“自然哲学”是黑格尔哲学体系的第二部分内容。黑格尔的自然哲学指的就是以研究逻辑理念在其外在形式——自然中的发展状况作为研究对象的学问。黑格尔把自然的发展过程划分为力学、物理学和有机学三个阶段。在力学阶段，对象是彼此外在，一切为机械性所统治。在物理学阶段，自然理念建立起了内在的质的差别、对立及其相互关联；自然界的各种物体表现出质，服从于个体性的力量，具有物理或化学的特性。在有机学阶段，作为自然的理念已经发展成为主观性、自我性的总体，达到了现实存在，即生命。
自然和自然哲学
黑格尔在这里讲的自然哲学和我们通常理解的自然哲学不是同一个概念。黑格尔认为，自然就是逻辑理念外在的表现形式，是逻辑理念自我否定的结果。黑格尔的自然哲学指的就是以研究逻辑理念在其外在形式——自然中的发展状况作为研究对象的学问。黑格尔认为，自然是从逻辑理念外在化（或者异化）出来的，是逻辑理念自我否定的结果。自然是逻辑理念（或者绝对精神）的外在化或者异化。自然之所以被认为是外在的，并不是针对它仅仅是逻辑理念的外在而言的。黑格尔把自然的发展过程划分为力学、物理学和有机学三个阶段。
黑格尔在这里讲的自然哲学和我们通常理解的自然哲学不是同一个概念。我们通常所理解的自然哲学指的是研究具体的自然科学问题的自然哲学，而黑格尔这里所讲的自然哲学是以逻辑理念在其外在形式中的发展状况作为研究对象的。逻辑理念的外在形式就是自然。也即：黑格尔的自然哲学指的就是以研究逻辑理念在其外在形式——自然中的发展状况作为研究对象的学问。正如，黑格尔所说的那样，自然科学是“研究理念的异在或外在化的科学”。
那么，具体来讲，什么是自然呢？黑格尔又是怎样给“自然”下定义的呢？黑格尔认为，自然就是逻辑理念外在的表现形式，是逻辑理念自我否定的结果。当然，自然并不是就是“通常我们所理解的静态意义上”的表现逻辑理念。“自然界自在地是一个活生生的整体”、“自然必须看作是一个由各个阶段组成的体系，其中，一个阶段是以另一个阶段的必然产生为基础的”。黑格尔认为，作为全体的自然，它表现为一个由阶段性组成的体系。一般来讲，自然是一个从低级向高级不断发展和完善的能动过程。黑格尔认为，自然的这个不断发展和完善的过程是不断循环的。例如，最初的自然体系其实是相当抽象的，越到后面，越发展就越具体，这其中，每一个发展的阶段是它前一个阶段的保留和补充，又是它后一个阶段发展和完善的基础，自然的发展和完善就是这样不断循环的。当然，在黑格尔看来，自然界的这种辩证的发展和完善并不是自发的发展和完善，而是被动的发展和完善。自然界不管发展到什么程度，不管完善成什么状态，它自始至终都是在作为自然界存在基础的内在逻辑理念的支配下发展和完善的。一句话，自然界的不断发展和完善，从实质意义上讲并不是按时间顺序进行的，而是按支配它发展的逻辑理念的逻辑顺序进行的。这也正是黑格尔所说的，“一个阶段由另一个阶段来补充，这是理念的必然”，“引导各个阶段向前发展的辩证的概念，是各个阶段内在的东西”，“形态的变化只属于概念本身，因为惟有概念的变化才是发展”。黑格尔据此认为，认识自然不能只停留在模糊不清的感性观念上，而是要在认识自然的过程中对自然的发展和完善作辩证的考察，找到自然形态产生、发展、变化以及消亡的内在根据和具有说服力的证明。黑格尔的这个观点具有相当重要的方法论意义，对我们今天的科学研究有重要的指导意义。
至于自然和逻辑理念的关系，黑格尔在下面这段话中交代得非常明确：“自然是作为它在形式中的理念产生出来的。既然理念现在是作为它自身的否定的东西而存在的，或者说，它对自身是外在的，那么，自然就并非仅仅相对于这种理念（和这种理念的主观存在，即精神）才是外在的。相反的，外在性就构成自然的规定，在这种规定中，自然才作为自然而存在。”通过这段话，我们至少可以从以下几个方面来理解自然和逻辑理念的关系：
1、自然是从逻辑理念外在化（或者异化）出来的，是逻辑理念自我否定的结果。黑格尔认为，逻辑理念（即绝对精神）才是世界的本原。我们所面对的丰富的大自然只是逻辑理念（或者绝对精神）的派生物或者说是它们的表现形式。世界虽然是丰富多彩的，但是再繁华的世界也只是一种空虚的表现，世界真正的本原是逻辑理念，也只有逻辑理念（或者绝对精神）才是真正永恒的。只有永恒的逻辑理念（或者绝对精神）才能从根本上把握自己、规定自己，甚至在自己的基础之上建立他物，再从他物回归自己。相比于永恒的理念或者绝对精神，物质世界（即自然）只是一个由有限物集合而成的整体。自然表现得再丰富，也只能从逻辑理念（或者绝对精神）的完美性来获得自己的暂时状态。说得形象一点，如果说逻辑理念是高高在上的上帝，那么，自然就只能是那些捧起双手来祈求上帝赋予力量和正义的芸芸众生。
2、自然是逻辑理念（或者绝对精神）的外在化或者异化。这种逻辑理念的外在化或者异化从本质上讲也就是逻辑理念（或者绝对精神）的自我否定。在自然面前，逻辑理念的存在状态是潜在的，但是这并不影响逻辑理念的第一性。实际上，逻辑理念仍然存在于它的否定之否定中。以自然的形式存在的逻辑理念无时无刻不受到自然的束缚。在有限的自然世界，逻辑理念始终无法张扬自己的全部力量，所以它最终要冲出自然的束缚回到自己本身。所以，逻辑理念虽然会以自然的形式外在化自己，把自己表现出来，但是，逻辑理念最终还是会回到理念潜在的存在状态。
3、自然之所以被认为是外在的，并不是针对它仅仅是逻辑理念的外在而言的。对自然本身来讲，自然之所以是自然，就是因为它的“外在性”决定了它最终必然要成为自然，不可能成为潜在的逻辑理念或者绝对精神。当然，这里的“外在性”指的是自然的“直接存在”的性质。在这样的外在性中，逻辑理念具有互不相关的，持续存在的，互相孤立的外观。但是对于自然本身来讲，这种“外在性”仅仅表现为它的偶然性和必然性，并不表现为任何意义的自由。也正是因为如此，自然世界中的自然形态虽然可以表现为千变万化的形态，但是从时间意义上讲，自然界的形态却永远都是周而复始的循环，而不会产生任何新的事物。正如黑格尔所说：“只有在精神领域里的那些变化之中，才有新的东西发生。”
正如黑格尔所讲，“一个阶段由另一个阶段来补充，这是理念的必然”，“引导各个阶段向前发展的辩证的概念，是各个阶段内在的东西”，“形态的变化只属于概念本身，因为惟有概念的变化才是发展”。自然是一个从低级向高级不断发展和完善的能动过程。那么，从逻辑理念本身来讲，它为什么要引导自然发展呢？黑格尔认为，“这是一个未经解决的矛盾”。因为，一方面，逻辑理念是自然界的内在根据和存在基础，是支配自然界不断发展和完善的动力，具有一定的必然性和合理性；另一方面，在自然界中，逻辑理念只是潜在的（或者说，自然界就是潜在的逻辑理念），并没有最终实现，因此，自然形态具有一定的偶然性和不合理性。从这个角度来看，潜在于自然界中的理念，是与自身的存在不相符合的一种状态。因此，黑格尔说，自然就是逻辑理念背弃自身的结果，是逻辑理念否定自己的结果。这种在自然阶段存在着的理念与理念本身是相当矛盾的。当然，能解除这种矛盾的肯定是逻辑理念本身。因为相对于被动的，软弱无力的自然来讲，逻辑理念却是能动的，具有克服这种矛盾的能力。所以，逻辑理念的介入才最终使得自然形态一步一步打破自己的感性形态，不断地发展进入更加完善更加合理的阶段，并最终解决自然阶段存在的内在矛盾，进入逻辑理念本身。这样看来，自然界的不断发展、不断完善的过程实际上是一个不断解除自身矛盾的过程。这个过程虽然是不断循环的，但是当逻辑理念最终完全克服自身的异化和外在化达到完全统一的时候，这个过程就会结束。另外，黑格尔还认为，自然界不断解除自身矛盾的过程（也即逻辑理念完全克服自身异化和外在化并最终统一的过程）就是一个逻辑理念从自身异化和外在化达到统一并达到意识状态，把自己创造为“精神”的过程。
黑格尔把自然的发展过程划分为力学、物理学和有机学三个阶段。
力学
黑格尔认为，逻辑理念外化为自然的第一个自身完整的领域便是力学领域。在力学领域，对象是彼此外在、互不相关的，相互间仅仅有量的区别，一切为机械性所统治。黑格尔在力学领域主要讲了三个问题：空间与时间，物质和运动以及引力系统的太阳系。时间和空间是理念异化为自然界的两种最初的、直接的客观形式。“运动”是黑格尔在“时间和空间”问题的基础上进一步推演出来的一个概念。“运动”是时间和空间的统一；时间和空间只有在“运动”中才能真正地实现自己，得到现实性。黑格尔对天体运动的考察仅仅局限于太阳系。黑格尔认为，行星运动时，行星之间的引力是吸引和排斥、向心力和离心力的统一。
在黑格尔看来，逻辑理念外化为自然的第一个自身完整的领域便是力学领域。黑格尔认为，在力学领域，对象是彼此外在、互不相关的，相互间仅仅有量的区别，一切为机械性所统治。但是，概念的内在规定性决定了它们彼此也是存在联系的。在此基础上，黑格尔在力学领域主要讲了三个问题：空间与时间，物质和运动以及引力系统的太阳系。黑格尔认为，空间和时间是力学领域表现逻辑理念的完全抽象的相互外在的东西；物质和运动的外在联系是个体化的相互外在的东西及其抽象状态的联系；自身运动的物质是物质和运动的绝对统一。
空间与时间
黑格尔认为，时间和空间是理念异化为自然界的两种最初的、直接的客观形式。在空间和时间的概念上，黑格尔对康德的观点进行了批判的继承，例如，黑格尔赞同康德把时间和空间理解为单纯的形式，但是针对康德“时间和空间仅仅是表象里的某种主观要素”的观点，黑格尔是持否定态度的。黑格尔认为，时间和空间是相互联系在一起的两个概念。首先，空间是事物存在的基础，自然事物都存在于空间中。其次，时间也并不是像有些哲学家所论述的那样是一个主观概念，黑格尔认为，时间也是客观的，自然界任何事物本身的存在就是具有时间性的东西，也正是自然界现实事物的本身在实现自己的历程中构成了时间。所以，时间和空间实际上是互相紧密地联系在一起的，时间和空间就是事物的存在形式。
从某种意义上讲，黑格尔的这种时空观念对牛顿的时空观念是一种完全意义上的否定。从黑格尔的论述中，我们可以知道，黑格尔认为根本不存在任何绝对的时间和空间。正如黑格尔在自己的著作中所论述的一样，“假如有人说空间是某种独立的实体性的东西，那么它必然是像一个箱子，即使其中一无所有，它也仍然不失为某种独立的特殊的东西”、“人们决不能提出任何空间是独立不依地存在的空间，相反，空间总是充实的空间，决不能和充实于其中的东西分离开”。黑格尔认为，时间和空间是紧密地联系在一起的，两者是不可分离的。
运动和物质
如果单纯地研究时间和空间两者本身，那么，它们的概念就会显得无比的抽象。但是，当黑格尔把时间和空间的概念结合到“运动”这一哲学范畴的时候，时间和空间便变得明朗起来。“运动”是黑格尔在“时间和空间”问题的基础上进一步推演出来的一个概念。黑格尔认为，“运动”是时间和空间的统一；时间和空间只有在“运动”中才能真正地实现自己，得到现实性。黑格尔说：“运动的本质是成为空间与时间的直接统一；运动是通过空间而现实存在的时间，或者说，是通过时间才被真正区分的空间，因此，我们认识到空间与时间从属于运动。”