农村聚居点的建设规模迅速扩大，但大都缺少规划及相应的实施保证机制。缺乏规划和规划不当造成两个后果：村镇常常形成沿公路发展的带状集镇格局，加之环保基础设施建设滞后，使生活污染物难处理；土地利用没有进行功能分区，导致乡镇企业、集约化畜禽养殖场等与农村聚居点相邻甚至混杂，使污染源影响大。
其次是缺少污染治理的监管和环保基础设施建设、运行的投融资、收费体制，环境治理缺少人力、物力和财力。
由于缺少环境监管和治理经费来源，农村聚居点的上下水、垃圾处理等基础设施难以配套建设，导致我国农村的自来水普及率、污水处理率大大低于城市。2003年我国农村饮用水卫生合格率仅为62．1％，生活污水处理率不到2％，卫生厕所普及率仍不到10％，垃圾收集处理系统建成率几乎为0。
农村聚居点的规划和环保基础设施建设的滞后不仅对人群健康构成了严重威胁，也造成了农民诸多需求难以调动：在我国东部现代化进程较快的地区，人均GDP已经超过2 000美元，城乡人均收入已开始缩小，但在人居环境上的城乡差别仍在拉大，所谓城市绵延带一直无法真正形成。这种情况与建设和谐社会的要求有很大差距，大规模实施农村聚居点环境整治已有必要性。
农村聚居点环境问题的制度成因
农村聚居点环境问题的制度成因可一言以蔽之：“自下而上”的筹资机制和“自上而下”的用资机制导致与环境有关的公共服务供给不足、不当。具体解释如下。
长期以来，我国实施城乡分治战略，城市和农村的公共服务筹资过程正好相反：前者自上而下，后者自下而上。这种战略的弊端因为1978年以来的改革政策得到放大，造成农村社会政府转换职能的同时不仅没有解决资金来源，反而加重了资金匮乏。尤其1994年实施的分税制和2000年开始进行的以“三取消、两调整、一改革”为主题的农村税费改革使农村公共服务的供给发生了巨变，出现了公共服务供给主体的缺位现象。
实施分税制后，中央与地方虽然划分了财权，但事权仍是模糊交叉的，特别是在农村公共服务方面，本该由上级政府投资的公共服务，却有相当数量通过转移事权交由下级政府提供，甚至村民自治委员会还承担了较多的政务，供给主体错位现象严重。这样，形成了财权层层上收，而事权层层下放，乡镇以下政府财权和事权越来越不对称的局面。
农村税费改革加剧了这种不对称。改革前，村集体是提供公共服务的主体，资金来源主要靠提留统筹和摊派集资。农村税费改革以后，从制度上规范了农民的税赋，但这种制度变迁使基层政府在资金方面正面临着更大的困境：基层政府税源萎缩的同时，中央财政以及地方财政的上级财政对基层财政的转移支付规模小、不透明、缺乏规范，难以弥补县乡财政因农村税费改革后的财政资金缺口，使基层财政状况日益恶化成为一种普遍现象。基层政府为了解决“吃饭”问题不得不大量隐性或公开负债，向农村聚居点提供公共服务自然成为力不能及的事情。
农村公共服务主体缺位造成的首要后果就是规划落后于发展，以致污染物难处理和污染源影响大；其次是人居环境基础设施建设和运行滞后于农村聚居点发展。而民间资金市场化运作机制并没有解决公共服务的资金来源问题，原因有三：一是市场化机制难以解决规划滞后和规划不当的问题；二是发展阶段的影响。农民在硬件方面的消费重点是住房和耐用消费品等，投资重点是拖拉机、汽车等生产工具，农民自身尚无力筹措资金开拓这一新产业。目前，我国也只有在一些较为发达的农村，才刚刚度过了这一阶段；第三，即便在发达地区的农村，也尚未建立有效的公共服务投融资和收费机制，缺少扶持政策，私人投资缺少赢利保障。如以处理纺织厂废水起家的民营浙江嘉兴洪合镇污水处理厂，不仅在建设用地价格上没有享受优惠，还居然是全镇排名第四的纳税大户。由于污水处理厂难以保证足够的利润率，又缺少融资优惠政策，尽管镇政府希望其扩建后接纳全镇居民生活污水处理，但这种利润更低、风险更大的业务显然对厂方缺乏吸引力，全镇的生活污水至今还是直排。
在供给资金不足的情况下，资金的使用效率也不高。这是“自上而下决策”的供给制度造成的：农村公共服务供给大都是由乡镇政府及村组织自上而下地进行决策，农村居民缺乏对公共服务需求的有效表达机制。从经济学角度而言，公共物品供给的最佳规模应为消费者的边际支付意愿之和等于生产单位公共物品的边际成本，否则，即为公共物品供给过剩或不足。农村公共服务供给数量并非全部不足，而是存在结构性问题：由于采用“自上而下”的决策机制，在政治目标最大化的激励下，对于能增加政绩的公共服务，呈现出一种较高的供给热情。即便是在农民没有需求，或是这些公共服务超出了农民实际承受能力的情况，地方政府也在积极供给。比如对需要达标的广播电视设施建设、农田灌溉设施建设、校舍建设等公共服务供给严重过剩，即使政府没有财力也要通过对农民的强制摊派进行建设。这样不仅形成公共服务供给的相对过剩或暂时过剩，也增加了农民负担。而人居环境基础设施这样没有进入地方官员政绩考核体系的公共服务，即便农民已经有了需求，也很难提到地方政府的操作层面上来。
解决农村聚居点环境问题的必要条件及对策
（一）必要条件
目前我国东部发达地区的农村已经具备了大规模改善农村人居环境基础设施供给和进行农村聚居点环境综合整治的体制条件和发展基础。
体制有利条件是目前正在进行公共财政改革和事业单位体制改革。例如，中央政府的财政资金安排已作出了战略性调整——财政资金应该完成重大基础设施建设向重大基础设施建设与农村地区基础设施配套的转变。这些宏观改革使环保基础设施的建设、运营以及环境监管有了国家层面的财政资金和制度保障，有利于克服制度障碍。
发展基础则是这些地区的农村已经发展到了需要且能够大规模改善农村人居环境的阶段，有利于克服技术经济障碍。可以利用现有统计口径中的三个指标来确证这一点：一是人均GDP。例如浙江省的农村居民已经接近2 000美元／人／年，农村聚居点的新村建设已经蔚然成风。有了这个基础，才能保证消费者支付意愿的统一和政府将农村人居环境基础设施投入作为必须的财政支出。
二是人口集中居住比例。只有这个数值够大，才可能克服污染治理基础设施建设和运行的最小经济规模障碍。如浙江省的人口密度已达到460人／km2在500人以上的聚居点居住的农村人口比例已超过70％，生活污水集中处理和生活垃圾收集处理等人居环境基础设施单从技术经济角度而言已能满足最小经济规模条件。
三是环境污染的强度。只有在现代化的工农业生产规模足够大、城镇人口密度足够大的地方才会达到足够的环境污染强度，此时规划和治理是恢复的主要手段，而环境基础设施建设是治理的主要方式。
从韩国的“新农村运动”及日本的“并村运动”经验看，即使在人口密度大于中国的韩、日两国，农村人口的相应集中和居住乡村的适当合并，对于公共财政覆盖农村和公共财政资源有效配置也是必要的前提。
（二）“十一五”期间的对策
在满足必要条件的情况下，对应于农村人居环境基础设施这种特点鲜明的公共服务，借鉴浙江省实施“万村整治千村示范”工程的经验，要解决缺少规划、资金供给不足和服务供给效率不高这两方面问题，“十一五”期间，建议采取以下对策。
一是，规划环节的对策。规划是政府最基本的责任之一，县乡政府应以“三生统筹”理念为指导，在规划环节采取以下措施，解决污染物难处理和污染源影响大的问题：首先是加强区域环境规划和经济发展规划的协调。县域环境保护规划的重点内容应是环境功能区划和环境保护控制性规划，有条件的可考虑编制县域经济与环境协调持续发展规划或环境容量规划，将污染控制在“发生前”。
其次，应从三方面加强农村聚居点的环境保护规划：①布局规划。新建企业要集中配置在集镇工业小区内，工业小区设置在对集镇水、气污染影响最小的方位，集约化养殖场应设置在远离饮用水源并且周边农田单位面积粪便负荷量不高的地域，以控制其污染影响范围；②污染综合治理规划。包括建立工业和生活污水的集中处理系统、集中供热供气系统，以及对重点污染源的综合治理；③绿化规划。按美化、香化、净化（阻尘吸污）、静化（降噪）等要求建立村镇绿化体系。
二是，克服人居环境基础设施建设和运行的制度和技术经济障碍的对策。
首先是建立“自上而下”的开源机制。
改善农村公共人居环境公共服务的难点在于资金筹集。考虑“以城带乡、以工促农”的政策倾向，高层政府应该成为农村公共服务的筹资主体。中央政府应加大对农村公共服务供给的转移支付，省级政府应建立与公共服务筹资相联系的财政保障体系，并出台相关政策和法规，确保农村公共服务资金有稳定的来源。如用法规的形式规定某些公共服务在政府财政支出中的比重，或者某些公共服务支出占GDP的比重等。
其次要建立“自下而上”的节流机制。我国农村将长期存在公共服务财政资金不足的约束，因此必须通过节流措施提高资金使用效率。这包括两方面：一方面建立相关财政资金使用“自下而上”的决策机制。在具有“准政府”性质的村集体成为农村真正的自治组织后，应通过村民代表大会民主地决定农村环境公共服务项目建设的优先顺序和相关服务费的收取标准等，确保财政资金最大程度地满足农民的消费者支付意愿。
另一方面建立多元化的农村环境公共服务供给机制。单一的政府供给或市场供给，在解决公共服务供给效率问题上的失灵都是客观存在的。应当根据不同农村环境公共服务的具体经济属性建立多元化的供给主体结构，在公共服务供给中引入竞争机制等。同时，要转换认识，正确看待农村人居环境基础设施的公益性质，从财政补贴、信贷支持、税费减免、土地优惠等方面大力扶持，调动民间及海外资本投资农村公共服务的积极性。