蘑菇线虫是寄生或腐生于蘑菇及培养料中而导致蘑菇病害的一类微小（长0.5～1毫米）低等动物，属无脊椎的线形动物门、线虫纲，是国内外蘑菇栽培中发生普遍、危害较严重的一类病害，严重发生时可造成产量和质量的重大损失。
我国福建和浙江等双孢菇主产区90％以上的菇房都会受到线虫危害。当菇床或子实体遭受线虫侵害后往往表现出类似病害的症状，所以一般称为“线虫病害”。被线虫危害后表现出来的主要症状是：播种后菌丝生长不良或不发菌，或发菌后出现退菌现象；培养料变黑腐烂，并发出鱼腥臭味；子实体受线虫危害后停止生长或死亡，变色腐烂，并发出特殊的腥臭气味。
线虫主要栖息于土壤、厩肥、秸秆及腐烂的有机物中，不清洁的水中也有线虫存在。双孢菇栽培中发生的线虫，可以来源于培养料、覆土、管理用水或经害虫携带进入菇房。线虫活动一般要求有水膜存在，如果环境不适，有的可休眠几年。所以旧菇房和栽培床架如果不经过认真消毒也会传播到下一个生产周期。
线虫的防治措施有以下几种：
（1）对老菇房进行严格消毒。由于线虫能生活于菇床侧架的木板和木制品中几毫米深处，并且在干燥条件下，即使达到60℃～65℃高温，线虫仍能幸存下来。所以，要将床架、菇房弄湿，进行蒸汽消毒，或者用2％五氯酚钠溶液处理。如果菇房为泥土地面，则可在地面上撒一层石灰。
（2）选择无线虫污染的场地贮存堆积培养料。防止培养料受线虫污染。
（3）建堆前对培养料充分预湿。前发酵过程中拌入杀线虫剂，杀灭线虫。用35％线克200倍液处理培养料，杀虫率可达100％。
（4）线虫对高温的耐受力很弱。培养料进菇房后进行后发酵，保证整个菇房温度都达到60℃的高温，彻底杀灭线虫及其他害虫。获得含水量适中、选择性好的优良性状培养料可以促进双孢菇菌丝生长，同时抑制杂菌和害虫生长。
（5）在未被双孢菇废料污染的地方取覆土材料并在后发酵时将覆土放进菇房一起进行消毒处理，然后妥善贮藏。或者利用甲醛和敌敌畏对覆土进行严格的消毒处理。
（6）尽量使用干净的地下水。如果水源不干净的，可在水中加入适量硫酸铝，达到净水目的，可除去线虫。
（7）出菇前发生线虫危害要及时挖沟进行隔离，并对发病部位停止喷水，比较干燥的环境有利于抑制线虫的活动。或者用35％的线克200倍液处理培养料或覆土，5天后杀虫率可达90％以上。用3％米乐尔颗粒剂800倍液或10％益舒宝800倍液处理菇床杀虫率分别达到92%和89.2%。用90％晶体敌百虫800倍液杀虫率只有45.8％，效果较差。每平方米用1.8%阿维菌素1～1.5毫升对水500毫升喷洒床面或覆土，防治效果在80％左右。
（8）及时清除烂菇、废料。