一切似乎都走入正轨，包括教堂的建造也在积极操办中。可米开朗琪罗突然抛弃了教皇所赠房屋，拒绝了克莱芒七世的俸金。1524年3月。他正经历着又一场充满沮丧的危机。尤利乌斯二世的继承人们不肯原谅他放弃了之前已经开始的工程，他们威胁着要追捕他，对他的不忠进行起诉。米开朗琪罗一想到这个官司就惊惶错乱。他认为他的对手们说的有道理，自己的确没有履行诺言，因而他觉得只要没有归还尤利乌斯二世所给的那份酬劳，就不可能去接受克莱芒七世的俸金。
“我工作不了，也活不下去。”他写道。1525年 4月19日，米开朗琪罗写给教皇的委托人吉奥瓦尼·斯皮纳的书信。他恳求教皇与尤利乌斯二世的继承人们进行交涉，帮助他归还自己欠他们的一切：
我将变卖一切，并做所有应该做的事情来进行偿还。
要么，允许他将全部精力投入到建造尤利乌斯二世的陵墓中去：
我盼望脱身于这个义务更胜于求生。
一想到克莱芒七世如果去世，他便将置身于敌人的追捕中，他绝望地哭泣着，就像个小孩：
如果教皇就此把我丢下，我则不能在这世上存活……我不知道该写什么，我脑中一片混乱……1525年10月24日，米开朗琪罗写给法图奇的书信。
而克莱芒七世并不认为艺术家的绝望有多么严重，他依然坚持要继续美第奇教堂的工程。米开朗琪罗的朋友们也根本不理解他的顾虑，并劝他不要拒绝俸金，让人取笑。其中一个狠狠地批评他，认为他考虑不当便行事，并请求他以后不要再陷在那些怪念头中。1524年3月22日，法图奇写给米开朗琪罗的书信。另一个给他写道：
别人说您拒绝了俸金，放弃了被赠的房屋，停止了工作：在我看来，这完全是疯狂的举动。我的朋友，我的伙伴，您让您的朋友占了便宜……所以，不要再管尤利乌斯二世陵墓的事情了，接受俸金：因为他们给您俸金是出于好意。1524年3月24日，利奥纳多·塞拉焦写给米开朗琪罗的书信。
可米开朗琪罗坚持己见。——于是教皇财政部抓住他的话柄，立即照做：他们取消俸金。这个可怜的人，立即陷入了绝境中，几个月后，被迫重新申请得到自己已经拒绝过的俸金。他先是小心翼翼地，羞怯地：
我亲爱的吉奥瓦尼，既然笔头总是比语言所能表达的更加大胆，所以我给您写这封信，说说这些日子里我几次都想跟您说但没有勇气明白说出来的事：我还能得到俸金吗？……如果我被确切告知再也拿不到俸金，我也不会改变自己的态度，我将一如既往地尽我所能为教皇服务：但最终我还是要安排好我自己的事情。1524年，米开朗琪罗写给吉奥瓦尼·斯皮纳的书信。
可是，被生活所困，他再次请求道：
仔细考虑一番后，我发现了教皇是多么重视圣洛伦佐这项工程。既然圣上本人同意给予我俸金，以便我更方便更快捷地为其服务，所以我改变了主意：我同意推迟而不是不接受这项工程。而且之前没有要求俸金的我，今天要求得到俸金，在此我无法一一赘述理由……您能否发给我俸金，并从下发那天开始算起……请告诉我您认为什么时候我领取俸金合适。1525年8月29日，米开朗琪罗写给吉奥瓦尼·斯皮纳的书信。
而对方想给他一个教训：对他的要求置若罔闻。两个月后，他还是什么也没有得到。他被迫接着再一次申请得到俸金。
他无比痛苦地工作着，忧虑阻碍了他的想象力，让他深深不满：
烦恼纠缠着我……一个人不能手上做着一件事情，脑子里却想着另一件事，尤其是雕塑这项工作。有人说，这是种刺激激励方式，但我要说这些都是恶性的刺激，只能让人后退。我已经有一年没有领到俸金了，我与苦难斗争着：我孤身在痛苦中奋战，那么多的烦心事，比艺术还让我操心。我连雇佣一个人服侍我的钱都没有。1525年10月24日，米开朗琪罗写给法图奇的书信。
克莱芒七世时不时被他所遭受的苦难所触动。他向米开朗琪罗深情表达自己的同情，向他表示自己会恩宠他，“直到自己死去”。1525年12月25日，皮埃·帕奥罗·玛尔兹代表克莱芒七世写给米开朗琪罗的书信。但美第奇家族那难以救治的轻率禀性又一次占了上风：他没有让米开朗琪罗减轻任何工作，反而给他添加新的负担——建造一座可笑的巨像，巨人头上要顶着一座钟楼，而胳膊上要托着一个壁炉。1525年10月到12月信件。参看《艺术大家》中《米开朗琪罗》一章，有综述谈到这件怪异的事情以及米开朗琪罗的计划。米开朗琪罗得花时间忙于进行这个奇怪的构思。他还得不断与工人、手工匠、车夫等人进行拉锯战，因为先驱宣传者提倡的一天八小时工作时间的观念影响了他们。1526年6月17日，米开朗琪罗写给法图奇的书信。
同时他家里也麻烦不断。他父亲年纪越大，人也变得愈来愈易怒，愈来愈不讲道理。有一天，他不管不顾地逃离佛罗伦萨，还指责说是他的儿子赶他走的。米开朗琪罗写下了下面这封让人钦佩的信：亨利·托德认为此信写于1521年左右。
最亲爱的父亲，昨天我非常惊讶地发现您不在家中。现在我听说，您对我不满，而且说是我把您赶出家的，我更加惊讶。从我生下来那刻到今天，我肯定我从没有故意生事，无论大事还是小事，让您不开心。我所承受的所有痛苦，都是出于对您的爱……我一直都是支持您的……不久前我还跟您说，我向您承诺会为您奉献我的一切精力，在我的有生之年：我再次向您保证。您这么快就忘记了，这让我震惊。三十年来，你们——您和您的儿子们让我遭受苦难，您知道我一直善待你们，尽我所能地善待你们，无论是精神上还是行动上。您怎么能去到处宣扬说我赶您走？您不知道您对我的名声造成了多大的影响吗？现在有这些烦心事，我什么也不缺了，而这些烦恼都是因为爱您才会有的！您真会报答我！……不过一切听天由命吧：我想说服自己，认为自己不断地给您带来耻辱和麻烦，如果是这样，我向您道歉，就算我真的这样做过。请原谅我吧，原谅我这个不好好生活、并给您带来了世上其他人所可能带来的麻烦的儿子。我再次请求您，原谅我这个可悲的人。但不要诬陷说我赶您走，因为我的名声比您想象的要重要，不管怎样，我都是您的儿子啊！
如此的爱和谦卑也只换来这位老人乖戾性格的片刻安宁。不久后，他又指责他儿子对其行窃。米开朗琪罗被逼至极，给他写道：
我不知道您到底想对我干什么。如果我活着对您是种负担，您用这种方法来摆脱我是再合适不过了，这样您马上就可以回到家，拿到您所认为在我手里的、开启财宝之门的钥匙。您这样做很对，因为谁都知道在佛罗伦萨您是个非常富有的人，我总是偷抢您的东西，我就该被惩罚：您将被大加颂扬！……说吧，喊给我听您想要的一切，但不要再给我写信了，因为您让我无法工作。您逼我提醒您二十五年来您在我这里得到的那一切。我本来不想说，但我最后不得不说！……要小心点……人只能死一次，死了就再也回不来弥补自己做出的不公正的举动。而您是等到快死的时候才肯忏悔。但愿上帝能保佑您！1523年6月书信。
这就是他在家人那里得到的帮助。
“忍耐吧！”他在一封写给朋友的信中叹息道，“但愿上帝不要把那使他不悦的事情迁移至我！”1526年6月17日，米开朗琪罗写给法图奇的书信。
他忧愁烦恼不断之时，工程也没有任何进展。当1527年的政治事件在意大利发生时，美第奇教堂一尊雕像也没有做好。同上一封信，提到一尊上尉军官雕像、四幅寓意雕刻的石棺及其圣母像已经开始动工。就这样，1520年到1527年这一阶段，只是在他前一阶段的失望和劳苦的基础上再添一把；这十年没有让米开朗琪罗感受到完成一件作品、实现一幅画作的快乐。
三绝望
Oilme， Oilme， chi’l’ son tradito...《诗集》，卷四九。
他对一切事物包括对自己的厌恶将他卷入1527年在佛罗伦萨爆发的革命战争。
米开朗琪罗处理政治事件的态度，与他在生活中和艺术上始终深受其害的态度一样，总是犹豫不决。他从来不能够很好协调自己的个人情感和对美第奇家族应尽的义务之间的关系。这位感情强烈暴躁的天才，从另一方面来看，行动上却十分胆怯。他不会冒险在政治和宗教领域内与强权争斗。从他的书信中，可以看出他为自己和家人担惊受怕，担心受到牵连，也否认自己在某些时候，一时出于义愤对专制举动所说过的过激的话。1512年9月书信。其中他指责美第奇联盟、帝国军队掠夺普拉托一事。他不停地给家人写信，提醒他们小心，并一听到风声就要秘密逃跑：
你们要像在瘟疫流行时期内一样，在第一时间内逃跑……生命比财富要更有价值……要与大家都和平共处，不要与人结怨，也不要相信任何人，除了上帝。不要谈论别人的好坏，因为谁也不知道事情最终会是什么样子。只要管好你们自己的事情……不要跟任何事情有所牵连。1512年9月，米开朗琪罗写给布奥纳罗托的书信。
他的兄弟们和朋友们都取笑他如此杞人忧天，觉得他疯了。“我不是你们所认为的疯子……”1515年9月，米开朗琪罗在写给布奥纳罗托的书信中说。
“不要笑我，”米开朗琪罗难过地回复，“谁都不应该取笑任何人。”1512年9月10日，米开朗琪罗写给布奥纳罗托的书信。
的确，这位伟大人物无休止的担心战栗不应该被取笑。我们其实应该同情他那脆弱的神经，它使他沦为惊惧的玩偶，他一直试图战胜它，但无论如何也无法主宰自己。当这种令其深感耻辱的病态发作后，他的第一反应便是逃跑，但更让人赞同的应对方式便是：强迫自己病怏怏的身体和思想来面对这危险。另外，他比其他人都更有理由担心，因为他更具智慧，他那消极的思想让他过于清楚地预见到了意大利的不幸。——但是，要使这样一个天性怯懦的人与佛罗伦萨革命有所瓜葛，就得让他处于极度的兴奋和绝望中，也只有这样才能揭示他灵魂的真实面目。
这个如此忧虑地自我反省的灵魂其实是个热情的共和党派。我们可以看到，在他自信而狂热的时刻，有时他会说出一些如火焰般炙热的话语，这尤其体现在后来他与其他人的谈话中。1545年。比如，与朋友路基·德勒·瑞奇奥，安东尼奥·皮特瑞奥，多纳多·吉阿诺提米开朗琪罗就是为多纳多·吉阿诺提创作了布鲁土司(罗马政治家，曾与卡休斯合谋刺杀恺撒，失败后自杀)的上身像。对话前几年，即1536年，亚历山大·德·美第奇被洛伦兹诺刺杀，洛伦兹诺也被当作另一个布鲁土司为后人颂扬。的谈话。多纳多·吉阿诺提还把两人的对话编入了《关于但丁神曲的谈话》中。这个谈话主要围绕但丁在地狱待了多少天，到底是从周五晚上到周六晚上还是从周四晚上到周日早上？他们求助于比任何人都更了解但丁作品的米开朗琪罗，于是展开了这个对话。但丁把布鲁土司和卡休斯放在地狱最后一层，而恺撒在他们之前，朋友们对此感到很惊讶。被询问的米开朗琪罗则替这两个诛戮暴君的人大加颂扬。
“如果你们认真读过第一部分，”他说道，“你们就会知道但丁对暴君的本性过于了解，以至于对于他们应受到上帝和人类的何种惩罚都深谙于心。他把这些暴君归类为‘残暴对待他人者’，并让他们在地狱第七层接受惩罚，把他们浸泡在沸腾的血液中……既然但丁意识到这一点，那他就不可能不知道恺撒曾经用专制统治国家，布鲁土司和卡休斯杀死他是正确的，因为杀死他的人杀的并不是人，而是杀死了一个具有人形的野兽。所有的暴君都丧失了任何其他人天生就能感受到的、对他人的爱，他们被剥夺了人类的爱：所以他们不再是人，而是野兽。他们对他人没有丁点的关爱，这本身就是证明：否则，他们不会抢夺属于别人的东西，也不会践踏着他人的脚掌，变成了暴君……所以很显然，既然刺杀暴君的人杀的不是人，而是野兽，那他的行为便不是谋杀行为。这样来说，布鲁土司和卡休斯杀了恺撒也不是犯罪。首先，因为根据法则，他们杀了一个每个罗马市民都想要杀掉的人。其次，因为他们杀的不是人，而是一头具有人形的野兽。”米开朗琪罗 (或者说是吉阿诺提，因为后者借米开朗琪罗之名说话) ，留意到暴君和世袭国王或王储之间的差别：“这里我说的不是那些拥有几世纪以来沿袭下来的权力、拥有人们拥护的亲王们，也不是那些完全按照人民意志进行统治的王储们……”