蚤蝇是昆虫纲、双翅目、短角亚目、蚤蝇科、蚤蝇属的一些种类的统称，危害双孢菇的种类很多，发生较为普遍、危害较重的是蚤蝇属的蚤蝇和黑蚤蝇。蚤蝇幼虫专吃蘑菇菌丝，发生严重时蘑菇菌丝被吃光，造成菌丝萎缩变色，由白变褐最后变黑，培养料被蛀成糠状，引起双孢菇减产。
蚤蝇类害虫的防治措施：
（1）确保制备双孢菇菌丝能够快速生长的优良的、选择性良好的培养料。
（2）由于接种后2～3周，双孢菇菌丝能吸引蚤蝇成虫，所以这段时间要特别注意防止成虫飞到栽培房繁殖危害，可在菇房四周喷洒敌敌畏杀虫。菇房门窗必须装上纱网（16目／厘米），并在门窗及通风口处悬挂敌敌畏棉球，避免成虫飞进菇房产卵。
（3）尽量保持菇房内暗光条件，这样不利于成虫活动。
（4）在培养料和覆土中均匀拌入敌敌畏或二嗪农、杀虫脲等杀虫剂。
（5）一旦出现蚤蝇成虫，要停止喷水，并及早进行杀虫处理。具体方法可采用灯光诱杀、黏性捕虫器捕捉，或采用化学药剂防治。出菇期喷施3000倍液的菊酯类杀虫剂、绿福和阿维菌素杀虫效果较好，而且无药害和和残留问题。也可喷施1000倍液的鱼藤精。
（6）搞好菇房及周围场所环境卫生。菇房内的废菇、残料要及时清除掉，菇房四壁及床架等也要经常清扫。