科学的管理和周密的卫生计划可以预防有害生物的发生，但由于双孢菇生产的特殊性，病虫害发生有时也不可避免。一旦病虫害发生，首先应分析病虫害发生的原因，如果是由于环境条件不适，如温度偏高、含水量偏高或者通风不良，要采取必要措施加以改善。如果是侵染性病害，应首先鉴定病原菌或害虫的种类，根据其特性选择适宜的杀菌剂或杀虫剂进行处理。
（1）药剂拌料。有资料表明，在前发酵过程中，建堆或翻堆时添加杀菌剂和杀虫剂采用药剂拌料有助于减少病虫害的发生。目前一般在培养料中喷施二嗪农或三氯杀螨醇防虫，喷施多菌灵防治有害真菌。
（2）覆土拌药或喷药。在培养料经过严格的发酵处理后，生产中病虫害的来源主要是覆土，因此要对覆土进行严格的消毒杀虫处理。目前一般采用甲醛和敌敌畏混合熏蒸的方法进行。覆土处理后要防止再次被有害生物侵染。覆土后，也可以用多菌灵或使百功2000倍液喷淋覆土代替覆土第一次调水。
（3）发病后的化学治疗。如果预防措施失败，菇房内发生了病虫危害，应尽早进行有效治疗。
（4）化学药剂应交叉使用，以减少有害生物产生抗性。不同杀虫剂和杀菌剂的作用机理不同，交叉使用有利于避免或减少产生抗性菌株和害虫的风险。
（5）药剂使用要遵守法律的规定。必须使用化学药剂时，通常注意使用规定的最低浓度，以减少残留，保证双孢菇的食用安全，同时避免产生药害。不能使用国家禁用的化学药剂。