接着，晋文公放出话去，要求郑国立子兰为太子。郑国立即商议此事，大夫石癸说：“在大王的几个公子中，子兰是最贤能的。现在我国被晋军围困，晋国又提出了这样的要求，这正是一举两得的好事呀。我们如果答应了晋国，不仅能够免除这场祸患，而且还能使郑国得到一个明君。”众大臣一致赞同，随后与晋军谈妥。
经过这次事件后，秦晋之间出现了裂痕，以往的秦晋之好不复存在。
公元前628年，晋文公去世。
称霸西戎的秦穆公
公元前659年，秦穆公即位。他登基后的第一年，就亲自率领军队攻打占领着茅津一带（今山西省境内）的戎人，胜利而归。
秦穆公四年（公元前656年），秦国与晋国联姻。秦穆公五年（公元前655年），晋献公消灭了虢国和虞国，并且俘虏了虞国国君和大夫百里奚。之后，百里奚以陪嫁仆役的身份来到了秦国。到了秦国之后，百里奚便打算从秦国逃跑到楚国去。不料，刚到楚国边境就被楚人逮住了。
秦穆公早就听说百里奚是个不可多得的贤能之人，便想用重金把他从楚国赎回来为己所用。不过，秦穆公转念一想，觉得楚人可能会因此心生更大的贪念，非但不会释放百里奚，反而会勒索更多钱财。经过一番思索之后，秦穆公派了一个使者到楚国，对楚人说：“百里奚是我国的一个陪嫁奴仆，现在让你们给捉住了，我国愿意用五张羊皮把他赎回去。”楚人想都没想就答应了。这样，百里奚又被送回了秦国。
当时，已是七十多岁的百里奚，被关在秦国的监狱里。秦穆公亲自来到监狱，释放了他，并和他一起讨论治国之道。
百里奚十分感谢，他对秦穆公说：“在下只是一个微不足道的亡国之臣，怎么担当得起秦王您的请教啊！”秦穆公回答道：“虞王不重用你，因而落得亡国的下场，这只能说明他不能唯才是用，这又不是你的过错。”
接下来的三天三夜，两人促膝长谈，秦穆公从中受到很大的启发。他非常赏识百里奚的才能，于是就让他辅佐自己，参与制定秦国的大政方针。之后，秦人亲切地称之为“五羖（羖，指黑色公羊）大夫”。得到秦人如此的尊崇，百里奚推辞道：“我的才能还不如我的朋友蹇叔呢，他的贤能只是被埋没，不为世人所知罢了。以前，我游历到齐国时，非常落魄，甚至沦落到讨饭度日的地步。那时，蹇叔收留了我。再后来，当我打算追随当时的齐国国君时，被蹇叔阻止。不久之后，齐国内部就发生了战乱，我因此而幸免于难。此后，我到了周朝。听说当时的周王子非常喜欢牛，我借擅长养牛得以接近他。当他要任用我时，蹇叔又一次阻止了我，让我离开周朝，这一次我又幸免于难。之后，我又来到虞国，打算辅佐虞国国君，蹇叔还是不同意。受功名利禄之心的驱使，我还是留了下来。前两次都因为听了蹇叔的话而幸免于难，这一次却因为没听他的劝告而遭到亡国之祸。因此，我很了解蹇叔，他的贤能远在我之上。”听了百里奚的这番话，秦穆公便立即派人用重礼请来蹇叔，并任命他为秦国上大夫。
秦穆公四年（公元前656年），晋国发生了一场内乱，即骊姬之乱。在这场内乱中，晋国太子申生被杀害，公子夷吾（后来的晋惠公）、重耳（后来的晋文公）等人先后从晋国逃了出来。
秦穆公九年（公元前651年），晋献公去世，夷吾派人向秦国求助，希望秦穆公能帮助他重返晋国，得到了秦穆公的同意。这样，夷吾在百里奚率领的军队护送下顺利回国。夷吾非常感激，向秦人承诺说，如果将来自己当上晋国国君，便将位于河西的八座城池送给秦国，以此来报答秦国的莫大恩情。夷吾即位以后，是为晋惠公。他不想献出城池，派了一个叫丕郑的大臣到秦国去推脱，违背了对秦人的承诺。丕郑担心秦穆公会为难他，便心生一计。他对秦穆公说：“晋国人原本希望公子重耳即位，而不是夷吾。如今，夷吾违背对秦国献城的承诺，这其实是吕省和郤芮从中唆使的。您把这两人召到秦国，然后再护送重耳回晋国，这样就方便多了。”
秦穆公采纳了丕郑的计策，并派他回晋国召唤吕省和郤芮。不料，回国后的丕郑因受到吕省、郤芮二人的猜疑进谏，被晋惠公处死，他的儿子丕豹逃到了秦国。
一心想要为父报仇的丕豹向秦穆公进言道：“夷吾是个昏君，晋国的老百姓都对他很不满，秦国何不借此有利时机发兵攻打它呢？”不想，秦穆公却说：“晋国百姓如果真对他们的君主很不满，夷吾是不可能杀害大臣的。他既然诛杀了大臣，又没引起百姓的反抗，这说明了夷吾的做法赢得了民心。”最后，秦穆公将丕豹留在秦国，并任用了他，只是没有听从他攻打晋国的建议。
过了几年，晋国遭受旱灾，晋惠公再次派使臣到秦国请求救援，希望秦国能够借粮食给晋国，助其渡过难关。这时，丕豹再次劝谏秦穆公发兵攻打晋国，不要借粮食给他们。于是，秦穆公就向大臣们询问，征询他们的意见。一个叫公孙支的大臣说：“灾荒或是丰收，总是变幻无常，如果我们借粮食给他们，一定会换来他们的感激，因此应该借给他们。”百里奚也觉得：“夷吾食言，得罪了秦国，但却与晋国无辜的百姓无关。”最终，秦穆公听从了公孙支和百里奚的意见。随后，秦人通过车船把粮食运到晋国，浩浩荡荡。
秦穆公十四年（公元前646年），秦国遭遇了严重的饥荒。于是，秦穆公便派出使者前往晋国借粮。晋惠公就此事与大臣们商量，其中一位叫虢射的大臣说：“我国若是此时攻打秦国，必将大获成功。”于是，晋惠公于次年发兵攻打秦国。为此，秦穆公委任丕豹为作战将军，并亲率大军迎战。秦晋两国军队在韩原会战。
作战过程中，晋惠公急于取胜，脱离了主力部队，归途中马车又陷入泥中，无法动弹。秦穆公觉得这是一个抓获晋惠公的有利战机，于是率领麾下军士前往追击。结果，非但没能将晋惠公俘获，反而使自己陷入晋军的包围之中。在这个危急关头，三百个曾经得到过秦穆公恩惠的岐下人冒死突围，成功解救了秦穆公，并且活捉了晋惠公。
当初，秦穆公的一匹良马丢失了，查出是被三百名岐下人吃掉了。秦国的官吏便将他们抓来，打算依法惩治。秦穆公听说了此事后，说：“一个开明的君主不会因为死了一个牲畜而去伤害他的子民。我听人说，如果吃了良马的肉而不喝点酒的话，会对身体有害。”随后，秦穆公赦免了他们的罪过，并赏赐给他们酒喝。再后来，这些人得到了秦军将要反击晋军的消息，都要参军，于是有了这次的临阵救主。
秦穆公本想杀掉忘恩负义的晋惠公，结果周襄王以晋国与周室同姓为由，请他不要杀晋惠公，再加上他的夫人是晋惠公的姐姐，也为晋惠公担忧，于是他放弃了这个想法。接着，他与晋惠公签订盟约。晋惠公回国后，不仅把河西地区献给了秦国，而且把太子圉送到秦国做人质。至此，秦国的疆土得到扩张。
晋惠公去世后，秦穆公帮助晋文公重耳即位。此后，秦晋两国交好，直到秦穆公三十年（公元前630年），在攻打郑国的时候出现了矛盾。
秦穆公三十二年（公元前628年），晋文公去世。次年春，秦穆公不听众臣劝告，决意出兵攻打郑国。为了能够顺利攻下郑国，秦穆公一次性派出三员大将，他们分别为孟明视、白乙雨和西乞术。郑国是晋国的邻国，要想到达郑国国境，必须要涉足晋国国土。当秦军行至晋国边城滑地时，有一个郑国商人正好在滑地。他得知秦军要去攻打他的国家后，立即上前，说郑国国君令他前来迎接，并用十多头牛作为犒劳。同时，他又派人火速去郑国报信。秦军以为郑国早就知道了他们要去进攻，于是取消了作战计划，顺手吞并了滑地。
当时晋文公的葬礼还没办完，太子欢听闻秦军竟乘机偷袭，非常愤怒，于是设下埋伏，打得秦军惨败。除了秦军三员大将被晋军活捉外，其他将士无一生还。晋国之所以不杀这三员大将，是想把他们放回，让秦穆公亲自惩罚他们，以此羞辱秦国。
听到这样的消息后，秦国上下顿时哭声震天。除了悲痛之外，晋国的做法让秦国人感到前所未有的羞辱。而作为领军作战的三员大将，更是无颜面对国君和全国军民，只求秦穆公赐他们死罪。然而秦穆公并没有这样做，他身穿丧服亲自为死去的将士们送行，然后将这三位败将接回。随后，秦穆公带着悲痛作了一篇《秦誓》。在这篇文章中，他引咎自责：“这次我军惨败，责任在我。正是因为我的掉以轻心，不听百里奚、蹇叔等人的劝告，结果牺牲了众多的将士。孟明视、白乙雨和西乞术三人都很有能力，如果不是我的判断失误，他们定能够高唱凯歌。希望他们能够化悲痛为力量，为我大秦洗掉这次国耻。”秦穆公的做法感动了孟明视等人，他们加紧练兵，以便在时机到来时给晋国一次重击，报仇雪恨。
秦穆公三十四年（公元前626年），秦军已是兵强马壮，孟明视等人认为时机已到，征得秦穆公的同意后，便率军讨伐晋国。结果，秦军再次惨败。
于是，在朝大臣均认为这三员大将并没有什么杰出才能，纷纷进谏将孟明视三人革职。秦穆公力排众议，仍然赋予他们重任，希望他们能够训练出一支强大的军队。
秦穆公三十六年（公元前624年），秦穆公再次派他们伐晋。此次战役中，秦军转败为胜，晋国只得求和。也正是在这一场战役之后，秦国的实力大增，可以与晋国平起平坐了。
秦穆公三十四年（公元前626年），西戎王仰慕秦穆公的贤德，于是派由余出使秦国。到了秦国之后，由余受到了秦穆公的热情接待。