菌蚊是昆虫纲、双翅目、长角亚目、眼菌蚊科或迟眼菌蚊科的一些种类的统称，危害双孢菇的种类主要有眼菌蚊科的茄尖眼菌蚊、金毛尖眼菌蚊和闽菇迟眼菌蚊。这三种眼菌蚊都属于双翅目，其成虫和幼虫都会引起危害，成虫在菇房内飞行、落下，可以传播病菌及螨类等小型害虫，特别是细菌性斑点病和褐斑病等的污染会传播到整个菇床；幼虫蛀食培养料和菌丝，并在子实体上蛀孔，引起原基及菇蕾死亡，造成双孢菇减产。
菌蚊与蘑菇菌丝之间存在一种拮抗现象，即大量的蘑菇菌丝能抑制菌蚊幼虫的发育，而菌丝发育良好的培养料更不利于雌蚊产卵。这样，培养料发菌旺盛可抑制菌蚊产卵和发育，起到一定程度的生态防治效果；反之，发酵不良的培养料，蘑菇菌丝难以长透，却可成为吸引菌蚊的诱导物。
菌蚊类害虫的防治措施：
（1）菇房门窗必须装上纱网（16 目／厘米），防止菌蚊成虫飞进菇房，减少虫源。
（2）严格进行二次发酵，获得性质优良的发酵料并杀死害虫。
（3）加强发菌管理，培养健壮菌丝，利用菌丝与菌蚊的拮抗作用抑制害虫生长。
（4）菇房的门、窗附近不要开灯，防空洞的灯应设置在远离洞口的地方，尽量减少开灯时间，以减少菇房外虫源飞入繁殖侵害。
（5）覆土后尽早在覆土层喷施2000倍的80％敌敌畏乳油防虫、杀虫，要确保药液渗透到覆土深层。
（6）一旦出现菌蚊成虫，要停止喷水，并及早进行杀虫处理。具体方法可采用灯光诱杀，或采用化学药剂防治。出菇期喷施3000倍的菊酯类杀虫剂、绿福和阿维菌素杀虫效果较好，而且无药害和残留问题。也可喷施1000倍的鱼藤酮或5％锐劲特（氟虫腈）1000～1500倍液。
（7）如果虫口密度较大，可用磷化铝密闭熏蒸。每立方米空间用10克磷化铝，熏蒸72～96小时，然后通风。由于该药剧毒，使用时应注意安全。
（8）搞好菇房及周围场所环境卫生。菇房内的废菇、残料要及时清除掉，菇房四壁及床架等也要经常清扫。