这一次，上天依旧没有让曹操等太久。一段时间过后，袁绍得到消息，黄巾军余部一支叫黑山军，聚集了10万兵力，想要进攻魏郡（今河北磁县南）。
这支黑山军，据说共有三十万兵力，里面云集了许多骁勇善战的大将。这支黑山军来势汹汹，已经将东郡太守王肱打得落花流水，现在他对魏郡和徐州的东郡（今河南濮阳西南）也虎视眈眈，大军集结在城下，黑压压的一片，让人看了心中发慌。
不过，这时候心里最慌的应该就是袁绍了，因为魏郡就是袁绍名义下的土地，而东郡的安危，直接关系到袁绍的大军所在冀州）想着凶悍的敌人离自己相隔不过数百里，袁绍心中七上八下，那个难受劲！于是，他赶紧召集自己的谋士，一起商量该怎么办。
众谋士聚集在一起，说东说西，最后得出一个结论：黄巾军骁勇善战，兵力雄厚，如果想要打败它，就必须找个熟悉他们的人来指导作战。
这时袁绍突然想起曹操来，这小子以前不是和黄巾军打过仗吗？而且还让他给打赢啦！想到这里，袁绍就放心多啦，他对手下的那些谋士说：“好了，大家不用讨论了，我们就派‘行武奋将军’曹操去，他对黄巾军作战有经验，相信同盟军中无人能敌吧！”
商量好了之后，'袁绍就以盟主的身份给曹操下了命令，让他去打黄巾军。
曹操虽然对袁绍的所作所为颇有微词，但对于这个命令他却欣然接受了，毕竞袁绍是目前实力最雄厚的诸侯。如果他被黄巾军打倒了，兵士被黄巾军收编了去，那么倒霉的还不是像曹操这样的小诸侯！
于是，曹操当即领命，起程出发前往濮阳与袁绍派来的大军汇合。汇合后不久，黑山军也追击到了这里。曹操让大军稍作修整，便开始与黑山军对垒激战。
此次黑山军派来的首领名叫白绕，此艮本不是曹操的对手。曹操摸清了贌阳的地形之后，并不主动出击，而是找了隐蔽的地方让大军潜藏了起来。然后，再派出自己的先锋装作探子去对方阵地探听消息，不料被敌军发现，先锋带着数十个士兵一阵好跑，只恨爹娘少生了两只脚。
白绕也是好大喜功，居然追着数十个探子一路狂奔，最终落入了曹操的圈套，中了曹操大军的埋伏，吃了一个大败仗。
曹操濮阳打败黑山军的消息传到冀州，让袁绍高兴了好一阵，他心里便琢磨着自己要好好奖赏一下他这个“行武奋将军”，想来想去，他决定上表皇上，给曹操封一个东郡太守。
从这件事我们可以看出袁绍是一个缺乏政治远见的人，既不会看人，也不会防人，他在军事上的失败早就由他失败的性格所决定了。就这样，依靠着对黑山军军事上的胜利，曹操终于得到了属于自己的一小块根据地，这块根据地以武阳（今山东莘县南）为中心，虽然面积不大，但是这对于急于想“自立门户”的曹操来说，却有着极其重大的意义。
曹操走马上任后，继续着他剿灭黑山军的任务。期间，他和好友鲍信组成了曹、鲍联军，两人一起对抗黑山军。
不久，曹操派出去的探子回报，说黑山军主力部队正驻扎在寿张（今山东东平西南）东边。
得到消息后，曹操与鲍信决定一改往日的被动，主动出击。大军选择了一个吉日出发，悄然又快速地来到了寿张，本来他们想出其不意，将黑山军的主力部队打散，然后再分而击之，从而达到歼灭的目的。但是，他们将形势估计得过于乐观，或者说是小看了黑山军的实力，这支起初由农民军组成的部队，经过长时间的磨炼，已经成为一支训练有素、战斗力非常强的部队。
虽然最初他们对曹军的突然到来感到非常惊奇，但是他们慌而不乱，很快调整了自己的心态，并且以最快的速度投入到了对战当中。
两军交锋之下，双方都没有占到什么便宜，打累了之后，两军便各自退去，安营扎寨。
吃过晚饭，曹操和鲍信坐在帐中，商量对策。鲍信认为黑山军之所以如此顽强，是因为他们都是农民出身，以前受汉室压迫过于深重，所以一直是在用意志力打仗。
曹操非常赞同鲍信的观点，忽然，他有了一个主意。
“擒贼先擒王，”曹操说，“只要统帅被我们抓住了，就不怕黑山军击不破。”
“好，”鲍信一拍大腿，“这个主意好。”说着，两人便商量出一套作战方案：明天两军对阵之时，鲍信上前与黑山军的统帅对话，然后曹操趁其不注意，冲上去将主帅刺倒！
虽然这个主意冒着极大的风险，但为了取得战役的胜利，曹操也顾不得那么多了。
第二天，曹军再次主动发起攻击，两军相距百来米互相对话，都是叫对方投降。
见鲍信和对方主帅正全神贯注地说着话，曹操依计行事，骑着战马嗖地冲了出去，长矛直指对方主帅。
这个变故来得太突然，大家都还没有反应过来，只有事先知道情况的鲍信一直神情紧张地盯着曹操。
但是，他们又一次错误地估计了形势，曹操的长矛甚至还没有挨到对方主帅的战马，对方兵士已经纷纷涌向曹操，只见他们拿刀的拿刀，举长矛的举长矛，顿时将曹操包围在了兵器之中。
原来，对方主帅曾经和曹操打过仗，知道他鬼主意特别多，所以小心提防着哩。想不到曹操果然想要趁其不备，现在聪明反被聪明误了吧！
鲍信见状赶紧大声喊道：“大家快上，大家快上！”话说着，他自己第一个策马冲进了包围圈，奋不顾身地挡在了曹操前面，说时迟，那时快，本要刺进曹操胸口的一支长矛顿时将鲍信的心口刺穿了。
这一切来得太快，曹操还没明白是怎么回事，鲍信已经翻下马去了。
这时曹军蜂拥而上，与黑山军打成一团，曹操这才逃出了包围圈。他感觉鲍信仿佛已经被那支长矛刺死了，但他又不敢相信，他一边大喊着鲍信的名字，一边狂舞着长刀，像是疯了一般砍杀着眼前的黑山军。
失去了大帅的曹军个个心头愤怒，这一次对战，将黑山军硬生生地逼退了数十里。
回到营中之后，曹操按习惯清点人数，损失了几百士兵和一员大将，这一员大将就是鲍信。
唉！虽然难过，但想到跟着鲍信来到此处的士兵情緒上一定有波动，现在大敌当前，任何内部问题如果处理不好，都有可能导致曹军的溃败，如果此次自己真的打了败仗，鲍信在天之灵也不会安息。曹操振作起精神，下令将士兵集合到一起，共同为鲍信哀悼，然后，又对大家说：“此次鲍将军为了保护我而战死，我曹操没有任何面目再见你们，但是鲍将军的大仇我一定要报！大家能否和我一起同心协力，歼灭黑山军，为鲍将军报仇？”
几句话说得众将士斗志昂扬，曹操成功地挽回了军心。于是，曹操让大家好好休息，准备第二天对黑山军发起猛烈的进攻。然而，第二天，曹操却收到了黑山军寄来的信。
信中说道：“当年曹相国在济南为相的时候，铲除了贪官污吏，废除了祭祀淫风，为我们青州百姓谋了很多福利，我们至今还记得。但是曹相国辞官离开济南之后，百姓们的生活又陷入了水深火热之中。”信中还提到了他们的口号——汉行已尽，黄家当立，说明汉室灭亡是上天注定了的，希望曹公不要为了一个上天都要灭亡的朝廷做徒劳的努力！“想想当初在济南，曹公废除荒诞的祭祀，毁坏了很多神坛，这种精神其实和我们黄巾军的精神是一样的，难道曹公都已经忘记了吗？其实我们不应该是敌人的啊！”
曹操看罢，将信重重地扔在地上，骂道：“难道我鲍兄血海深仇不报！难道我曹操身为汉臣，却要妄图谋反！”说完，他对送信来的黑山军使者说道：“回去告诉你们的统帅，我曹操胜也战，败也战！”
在曹操这种精神的带领下，曹军克服了重重困难，一直与黑山军周旋，战场还转移到了济北境内。
公元192年冬天，天降大雪，曹军带领士兵偷袭了青州黄巾军营帐，终于将他们打得落花流水，最终无条件全部投降了曹操。
这场战役持续了几年，双方损失都差不多，到最后，因为曹操鼓舞士气的确有一套，所以也可以说曹军的胜利，是在精神上战胜了黑山军。
青州黄巾军投降之后，曹操清点了一下人数，连家属在内一共有一百多万人，其中身强体壮适合行军打仗的，居然有三十万人，曹操将他们收编成独立性非常强的“青州军”。
剩下的那些没有被编进“青州军”的青州黄巾军，便被曹操派去从事农业生产，为打仗做好后期保障工作。
收编青州黄巾军，是曹操军事生涯一个关键的转折点。至此，曹操不仅扩大了自己的根据地，而且属于自己的兵力也由原来的几千人一下扩张到了30万人，他一下子从袁绍的一个小跟班成为手握重兵的强大诸侯。
而现在的曹操已经告别了少年、青年时代对天下局势青涩的认识，既然天下动乱已成事实，战争无法避免，那么曹操就要在这乱世中做一个实力雄厚的诸侯！