根据双孢菇的生长阶段，将双孢菇生产中的主要病害分为发菌期病害和出菇期病害。
发菌期病害包括竞争性病害和生理性病害。竞争性病害如鬼伞、白色石膏霉、鱼籽菌、胡桃肉状菌、橄榄绿霉、木霉、青霉等。菌丝生长过程中由于培养料或环境条件不适而引起的病害称生理性病害，如播种后种块不萌发、种块萌发后不吃料、菌丝稀疏无力、发菌期退菌、覆土后菌丝不爬土、菌丝徒长等。
出菇期病害主要包括侵染性病害和生理性病害。侵染性病害是由于有害微生物的侵染而引起的病害，具有传染性。引起病害的微生物称为病原菌，根据病原菌种类可将侵染性病害分成真菌性病害（如湿泡病、干泡病、软腐病、萎蔫病、菇脚粗糙病等）、细菌性病害（如细菌性斑点病、姜黄斑点病、干腐病等）和病毒病害。蘑菇的生理性病害是指由于蘑菇生长环境条件不适或栽培措施不当等非生物因素作用，造成蘑菇正常生理代谢活动失调而发生的病害，也叫非侵染性病害。常见的是菌丝生长不良和子实体发育畸形，出现死菇、地雷菇、空柄白心、薄皮早开伞、硬开伞、丛生菇、鳞片菇、锈斑菇、红绿根菇、红色菌褶菇、畸形菇等现象。生理性病害只是由于条件不良而发生，因此不会发生传染，一旦条件适合，仍能正常生长发育。