双孢菇原基形成和发育阶段比发菌期的呼吸作用更加旺盛，需要更多的氧气供应，所以，出菇期应加强通风管理。通风的主要目的是满足子实体发育对氧气的需要，排除二氧化碳，防止料温偏高。
通风换气和保温、保湿三者之间关系密切，相互影响，彼此制约，所以出菇管理中应协调好三者之间的关系。秋季出菇前期气温高，菌丝和子实体生长快，应加强通风，而且通风应在早晚气温较低时进行；秋季出菇后期气温降低，菌丝和子实体排出的二氧化碳和热量较少，应减少通风，而且通风一般在中午气温较高时进行。出菇期向子实体喷水后，会在菇体表面形成一层水膜，如果不及时进行通风会影响菇体表面水分的蒸发，从而影响从菌丝向子实体的输送，造成大面积死菇。所以，在喷水后要加强通风，也就是常说的“不打关门水”。为解决通风和保湿的矛盾，可以在门窗上悬挂潮湿的草帘，以防止干燥气流使菇体发黄或产生鳞片，降低产品品质。
子实体生长期理想的二氧化碳浓度是保持在0.06％以下，超过0.06％，会出现长柄小盖的畸形菇。超过0.5％，便会抑制原基形成和子实体生长，出菇明显减少，产量降低。有经验者，检查通风可以通过嗅觉进行判断，如果进入菇房就感觉与室外空气不一样，有闷气、不适或异味时应加强通风。