从黑格尔对“运动”的论述中，我们可以看出，黑格尔所讲的“运动”实际上是时间和空间的连续性和间断性的统一。从而，黑格尔就从根本上解答了古希腊哲学家芝诺的“否定运动”的悖论。不仅如此，黑格尔还从“运动”进一步把“运动”和“物质”联系起来，运动和物质是不可分割的。黑格尔认为，一提到运动，那么就肯定有所指，肯定是指某物在运动，否则便没有运动，而这里所指的“某物”实际上就是指具有时空持续性的物质。运动和物质的辩证联系还体现在：既没有无物质的运动，也没有无运动的物质，即：物质不可能是不运动的，运动不可能脱离物质而存在。可见，物质和运动，两者相互联系，彼此互相依存。当然，我们在肯定黑格尔的时候，不能不强调一点，黑格尔所讲的“运动和物质”中的运动是占据主导地位的，而“物质”是处于受“运动”支配的被动地位，这里体现着强烈的唯心主义色彩。例如黑格尔说：“既然有运动，那就有某物在运动，而这种持久性的某物就是物质。就像没有无物质的运动一样，也没有无运动的物质。”
太阳系
黑格尔对天体运动的考察仅仅局限于太阳系。黑格尔认为，行星运动时，行星之间的引力是吸引和排斥、向心力和离心力的统一，“天体上的物质不是那种在自身之外可能具有运动或静止的本原的形体”。这也就是说，在黑格尔看来，星球是自己自行运动，而不是由外来的力推动的，吸引和排斥、向心力和离心力的矛盾是促使行星自己运动的力量。这也就从根本上否定了牛顿把“离心力和向心力割裂开来、把离心力作为外来的切线力”的观点。例如，黑格尔说：“作为沿着切线方向飞出去的意向，离心力被极为愚笨地假定为是通过斜射、振动和碰撞传给天体的——如果我们要说力，那也只有一种力，它的各个环节不是作为两种力引向不同的方向的，天体运动不是这样一种来回牵引，而是自由运动。”
物理学
物理学是从力学中转化而来的。在物理阶段，自然理念建立起了内在的质的差别、对立及其相互关联；自然界的各种物体表现出的质，服从于个体性的力量，具有物理或化学的特性。黑格尔在这部分讲了很多内容，在自然科学方面，他讲了包括天体物理学、气象学、光学、热学、声学、电磁学、化学等物理现象和化学过程。从哲学思想看，他在这里论述了“两极性”的概念，即辩证法的矛盾观点。
物理学是从力学中转化而来的。黑格尔认为，当自然理念从最基础的力学领域进入到物理学领域时，自然理念也就正式进入了“反思”阶段。在物理阶段，自然理念建立起了内在的质的差别、对立及其相互关联；自然界的各种物体表现出的质，服从于个体性的力量，具有物理或化学的特性。黑格尔在这部分讲了很多内容，这一部分也是自然界中最难理解的部分。在自然科学方面，黑格尔讲了包括天体物理学、气象学、光学、热学、声学、电磁学、化学等物理现象和化学过程。从哲学思想看，黑格尔在这里论述了“两极性”的概念，即辩证法的矛盾观点。
黑格尔认为，在物理学阶段，存在于特殊的规定之内的内在的概念能够把各个有差别的个体性的集体组织在一起并使这些个体性之间具有一种相互映像的关系。于此，黑格尔把个体性的物体分为“普遍的个体性”、“特殊的个体性”、“总体的个体性”三个环节。
1、普遍的个体性
黑格尔认为，普遍的个体性又包括三个环节：从物理方面得到规定的天体的作为物理系统的太阳系；与天体系统相关联的作为物理元素的气、火、水、土；具有相互转化的物理元素的气象过程。
在太阳系这一环节中，黑格尔研究了太阳、月亮、彗星和行星所组成的太阳系的物理形态。黑格尔认为，太阳是自身发光的物体，作为个体性物体的光是自为的独立存在的；月亮是没有水分的晶体形态，因为月亮周围没有大气，没有气象过程，不像地球、水星和金星一样拥有海洋、河流和云彩；彗星是一种透光、透明的含水物体；行星则是土质的物体。相对于各个成员来讲，整个太阳系是一个内在各个环节彼此联系的总体。
谈到元素的时候，黑格尔认为，元素是从天下降到地上的太阳系。元素一共有气、火、水、土四种：
（1）气相当于太阳系的光，是被动的、降为元素的光。气是普遍的东西，它不是由自身确定的，而是通过光来确定的，气可说是消极的光。
（2）火是降为元素的月亮，火是绝对不止息的状态，它有毁灭自身与他物的作用。
（3）水是降为元素的彗星，水在自身中完全没有内聚性，没有气味和滋味，也没有形态，它不是特殊的东西，而是抽象的中性物体。
（4）土是降为元素的行星。
黑格尔还认为，在物理过程中，各种元素之间是相互转化的。地球上的气象过程的构成就是各种不同元素以及它们彼此之间的差别性被联结于个体同一性之中的过程。此外，黑格尔还提出了光的传播是连续性与间断性的统一，认为“光与无光的东西是对立的统一，光明只有通过黑暗才能显现出自身”。
2、特殊的个体性
黑格尔认为，特殊的个体性包括“比重”、“内聚性”、“声音”和“热”四个环节。
（1）“比重”。黑格尔把物质各个部分之间的纯粹量的关系归纳为“比重”。黑格尔认为，“比重”是物体的根本的规定性；物体的各个部分都在其自身具有这种规定性。
（2）“内聚性”。黑格尔认为，物体要想保持相对的稳定，物体的各个部分之间就必须达到某种平衡。黑格尔就把物体为了保持平衡而在各个部分之间形成的一种特殊的协和关系，称为物体的“内聚性”。“内聚性”还有被动的内聚性、自相的内聚性和质的内聚性三种不同的规定。
（3）“声音”。黑格尔认为，摩擦和物体在自身内部的振动是产生声音的两种方式。实际上这个观点是相当科学的，但是，黑格尔马上又回到了他思想自身固有的唯心主义的泥潭。黑格尔认为，声音是内在的、主观的东西，是灵魂和物质合为一体的东西。例如，他说，“声音是观念东西在他物的这种暴力下发出的控诉，但同样也是对这种暴力的胜利，因为这种特殊的已内存在暴力下保持了自己”。这显然是唯心的。
（4）“热”。黑格尔认为，热是物体在自身之内振动的同时，产生物质部分的现实扬弃的结果；热是来自物质内部变为流体的活动，经过实验证明，热就其起源和本性来说，纯粹是种状态的方式，热并不是不能毁灭的、独立存在的东西。所以黑格尔说：“所谓的声质和热质，是形而上学在物理学里的纯粹虚构。”
3、总体的个体性
黑格尔认为，总体的个体性包括光、电等物理现象和化学过程。
黑格尔把连续性和间断性辩证统一的思想运用于光学的研究，认为光的传播是连续性和间断性的统一。他说：“光是直接的膨胀，但光是作为物质，作为发光的物体，而与另一个物体发生关系的，因此，这就存在着一种分离，这种分离在任何情况下都是光的连续性的一种间断。”他批判了偏重间断性的微粒说和偏重连续性的波动说，认为两者都是片面的，而片面性的观点“对于认识光毫无裨益”。
在考察磁现象时，黑格尔认为，磁的“两极是两个生动的终端，每一端都是这样设定的：只有与它另一端相关联，它才存在；如果没有另一端，它就没有任何意义”。黑格尔还指出，在磁的两极中，同一的东西把自己设定为有差别的，两极中有差别的东西把自己设定为同一的。应该说，黑格尔关于磁现象的观点是辩证的，但这种辩证的观点是建立在磁现象是“纯粹非物质的形式”的唯心主义基础上的。
在研究了磁、电等现象之后，黑格尔进入对化学过程的研究。在这里，他把化学过程看作是物理过程到生命的过渡阶段。他认为，化学过程高于磁和电，是磁和电的统一；而磁和电则是这个总体的抽象的、形式的东西，因而不是化学过程。他说：“任何化学过程都在自身包含着磁和电。”另一方面，化学过程又是生命过程的直接起源，化学过程如能自动地继续进行下去，那就会产生生命。因此，应该从化学方面理解生命。
有机学
黑格尔所讲的有机学即生物科学。黑格尔认为，在有机学阶段，作为自然的理念已经发展成为主观性、自我性的总体，达到了现实存在，即生命。生命是一个活生生的个体，有机的整体，它是按它自身内在目的进行活动的，是一个自我发展、自我实现的过程。作为普遍的主观性，生命是“地质有机体”，这是生命产生的基地；作为特殊的主观性，生命是“植物有机体”，开始了主观的生命力；作为个别的具体的主观性，生命是“动物有机体”，生命成为主体而存在。
黑格尔所讲的有机学即生物科学。黑格尔认为，在有机学阶段，作为自然的理念已经发展成为主观性、自我性的总体，达到了现实存在，即生命。
黑格尔认为，生命是充实的具体的总体，“生命是整个对立面的结合”，不仅是概念和实在，而且也是内在的和外在的、原因和结果、目的和手段、主观性和客观性等的对立面的结合，而成为同一个东西。生命是一个活生生的个体，有机的整体，它是按它自身内在目的进行活动的，是一个自我发展、自我实现的过程。
作为普遍的主观性，生命是“地质有机体”，这是生命产生的基地；
作为特殊的主观性，生命是“植物有机体”，开始了主观的生命力；
作为个别的具体的主观性，生命是“动物有机体”，生命成为主体而存在。
动物有机体是理念的“异在”的最高阶段。在这里，主观性原则的个别要素已在统一中出现了，这就是“灵魂”。黑格尔认为，只有在动物有机体的最高阶段上才产生了不仅能感觉自己，而且能思维自己、意识自己的“人”。这时，理念也就超出了自然界的范围，进入到发展的第三阶段，即精神阶段。
在理解黑格尔“从自然过渡到精神”的时候，我们必须弄清楚，黑格尔所讲的“从自然过渡到精神”并不是唯物论上的“精神来源于物质”，而是说“精神在经历了其外在形式并扬弃了这种形式之后，又返回到精神本身”。
另外，黑格尔还论述了“生”和“死”之间的辩证关系。黑格尔认为，“生命本身即具有死亡的种子”、“生命的活动就在加速生命的死亡”。这也就是说，生命自身的矛盾，特别是个别性与普遍性的矛盾就是其疾病以至死亡的根源。这就是“生”和“死”的辩证法：“生”本身就预示着“死”，没有“生”当然无所谓“死”；“死”是针对“生”而言的，没有不会“死”的“生”。
黑格尔主要从以下几个方面论述有机学中的自然哲学：
1、地球
地质有机体论述的对象是地球。黑格尔认为，地球虽然不是一个有生命的物体，但是地球是其他有生命的物体生命活动的场所。自然界任何有生命的物体都不能离开地球而单独实现其生命过程，任何有生命的物体生命都出自于地球，并且到最后又会回到地球的怀抱。黑格尔认为，实际上地球并不是绝对无生命的，地球就其作为空间的整体和作为时间的整个发展历程来讲，也是有生命的。例如，地球有无限发展生命的空间因素；地球自身又有漫长的发展历史（地质史）。所以黑格尔认为，地球之所以能派生生命，是因为地球是一个潜在的生命体。黑格尔就把地球这个潜在的生命体称为“地质有机体”。
但是，他在具体论述地球的生命特征时存在很多的唯心色彩，甚至有很多观点是荒谬的。例如，黑格尔在其著作中说，“在一切星球中，地球是最优秀的星球，最有整体性，处在一切星球当中。在地球上，欧洲居中，在欧洲，德国又居中。在新大陆的两个美洲表现为缺乏教养的、未发展的二元化。而旧世界，欧、亚、非三大洲表现为完善的、发展了的、被中介的二元论。亚洲和非洲形成对立，而欧洲是对立的中介、第三者。这是地球上理性的部分，河流和山谷的平衡，其中心为德国。足见地球上各大洲的划分并不是偶然的，而是一种本质上的区别”。黑格在这里把地球看作是宇宙的中心，把欧洲看作是地球的中心，把德国看作是欧洲的中心，这实际上是非常荒谬的。
当然，黑格尔在论述地球有机体的时候，还是不乏科学的、相当有价值的观点。例如，黑格尔把地球的生命运动过程分为理想的一面、生养的一面和历史的或者地质学的一面三个方面。
理想的一面，着重强调地球是有使命的，地球作为世界历史的大舞台是有使命的。
生养的一面，着重强调地球孕育世间万物的生养能力，例如地球上的气象过程。
历史的或者地质学的一面，是从历史学或者地质学的角度考察地球的生命特征。黑格尔认为，地球今天的现状是远古以前漫长的一系列的变化、运动的结果。
2、植物
黑格尔认为，植物是最初级最低级的生命个体。植物在生长过程中主要有以下几个环节：
（1）自我形成。植物自己形成，自己与自己结合，不与任何别的东西相关。
（2）同化。植物把相对的、相类似的自然因素吸引到自身来最终形成自身的过程，黑格尔称其为同化。
（3）繁殖。植物自身的繁殖或者族类的繁殖，这是植物有机体生命特征最明显的过程。
3、动物、人、自我意识、灵魂和本能
黑格尔认为，动物是有感觉、有感情、有自我感的生命个体。但是并非所有的动物都能够思维，把单纯的动物有机体过渡到自我意识的是“人”。人是精神的主体，也只有人才有主观精神和自我意识。体现在身体的任何一个部分的那些主观意识叫做灵魂。灵魂是一种感觉，是直观的、非理性的、非物质性的。本能是灵魂的一种表现，是主体在不自觉的状态下发生的“灵魂直观反应”。