细菌性斑点病又名褐斑病，是双孢菇最常见和最严重的病害之一，一旦发生流行将造成严重减产。病原菌是一种分布很广的细菌——托拉斯假单胞杆菌。该病局限于双孢菇菌盖上，菌褶很少感染。菌肉变色部分一般很浅，很少超过皮下3毫米。有时双孢菇采收后才出现病斑，特别是置于高温条件下，水分在菇盖表面凝结时，更易发生此病。
病原菌生活在土壤或不清洁的水中。培养料、覆土、管理用水是菇床病菌的主要来源，空气、昆虫、工作人员和溅水也可传播。当菇房温度高于20℃、湿度大于95％时，利于该病发生。菌盖表面积水、菌床湿度大时更有利于病害蔓延。双孢菇采摘后贮存期间也可遭到该病的侵害，主要原因是菇体本身带菌。
细菌性斑点病的防治措施：
（1）搞好菇房清洁卫生，栽培前用硫磺、甲醛或漂白粉对菇房进行严格消毒。
（2）培养料进行二次发酵，覆土进行严格消毒。
（3）菇床管理用水要用清洁的河水或井水。不打关门水，每次喷水后都要通风换气1小时以上，防止菇体较长时间留有水膜或处于过湿状态。
（4）出菇管理期间，控制温度在20℃以下，空气相对湿度90％左右，严防出现高温、高湿现象。
（5）一旦发现病菇要及时摘除并减少喷水量，降低菌床湿度。也可用含有效氯150毫克/升的漂白粉喷洒发病菌床。
（6）采后的鲜菇应贮藏在5℃左右的冷库中，或及时进行加工处理。
姜黄斑点病又名黄色单胞菌病或菌斑病，病原菌是假单胞杆菌属的姜黄色假单胞菌。该菌引起菌盖产生姜黄色菌斑，而且菌斑颜色不会随菌龄增加而改变，因而可将姜黄色斑点病和细菌性斑点病区别开来。该病菌的生态学和托拉斯假单胞杆菌相似，覆土可能是最重要的初侵染源。防治措施与细菌性斑点病相同。