酸雨最大的危害是对生物的危害。酸雨使土壤酸化，造成养分流失；使树叶变黄，过早脱落，森林成片死亡。本世纪50年代，北美东北部和欧洲开始出现酸雨，到70年代，酸雨使欧洲35％的森林受到不同程度的危害；酸雨降到地面，使地面水、地下水酸化，造成水生生物的死亡和灭绝。挪威和瑞典的2300个湖泊里的鱼死亡了1／10，加拿大大约有5万个湖泊里没有了鱼。70年代，在美国加里福尼亚州山中生息的一种青蛙还有800多只，到1989年只发现了1只。前面提到的三条腿的畸形蛙，经研究证实，就是水污染造成的。
我国自70年代起，酸雨迅猛袭来。广州、上海、南京、柳州、重庆、青岛、北京……从南至北，从东到西，先是城市，然后又向山区和平原扩展，形成一片又一片酸雨区。我国四大佛山之一的峨嵋山金顶上，原有一片郁郁葱葱的冷杉林，几年之后只剩下孤零零的几棵，罪魁祸首就是酸雨。广东、广西、四川、贵州等酸雨区每年减少粮食5％～10％，重庆市的蔬菜每年损失1／4，严重的地区玉米损失1／3。仅我国华南、西南酸雨区，每年因酸雨造成的林木死亡、农业减产、金属腐蚀的经济损失就达140亿元。
酸雨给人类带来的危害是多方面的，主要表现在四个方面：
1.使水体和土壤酸化，危害农牧渔业生产。当酸雨渗入土壤后，土壤中的酸度增大，抑制硝化细菌和固氮菌的活动能力，使土壤肥力降低，导致农作物减产，酸雨渗入土壤解析出的铅和锰，可毒死树根，使树木不能吸收养分和水分，叶片由绿变黄，最后脱落枯死，酸雨还能使植物抗御病虫害的能力减弱，使农作物和森林更易受到病虫的危害。据世界观察研究所1992年发表的一项报告说：每向空中排放600万吨二氧化硫，就足以使1亿公顷土地变成不毛之地。深受酸雨危害的东欧地区，森林中的树木大量枯死。前西德的大量树木变黄枯萎，松柏不再长青，有56万公顷林区已被宣布为“完全荒芜区”，损失达8亿美元。美国国立阿贡研究所的资料证明，酸雨对大豆作物也十分有害，据估计酸雨已使美国大豆产量降低5%左右。英国农业因受酸雨之害每年损失达1亿英磅。中国受酸雨污染的农田已达1.5亿亩，减产损失约27亿元；森林受害面积128.1万公顷，造成木材和生态损失约60亿元。
美国纽约州的布鲁克特劳特湖，20年前宁静的湖水中，嬉游着鳟鱼、鲈鱼和小狗鱼，现在这些鱼类都已绝迹，周围是死一般的沉寂，连蛙声都听不到了，水中也没有任何生物在活动。
湖中生物都被“空中死神”——酸雨杀死。瑞典、挪威和加拿大有4万多个湖泊因酸雨危害，从生物学观点看，已经变成了“死湖”，湖中的鱼类和其它生物几乎全部死亡。
2.污染食物，危害人体健康。当含有镉、铅、汞多种有毒有害物质的酸雨污染水体、土壤，并进入食物链后，就会对人体的健康构成威胁。镉、铅、汞等都是毒性很强的物质当过量摄入人体后，可以引起多种病变，甚至最后导致死亡。因酸雨危害，使欧洲、美国和加拿大，每年老年人和儿童死亡在69000～85000人之间。据前西德环保部门检测，由于降落酸雨，土壤中的含镉量从100微克/千克增加到400微克/千克，植物中的含镉量也随之提高啊。前西德人所食的食物中含镉的数量已超世界卫生组织所规定的“极限”的百分之七八十。
3.腐蚀金属和建筑物，缩短其“寿命”。酸雨不仅毁坏森林，危害农业，毒化湖泊，损害人体健康，而且还腐蚀金属和建筑物。由于近年来，所降酸雨水中的酸度越来越大，对金属和建筑物、岩石等的腐蚀作用，比人们所确认的大得多。降落酸雨地区，金属腐蚀速度，要比无污染区大2～5倍。因降酸雨，使重庆市市中区供电系统线路上金属器件的维修周期，近年来缩短了一半。才三四年的混凝土建筑物外部沙浆就被侵蚀剥落露出石子。1956年建成的重庆市体育场的水泥栏杆，早已经凹凸不平，石子外露，年平均水泥浸蚀0.4毫米。波兰某些地段的铁轨，因遭到酸雨腐蚀，致使火车的时速不能超过44千米。世界上许多地方的文物古迹也因受酸雨的腐蚀，面目全非。从印度的泰姬陵到英国的圣保罗大教堂，从美国的自由女神像，到瑞典的大理石雕都未逃脱腐蚀的厄运。
4.间接加剧“温室效应”。据科学家最新研究发现，酸雨还能间接导致“温室效应”加剧，研究发现，往土壤加施硝酸铵一类化肥后，由土壤中放出的甲烷比不施的多33%。美国海洋生物学研究所的科学家已经证实，森林土壤在湿度增加和加施氮肥后，土壤中微生物放出的甲烷大大增加。科学家由此认为，工业污染造成的酸雨会使土壤酸度及湿度增加，就要释放出更多的甲烷，而甲烷是一种比二氧化碳增温作用更大的温室气体，其分子结构更能有效地阻止红外线向外辐射，从而加剧地球的“温室效应”。
整治恶魔
据国家环境保护总局发布的权威性资料表明，中国已经成为世界上最大的二氧化硫排放国，这是因为中国也是世界上最大的燃煤国。在我国，煤炭占一次能源消费总量的75％，随着经济的快速发展，煤炭消耗还在不断增加。1980年我国煤炭消耗是6亿吨，到1995年已达到12.8亿吨。随着燃煤量的增加，燃煤排放的二氧化硫也不断增加，以1995年为例，这一年我国排放的二氧化硫竟高达2370万吨。预计到2010年和2020年我国的煤炭消费将分别达到14.5亿吨、18亿吨和21亿吨，如对二氧化硫排放量不加以控制，到2020年，仅我们一个国家每年就要向大气中排放二氧化硫3900万吨。到那时酸雨区必将扩大，降水中的pH值也会更低，从而造成的损失也会更大。
面对酸雨和二氧化硫对我们的经济建设和人民生命安全所造成的危害，一场控制酸雨和二氧化硫污染的行动也拉开了帷幕。1990年12月，国务院环委会第19次会议通过了《关于控制酸雨发展的意见》，提出在酸雨监测、酸雨科研攻关、二氧化硫控制工程和征收二氧化硫排污费4个方面开展工作的意见。1995年8月，全国人大常委会又通过了新修订的《大气污染防治法》，专门规定并明确划分全国的酸雨控制区和二氧化硫控制区，这就是我们所说的两控区。两控区内污染控制和防治的目标是：到2001年，基本遏制住酸雨和二氧化硫污染不断恶化的趋势，两控区内二氧化硫的排放量控制在1995年的水平。到2010年，二氧化硫的排放量在2001年的基础上进一步减少，酸雨控制区内的降水pH值小于或等于4.5的重酸区明显减少。
实现这个目标那就得从源头抓起，调整能源结构，优化能源质量，提高能源利用率，减少燃煤产生的二氧化硫。例如，我国一次能源的75％来自燃煤，这个比例在今后相当长的一个时期内不会有大的改变。即便如此，也还是大有潜力可挖的，因为我国节能的潜力很大，现在我国能源利用率只有30％，而发达国家的能源利用率都在40％以上。如果我们达到发达国家现在的水平，就可以节省1／3的能源（主要指煤炭），同时又可减少1／4的二氧化硫排放量。科学技术的发展也给减少二氧化硫的排放提供了可能。例如，给大量燃煤的设备中安装脱硫装置，使二氧化硫无法通过烟囱排放到大气中去，这是更简捷的办法。北京市人民政府规定，从1997年冬季取暖期开始，全市一律使用低硫煤。
在目前阶段，结合我国的国情，国务院在1996年发布的“国函［1996］24号”文件中规定了一项新政策，那就是在两控区内征收二氧化硫排污费。人们非常风趣地把这项规定称为“排污按斤收费”。谁排放二氧化硫谁就要向国家缴费，每千克二氧化硫收费0.2元，这笔费用全部用来治理酸雨和二氧化硫污染，同时这项规定也可以促使排放单位提高治理污染的自觉性。