子实体外观组织形态、色泽出现改变或部分改变的称作畸形菇。畸形菇的商品价值较低或完全没有价值，影响经济效益。常见的畸形菇有菌盖不规则型、小盖长柄型、小盖粗柄型、生瘤型等。
（1）菌盖不规则型。菌盖高低不平，形状不圆整。发生原因主要有：覆土过厚，粗土粒偏大，细土过多，土层过硬；土层长时间偏干；细土覆得过迟，结菇水过早过重；机械损伤、外力使子实体受挤压等。防治措施：覆土质量要好，土粒粗细要符合要求；覆土时间勿过迟，覆土后要及时调足水分；管理、采摘时要小心，防止机械损伤子实体。
（2）小盖长柄型。菌柄细长而菌盖很小，生长比例失调，菇体呈高脚细腰状。发生原因：菇房温度过高且通风不良，二氧化碳浓度超过0.3％；农药使用过量；菇房温度长期低于12℃或温差过大。防治措施：控制菇房温度在15℃～16℃，并注意经常通风换气，死角处要增开通风孔；子实体生长期尽量不使用农药。
（3）小盖粗柄型。菌柄特粗而菌盖很小，生长比例失调，菇体呈鼓槌状或罐子形状。发生原因：菇房温度长期低于12℃或温差过大，以及农药使用过量。防治措施：做好保温工作，勿使室温低于12℃；子实体生长期尽量避免使用农药。
（4）生瘤型。子实体表面产生瘤状突起，菌盖发红或变为其他颜色或菇体发红。发生原因：菇体受低温袭击；菇房用煤炉加温时，一氧化碳浓度过高；追肥不当或使用农药产生药害，菇体组织被灼伤。防治措施：用煤炉加温时，煤炉要设在菇房外，通过火道送热；科学追肥，合理使用农药；对受污染的覆土层要及时更换；控制好菇房内温度。