菇房中经常发生小菇萎缩、变黄，最后死亡，有时成批死亡。发生原因主要有：
（1）出菇过密，小菇过多，或者覆土后出菇前菌丝生长过快，出菇部位过高，由于营养供应不足，使大批菇蕾、幼菇死亡。
（2）在早秋或春末，菇房温度偏高，如果连续几天温度超过23℃，在超过子实体生长温度后，已经形成的小菇蕾非但不能积累养分而继续生长，反而将其中的养分向菌丝输送，导致菇蕾大批死亡。
（3）菇房通气不良，氧气不足，二氧化碳过多，加上室温高，新陈代谢过程中产生的热量和废气不能及时散发，大量菇蕾因缺氧而窒息死亡。
（4）菇房空气湿度高于95％，洒水后又不及时通风，菇体表面渍水，引起小菇窒息死亡。
（5）第一、第二批菇出菇较密，采菇时操作不慎，往往会损伤周围的小菇，导致其死亡。
（6）施用过量的农药也是导致大量死菇的原因之一。
（7）覆土层盐分偏高，或含有有害物质，以及喷洒过浓的肥水，也会导致菇蕾死亡。
（8）多种害虫的幼虫会将菌柄与菌丝的连接切断，导致菇蕾死亡，在春末季节出菇最容易发生这种情况。拔掉死菇，可以看到菌柄基部有大量白色菌蛆。
死菇的防治措施：
（1）合理安排生产季节，避免在高温季节出菇。春菇后期加强菇房管理，采用覆盖遮阴网等降温措施，防止高温袭击。
（2）出菇期要加强通风，防止高温、高湿、缺氧的状况发生。
（3）选择覆土要适宜，如覆土层不适，要换土。覆土调水阶段，要适时喷施结菇水，控制好结菇部位，避免出菇过密。
（4）气温高时要洒水降温，洒水后应立即通风换气，使菇体表面水分尽快蒸发掉，以免影响菇体呼吸。
（5）防治病虫杂菌时，避免用药过量造成药害。追施营养肥要适当。
（6）采菇时应注意方法，尽量不伤到周围的菌丝组织及菇蕾。