为了不降低双孢菇的品质，子实体要在成熟前采收，而且采收一定要及时。适时采收对延长有效的货架寿命非常重要，否则菇体过大或开伞，质量降低甚至失去商品价值。同时会由于养分消耗，影响其他小菇的生长，转潮慢，产量下降。采收的时间可根据以下几个方面确定：
（1）大小。一般以菌盖直径在3～4厘米左右为宜。此时子实体大小适中，符合消费需求。必须在开伞前采收。
（2）颜色。颜色是辨别双孢菇新鲜程度的一个重要标志。一般正常子实体应为白色，如果发黄、发褐、发红，均说明已有变色反应，其变色程度与子实体衰老程度相符。
（3）菇体形状。菌盖大小应与菌柄长度协调，菌柄直径不能超过菌盖。菌柄长度应在1厘米以内，菌盖从正上方看时应为圆形，从侧面看时为中央略隆起的拱形。菇形应完整饱满，菌盖紧实，未软化，表面光滑无鳞片。子实体含水量正常。
（4）品种的影响。品种不同，其子实体表现也略有差异。如果为高产品种，因其在菇床上结菇量大，可在直径3厘米左右采摘，此时菇形圆整、色泽洁白、品质最佳且不易形成“团菇”。如果为小型品种，则应采得小，采得早，以免子实体开伞而降低质量。
（5）环境的影响。从菇床营养上看，如果料厚养分充足，可将菇体养的大一些，以得到菌柄粗、菇体大而结实的子实体；如果料薄营养差，且菇体容易开伞，不可将菇养得过大，以免开伞而降低质量。菇房的温度对菇的采收也有影响。采收时菇房温度在14℃～17℃时最好，这个温度比较适合双孢菇子实体的生长，也可抑制病虫害的繁殖。