一个全新的认识。
（2）促使领导者思维方式的动态化
现代社会发展变化的速度比以往任何时候都快。系统思维要求经常刷新思路，变换思维空间，改变输入和输出，适应客观世界的发展和变化。系统思维重视物质流、能量流和信息流的流动、变化，重视它们之间的动态联系，这就促使领导者的思维善于预测，善于应变，善于不断深化。
（3）促使领导者思维方式的有序化
系统思维往往根据系统的需要和条件设想出若干个行动思路和决策方案，然后对比选择，定出一个整体优化的思路和方案。缺乏系统思维的领导者往往做事杂乱无章，不懂得事物的内外、前后、正反、大小之间的联系。善于系统思维的领导者做事讲究程序，思路讲究联系，干什么都井井有条，事半功倍。系统结构是有序的，系统思维更是有序的，优化的。因此，有效的整合必须建立在系统思维的基础之上。