对菇场可能发生的多种病虫害进行有效的防治需要制定周密的卫生管理制度，尽可能地把有害生物侵染的机会降到最低。搞好卫生管理，现在是将来也是病虫害防治的一个主要方法，也是所有其他防治技术获得成功的基础。
（1）保持菇场周围环境卫生。在选择建造菇场时，应避免在畜禽养殖场周围建场，可以防外界的杂菌和害虫与栽培场发生交叉感染。建好菇场后，应保持周围干净卫生，并定期喷施杀菌剂和杀虫剂进行环境消毒。
（2）限制外界有害生物侵入菇房的机会。菇房门窗装置纱窗防止外界害虫侵入，有条件的可以安装过滤装置，使菇房内保持正压，避免有害生物进入菇房。菇房内保持较暗的光照，随手关灯，减少害虫飞入。
（3）保持菇房内干净卫生和经常性消毒培养料。进行后发酵前，要将掉落在地面上的培养料捡到床架上，并用强力水流冲刷地面。发菌期每隔一周在菇房及床面覆盖物上喷施0.5％甲醛和80％敌敌畏乳油2000倍液喷雾。采菇后要及时将碎菇、死菇、菇根及老化的菌根清出菇房，减少再次感染病菌的机会，减少害虫的孳生。
（4）栽培结束后及时清除废料。对于已经没有管理价值的菇房应尽早将培养料进行清理，并将废料移至远离菇房的地方。然后对菇房进行严格的消毒处理，防止有害生物繁殖，减少对下次栽培的影响。