根据菌种的来源，一般把菌种分为母种、原种和栽培种三级。母种扩接制备原种、原种扩接制备栽培种的主要目的是为了实现菌种数量的扩大，以满足生产对菌种的需要，同时增加菌种对培养料的适应性。
（1）母种。又称一级种、试管种或斜面菌种，是采用纯种分离技术获得的、在含有琼脂的培养基上生长的具有结实能力的纯菌丝体。采用纯种分离获得的母种是最原始的菌种，一般称为零代母种（F0），将F0中的菌丝转接到新的斜面培养基上培养获得的母种称为一代母种（F1），将F1中的菌丝转接到新的斜面培养基上培养获得的母种称为二代母种（F2），依此类推。通过转管可以使菌种无限地转接下去，只要是转接到含有琼脂的培养基上培养获得的菌种都称为母种。不过，由于过多转接和培养，可能会使自发突变不断积累，导致菌种退化，所以生产中使用的母种转代次数不宜过多。母种主要用于接种原种和菌种保藏。
（2）原种。又称二级种，是将母种接种到粪草、棉籽壳或者麦粒培养基上培养获得的具有结实能力的菌丝体及培养基质。通常一支母种可以转接5～8瓶原种。原种可以用来接种栽培种，也可用于栽培。
（3）栽培种。又称三级种或生产种，是将原种接种到粪草、棉籽壳或者麦粒培养基上培养获得的具有结实能力的菌丝体及培养基质。通常一瓶原种可以接种30～50瓶栽培种。栽培种直接用于栽培，每平方米栽培面积用种1.5～2瓶。