菌种是双孢菇生产必备的生产资料，选用品质优良的菌种是保证双孢菇生产获得优质高产、高效的基础。优良的菌种应具有种性好、纯度高以及菌龄适宜等特征。
种性好，是要求菌种本身具有理想的遗传性状，这些指标有：子实体白色；菌盖光滑、圆整、顶部微凸；菌盖和菌柄呈合适的比例，符合审美要求；菇体结实，密度较大，菌盖与菌柄结合紧密，不易脱落；大小适中，菌盖直径在3～5厘米；对环境适应性强，高产稳产；对大多数病虫害具有高水平的抵抗能力；具有较长的货架寿命。
纯度高，是指菌种生产过程中严格按照操作规程进行，防治其他有害微生物（包括各种害虫及病原菌）的侵染，保证菌种中不隐藏任何有害生物。
菌龄适宜，是要求菌种在生活力最强的时间用于扩接下一级菌种或用于栽培生产。
如果没有优良的菌种，再好的栽培技术也不可能得到理想的经济效益；反之，如果有高产优质的良种，加上科学的生产管理，则可以达到事半功倍的效果。所以，育种和制种工作者应不断提高育种和制种技术，为广大菇农提供品质优良的菌种。
为了规范我国双孢菇菌种生产、经销和使用，确保双孢菇生产持续健康发展，我国制定了《GB19171.2003双孢菇菌种》的国家标准，菌种生产经营单位都应严格遵照该标准执行。
双孢菇产生的真正种子是孢子，但由于孢子是经过基因重组后的产物，后代与亲本相比可能会发生变异，而且孢子在贮藏一段时间后萌发率降低，所以，在双孢菇生产中一般不用孢子作为菌种。双孢菇菌丝片段具有很强的再生能力，所以栽培双孢菇和其他食用菌一样，一般采用菌丝体作为菌种。栽培双孢菇使用的菌种是人工培育的纯菌丝体及其培养基的混合体。我国采用三级扩大繁育程序（即母种、原种、栽培种）培育双孢菇菌种。