宋朝中国东南沿海地区海盗猖獗的状况，实质上反映了中国商人反抗中央政府的剥削和压迫，渴望发展民间贸易的理想。中国长期以来奉行的中央一统、以农立国、压制商业发展和民间资本流动的政治经济模式，在宋朝开始出现了某种意义上的松动。越来越多的人，希望能够通过自己的努力，摆脱“靠天吃饭”的传统生存方式。因此，从宋朝以后，这样亦商亦盗、一边做生意一边抢钱财的海盗集团就逐渐兴盛起来，一直到明代，终于达到了中国历史上海盗活动的最高峰。
到了元朝末年，长达十年的战乱使泉州的海外交通贸易事业遭受到严重的破坏。明太祖朱元璋制定了“海禁”“祖训”，因此整个大明朝没有一个皇帝敢明令废除“海禁”“祖训”。当时，泉州的汉人曾掀起了一场“反色目人”的风潮，盛行大陆车马文化的明王朝严格施行“海禁”政策，闭关锁国，把千百年来逐渐创造起来的繁荣的海交贸易事业、航海业和造船业无情地给腰斩了，一时出现了历史的大倒退。当时，公开的海外交通贸易已经绝迹。但是，历代以来依靠海交贸易为生的东南沿海人民，天生一种敢于冒险敢于拼搏的性格，不少商人顶着朝廷的“禁海”之令私自出海贸易。明中期以后，特别是明末的天启、崇祯年间，海禁的“祖训”和各种有关诏令已如纸上空文。明末政治的腐败日甚一日，内忧外患接连不断，海禁政策日益废弛。天启时大宦官魏忠贤擅权，朝廷的主要精力在于应对辽东危机，对东南沿海的贸易秩序未做任何整饬。崇祯帝即位后，最关心的是国内的安定，对私人出海贸易并不太关心。当时的私人海外贸易已有一定的规模，他们不能公开出海，就使用各种办法偷偷地出海。明王朝的“海禁”政策不仅不能禁绝私人出海贸易，反而使官府失去了许多税收。因此，这种政策不但遭到海商和沿海百姓的反对，而且遭到许多开明官僚的反对。迫于国内外形势的变化和臣民的反对，崇祯帝即位后不久即放宽了“海禁”。当时，来中国朝贡贸易的国家已寥寥无几，而私人海外贸易的发展已呈现出不可阻遏之势，一时间涌现出许多海商集团。
和漳州一样，当时的许多泉州人都暗中从事出海贸易事业。泉州的优良海港安平(今称安海，宋朝时称石井津)在明朝嘉靖年间一直未被倭寇攻陷，故改名为安平镇。这里历代都是海商辈出的地方。
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色目人，即各色名目的外国人的意思，元朝对除蒙古以外的西北各族、西域以及欧洲各族人的概称，一切非蒙古、汉人、南人的都算是色目人，包括粟特人、吐蕃人等。在元朝的四个社会阶层之中，色目人的地位在蒙古人之下，在汉人和南人之上。元太祖成吉思汗西征时，色目人赛典赤·赡思丁(郑和的祖先)曾率领千骑迎降。元朝重用色目人，入居中原的色目人多高官厚禄，钜贾大贾。
郑芝龙的母亲黄氏就来自泉州著名的海商黄氏家族，后来在孙子郑成功起兵时曾资助他洋银十余万。
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洋银，是外国早期商贸银币在中国民间的一种简称。早在明朝中期，西班牙就已在它的殖民地墨西哥制造“本洋”银币，并流入中国。当时流入中国的有西班牙的“双柱”银币，有荷兰银元等。
郑芝龙的舅父黄程是个大海商，他经常往返于香山澳（即澳门）和日本等地，从事海外贸易。
郑芝龙的母亲黄氏后来又生下三个儿子：郑芝虎、郑鸿逵、郑芝豹。郑芝龙在兄弟四人中排行老大，因此也被人叫做“郑一”。
郑芝龙，原名国瑞，字飞黄（或称飞虹，飞虹将军），小名一官，在台湾开创基业时开始公开叫芝龙。他自幼聪明异常，能言善辩，活泼好动，却不喜欢读书，缺乏父爱。长大成人以后英俊潇洒，为人不拘一格，性情逸荡，身材魁梧，臂力过人，专好武术，喜欢舞枪弄棒，以勇力闻名乡里，受故乡海商文化的熏陶，尤其喜欢学习航海技能。在亲友中，他最羡慕的人就是他的舅父黄程。
澳门投亲 华丽变身Nicholas Iquan
“一官，好男儿志在四方。你们的父亲已经去世，他当了一辈子的库吏，谨小慎微，没有多大出息。你们弟兄已经长大成人，我希望你们再不要你们的父亲一样虚度年华，你就带着弟弟芝虎、芝豹前往香山澳(澳门)去投奔你的舅父吧。跟着舅父，你们一定会学到经商的各种知识，一定会有好的前程。”天启元年(公元1621年)，郑芝龙的父亲郑绍祖去世，十八岁的郑芝龙奉母命带着弟弟郑芝虎、郑芝豹赶赴广东香山澳去投奔舅父黄程。
“我正需要帮手，你们就跟着我学习海上贸易吧。”不久，黄程见到前来投奔自己的三个外甥，分外高兴。
“如今的澳门已经被葡萄牙占领，不少福建老乡都在这里与葡萄牙人做买卖。在激烈的商业竞争和利益角逐中，除了要学习海上航海技能，你们要先学习外文，才能学会与葡萄牙人做买卖哪！”黄程语重心长地叮嘱郑芝龙兄弟。
郑芝龙是一个有心人，他利用一切学习机会学习外文，很快就学会了些卢西塔语和葡萄牙文。
黄程打心眼儿里喜欢这个聪明机灵的外甥，曾经带着郑芝龙到过位于吕宋岛马尼拉湾的东岸马尼拉。
“你应该接受洋人的宗教，这样更利于取得他们的信任和好感，这非常有利于和他们打交道、做生意。”
在舅父的指引下，郑芝龙毫不犹豫地接受了天主教的洗礼，教名Nicolas，他被交往的西洋人称作Nicholas Iquan（尼古拉·一官）。
郑芝龙不但接受了罗马公教洗礼，同时还信仰海神妈祖与道教、佛教。后来，他在日本还信仰摩利支天菩萨，参拜过日本神道的八幡神。
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摩利支天菩萨，梵文中摩利支天这个词是Maricideva，Marici音译为摩利支，而后面的deva是古印度对于天的称法也叫提婆，在唐朝不空金刚翻译的《佛说摩利支天陀罗尼经》中Maricideva被音译为摩利支天，在大藏经中对《佛说摩利支天陀罗尼经》的翻译也是摩利支天。摩利支天是隐身和消灾的保护神。此天威力极大，上管三十六天罡星，下管七十二地煞星，二十八宿皆为此天所管。摩利支天被称为战神，有护身、隐身、得财、诤论胜利等功德。由唐朝传入日本后，摩利支天被称为阳炎之女神，日本的武士相信摩利支天能够给他们带来武运，战无不胜。日本忍者由于经常进行密教修练，也将摩利支天作为自己的守护本尊。更重要的是因为摩利支天能够隐形，连天界的众多神明也看不到她的身影，所以修行隐身术的忍者都使用密教中的一个关于她的摩利支天咒和手印（摩利支天隐形印）。
在舅父黄程的指导下，郑芝龙表现出超强的适应能力。他非常渴望自己能够尽快融入葡萄牙人的社会。他明白，信仰不一定要发自内心，但为了生存、发展，不得不学会演戏。
像许多闽南人一样，年轻而富有才学的郑芝龙非常渴望能到向海外更广阔的地方去发财。
天启元年(公元1621年)，18岁的郑芝龙终于等来了机会。
“一官，你聪明能干，舅父很看好你。如今我有一批货物要运到日本平户，你就替我走一趟吧！”受舅父黄程委托，郑芝龙搭乘泉州同乡东南亚大海商李旦的船替舅父从香山澳往日本平户藩押送一批白糖、奇楠、麝香、鹿皮等货物。
平户发迹——华侨明星事业婚姻双丰收
日本肥前国的平户藩是日本的南大门，平户地处九州的西北部，是西九州离东亚海岸最近的地方，属地长崎港距上海860公里，属地对马岛距韩国釜山仅有53公里，有利于发展商业和贸易。9世纪初，日本佛教高僧弘法大师空海(774—835)以及众多日本“遣唐使”就是从平户附近出海远赴唐朝都城长安的，他们掀起了日本学习中华唐朝文明的风潮。10世纪后，与日本天皇有血源关系的松浦家族开始统治平户。松浦家族盘据在今日本长崎县北部的地方，是平安时代（794–1185）到战国时代（1467–1615）以水军著名的武士集团。
10个世纪以来，平户一直是日本和亚洲大陆以及世界的交流的门户，也是日本大航海时代的海盗码头。日本战国时代（1467–1615），平户藩的松浦家族借着平户的地理优势，积极发展同中国大陆、东南亚和葡萄牙、荷兰等欧洲国家之间的贸易。在从事对外贸易的同时，松浦家族也豢养了大批海上强盗。
13世纪，元世祖忽必烈发动文永之役及弘安之役，两次挥师东渡攻打岛国日本，他们侵略了松浦家族的领地。而松浦家族借助“神风”的力量与后来修筑的海滨防卫工事，两次击退了来自中国元朝的侵略征服。
为了报复中国元朝的侵略，松浦家族的武士集团开始对元朝的附属国朝鲜半岛沿海进行掠夺。因为松浦家族的武士集团来自平户藩掌控的对马岛、壹岐岛、平户岛，所以他们被朝鲜称为“三岛倭寇”。
在日本南北朝时代（1336–1392），松浦家族所支持的南朝长期居于下风，经济上被势力较强的北朝所压制，本来对朝鲜政治上的报复劫掠，就转变成对对朝鲜与中国沿海的纯粹经济性的掠夺，对实施海禁的明朝中国沿海边防造成了极大的威胁，中国称这股来自日本的外患为“倭寇”。侵华倭寇大多是日本九州人，又以萨摩（今日本鹿儿岛县）、肥后（今日本熊本县）、平户（今日本长崎县）人居多。骷髅旗是西方海盗的旗帜，而飘扬在日本海峡上的“八幡大菩萨”旗则是日本海盗的旗帜。
后来，南朝被北朝统一以后，日本进入了室町幕府时代（1336–1573），由于二代幕府将军足利义满开始向明朝示好，以求发展勘合贸易，就开始严格取缔海盗行为。松浦家族因此专注于发展勘合贸易。
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勘合贸易，也称“贡舶贸易”，是明代外国来华进行朝贡贸易的一种称呼。明朝开国时实行海禁政策，只允许外国与明朝廷进行有时间、地点规定的朝贡贸易。外国商船载着贡品及各自国家的方物土产来华，明朝朝廷收取贡品、购下方物后，然以“国赐”形式回酬外商所需的中国物品。各国的贡期有的定为3年，有的定为5年。对日本则规定10年一贡。贡舶必须持有明廷事先所颁“勘合”（执照签证）。明朝的勘合贸易使海禁后还有官方主持的海外贸易窗口可以维持，但这种不公平狭窄的贸易严重阻碍了中国与其他国家商品交流的扩大和国内工商业的发展。由于从事海上贸易获利巨大，仅允许勘合贸易的做法从反而刺激了民间走私和海盗活动，成了“倭患”加剧的部分原因。在朝野内外越来越大的反对压力下，明朝中期放松了海禁，此后私人海外贸易一度成为主流。
后来，日本室町幕府的威信日趋低落，国内政治斗争纷起。
公元1523年（明朝嘉靖二年、日本室町时代的大永三年），宁波之乱（也称争贡之役、明州之乱、宗设之乱）的发生直接导致明朝与日本的贸易途径断绝，倭寇滋生，为后来的“东南倭祸”埋下了伏笔。当时，日本大内氏和细川氏势力各自派遣对明朝的贸易使团来华贸易，两个日本商团在抵达浙江宁波后因为勘合真伪之辩而引发冲突，在浙江宁波爆发了武力杀戮事件。大内氏代表宗设沿路烧杀抢掳，对当地居民造成很大损害，追击的备倭都指挥刘锦、千户张镗等明朝官兵被倭寇杀死。宁波之乱直接导致明朝政府废除了福建、浙江市舶司，仅留下广东市舶司这一处对外贸易窗口。1529年，明朝政府废除宁波市舶司大监。1536年（日本天文5年）大内义隆重启了明日贸易。1551年（日本天文20年）大内义隆的家臣陶晴贤谋反成功后，明日贸易开始转移到宁波近海的双屿或是船山诸岛进行私下贸易、走私贸易，沿海豪族、官员和商人相互勾结，逐渐演变出规模庞大的走私集团，从此，中日贸易进入后期倭寇时代。
在这种背景下，松浦家族再度铤而走险，重操走私、海盗旧业。松浦家族招募明朝沿海不满政府海禁政策的人，开放平户城作为******，让各国船队自由进出，大力赞助日本和明朝之间的走私贸易及对中国沿海的劫掠行为。
在日本战国时代（1467——1615），松浦家族是以肥前国南、北松浦郡为中心活跃的豪族。平户松浦家族领导的水军和熊本、萨摩的步兵一样鼎鼎有名。平户藩不但以水军著称，而且是倭寇的发源地和大本营。平户藩的藩厅位于平户城(今日本的长崎县平户市)。
当时，松浦家族的松浦隆信（1529年——1599年，日本战国时代肥前国的大名，松浦氏的第25代家督，松浦兴信之子，法名道可）在继任家督后，在对待对外贸易和领内布教上表现得很积极，他大力发展平户港的贸易，使得松浦家得到空前的发展。因为拥有地理位置相当优越的贸易港，平户的松浦家族具有很强的经济实力。松浦隆信直接组织、领导了日本的倭寇行动。也正是此，松浦家一直受到临近的有马、大村、龙造寺家的垂涎。松浦隆信借助高超的政治和外交手段，通好大友、大内等大大名，通过与周围领主抗争、婚姻等策略，松浦家开始走向繁荣期。在征服了肥前国北部及壱岐国后，松浦隆信成为了一位大名。