采收之后的双孢菇，其细胞仍处于生活状态，如果不及时进行保鲜或加工处理，就会发生褐变、萎蔫、软化、菇柄伸长、菌盖开伞和产生异味，从而降低产品品质，直至腐烂变质，失去商品价值。常用的双孢菇保鲜方法有以下几种：
（1）低温贮藏保鲜。低温贮藏是利用自然低温或通过降低环境温度的方法，抑制菇体的新陈代谢和致腐微生物的活动，从而达到延长贮藏保鲜的目的。低温贮藏是常用的保鲜方法，分为冷藏和冰藏。冷藏常用冷库贮藏保鲜。冰藏利用冰块降低温度，达到保鲜目的。
（2）气调保鲜。气调保鲜的原理是通过适当降低氧气浓度和提高二氧化碳浓度，来抑制菇体新陈代谢及微生物活动。控制气体组成同时保持适宜的低温，可获得更好的保鲜效果。保鲜方法：将漂洗分级后的鲜菇，沥干水分装入塑料袋内，通过气调设备调整袋内气体组成，使氧气浓度降至2％，二氧化碳浓度保持在10％左右。在这种情况下，双孢菇的新陈代谢受到抑制，生长极为缓慢，开伞率低，菇体洁白。也可将双孢菇贮存于有一定透气性的塑料袋内，利用其自身的呼吸作用来降低氧气浓度，提高二氧化碳浓度。这种方法简单易行，但效果不如前者。
（3）薄膜包装保鲜技术。薄膜包装保鲜技术简称MA保鲜技术，是利用包装、覆被、薄膜内衬等方法，使鲜活农产品在改变了气体成分的小环境中贮藏，通过有机体的呼吸作用降低氧气和升高二氧化碳，达到抑制呼吸、乙烯产生和病菌的活动，延缓成熟和衰老。适合MA气调保鲜的双孢菇直径大小为3～4厘米。
（4）辐射保鲜。辐射保鲜一般采用γ射线照射鲜菇，从而减慢菇体生长开伞和其他代谢反应速度，抑制褐变及增强持水力，同时抑制或杀死病原微生物，达到保鲜目的。辐射保鲜是一种物理贮藏方法，与化学保鲜相比无化学残留物；与低温保鲜比，可以节省能源。辐射保鲜加工效率高，可以连续作业，适宜自动化生产，是一种具有广阔前景的保鲜方法。
（5）化学保鲜。化学保鲜就是采用一些符合食品卫生标准的适当浓度的化学药剂对双孢菇进行浸渍处理，从而达到保鲜的目的。通过化学保鲜药剂的作用，来控制微生物的生长，抑制菇体的呼吸作用，防止菇体发生褐变，并减缓双孢菇衰老的速度。化学保鲜法投资少、见效快、无须庞大设备、简便易行，近年来逐渐受到重视。化学保鲜法多用于短期贮藏或菇体的护色，可以缓解采收高峰期加工不及时的状况，还能降低鲜菇远距离运输造成的损失。化学保鲜所用溶液主要有0.6％的盐水、0.05％的稀盐酸和0.01％的焦亚硫酸钠。