张居正在这场斗争中胜利了，打退了守旧派的进攻，使得改革的措施得以顺利地推行。但是守口派并不甘心失败，他们在等待时机，再求一逞。
（二）从“夺情”，牢执政柄
改革与反改革的斗争，时起时伏，一浪高过一浪。万历五年（1577年）九月，北京和南京的一些官员，利用张居正父丧丁忧一事，又掀起了一股从朝廷到社会，激烈反对张居正的风波。
九月十三日，张居正的父亲张文明在江陵病逝。按明朝的丁忧制度，张居正需解职回乡为父守孝27个月。张居正照例申报吏部，请放回原籍丁忧守制。但吏部随即奉到圣旨：“父制当守，君父尤重。准许丧祭七七（49天），可不上朝。你们部里即去告谕。”
这是皇上不准他离职守制，要他夺情。
张居正是离职守制，还是在职夺情？这件事立刻引起了举朝上下的关注。改革派的官员们，最担心张居正了忧致仕。张居正身为首辅，执掌国政，是改革的主持者。他的在职与否，直接关系到现行的改革措施能否继续推行。因此他们立即抓住皇上不准离职守制的圣旨，鼓动夺情，慰留张居正。其实，张居正对于局势的认识比任何一个人都深刻。如果自己致仕了忧，朝政交给哪一个呢？皇上才刚刚15岁，没有一个精明强干的首辅相佐，怎能安定社稷？倘若自己不在，皇上被群小包围，被谗言所惑，则改革势必前功尽弃。可是自己身为首辅，理应做一名遵守礼教纲常的楷模，否则何以正人治国？内心矛盾重重，只好再行上疏，请求归乡守制。不过，在奏疏中他又委婉地表示了可以考虑服从夺情。奏疏说：“现在，臣面临的是君臣、父子两伦不容并尽，应该权衡审处。更何况又奉圣谕，说‘父制当守，君父尤重’。臣怎敢不酌量其轻重呢？”
很明白，张居正是要以国家为重，不想拘泥于常理。这时，张居正察觉出了一种值得警惕的动向，朝廷中的某些官员正在盼望他了忧致仕。如今自己还没去位，人心已经浮动。将来真的去位，说不定有朝一日还要为此付出血的代价。张居正坚定了放弃致仕守制的意念，乘皇上一再慰留和百官纷纷劝阻之势，答应了夺情，在官守制。穿青衣佩角带，在内阁办事。
朝廷中确实有人企图利用张居正父丧守制之机，将他排挤下台，却不料皇上下旨夺情，他们的希望破灭了。于是他们打出维护纲常名教的幌子，向张居正发起了一场气势汹汹的围攻。
这场斗争的策源地是吏部与翰林院。吏部尚书张瀚曾是改革派官员，后来在反改革舆论的压力和传统道德观念的束缚下，他动摇了，以维护丁忧守制为名，阻挠张居正夺情。翰林院的掌院学士王锡爵鼓动年轻官员，利用冬十月天上出现彗星这一现象，上疏攻击张居正不赴父丧而引起了星变。万历皇帝下旨张瀚被勒令致仕，上疏者被延杖。皇上的高压适得其反。消息传出，朝野震动，舆论沸腾。南方有人假托海瑞之名，攻击张居正的改革和人品，北京城的街道上，也出现了攻击张居正的匿名告示。在反改革派的煽动下，一时从北到南，从朝到野，矛头都指向了张居正。事态愈发扩大。万历皇帝降下圣谕发出严厉的警告，一针见血地揭露了反对派“假借纲常伦理之说，肆为排挤之计”的阴谋，并宣称准备严厉镇压。反对派的气焰暂时被煞住了，但斗争井没有止息。张居正是个有见识的政治家，这一点他心中明白。他对朋友说：“几年来结怨于天下不少，那些奸夫恶党，有的明里排挤，有的暗中教唆，没有一天不是在打我的主意。”
但是，张居正没有被反对派的气势汹汹所吓倒，相反更加坚定了坚决推行各项改革措施的决心。他说：“哪怕是陷阶在前，也不受阻拦；众矢攒身，也毫无畏惧。”充分表现出一个勇于革新，敢于斗争的杰出政治家的风度和胆略。
（三）严律己，以身作则
中国传统的儒家思想，最重视个人思想品德的修养，它把个人的表率作用看成是兴家。治国乃至平定天下的基础。自幼就熟读儒家经典的张居正深知，自己的一言一行，直接关系到改革的成败。因此，他在清除腐败，推行新政中，特别注意以身作则，以自身的表率作用，推动改革事业的发展。
严肃法纪，率先垂范。张居正在进行改革中，针对法纪废弛，君令无威的状况，以伸张法纪为中心进行严肃整顿。他严厉要求各级官吏，执法者要带头守法。他本人率先做出榜样。
张居正在驿递改革中规定非公事。无勘合者一律不得驰驿。他儿子由京回原籍参加乡试，他吩咐儿子不得打扰沿途驿站；父亲过生日，他派仆人背着寿礼，自己骑驴回乡祝寿；他弟弟身患重病，由京回江陵调养，保定巡抚张卤发给勘合，动用驰驿，予以关照。张居正知道后立即缴还勘合，并给张巡抚写信，说明自己是为朝廷执法，要率先垂范，并说今后自己的家人中，若有利用驰驿占国家便宜的，要严加惩治。这说明张居正是以身作则，遵纪守法，真正做到法不殊贵贱，不别亲疏。
张居正对子弟及家人的要求也很严格，要他们必须遵守法纪，违者严惩不贷。对于居住在江陵的家人，要他们遵守政府法令，交租税服徭役，一同百姓。他多次关照地方官，对他家人的请托，无论合理与否，一律不准答应。如有强硬不法者，押解来京，由他亲自审处。由于张居正严格管教，他的子弟与家人估权挠法之事比其他高官之家，为数甚少。张居正位极人臣，率先守法，使得改革中的各项法令，得以坚决迅速地贯彻执行。
戒贪拒贿，廉洁奉公。明朝大小官吏，利用职权，贪污受贿，朝政日趋腐败。因此，张居上改革，首先把整顿吏治，清除腐败作为主要内容。正人先正己。他公私分明，戒贪拒贿，廉洁清正，为全国的官员做出了表率。
自任首辅以来，张居正明令规定：在私宅不会见客人，非公事私人间不往来信件。严诫守门的仆人，对下朝后来访官员一律挡驾。各种“红包”、名片，一概不准送入。在内阁中，非公事不约见任何官员，谈话内容也全是公事。张居正这种私门不办公，朝堂不言私的做法，实际是对当时腐败政风的矫枉，使那些钻营之徒无机可乘，只好望门兴叹。对一些为感恩张居正提携的官员送来的礼物，也被他一概谢绝。他对这些官员说：“我荐举贤才是为了国家，而不是为了换取别人的报答。只希望你们竭心尽力报答国家。即或是报答知己，也不在于礼物上的交往。”张居正这种戒贪拒贿的表率作用，有力地推动了清除腐败工作的进行。当然在贪污受贿成风的明代，张居正也未必是一尘不染。但与同时代其他官员相比，他在这方面的言行举措，还是相当难能可贵的。
体恤民艰，不谋私利。明朝的大小官员，几乎无不依权仗势，巧取豪夺，千方百计地捞取国家便宜。严嵩与徐阶都曾大肆侵占民田，民愤甚大。张居正就权势而言，远远超过他们，但他却从未依权仗势侵夺民产民田。他在北京除了府邸之外，田无一垅在江陵老家，合全族之地，也仅有薄田数十顷，还多为祖传田产。
万历六年（1578年），张居正回籍葬父，万历皇帝三次手诏宣召，这在当时的官场上被认为是最高的荣誉。所以，荆州地区的地方官们，报请修建“三诏亭”，用来昭彰皇帝的圣恩，以使张居正的殊荣流传百世。但张居正却是坚决不赞成。他给家乡的地方官们写信说：“皇上思宠隆重，家族门第盛荣，都是世俗最引以为荣的。但那些都不是不朽之业。我这个人不考虑一时的毁誉，就是身后万世的是非也无所顾忌。假如后世有人确实认识了我今日所做事业的价值月时是真正的不朽。人生的不朽，并不是靠建亭传于后代而树立的。请千万不要费百家之产、动千人之工，修建一个劳民伤财的亭子。”
在封建社会中，有几个当官的不是孜孜追求功名利禄、光宗耀祖、留名千古？但张居正是明智豁达的。他追求的是国家的兴旺，民众的安康，将个人的荣辱。家族的兴衰置于度外。“三诏亭”虽然没建，但他改革业绩的丰碑，却永远立在后世人民的心中。
六魂系长江
张居正的思想中，君主与国家是合而为一的。为了振兴国家，他呕心沥血地教育辅佐幼主，一心要培养出一个亲贤爱民、勤政治国的“明君”，为了安民富国，他不计时世毁誉，身家安危，毅然扫除积弊，锐意进行改革。十余年如一日，孜孜不息，鞠躬尽瘁。
张居正为国家赢得了富强。可是腐败官员的攻击，皇帝的加罪，在他死后未几，炳然的改革业绩便被否定，而且、遭到了削官夺爵、抄家罪族的横祸。但是，张居正的改革是顺应历史潮流的，它的成果不仅受惠于当代，而且遗泽于后世。
（一）竭忠诚，死而后已
多年紧张、繁重的国务，使张居正心力交瘁，终于在万历十年（1582年）二月大病不起，历时四个月不愈，且病情日重一日。
其实张居正所患的疾病已非一日，早已深入膏盲。他是一个忧国忧民以天下为己任的人。自隆庆六年（1572年）受顾命以来，他夙夜兢惧，毕智竭力，图报国恩。十年来，对幼主，他身承师、保之责，教育皇帝要学习圣贤之道，通晓历代兴亡之事，掌握治国安民之术，期望万历皇帝能中兴大明朝；对于国家，他是总揆军国大政的首辅，内政边防，国计民生，都要由他来主持；去弊振衰，富国强兵，都要由他来谋划。为了报效国家，他父死不奔丧，不丁忧，忍受感情上的痛苦，舆论上的责难，弃私孝而从大忠。日夜的操劳，使张居正疲惫不堪，但想到皇恩浩荡，他情不自禁地写下了“苟利国家，不惜捐躯而碎首”的话。他知道，国家确实还需要他，他所进行的除弊兴利的改革，有许多工作还未完成，一股油然而生的历史责任感，使他那枯槁的身躯中，似乎又增添了新鲜的血液。他要像诸葛亮那样——鞠躬尽瘁，死而后已。
由于昼作夜思，终致积劳成疾，张居正于万历九年（1581年）九月间病倒了。他不能去内阁办公，只好在家处理国务。对于妻、儿们含泪的劝阻，他应之以淡淡的一笑。只要一息尚存，他就要竭尽忠诚。身承天下之重的张居正以赢弱的病体支撑处理浩繁的国务，终于在万历十年（1582年）二月一病不起。他自知再难以好转，因而更加拼命工作，以最后报答君国。他让家人扶掖着，挣扎着在枕上谋划天下大事。六月十八日，张居正已经是糜饮不进了，他就要离开他所眷恋的君国了。他此时惟一的希望，就是继任者能完成他未竟的改革事业，使多灾多难的大明朝得以中兴。他向皇上荐举了许多可大用的人才之后，昏迷不醒。六月三十日，张居正溘然长逝于他奋斗了33年的北京。享年58岁。
万历皇帝得到张居正病殁的消息，下诏罢朝数日，以示哀悼。又赠官上柱国，赐谥号“文忠”。“文”是曾任翰林者常有的谥号，“忠”是特赐，“危身奉上日忠”。这异常的谥号，表明万历皇帝对张居正一生的功勋业绩的评价是相当高的。万历皇帝特派专人护送张居正的灵枢回江陵，葬于江陵城外东南三里的张家台。
（二）遭奇祸，丰功依存
正当全国臣民还在怀念先太师的恩泽，并按照皇上定下的调子进行诚挚歌颂的时候，北京的紫禁城内却刮起了一阵“倒冯罪张”的旋风。那风源正是张居正精心培养、辅佐的万历皇帝。
张居正的逝世，使万历皇帝再也没有一点人为的约束，他感到从未有过的轻松、自由。原来可敬的张先生，逐渐变得可恶起来，万历皇帝萌发了要彻底报复的念头。由于冯保与张居正互为里表，冯保获罪，张居正自然也要成为众矢之的。于是万历皇帝首先指使太监张诚调查冯保的问题。新任首辅张四维在宫廷外组织调查。很快，冯保获罪被逐。于是，矛头便直指张居正。那些受过张居正处罚的旧臣和阿附圣意的新宦们奏请皇上尽废张居正的改革之政。万历皇帝下诏，罢夺张居正“上柱国”、“太师”的官爵，废除“文忠公”的谥号。在一批佞臣的构陷下，万历皇帝也正想夺传闻中“富甲荆楚”的张家财宝，于是再传圣旨，查抄张居正的府邸。一座巍巍然师相门第，顿时变得水流花谢，雾散云消。张居正人阁16年，为首辅10年，兢兢业业，除弊兴利，治绩炳然，挽救了明王朝的危机。而今人死法废，夺官废溢，抄家没籍，罪及子孙。一代杰出改革家的这样悲惨的结局，正是没落的封建社会腐朽。黑暗政治的写照。
在万历皇帝的亲自发动下，在全国范围内掀起了一次高于一次的“非张”、“罪张”的浪潮。凡是张居正的政见、改革措施，不是彻底否定，就是反其道而行之。万历皇帝的倒行逆施，使刚刚振兴起来的明王朝变得更加腐朽与黑暗。万历初10年的承平气象与后30年的大混乱，前后形成强烈对比，使人们开始怀念张居正，重新认识和评价张居正。
天启二年（1622年），在左都御史邹元标上疏建议下，天启皇帝恢复了张居正的官爵，重予祭葬。崇祯二年（1630年），彻底为张居正平反昭雪。这是张居正死后58年，朝廷对他忠心辅国、改革弊政功绩的全面、公平的评价。
创造历史的巨人，他们的功过是非，往往不是由当代人所能全部论定的。随着历史的发展，社会的前进，人们对他们的贡献将会有更加深刻的认识，更加客观的评价。清人王酿读《张文忠公传》后有诗云：
六尺孤君一个臣，利才归国害归身。
生前独任山河担，死后谁扶日月轮？
党有流言因孺子，史无直道对斯民。
我朝论定章皇帝，除却伊周只此人。
王酿的诗，对张居正的评价虽然未必完全贴切，但它确实道出了张居正为国、为民、勇于改革、公而忘私的斗争精神。这正是伟大的中华民族之魂。它将永垂史册，像波涛滚滚的长江一样，鼓舞着以改革求治，以改革图强的中华民族的代代子孙。