徐道覆率领一支水军从始兴出发，经豫章也进入了长江。
卢循和徐道覆联袂东下，百里之内，舟船不绝，戍卒十万，舳舻千计。
“妈呀！义军旌旗招展，船舰蔽天，声势浩大，如果抵抗，恐怕死无葬身之地。我们还是赶快逃跑吧！”晋军各地守军纷纷望风而逃。
“兵来将挡，水来土掩！”东晋镇南将军、江州刺史何无忌自浔阳(今江西九江)率兵前往豫章长江水域与义军交战。
徐道覆乘西风大起之时，命数百弓箭手向西岸射击何无忌的坐船。义军的船队被西风压向东岸，浩浩荡荡的义军以大舰相逼，晋军见状纷纷溃逃，何无忌在乱军之中被杀死，这场战役令建康震惊无比。
这时，后秦降将苟林也接受卢循的命令，攻击江陵(今湖北江陵)。
而卢循与徐道覆率领起义大军直逼建康，进抵淮口。
东晋朝廷见状不妙，急忙召回刘裕。
刘裕日夜兼程，赶到下邳(今江苏雎宁西北)时，因船载辎重行动缓慢，果断的刘裕就自率数十名亲兵先行赶回了建康。
“如今，趁刘裕还未赶回来，我们应该立即乘胜直取建康！”
“建康易守难攻，还是不要冒然进攻的好。”在这样极为有利的形势下，卢循却犯了他一生中最大的一个错误。他没有听从徐道覆的建议，而是将船停泊于江中，按兵不动，以致贻误战机。
刘裕一返回建康，迅速回师展开反攻。
义军先前被刘裕打得稀里哗啦，听说刘裕回来了，恐慌不已。
卢循知道攻取建康的目标已经落空，只好率军退驻浔阳，只留范崇民率领5000兵卒把守南陵(今安徽宣城西)。
刘裕一面派兵追击义军，一面派建威将军孙季高率领3000水军沿海南下，从海上攻袭番禺。
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古时所称的“番禺”城通常是指今天的广州中心老城区，而非现在的广州市中南部的番禺区。
由于卢循在内陆冒进过远，忽略了广州的防守，以致广州很快落入了官兵之手。失去了根据地，卢循的义军开始军心不稳，在军事上陷入了完全被动的境地。
义熙六年(公元410年)十二月，卢循、徐道覆合军再次联袂东下，集合了一万多人的水军与刘裕军大战于大雷(今安徽望江县西岸)。
刘裕以轻舟强弩进攻，并借风纵火，停泊在西岸的义军舰队开始大溃败，战舰大多被烧毁。
卢循败走浔阳，准备返回豫章，构筑水栅切断鄱阳湖口作为退路。
刘裕攻破水栅后，义军与刘裕展开苦战，死伤万余人，战舰被刘裕率军纵火烧毁，残部仅剩余数干人，只得再一次向南撤退。
义熙七年(公元411年)二月，刘裕的部将攻破始兴，徐道覆战败牺牲。
三月，卢循撤退到广州，但广州已经在年前被晋军攻占，卢循为了夺回根据地，屡次进攻都遭遇失败，累计又战死数万人。
卢循只好率领义军进行军事转移，北上广西。途经苍捂、郁林、宁浦等地时，又屡次遭到官兵的阻击。
为了避开官兵的阻拦，卢循又挥师南下合浦。
四月，卢循率领起义军退至交州(今雷州半岛境内)，卢循战败后，投水自杀。
孙恩、卢循的海上大起义自公元399年始，至公元411年以失败告终。他们以海岛为根据地，经常以数十万人之众乘大海船航行于海上，展开军事活动。纵横东南沿海一带以及长江下游长达12年之久。前后造过战舰数万艘，小船不计其数。而西方的大海盗保罗·琼斯、贝利维夫人只有几艘船的规模，就连拥有“海盗海岸”之称的查瓦锡姆部落海盗集团，最鼎盛的时期也不过只拥有63艘大船和810艘稍小一些的船只，总共有水手19000人。这与中国东晋时期的孙恩、卢循，以及元代的方国珍、明代中叶的王直和明末的郑氏集团等动辄便是千艘大船、十余万部众相比，简直是小巫见大巫。
孙恩、卢循的海上起义虽然失败了，但是他们英勇奋斗、坚强不屈、不怕牺牲的精神，他们的航海技术和雄壮威武的战舰实力，都在历史上留下了难以磨灭的印记。
义军所到之地，占领世族地主的田庄，杀死了许多鱼肉百姓的官僚地主。东晋的门阀世族经过这次冲击之后，实际上已经丧失了政治上的统治地位，不得不把权力转交给以刘裕为代表的并非是门阀世族出身的将领。
宋武帝刘裕（363年4月16日——422年6月26日）后来成为南北朝时期刘宋王朝的开国皇帝，公元420——422年在位。他于隆安三年(399年)参军起义，在不到二十年的时间里，对内平息战乱，先后击败了孙恩、卢循的海上起义，消灭了桓玄、刘毅等军事集团；对外致力于北伐，取巴蜀、伐南燕、灭后秦。
刘裕等新贵族慑于孙恩、卢循起义的巨大影响，不得不减轻了对农民的压迫与剥削。他在称帝前后进行一系列的改革措施，改善了政治和社会状况，为元嘉之治打下了坚实的基础。因此在南朝的早期，农民的生活水平有了一定改善和提高。这都是孙恩、卢循掀起的这场波澜壮阔的海上大起义的革命余荫所赐。
亦商亦盗亦官的传奇海王郑芝龙
他是民族英雄郑成功的父亲，他台湾郑氏王朝的开创者，他的一生亦商亦盗亦官，他本想做一个本分的海商，却受时势的逼迫，不得不当起了海盗。他虽为海盗，却盗亦有道，他杀富济贫，并不侵扰地方贫苦百姓，他曾带领部分海商和大量东南沿海的贫民移民台湾，为了生存，他建立起大规模的武装船队，他专与各国殖民主义者、官府、富豪过不去，他向途经各国商船收取保护费，崛起于海上，扬威于域外，他一手建立起当时亚洲区域内实力最强大的海上王国，明清两朝都对他毫无办法，只能小心招抚，封侯拜爵。他备受日本、东南亚各国及至欧洲各个海上强国的赞颂……通过郑芝龙，是了解中国历史上的海盗活动的最好途径，是了解明朝这个中国历史上海盗活动最高峰时期的海盗活动的最好途径。
痴迷航海和武术的海港骄子
明朝万历三十二年(公元1604年)，一个名叫“一官”的男孩儿在福建泉州府南安县安平镇的家中哇哇坠地。他在台湾事业初具规模时就改名叫郑芝龙，是家中的第一个儿子，他的父亲郑绍祖是福建泉州府太守蔡善继的库吏，他的母亲黄氏则出身于当地的一个海商家庭。
这个名叫“一官”的男孩儿长大成人以后建立了一个令世界瞩目的东亚海上帝国。在明清两朝，郑芝龙海商集团的势力最大，资本最为雄厚，他几乎完全控制了中国东南沿海的私人贸易，在当时的海商集团中，他坚持的时间最长，并最终扫灭群雄，他的历史影响也最为深远显赫。
郑芝龙之所以能够成长为中国历史上的海盗王，创造中国历史上的海盗之最，这与中国东南沿海的民间对外贸易传统和海盗传统，特别是与他的故乡泉州的民间贸易传统和海盗传统密不可分。
早在宋朝时期，中国社会的经济重心已经全面南移，东南沿海成为了全国最富庶的地区。随着东南沿海地区工商业的发展和商业经济的繁荣，对外贸易也有了新的发展。海外贸易事关国计，宋王朝为了增加朝廷的财政收入，十分重视海外贸易，甚至由皇帝亲自过问。北宋第二任皇帝宋太宗认为市舶所带来的巨大利益，对于国家的财政收入有着相当大的帮助，应当继续设立市舶司和市舶务，以发展海上的贸易。北宋初年，先后于广东广州、浙江杭州和明州(今浙江宁波)、福建泉州、山东密州板桥镇(今山东胶县境)、江苏秀州华亭(今上海松江一带)等通商口岸设立了市舶司或市舶务。南宋时，又增设了温州和江阴两处市舶务。在京城杭州设怀远驿，在明州、温州设来远驿，招徕外国商人，鼓励他们前来通商；同时，还在广州和泉州专辟“番坊”、让外国商人居住，借以促进海外贸易。
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市舶司掌管互市贸易，是中国古代管理对外贸易的机关。唐朝对外开放，早在唐玄宗开元间(713～741)，广州就开设了市舶使，一般由宦官担任，是为市舶司前身。唐朝时，广州等城市成了外商来货贸易的重要通商口岸，国家在此设市舶司，或特派，或由所在节度使兼任。市舶司始于唐，盛于宋，至明未逐渐萎缩。清朝时设海关而废市舶司。
宋朝时，虽然市舶司在发展海外贸易、开辟海上交通航线方面都做出了巨大的贡献，但是市舶司全面垄断了海外贸易，给予民间商业资本回旋的余地非常少。按照规定：中国商船要出海对外贸易，必须先向市舶司申请、具保，获得凭券，方可放行。而外国商船到达港口，也必须向市舶司报告，接受检查，并“抽解”十分之一的货物作为进口税。市舶司还负责收买外来商品，属于“禁榷”的货物全部收购，其余货物部分收购。市舶司“抽解”与收购的货物，统统送缴朝廷。通过这种方法实现政府对对外贸易的垄断。
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禁榷(jìn què)，中国古代政府对某些商品实行专卖，限制民间商业贸易，借以扩大财政收入的一种方法。宋代财政匮乏，禁榷是其获取财政收入的重要方法之一。禁榷的范围一般包括盐、酒、茶等，关于这三者的律法也最为重要和完备。宋代还把矾、铁、煤等列入禁榷物品。
在宋朝，由于海外贸易利益诱人，各阶层竞相投身于海外贸易活动。有不少大官僚经营海外贸易。南宋大将张俊曾以钱百万为资本，令其士卒从事海外贸易，获得巨大商利。在宋末，官至福建行省安抚沿海都制置使兼泉州市舶司提举的蒲寿庚，掌管泉州市舶司二十年，与其兄寿窟兼营商业，拥有多艘海船，操纵海外贸易。他们利用官职权势经营海外贸易，成为当时的官商。其次，衙役、胥吏与赴试士人也有不少人参与到海上贸易中来。由于士人中想出洋的人很多，因此宋王朝统治者曾经下令禁止州县有学籍者，过海经商。宋朝时致力于出海对外贸易的人主要有两类：一类是“富亲大姓”，他们拥有丰厚的财力，同时又和官场有很密切的联系，有的本人就是官商。还有一群人就是商人和拥有海船的船户，他们致力于海外交通贸易，是真正的海商。
随着东南沿海地区工商业和海上交通贸易的大发展，宋朝的海商阶层经济实力日益壮大。由于海商所从事的海外贸易是民间的自由贸易，它不可避免地会与宋王朝市舶司的贡市贸易和官商贸易发生矛盾和斗争，因而会遭到官府的限制与禁止。在这种情况下，不少商人被官府逼迫，铤而走险，加入了海上武装贸易活动的行列，成为了大海盗。白天，他们是笑容可掬、恭谦礼让的商人。夜晚，他们则成了蒙上面纱、身着夜行衣打家劫舍的盗匪。他们既是海盗，又是海商。他们的船，既是海盗的母舰，又是商船。大海对他们来说，既是战场，又是市场。海盗的亦商亦盗，宋朝已经开始。
一时间，工商业发达、商品经济繁荣的东南沿海地区成为海盗最为猖獗的地方。当时，泉州与广州都是对外交通贸易的重要港口城市，中外商船穿梭往来，闽、粤沿海一带因而成为海商与海盗活动的中心海域。海盗的抢劫猖獗被官府视为“海道之害”。为了对付海盗，宋朝廷想了很多对策，如由官军组成了海上讨伐军，封锁海界以断绝海盗与陆上的联系。但是海盗活动却屡禁不止，愈演愈烈。根本原因在于当地居民和海盗形成了互利关系。正是由于当地居民的资助、保护，海盗们才有实力去跟官府对抗。有些地区，由于官府剥削得太厉害，甚至出现了家族内鼓励年轻人去当海盗寻找出路的事例。其中，福州山门、潮州沙尾、广州大奥山等地，都出现过类似的事情。这些沿海地区的百姓，不仅拿出家中的好吃好喝的欢迎海盗，甚至还乐于充当海盗的耳目。官兵还未直到，海盗们往往已经得到消息，事先离开了。当时，福建与两广海滨的村民与海盗之间的关系非常密切，他们不但为海盗充当耳目，还与海盗们做生意，有时还直接参与抢劫船货的行动。广南、福建路多有海寇活动。不过，宋朝福建海盗所抢掠的都是沿海乡镇富豪的财物、粮食以及外国海舡、市舶司“上供宝货”，并没有侵犯沿海人民。正因为如此，当地居民都乐于同海盗互利合作。
这样，宋朝时东南沿海一带的民间海上自由贸易随之兴起了。在福建泉州郡城外围的石井津，即安海港及附近港澳，海上的民间自由贸易活动十分活跃。安海港在泉州郡城南三十里处，位于金门围头海湾腹里。唐朝时就已形成港口，当地居民多从事海上交通贸易。由于进出安海港澳的海船很多，需要导航，因此从安海至围头数十里海岸建造了七座灯塔。由此可见当时海上交通贸易的盛况。到了宋朝，安海的港市更加繁荣，港澳进出海船千帆百舸，客商云集，国货、洋货堆积如山，市场交易极为繁盛。安海全盛时，东有旧市，西有新市。因竟利而后设市镇，市曰安海市，镇曰安海镇。直街曲巷中贸易店肆约有干余座。从海上进入安海港的船舶，称为“客船”、“客舟”，即外地商船，其中包括“番舶”(外国商船)。安海港市全盛时，海舶进出频繁，州官派遣税吏驻港征税。而海盗从事海上商业活动，是不会向官府纳税的。他们为了避开官府的干扰和税收，将船停泊于安海港外澳围头。围头澳由此成为海盗们进行海上贸易活动的据点。就这样，海上民间的自由贸易在福建沿海一带悄然兴起。海盗们亦商亦盗的活动给围头居民带来了可观的经济利益，因此“贼船”入港贸易，颇受当地居民的欢迎。