必须注意到，城乡分治战略使城市和农村间存在着严重的不公平现象。具体到环保领域，主要指城乡地区在获取资源、利益与承担环保责任上严重不协调。长期以来，中国污染防治投资几乎全部投到工业和城市。城市环境污染向农村扩散，而农村从财政渠道却几乎得不到污染治理和环境管理能力建设资金，也难以申请到用于专项治理的排污费。由于农村土地等资源产权关系不明晰，致使农村的环境资源具有一定的“公共属性”，造成几乎没有有效的经济手段，对农业生产中社会收益大于私人收益的部分给予一定补偿，对社会成本大于私人成本的部分收取一定费用，实际上鼓励了农村居民采用掠夺式生产方式。2003年后执行的新的排污费制度在集中使用上仍然没有考虑农村污染的治理。
由于环境保护尤其农村环境保护本身是一项公共事业，属于责任主体难以判别或责任主体太多、公益性很强、没有投资回报或投资回报率较小的领域，对社会资金缺乏吸引力，政府必须发挥主导投资作用。尽管国际上各种市场化的实践很活跃，但没有哪个国家的政府不发挥主导投资责任和作用。由于政府缺位，导致在农村聚居点的污染治理设施建设上存在一种悖论：根据亚当·斯密的“市场大小决定分工”理论，可以推出“市场大小决定具有公共物品属性的基础设施市场化建设和运营的最小规模”。农村聚居点和小城镇由于单体市场规模小，其基础设施建设和运行难以进行市场化运作，因而必须依赖财政资金。而乡镇和村一级行政组织普遍财源不够，连应付生产性基础设施建设都不够，更难以估计污染治理基础设施。这种悖论造成了农村聚居点污染日趋严重并将继续严重。
扶持措施不力，导致农村污染治理的市场化机制难以建立。
我国对城市和规模以上的工业企业污染治理，制定了许多优惠政策：如排污费返还使用，城市污水处理厂建设时征地低价或无偿、运行中免税免排污费，规模以上工业企业污染治理设施建设还可以申请用财政资金对贷款贴息等。而对农村各类环境污染治理，却没有类似政策。由于农村污染治理的资金本来就匮乏，建立收费机制困难，又缺少扶持政策，导致农村污染治理基础设施建设和运营的市场机制难以建立。
治理模式不适，导致农村污染治理效率不高。
农村的三类环境污染，套用解决城市污染和规模以上工业企业污染的主要手段——末端治理——都存在技术、经济障碍。除了面源污染难以收集污染物外，其他类污染用末端治理常会出现既治不起，也治不净的情况；规模以上工业企业的污染治理由于其污染排放的集中性、污染物相对的单一性和企业经营相对的大规模等特点，末端治理方法在多数情况下是适用的甚至惟一的。而农村的生活污染、乡镇企业污染以及集约化畜禽养殖场污染，采用末端治理则会因为污染治理设施建设和运行的最小经济规模限制以及高折旧率限制而不可行。
农村现代化进程中的三类环境污染问题
根据近10年来的全国的环境统计年报、农业部环境监测中心农业环境质量监测数据库资料及有关普查，可以将农村现代化进程中的污染问题总结为以下三类：首先是现代化农业生产造成的各类污染。
我国人多地少，土地资源的开发已接近极限，化肥、农药的施用成为提高土地产出水平的重要途径，加之化肥、农药使用量大的蔬菜生产发展迅猛，使得我国已成为世界上使用化肥、农药数量最大的国家。化肥年使用量4 637万t，按播种面积计算，化肥使用量达40t／km2，远远超过发达国家为防止化肥对土壤和水体造成危害而设置的22．5t／km2的安全上限。而且，在化肥施用中还存在各种肥之间结构不合理等现象。化肥利用率低、流失率高，不仅导致农田土壤污染，还通过农田径流造成了对水体的有机污染、富营养化污染甚至地下水污染和空气污染。目前，东部已有许多地区面源污染占污染负荷比例超过工业污染，对太湖、杭州湾富营养化的成因分析表明，造成水体富营养化的污染源主要来自生活污水和农田的氮、磷流失。其中太湖面源污染物对TN的贡献率已超过1／3，对TP的贡献率接近1／3。农药年使用量约130万t，只有约1／3能被作物吸收利用，大部分进入了水体、土壤及农产品中，使全国9．3万km2耕地遭受了不同程度的污染，并直接威胁到人群健康。2002年对16个省会城市蔬菜批发市场的监测表明农药总检出率为20％～60％总超标率为20％～45％，远远超出发达国家的相应检出率。这两类污染在很多地区还直接破坏农业伴随型生态系统，对鱼类、两栖类、水禽、兽类的生存造成巨大的威胁。化肥和农药已经使我国东部地区的水环境污染从常规的点源污染物转向面源与点源结合的复合污染。
因为大棚农业的普及，地膜污染也在加剧。近20年来，我国的地膜用量和覆盖面积已居世界首位。2003年地膜用量超过60万t，在发达地区尤甚。据浙江省环保局的调查，被调查区地膜平均残留量为3．78t／km2，造成减产损失达到产值的
1／5左右。随着中西部农业现代化的进展，这类污染也在中西部粮食主产区普遍出现。
其次是由于小城镇和农村聚居点的基础设施建设和环境管理滞后产生的生活污染。
随着现代化进程的加快，小城镇和农村聚居点规模迅速扩大。但在“新镇、新村、新房”建设中，规划和配套基础设施建设普遍未能跟上：大部分城镇只重视编制城镇总体建设规划，忽视了与土地、环境、产业发展等规划的有机联系，规划之间缺位或不协调，农村聚居点则缺少规划，使城镇和农村聚居点或者沿公路发展，形成马路和带状集镇，或者与工业区混杂。小城镇和农村聚居点的生活污染物则因为基础设施和管制的缺失一般直接排入周边环境中，造成严重的“脏乱差”现象。例如，每年产生量约为1．2亿t的农村生活垃圾几乎全部露天堆放；每年产生量超过2 500万t的农村生活污水几乎全部直排，使农村聚居点周围的环境质量严重恶化。浙江省环保局2002年进行的调查表明，农村聚居点的环境质量除了大气污染指标外，其余已经显著劣于城市。
尤其值得注意的是，在我国农村现代化进程较快的地区，这种基础设施建设和环境管理落后于经济和城镇化发展水平的现象并没有随着经济水平的提高而改善，其对人群健康的威胁在与日俱增。
第三是乡镇企业布局不当、治理不够产生的工业污染。
农村工业化是中国改革开放20年间经济增长的主要推动力，在县域经济发达的浙江、江苏等东部地区表现得尤为明显。受乡村自然经济的深刻影响，这种工业化实际上是一种以低技术含量的粗放经营为特征、以牺牲环境为代价的反积聚效应的工业化，村村点火、户户冒烟，不仅造成污染治理困难，还导致污染危害直接。目前，我国乡镇企业废水COD和固体废物等主要污染物排放量已占工业污染物排放总量的50％以上，而且乡镇企业布局不合理，污染物处理率也显著低于工业污染物平均处理率。
与乡镇企业存在类似污染问题的是近些年来在人口密集地区尤其发达地区蓬勃发展起来的集约化畜禽养殖。居民消费能力强和农牧业的发展空间受到限制，指必须提高单位土地面积的产出率，才能使集约化畜禽养殖场快速发展。如对环境影响比较大的大中型集约化畜禽养殖场有80％分布在人口比较集中、水系较发达的东部沿海地区和诸多大城市周围，而整个西部地区仅占总量的1％左右，据国家环保总局2002年对全国23个省、自治区、直辖市进行的规模化畜禽养殖业污染情况调查。因为这些地区可资利用的环境容量小（没有足够的耕地消纳畜禽粪便，生产地点离人的聚居点近或者处于同一个水资源循环体系中），加之其规模和布局没有得到有效控制，没有注意避开人口聚居区和生态功能区，造成畜禽粪便还田的比例低、危害直接。同时，在污染排放强度上并不低于工业企业的集约化养殖场，其污染危害更加严重：不仅会带来地表水的有机污染和富营养化污染以及大气的恶臭污染，甚至地下水污染，畜禽粪便中所含病原体也对人群健康造成了极大威胁。
另外，农村由于污水灌溉和堆置固体废弃物，大量承受了工业污染的转移，导致了土壤的重金属污染以及延伸的食品污染。
由于我国农村污染治理体系尚未建立，环境污染不仅将迅速“小污”变“大污”，而且已经“小污”成“大害”，给作为弱势产业的农业和弱势群体的农民带来了显著的负面影响：中国农村有3亿多人喝不上干净的水，其中超过60％是由于非自然因素导致的饮用水源水质不达标；中国农村人口中与环境污染密切相关的恶性肿瘤死亡率逐步上升，从1988年的
0．0952‰上升到2000年的0．1126‰。对于基本排除在医疗保障制度之外的农民，这是极大的威胁。
总之，在农村现代化进程加快的今天，对农村环境污染，如果没有及时采取相应对策，将严重阻碍农村的社会发展和农民的福利改善。
农村聚居点环境问题的现状
农村聚居点通常都是自然形成的。与城市相比较，农村聚居点从规模、基本生活资料与能源的获取方式到治理方式都有很大差异。基础设施除了少数乡镇政府所在地以外一般都是通过内部集资逐渐建设的，其生活废弃物因为环境基础设施和管制的缺失一般直接排入其生活的环境中。因此，我国的农村聚居点普遍存在以下环境问题。
首先是规划落后于发展，造成污染物难处理和污染源影响大。