汉武帝为了加强中央集权的需要，向文学贤良发出策问，以求治世的良方妙药。董仲舒的对策正是为了实现这一目的而做出的回答，其根本在于他第三次对策的总结：“春秋大一统者，天地之常经，古今之通谊也。”他把统一看作是首要任务，而认为要实现政治上的统一，首先应求得思想上的统一，遂提出“诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”。思想上有所皈依，才能实现政治上的大一统，进而实现加强中央集权的目的。
董仲舒第一步先确定了皇帝的独尊地位。皇帝是最高统治者，是天命神授的，在其继位时，必须改正朔、易服色、制礼乐，以表示其“非继人”而“受之于天”。他在训释“王”字时，说上边一横代表天，下边一横代表地，中间一横代表人，中间一坚贯通上、中、下，代表人君。因此，人君是上参天，下通地，中连人、阴阳、五行、四时、日月、星辰、山川的无所不知的明圣皇帝。董仲舒还不满足于此，他更以阴阳、五行、三纲五常来加强君主的地位。就阴阳来说，君为阳，臣为阴，故君尊而臣卑；就五行来说，土为五行之主，而“土者君之官也”，故君主最高贵；就三纲五常而言，君为臣纲，是三纲的核心，君主是神圣不可侵犯的，是举国上下的中心，全国受命于君，身以心为本，国以君为主。
君主的独尊地位得到确立，还必须采取行之有效的措施来实现大一统的目标，于是，董仲舒提出了实现中央集权的第二步主张，主要有二点。
1.任德不任刑的德教主张
董仲舒的贤明在于他能够以史为鉴，以古喻今。他认真地总结了三代历史兴衰成败的经验教训，特别是秦朝迅速走向灭亡的教训。他分析当时汉朝的形势，认为尽管经过汉初的休养生息、文景之治，但是，秦朝严刑酷法的“遗毒余烈，至今未灭”，因此，仍处于秦代乱世的阶段。由于严刑酷法，民风不好，百姓欺诈顽固，拒绝教化，追逐财利，死都不惧怕，更不用说刑罚。如果继续推行严刑酷法，只能使这种局面更加厉害，犹如扬汤止沸，抱薪救火。改变这种局面的惟一途径：推行德教。“教，政之本也”（《春秋繁露·精华》）。德教能使父子亲、大臣和、百姓安而“成政”，是治理天下的必由之路。他说：“道者，所由适于治之路也，仁义礼乐皆其具有”（《汉书·董仲舒传》）。“仁”是“王心”，“霸王之道，皆本于仁”（《春秋繁露·俞序》），“民晓于礼仅而耻犯其上”，礼乐能够变民风、化民俗，“其变民也易，其化人也著”，所以，古代的先圣帝王，“莫不以教化为大务”，“教化不立而万民不正也”。所以，人君应“务德而不务刑”（《春秋繁露·阳尊阴卑》），“先饮食而后教诲”（《春秋繁露·仁义法》），先使百姓生活富足，这样，德教才有实现的可能。因此，董仲舒强调要减轻对百姓的剥削，“薄赋敛，省徭役”，“限民名田，以澹不足，塞并兼之路”，官僚、贵族要“不食干力，不动于末”，不得兼并土地、经营工商，不与百姓争业，百姓才能生活富足。百姓生活富足，也就不再追财逐利，那么违法犯奸的事就不会发生了。
2.养士、任贤的主张
董仲舒认为，国家治理得好坏，关键在于官吏的贤与不肖。任贤与否，直接关系到君主的地位和国家的命运。人君任用贤者，那么主尊国安。所用非贤，国家不灭亡，自古至今未尝有过。作为人君，没有一个不希望国家兴盛而憎恨危亡的。从历史上看，政治混乱、国家衰败的，都用非其人。尧与舜二帝，努力访求天下圣贤，国家治理得井井有条。任用贤能，必须先广寻贤能之人。所以，董仲舒向汉武帝建议“兴太学，置明师，以养天下之士，数考问以尽其材”（《汉书·董仲舒传》）。广泛培养选拔天下有德有才者充当官吏，“量材而授官，禄德而定位”（同上）。如果平时不培养教育士，而欲得天下的贤才，好比不雕刻玉石，而欲得到美丽的文采，这是无法实现的。董仲舒反对根据“门荫”、“富赀”和官位资历选拔官吏，出身名门望族，未必就贤能，官做久了，未必就能很好地治理国家。除了兴大学以养士外，董仲舒义提出由地方官吏推举贤能的办法，列侯、郡守、二千石的官吏，每年推举二位贤能之人，若推举的人贤，就奖赏推举者，若推举不贤，就惩罚推举者，这样亦可考察官吏的贤能与否。
（三）“三统”“二正”的循环论的历史观
汉武帝曾就朝代兴衰更替向董仲舒发问，董仲舒答以“天不变，道亦不变”。他认为天命是不变的，道亦是行之万世而元弊病的，王朝出现兴衰更替，不是道出现弊病，而是统治者没能很好地按照天命来推行天道，所以天改朝换代，命新的统治者接替治理。在改朝换代时，必须在历法、制度、国都、年号和服色上有相应的改变，没有变化就显示不出天重新授命的意志。出现改朝换代的情况，是五行相胜的结果。每一个朝代都代表五行中的一德，黄帝尚土德，夏尚木德，由于木胜土，所以夏朝代替了黄帝而有天下。周尚水德，代替了金德的殷朝。在历史上，夏代是黑统，以农历正月为一年的开端；商代是白统，以农历十二月为一年的开端；周为赤统，以农历十一月为一年的开端。历史就是按照黑。白、赤，依次循环往复，以至无穷。
董仲舒提出的“三统”“三正”说，是邹衍“五德终始”的继承和发展，其目的与宗旨在于巩固和加强封建统治秩序。
（四）以性三品为基础，以三纲五常为核心的伦理道德观
董仲舒从天人感应说出发，建立起一套神学化的伦理道德观。他认为，大有阴阳，人亦有阴阳。“君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴”，阳是尊贵的、主要的，阴是卑贱的，次要的。所以，君为臣纲，夫为妻纲，父为子纲。“王道之三纲，可求于天”，天是不可改变的，因此，三纲也是不可改变的，必须遵循这种上下尊卑的封建伦理道德，这才符合天意。他尤其宣扬和神化君臣关系，强调臣要忠于君，臣要绝对服从君，臣对君要竭尽忠诚，不得隐瞒任何过错。有了功劳，要归功于君主，有错误、丑恶的事情，要归罪于人臣。父为子纲从属于君为臣纲。董仲舒把春秋以来的君臣、父子关系，加以绝对化。神秘化，使之成为禁铜人的枷锁。三纲，再加上支配三纲的大，即神的意志，就构成了维护整个封建统治的政权。族权、神权、夫权四种权力。毛泽东在《湖南农民运动考察报告师深刻指出：“这四种权力——政权、族权、神权、夫权代表了全部封建宗法的思想和制度，是束缚中国人民特别是农民的四条极大的绳索。”
董仲舒大肆提倡三纲的同时，还提出了“五常之道”，作为维护封建统治的堤防。仁、义、礼、智、信，是五种永恒不变的道，统治者培养整饬，就可以得到天的保佑，享受鬼神的荫庇，恩德施泽到远方，延及一切生命。所以，董仲舒要求汉武帝用五常之道来教化万民，使万民的行动合于仁、义。礼、智、信五常之道，免于追逐财利。追逐财利，如同水往低处流，不能禁止。
董仲舒还把人性分为三品，即圣人之性、斗筲之性、中民之性。他认为，人性是先天赋予的，有善有恶，圣人之性善，斗色之性恶。圣人是理所当然的性善者，而那些“从利也，如水走下”的斗筲之性的人，即使经过圣人的教化也不能成为性善者，对他们只能以“三纲五常”作“堤防”，严格加以防范。
董仲舒的思想是以先秦儒家思想为核心，对阴阳、五行和道家思想的集大成，是对汉武帝以前百家争鸣思想的总结，又开创了汉代以后儒家思想的新纪元。可以说，董仲舒是一位承前启后、继往开来的思想家。他之所以能够构建博大精深的新儒学体系，除了他自己潜心钻研外，还在于他生逢其时，又巧遇伯乐。他的思想，对汉武帝加强中央集权起了至关重要的作用，对后世亦产生了深远的影响。他的无人感应、三纲五常的神学思想，成为西汉后期与整个东汉的谶纬神学的滥觞。他的三纲五常成为束缚劳动人民的精神枷锁，愚忠愚孝繁衍滋生的土壤。但是，他的德教、反兼并、任贤才的主张，却有其积极、进步的意义。尤其是儒家思想定于一尊，使得儒家思想成为中国思想文化的中心和主流，对中华民族的统一起了积极的进步作用。时人刘向称赞他有“王佐”之才，伊尹、吕望、管仲、晏婴这些古代贤臣都不及他。东汉王充说他是孔子的继承人。三国时的玄学家何晏推崇董仲舒说‘儒雅博通，莫贤乎董仲舒”（《太平御览》卷四百四十七引）。宋人司马光曾写《独乐园咏·读书堂》悬于堂上，以示对董仲舒的崇拜。诗云：“吾爱董仲舒，穷经守幽独。所居虽有园，三年不游园。邪说远去耳，圣言饱满腹。发策登汉庭，百家始消伏。”他还借用董仲舒天人感应的灾异谴告说来反对王安石的变法。宋代理学家程颢、程颐、朱熹等人受其影响至深，董仲舒“正其义不谋其利”成为他们的口头禅。朱熹更说：“汉儒惟董仲舒纯粹，其学甚正，非诸人比。”（《朱子语类》卷一三七）他还把董仲舒讲义利关系的名言——仁人者，正其谊不谋其利，明其道不计其功——直接写进学规，认为这是天下万事的准则，要弟子们遵守。陆九渊对董仲舒“大人三策”中的“任德不任刑”，重视教化的思想尤为推崇，但把他的灾异谴告说给抛弃了。董仲舒的思想对清代的影响，由于春秋公羊学的再一次盛行而显得更为突出。晚清诸儒称其为“历代儒家之最单异者”，“孟子之后，董子之学最醇”，“两汉儒者，仲舒为大宗”。他对近代的康有为。梁启超亦有很深的影响，康有为吹嘘董仲舒高于盂、苟，他的《春秋繁露》，深得孔圣人的“微言奥义”。这些都是董仲舒始料未及的。