在三百年的“黑暗时代”里，希腊人在黑暗中摸索着走向文明。后人对这一时代的了解主要是通过荷马史诗《伊利亚特》和《奥德赛》，所以这一时期也叫做“荷马时代”。荷马在他的《奥德赛》一书和其他诗歌中，把克里特人描写成了臭名昭著的海盗。克里特岛扼居希腊和地中海东部国家之间的海上通道，是古希腊时期最早的海盗聚居地。为了抢掠奴隶，多利安人洗劫了希腊克里特岛的海岸，摧毁了克里特岛上弥诺斯文明残存的遗迹。当时，入侵的多利安人以克里特岛为基地，对整个爱琴海地区进行轮番洗劫。多利安人将克里特岛上的基多尼亚和伊柳塞拉等城市变成了买卖奴隶的繁荣市场。这些奴隶大多是多利安海盗在四处劫掠中俘获的妇女和儿童，他们被买卖或作为掠夺品进行交换。到了公元前5世纪，雅典崛起后，克里特海盗的势力终于得到遏制。到了公元前2世纪末，罗德人清扫了克里特岛上的海盗基地，希腊人才摆脱了克里特海盗不断制造的悲剧。
萨摩斯海盗也闻名于古希腊。在爱琴海其他岛屿的更北部，或大陆上的边远城镇，因为萨摩斯海盗们在那里建立了巢穴而臭名昭著。一开始，萨摩斯人被入侵者赶出岛屿，被迫移居到米卡利，最终变成了海盗。
萨摩斯人在波利克拉特斯的领导下，集中力量对付岛国米利都。波利克拉特斯于公元前535年通过屠杀许多装甲步兵阶层的公民，并求助于利格达米斯军队确立了自己的位置，他又召集一支雇佣军队，协助他的一千名萨摩斯弓箭手，臣服了一些邻邦，又装备了一支一百名左右的士兵和四十艘三层桨战船的船队。此时小亚细亚海岸的希腊城和埃及王国正处于波斯征服的混乱中，波利克拉特斯的舰队占领了爱琴海东部地区，透过浑水摸鱼和大面积偷袭，他很顺利地便达到目的。他袭击米利都并打败了莱斯伯斯的舰队，他先与埃及，后又与波斯交好，并且他挡住了斯巴达和科林斯的攻击。如同庇西特拉图，他把罗尼亚敬献给提洛岛的阿波罗以此影响爱奥尼亚的统治者，他也吸引了许多爱奥尼亚的诗人到他的宫廷。他为运河修建了一条著名的隧道，为港口修筑了防波堤，并完成了赫拉神庙的最后部分，所有这三个部分比希腊其他的工程在规模上都要大。这些及其他工程很可能都由被强迫的劳工、奴隶、被捉住的人或自由民完成。波利克拉特斯使用强硬的手段来维持他的统治。他杀害了一个兄弟，又驱逐了另一个名叫莎罗松的政敌。当他派四十艘三层桨战船去援助冈比西斯时，他从一些不满者中招募水手，并让冈比西斯留住他们。当他们转回来攻打他的时候，他让他的萨摩斯士兵按兵不动，却把反叛者的妻子和孩子集中在船棚里，起义假如发生，这些人将被烧死。他的野心没有满足的时候。他计划与奥龙特斯总督勾结，建立一个海上帝国，包括岛屿及爱奥尼亚。但他的野心导致了他的死亡。奥龙特斯把他骗进宫，杀了他，并把他的尸体挂在一个十字架上。波利克拉特斯以“其他希腊独裁者无法比拟的性格”给希罗多德留下深刻的印象。他的经历显示了一个无情的人透过剥削繁荣海上城邦积累的财富所能达到的成就。他的成功很大部分是源于波斯消灭了许多他的对抗者，而这一力量最终也消灭了他。他透过劫掠发财，他的受害者也如此回敬他。他的对外政策中断后，他没能建立一个新的城邦以取代旧的。由于很多萨摩斯人被处决或被流放了，波利克拉特斯利用每一种形式的人力，雇佣军、市民、外邦人或奴隶以建立一支心腹队伍，他们比效忠于城邦来说更效忠于他们的雇主。大量的萨摩斯人，以四十支三层桨战船水手为目的，都在流放中。他们走到哪里都不受欢迎。他们劫掠锡弗诺斯，勒索钱币，从阿尔戈利斯半岛抢得伊德里亚，并强占了克里特西北的西多尼亚。经过五年的劫掠生活，他们在海上被打败并成为一支阿基那和克里特军队的奴隶。
波利克拉特斯死后，萨摩斯的力量也土崩瓦解了。他的代理人梅安德流斯声称“权利平等”，并邀请有名望的萨摩斯人核查他担任波利克拉特斯的财政部长时所做账目。那些接受邀请的人被链子铐了起来，后来又被他的兄弟吕卡里图斯毫不留情地杀害了。在这一关口，波利克拉特斯在流放中的兄弟莎罗松被波斯总督恢复了职位，并没有遭到萨摩斯人的反对。安全起见，梅安德流斯乘船去了斯巴达，却留下一个兄弟负责攻击波斯人的雇佣军，并参加岛上的一次屠杀活动。他的计划成功地实现了，但斯巴达当局却把他从拉科尼亚赶了出去。在萨摩斯，大屠杀和莎罗松的政权产生了讽刺性的谚语：“真得谢谢莎罗松啊！”在波斯总督奥大尼的指令下岛上重新有人居住，奴隶也因此有选举权。
公元前6世纪，萨摩斯人袭击科林斯和斯巴达的船只，利用希腊和波斯间的矛盾冲突，不断从中获利，增强实力，逐渐繁荣起来。萨摩斯人最终被雅典人制服。在来自利姆诺斯岛的海盗袭击了雅典之后，雅典海军花了大量的时间和精力清剿爱琴海地区的海盗。海盗遭到追捕，海盗巢穴也被摧毁。除了利姆诺斯岛和米卡利，公元前5世纪雅典人摧毁了在斯波拉提群岛、基斯诺和美卡诺斯岛上的其他海盗据点。
希腊人和波斯人还把希腊北方的安托利海盗看作是半野蛮人。公元前4世纪，安托利联盟形成。在一个世纪的时间里，这个邦联就成了希腊中部的主导力量，安托利人把海盗行动当作一种针对敌人发动的经济战手段。到了公元前3世纪，安托利海盗已经称霸希腊中部，向爱琴海周边的希腊城镇和亚洲城镇强行收取保护费。直到公元前192年罗马共和国打败了安托利联盟，安托利人的海盗行径才暂时宣告结束。实际上，许多安托利海盗已经在其他地方建立了新的基地，他们中的大多数都移居到小亚细亚南部海岸的西里西亚。西里西亚海盗后来成了历史上最庞大、最声名狼藉的海盗群体之一。
公元前3世纪，居住在现在的克罗地亚和阿尔巴尼亚的伊利里亚人和达尔玛提亚人的海盗活动达到了顶峰，他们曾经袭击了希腊和意大利海岸，甚至还挺进到地中海中部地区。当时，罗马共和国的经济蒸蒸日上，满载货物的罗马和意大利商船成为不断成为他们的攻击目标。当时，科孚岛、凯法利尼亚岛和圣玛尔塔岛等岛屿都成了海盗们的基地，海盗活动的范围被扩大到了第勒尼安海一带。当罗马人征服该地区后，伊利里亚海盗的威胁虽然得到遏制，但并未完全清除。甚至到了公元前168年罗马吞并伊利里亚之后，海盗们还依然以达尔玛提亚海岸及上述提到的岛屿等相对安全的地方为基地，继续发动海上袭击。公元前2世纪，罗马人最终通过一系列远征清除了达尔玛提亚大陆的多数海盗，但在达尔玛提亚沿岸周边的岛屿上，依然有海盗存在。到了公元前1世纪中叶，古罗马统帅庞培大帝彻底剿灭了达尔玛提亚沿岸周边岛屿上的海盗。
罗马人和希腊人常常指责地中海海岸居民从事海盗行为，这要么是对海岸居民的诋毁，要么就是他们为了发动针对这些居民的军事或海上行动寻找借口。
第勒尼安海的海盗严重威胁着伊特鲁里亚人、希腊人和罗马人。当时，第勒尼安人差不多就是海盗的同义词，罗马人用海盗这个词来指称相邻的伊特鲁里亚人，后者对罗马的海上贸易发动攻击，以此发动战争。同时，伊特鲁里亚人保留着防御海盗袭击的舰队，并采取其他措施保护自己免受东部希腊海盗，也就是伊利里亚人和达尔玛提亚人的袭击。
修西底德记载过的一些海盗袭击事件，事实是以厄尔巴岛、科西嘉岛和撒丁岛为基地的“野蛮人”干的，并非他宣称的菲尼基人干的，也不是意大利人和希腊人干的。他们主要袭击往来于西西里和爱琴海地区的希腊船只。
西西里东北角也有一些有名的海盗基地，从利帕里群岛延伸至巴里阿利群岛以及今天里维埃拉的利古里亚海岸。
罗马人还指责西西里人有海盗行为，这座岛屿的希腊统治者是伊特鲁里亚人，他们只惩罚不合法的走私行为，并不打击那些真正的海盗。到了公元前2世纪的时候，西西里的希腊人和伊特鲁里亚人都被罗马人征服了。在西地中海建立的罗马霸权真正结束了该地区所有形式有组织的海盗活动。
古罗马的西里西亚海盗
要想对航行于叙利亚、希腊和意大利之间的船只发起袭击，西里西亚的山区是最佳所在，这里被称为天然的古代海盗摇篮。西里西亚坐落于土耳其的东南部，在高耸的金牛山和地中海之间，显得非常突兀。除了几座面朝大海的小镇，这一荒凉多山的地区大部分一直无人居住。海岸线上点缀着多岩的海岬、隐蔽的海湾以及防护很好的锚地。袭击者可在实施攻击后的几小时之内成功躲回隐秘的藏身之地。因此，这里成了海盗们流浪的理想地。它吸引了公元前2世纪被逐出爱琴海的安托利安海盗，成了他们的聚居地。安托利安海盗正是被该地区“海盗庇护所”的声名吸引来的。此前，已经有一些小型海盗团体来到这里，在海边村落建起了基地。
当叙利亚和小亚细亚的塞琉西王停止了对西里西亚海岸的常规巡逻，集中力量对付那些在爱琴海西边塞琉西王朝领土上横行的罗马人时，安托利安海盗趁机来到西里西亚。
公元前190年，塞琉西人被罗马人打败。被迫与罗马签订和约，从此，小亚细亚的西部变成了罗马的保护国。塞琉西海军永久性地撤出后，罗马人在小亚细亚西部却没能建立什么像样的海上军队，甚至连保持海上力量的意向都没有。
不久，本都王国的米特拉达梯国王接手了塞琉西舰队的主力，他很快与海盗结成联盟。这样一来，海盗们就开始肆无忌惮地发展壮大。一时间，成千上万的人逃离罗马人的控制，加入海盗团队，海盗群体快速扩大，西里西亚海盗很快就拥有了一支可以抗衡所有当地海上力量的队伍。