经过双方谈判，签订三项议和条约：一、荷兰放弃澎湖岛；二、中国允许与荷兰通商；三、荷兰人如果染指台湾，明朝政府可以不问。
明朝政府于收复澎湖后，为胜利所陶醉，没有派兵追击，福建当局又允许荷兰人到台湾进行贸易活动。这为荷兰侵占台湾提供了机会，结果使荷兰侵略军逐渐在台湾南部站稳了脚跟。
1624年9月初，荷兰人开始迁往台湾。
1624年10月25日，荷兰武装船队来到台湾大员港（今台南安平）。早在1622年7月荷兰入侵占澎湖时，荷兰舰队司令雷约兹就奉命到台湾大员港的海域和陆地进行过侦察和测量，也进行过一些商业贸易活动，为这次的侵台行动作好了准备。当时的大员外海共有11个岛屿，宽约半华里的台江口南航道以北，是北线尾、加老湾、隙仔港、海翁仙4个岛屿，台江口南航道以南是从一鲲鯓到七鲲鯓排列着7个岛屿，由北向南组成天然屏障，形成最阔处为6余里、长30余里、可以同时停泊千余艘船只的大型良港。此外，在北线尾北端的鹿耳屿和加老湾之间则是宽约1华里的鹿耳门水道，则是进入台江的主要航道。如果没有大潮的话，鹿耳门航道太浅，难于通过吃水较深的战船，因而易守难攻，具有较高的军事价值。
刚到大员，荷兰人装出一付可怜样，“我们只要借用一张牛皮大的地方就行了”，善良的中国人当然信以为真，以为荷兰人只是为停船上岸，所需地方不大，也就同意了。殖民者的狡诈骗过了单纯的中国人。殖民者眼中的一张牛皮大的地方有多大呢？荷兰殖民者首先占领一鲲鯓，即今天的台南安平一带，并且在大兴土木，修建“奥伦治城”。当地的中国人要求荷兰人承诺“一张牛皮大的地方”时，无耻的殖民者竟然把一张牛皮分割成很细的皮线，连接起来圈地，这就是“一张牛皮”。奥伦治城，后来改为荷兰的一个“州”，定名为“热兰遮城”，成为荷兰驻台湾的“总督府”。内城于1632年底完工，外城在2年后完工，它是建立在中国台湾的第一个外国侵略者的据点，这里成为荷兰人的行政中心，也是荷兰在东亚海域上惟一控制的贸易港。从此，荷兰人的势力范围开始从安平向外扩张开发掠夺台湾。
1624年，荷兰、西班牙两个殖民主义国家为了争夺台湾的统治权，发生了战争，荷兰人最终得胜，独占了整个台湾。
荷兰人迁到台湾安平后，开始考虑如何发展与中国的贸易，如何从澳门的葡萄牙人及马尼拉的西班牙人手中完全夺取中国贸易，从而垄断中国的海外贸易，掠夺台湾及至全中国的财富，是荷兰人的最终目标。
当时，荷兰人殖民者掠夺台湾的财富难以计算，他们疯狂掠夺台湾特产鹿皮、樟脑、槟榔、米和砂糖等丰富的物产。1638年，荷兰从中国台湾卖往日本的鹿皮就达15万张！
在掠夺台湾特产的同时，荷兰人还大搞转口贸易。荷兰殖民者派遣船只出没于中国沿海的浯屿、白坑、东枞、莆头、古雷、洪屿、沙州和甲兴之间，要求与明朝互市，又屡次侵犯厦门岛。
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互市，中国历史上中国王朝与外国或异族之间贸易的通称。
这时，荷兰人非常需要中国人作为翻译、中介和帮手。于是，李旦领导的海盗集团伙同荷兰商贾大肆开展海上走私活动，使东南沿海的明朝官员大伤脑筋。
在高峰年代，荷兰人每年从中国大陆运到中国台湾的商船超过百艘，从台湾输出的货物价值几百万荷兰盾。他们把台湾的米、砂糖、鹿皮和藤输往日本，甚至波斯。把从荷兰运来的金属、药材，从巴达维亚运来的香料、胡椒、琥珀、锡、铅、棉布、鸦片等，经由中国台湾输往中国大陆；再把中国大陆的生丝、瓷器、丝织品、黄金等货物，经台湾转口输往巴达维亚或欧洲地区。在这类不平等贸易中，荷兰从中国的大陆和台湾掠夺了巨额财富，同时通过对在中国台湾地区经商的中国、日本和南洋等地的商人，抽取高额税收，获取巨额利润。荷兰人从事的转口贸易，有着浓厚的殖民性质。
在荷兰殖民者统治的地区，种地要交租，狩猎、捕渔要办理许可证，人口要交人头税，殖民者疯狂掠夺当地的中国人。在今天的台南、嘉义等地，还有一些名为“王田”的村庄。“王田”是指荷兰人从高山族抢到的土地，再交给当地商人和地主承租。
“台湾真是荷属东印度公司的一头好奶牛！”当时一位荷兰总督称。在东印度公司在亚洲的25个商馆中，在中国台湾的荷兰殖民者上交的利益位居第二，占总利润的25.5%。 年均运回荷兰的财富达40万荷兰盾，相当于4吨黄金。在当时的生产力状况下，这无疑是天文数字！
澎湖的荷兰人被明军打败后撤往台湾后，曾试图直接联络与福建方面展开贸易谈判。
“我们不可能直接与你们荷兰人接触、谈判，也不可能与你们有正式的官方交往。你们不过是些和倭寇一类的外来强盗！”福建官方断然拒绝。
“目前，我们只有再次利用华裔海商李旦充当中介。”
于是，荷兰的台湾长官宋克立即委托华商领袖李旦以荷兰谈判代表身份前往中国交涉，争取福建当局发出的正式贸易许可证。
“我们希望在巴达维亚及台湾与中国开展贸易。”宋克在给福建总兵俞咨皋的信中写道。
“我明白你们的愿望，我会将这事转报在福州的巡抚会议处理。中国人可自由前往巴达维亚与你们通商，满足你们贸易的需要。”福建总兵俞咨皋敷衍地表示。
1624年11月14日，李旦从厦门返回台湾，向宋克报告了他和俞咨皋交涉的结果。他只是带回了俞咨皋的书信。
“俞咨皋完全没有提及可以在台湾贸易的事。他根本没有承诺我们可以在台湾贸易，他含糊其辞地表示我们可以在澎湖以外的地方进行贸易，他最终的目的不过是想利用你李旦把我们荷兰人骗离澎湖而不必动用武力！”荷兰的台湾长官宋克大失所望，他突然显得非常生气，冲着李旦吼道。“你在和俞咨皋合作愚弄我们！从中为自己渔利！”
“福建总兵俞咨皋好厉害，这个您好是知道的。前番您已经尝过他的苦头儿。他父亲就是抗倭名将，他是将门虎子，根本不把你们荷兰人和我们这些‘海寇’放在眼中。在他傲慢的威权压力下，我只能扮演唯唯诺诺的传话人角色，根本不能解决问题。希望您能够理解我。”李旦连忙替自己解释。
“你们中国人真是太狡猾了！”荷兰人对俞咨皋和李旦这些中国人的办事态度越来越明白，越来越不满了。
追随颜思齐反抗日本幕府败逃台湾
1624年2月8日，郑芝龙在澎湖协助明军有效地实施了声东击西之计后，趁机溜回了日本平户家中，并向李旦和平户大名松浦隆信报告了情况。
当时，日本处在德川幕府第三代将军德川家康的统治下，全国土地都被大小封建领主占为领地，百姓十分贫困。德川幕府为迅速恢复战后经济，竭力鼓励华人前往长崎做生意。幕府制订了吸引外商的优惠政策，促使中国沿海一带海商、船主不顾明廷的禁令，竞相与日本开始贸易。
然而，日本德川幕府政治黑暗，对国内下层人民和中国商人的税赋十分沉重，以致中国在日本的商人难以为生。郑芝龙伙同颜思齐、杨天生、陈衷纪（海澄人）等28名中国商人与处境艰难的日本人民相互同情，决定参与日本农民、町人的政治斗争，准备中秋上午起事，准备夺取长崎，联合推翻幕府的****统治。
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町人，日本江户时代对从事商人和工匠的称呼，主要是指商人，也指工匠。他们在江户幕府的士农工商的身份制度下处在最低的两级。
“皇天在上，厚土在下，我们二十八人从即日起愿结为生死弟兄，异姓同胞，有福同享，有难同当，永不负盟，特立此誓。若有负盟者，天神共诛！结义人：颜思齐、郑一官（即郑芝龙）、杨天生、陈衷纪……”明天启四年农历六月十五日（1624年7月29日），郑芝龙与颜思齐、杨天生、陈衷纪（海澄人）等二十八人拜盟为兄弟，众人公推颜思齐为盟主。
颜思齐（1589年——1625年），字振泉，漳州海澄县人。生性豪爽，仗义疏财，身材魁梧，精通武艺。明万历四十年（1612年），颜思齐遭官家欺辱，一怒之下，杀死了欺负他的官家仆人，逃亡到了日本。开始以裁缝为业，后来兼营中日间的海上贸易，数年后逐渐富裕。颜思齐与经常到平户(长崎)贸易的晋江船主杨天生结下了深厚的友谊，并结识了一批流寓日本从事海上冒险事业的闽南人。颜思齐广结豪杰，遐迩闻名，日本平户当局任命他为商业领袖。明天启四年（1624年）六月，颜思齐等因不满日本德川幕府的统治，密谋起事造反，领导了反抗日本幕府黑暗统治的斗争。
然而，盟员中的李英醉酒回家后一时失言，不慎走漏风声。这样，许芝龙、颜思齐等二十八个中国商人密谋参与日本人民推翻幕府统治的事情就泄露了，日本德川幕府就派兵搜捕他们。
大概在1624年9月份，颜思齐会齐郑芝龙等人，分乘十三艘船逃出日本。仓皇间，郑芝龙只好将身怀六甲的妻子田川氏留在了日本。
“我听说琉球（台湾旧称）为海上荒岛，势控东南，地肥饶可成霸业，如果我们先占领这块土地，然后侵略四方，则大业可成。”颜思齐、郑芝龙等人逃亡的船队行驶到九洲西海岸的外岛洲仔尾时，陈衷纪建议说。
“正合我们的心意。”颜思齐、郑芝龙等人众人纷纷表示赞同。
1624年10月5日（农历天启四年八月二十三日），颜思齐、郑芝龙等28人率船队抵达台湾，在笨港（今台湾云林县北港镇，位于台湾本岛西中部，在北港溪下游右岸，西距海岸、东距山麓地带均约16公里）靠岸。
上岸后，颜思齐带领众人以诸罗山为根据地，伐木垦荒，构筑寮寨，各寨设寨主，建立寮寨管理制度。
为了对付明朝朝廷和荷兰殖民主义者，颜思齐等人商议后派杨天生率船队赶赴中国大陆的漳州、泉州故里招募移民，扩大势力。一时间，闽南的亲戚故旧，为生活所迫，陆续前来投靠他们，前后共招来三千余人。
颜思齐将前来垦荒的中国人分成十寨，发给他们银两和耕牛、农具等，开始了台湾最早的大规模拓垦活动。
同时，颜思齐还积极组织海上捕鱼和岛上捕猎，发展山海经济，以解决移民生产和生活的物质需要。这些移民中不乏精熟航海技术、经商之道者和农业生产的能手。他们致力于开发山海，利用海上交通和海上资源，发展经济，安排群众生活。颜思齐挑选有航海经验的船民、渔民，以原有13艘大船进行海上贸易，解决岛上生产和生活必需的物资和资金。又在笨港东南的平野，搞市政建设，建设“井”字形的街道，分成九区，号称“首都”。中区筑大高台，为“开台王府”，东区设读书楼，西区立天妃祠，南区、北区仓库。
后来，颜思齐、郑芝龙等人带领大陆移民将垦荒地由诸罗山拓展到了今天的台湾嘉义市一带。
先后继承李旦、颜思齐在台事业 亦盗亦商
1625年4月底，郑芝龙一边支持着颜思齐在台湾的拓恳事业，一边带着李旦的海盗船开始活跃在台湾海峡东南沿海一带，开始了亦商亦盗的海上生涯。他一边经商，一边扩充部众，建造船只，使自己的实力迅速扩大。
“（4月）27日，星期天……突然首领一官（即郑芝龙），作为代表，后面跟着手执刀剑的铳手七八名，向我们寒暄。”一名荷兰船长在给荷兰舰队司令、第一任台湾长官宋克的信中报告说。
两个月后，在台湾的李旦在完成斡旋明军和荷军任务后向荷兰舰队司令宋克请领了出航许可证，于7月3日从台南大员启程返回到日本平户。
一个多月后的1925年8月12日，李旦在日本平户去世了。李旦死后，他的得力助手许心素便成为明朝官方和荷兰人之间的传话人。
李旦死后，他在台湾的产业和事业以此后逐渐被郑芝龙掌握。郑芝龙继续从大陆招募新的汉人到台湾，以壮大自己，制衡荷兰人。
1625年9月，荷兰人的第一任台湾长官宋克在台湾一次沉船意外中不幸丧生。
1625年农历九月，郑芝龙的结拜兄长、开发台湾的华商领袖颜思齐也病死于台湾。当时，他和部众到诸罗山捕猎，因豪饮暴食，不幸染上伤寒病。几天后竟一病不起，英年早逝，年仅三十七岁。死后被葬于今台湾嘉义县水上乡与中埔乡交界处的尖山山巅。
“我与你们共事二年，本本期望创建功业，扬中国声名。现在壮志未遂，中道夭折，你们要继续努力。”颜思齐临终，召见众人嘱咐说。
颜思齐死后被尊为“开台王”、“第一位开拓台湾的先锋”。《台湾通史》为台湾历史人物列传时，把颜思齐排在了第一位。颜思齐短暂而传奇的一生，在台湾发展史上写下了璀璨而亮丽的史页。他的开台业绩，受到后人世代缅怀。为表达对这位开台英雄的敬仰之情，人们在云林县北港缜兴建了“颜思齐先生开拓台湾登陆纪念碑”，在嘉义县新港乡妈祖宫前，兴建了“思齐阁”和“怀笨楼”。高达五层的“思齐阁”，金碧辉煌，游人不绝。妈祖宫内，当年颜思齐建筑营寨的蓝图，依然珍存至今，供后人凭吊。
1625年（天启五年）农历十二月，众人推举郑芝龙为盟主，继统颜思齐在台湾开创的事业，不断树旗招兵，下设参谋、总监军、督运监守、左右谋士等，统领各寨头目，建立了初具规模的郑氏地方统治政权。