阴阳说和五行说最初是两个相对独立的系统，例如，《洪范》讲五行，但不讲阴阳；《周易》讲阴阳，但不讲五行。战国末期齐地的稷下学者才把它们结合起来，以阴阳家邹衍为代表。这种结合的基础是“气”。
《史记·孟子荀卿列传》谓邹衍“深观阴阳消息而作怪迂之变”，但具体内容未讲，不过从司马谈《论六家之要指》中对阴阳家的评论可窥其梗概。司马谈说：“尝窃观阴阳之术，大祥而众忌讳，使人拘而多所畏，然其序四时之大顺，不可失也。”阴阳家所以“使人拘而多所畏”，司马谈解释说：“夫阴阳、四时、八位、十二度、二十四节，各有教令，顺之者昌，逆之者则亡，未必然也。”即阴阳家把人的一切活动都纳入到阴阳、四时、八位、十二月和二十四节气的机械的自然运行图式中，使人拘束于日时，吉凶先见，故人多所忌讳。不过，司马谈又肯定阴阳家“序四时之大顺”的合理性，说：“夫春生夏长、秋收冬藏，此天数之大经也，弗顺则无以为天下纲纪。”即春生夏长、秋收冬藏是自然的规律，人的一切活动要遵从这一规律，此“不可失也”。从司马谈的评论可知，阴阳家不仅把阴阳与五行结合起来，而且把阴阳五行与四时节令、天道变化联系起来。邹衍又讲“五德终始”，把五行与历史朝代的兴替也联系起来。除邹衍外，《管子》中的《五行》、《四时》、《幼官》，《吕氏春秋·十二纪》、《淮南子·时则训》、《礼记·月令》、《大戴礼记·夏小正》等篇也有同样或相似的内容，可见这些也属阴阳家的著作。
阴阳家最突出的，就是提出了有机宇宙系统的思想。其主要观点是：
第一，以阴阳五行为框架的机械的宇宙图式。这种机械宇宙图式的最初萌芽可追溯到《尚书·洪范》。《洪范》关于五行的分类图式，已从“五行”（水、火、木、金、土）到“五纪”（岁、月、日、星辰、历数）再到社会生活的“五事”（貌、言、视、听、思）等，把自然现象、社会现象纳入五行的机械框架图式中。《管子》则以五行配四时、五祀、五灵、五音、五味、五色，并用阴阳的变化解释四时的变化：
“春者，阳气始上，故万物生；夏者，阳气毕上，故万物长；秋者，阳气始下，故万物收；冬者，阳气毕下，故万物藏。故春夏生长，秋冬收藏，四时之节也。”（《形势解》）《吕氏春秋·十二纪》又按照十二月的顺序，把自然现象和人事活动编制成一个无所不包的严整的世界图式，称为“十二纪”。《十二纪》将人的政令、农事、祭祀等活动纳入一年十二月的时空系统中，同时又以四时配五行，并以此将气候、天象、物候、五方、五音、五色、五味、五臭、五虫、五教、五祀等等一一搭配起来，形成庞大的、僵化的框架结构，并试图用阴阳的消长对此作出解释。如以木德配春季，色尚青，阳气升，太阳在东，故方位为东；以火德配夏季，色尚赤，阳气盛，太阳在南，故方位为南；以金德配秋季，色尚白，阳气日衰，太阳在西，放方位为西；以水德配冬季，色尚黑，阴气为盛，太阳在北，故方位为北；以土德配“中央”，时为夏秋之交。《月令》的说法基本上与《十二纪》相类似。其实，以五行配四时、阴阳，邹行也有类似说法。如《周礼·夏官·司》郑玄注引《驺子》：
“春取榆柳之火，夏取枣杏之火，季夏取桑柘之火，秋取柞楢之火，冬取槐檀之火。”
“五行”既是万物分类图式，又可以此解释四时的变化。阴阳家认为四时的变化顺序是由“五行相生”的关系决定的。木生火，火生土，土生金，金生水，于是才有了春、夏、秋、冬的季节变化。这种解释比较牵强。《月令》用阴阳二气的盛衰消息解释四时的变化，例如，它认为“孟春之月”，“天气下降，地气上腾，天地和同，草木萌动”；“孟冬之月”，“天气上腾，地气下降，天地不通，闭塞而成冬”。解释“夏至”，是“日长至，阴阳争，死生分”，即夏至是白天最长的一天，由此起日渐变短，原因是阳息阴消开始转向阴息阳消，万物遂到了半死半生的分界；“冬至”则是“日短至，阴阳争，诸生荡”，即冬至是白天最短的一天，由此日始渐长，原因是阴息阳消始转向阳息阴消，阳气上升，故万物开始活动。这与《管子》的说法相符合且更具体了。
按照阴阳家的解释，万物春生、夏长、秋收、冬藏反映了阴阳五行的内在规律，因此，统治者对农事的指导、政务和祭祀活动的安排也应遵循阴阳五行的运行规律。例如，于“盛德在木”的春季，应布农事，以适时播种，并“禁止伐木”，强调“毋作大事（指兵事），以妨农事”；于“盛德在火”的夏季，“树木方盛”，“入山行木，毋有斩伐。不可以兴土功，不可以合诸侯，不可以起兵动众”等。《月令》还把人的生产活动编为一种程序，认为这个程序是不能违背的，即“凡举大事，毋逆大数，必顺其时，慎因其类”。如果“孟夏行秋令”，则“苦雨数来，五谷不滋”；“季春行夏令”，则“民多疾疫，时雨不降”等。说明人们的活动如果违逆了自然的规律，就会受到惩罚。由此可见，阴阳家认为人与自然秩序有一种一一对应的关系，人的行动必须与自然界的变化统一谐调起来，否则会引起自然界的失调，给人类带来灾难。显然，阴阳家已把自然、社会人事看成是一个具有反馈功能的结构系统，而强调系统的和谐则是它的基本思维定势。
第二，天人感应思想。天人感应的思想萌发于殷周时的天命神学体系中。
《洪范》早就有关于自然和社会之间相互作用、相互影响的说法，如：“曰休征：曰肃，时雨若；曰硋，时若。”意思是说，事物有好的征兆：如果天子办事恭谨，雨水就按时降下来；天子政治清明，就会有充足的阳光等。又说：“曰咎征：曰狂，恒雨若；曰僭，恒若。”即如果天子的行为狂妄，大雨就会下个不停；天子办事有差错，天气就会干旱不雨等。用以说明统治者的政治清明与否，行为端正与否，都对自然天象有重大影响。
《洪范》在天人之间所建立的这种神秘的感应关系，显然没有超出天命神学的范围。与这种神秘的天人感应说不同，阴阳家则看到了自然与社会、人事之间有某种机械感应的关系，并认为这种感应关系不是由某种神秘的原因所决定，而是由阴阳二气的相互作用引起的。如前所述，《月令》认为人应该根据每月的阴阳之气运行规律来具体确定人事基本活动的程序，如果违背这个程序，就会使阴阳失调，事物紊乱，造成不测之祸。《吕氏春秋》也说：“类固相召，气同则合，声比则应。”并举例说：“鼓宫而宫动，鼓角而角动。”“平地注水，水流湿；均薪施火，火就躁。”（《应同》）“慈（磁）石召铁，或引之也。”（《精通》）这些都是由阴阳的相互作用所引起的自然界事物之间的机械感应。《月令》又认为，如果仲春之月行冬令，“则阳气不胜，麦乃不熟，民多相掠”。孟秋之月行冬令，则“阴气大胜，介虫败谷，戎兵乃来”。这里所说，也是指天人之间的某种机械的感应关系，只是它更强调自然和人类社会生活的各种复杂的联系与相互制约。阴阳家发现了这种联系，并试图用阴阳的对立统一揭示这种联系，这是人们认识事物的一大进步。
不过阴阳家也没有彻底摆脱天命神学的影响，有时也会对天人关系作出一些神秘的解释。如《管子·五行》说：“人与天调，然后天地之美生。”邹衍也常讲“灾异符验”之类。《吕氏春秋》也说：“凡帝王者之将兴也，天必先见祥乎下民。”
（《应同》）相反，如果国家政治昏乱，自然界就会出现风雨不调、星辰易位、四时易节等怪异现象：“见祥而为不善则福不至”，“见妖而为善则祸不至”（《制乐》），宣扬祥瑞符应说，这就使天人关系又带上了神秘的色彩。
第三，认为社会历史的变化、历代王朝的兴替也受“五行相胜”的支配。《管子》的《幼官》、《四时》与《吕氏春秋·十二纪》都是依木→火→土→金→水即“五行相生”的顺序来说明时令变化的。而邹衍则用土←木←金←火←水即“五行相胜”的顺序说明历史的变化和王朝兴替的。邹衍认为，自“天地剖判以来，五德转移，治各有宜，而符应若兹”（《史记·孟子荀卿列传》），即认为历史发展和王朝兴替是在天意的支配下，按照“五行相胜”的次序周而复始进行的。关于五德相胜的顺序，据《文选·齐故安陆王昭碑》李善注引：“邹子有终始五德，从所不胜：土德后木德继之，金德次之，火德次之，水德次之。”这和《管子》中所说的次序很不一致，是“五行相胜”的顺序。邹衍认为“五行相胜”支配了历史：“五德从所不胜，虞土、夏木、殷金、周火。”（《淮南子·齐俗训》高诱注）上述说法与五行的联系十分清楚，但是与阴阳的关系尚不明确。在《吕氏春秋》中，五德说则与阴阳之气联系起来。《应同》说：黄帝时，“土气胜，故其色尚黄，其事则土”；禹时，“木气胜，故其色尚青，其事则木”；商汤时，“金气胜。故其色尚白，其事则金”，等等，这与邹衍“深观阴阳消息”的思想相吻合。这样，阴阳家在“五德终始”的基础上，形成了一套“（衣几）祥度制”的循环历史观，邹衍的地位也由此而显赫起来。秦始皇论证其吞并六国的合理性时，就引了邹子之论。据说“邹子之徒论著终始五德之运，及秦帝而齐人奏之，故始皇采用之”（《史记·封禅书》）。
“五德终始”实质上是把自然现象和社会历史现象贯通起来，并纳入阴阳五行宇宙系统框架中的一种神秘历史观，是天人感应论的一种表现。此后董仲舒发挥并改造了这种说法。
第四，阳德阴刑说。在阴阳家那里，阴阳五行不仅被用来说明历史的变迁，而且也被用来说明道德和刑罚等社会现象。《管子》中的《幼官》、《四时》已有这种思想。《四时》说：“阴阳者，天地之大理也；四时者，阴阳之大经也。刑德者，四时之合也，刑德合于时则生福，诡则生祸。”“阳为德，阴为刑。”阴阳、五行、四时不仅与刑德相联系，也与赏罚相联系：夏季“赏赐赋爵，受禄顺乡，谨修神祀，量功赏贤，以助阳气”；冬季“断刑致罚，无赦有罪，以符阴气”。《幼官》也有春夏“赐与”、“爵赏”，而冬秋“肃杀”、“尽刑”的说法。《黄老帛书》中这种说法也很多。《十六经》说：“春夏为德，秋冬为刑，先德后刑以养生。”又说：“刑德相养，逆顺若成。刑晦而德明，刑阴而德阳，刑微而德章。”可见，以阳为德，作为德治、善性的根据；以阴为刑，作为刑罚、肃杀、恶性的根据，把阴阳五行与社会人事联结起来，这是在董仲舒之前、秦汉之际已相当流行的思想，并非董仲舒所创造。
阴阳家把五行与四时相配合，并以阴阳作为动力机制，以五行相生为秩序说明时令的变化、社会生产活动的程序，以五行相胜说明历史的变化、朝代的更替，遂把天文、历算、物候、社会人事、生产活动、政务德刑乃至官制服饰等凡人能经验到的一切都纳入到阴阳五行的框架系统中，形成了一个包括天、地、人在内的有着明确结构的整体系统。在这个系统里，宇宙中的一切都是在阴阳的统摄下彼此关联，按照五行的生克秩序有规律地变化着。这种思想对汉代乃至整个中国古代哲学、中国文化的影响都是巨大的，以至于在一定意义上可以说，不了解阴阳五行宇宙系统论，就无法理解中国古代哲学。
这种整体宇宙系统所建立的方法，可以从邹衍所说“必先验小物，推而大之，至于无垠”（《史记·孟子荀卿列传》）看出来。也就是说，它基本上是在农业生产活动和日常生活经验基础上通过“类推”而建立起来的。不过，当阴阳家把一切经验要素纳入到阴阳五行的机械系统中，并试图对之做整体把握的时候，又表现出强烈的理性色彩。它追求宇宙万物的同一，强调阴阳五行的系统功能和力量，思维在向事物整体联系和有序发展的动态均衡的方向拓展，从而使该系统具有原始的素朴的系统论思维的某些特征。这样，一方面，阴阳五行系统论向人们揭示的世界，已不是那种混沌的、扑朔迷离的朦胧图景，而是有着某种规律和节奏的、相互关联的、有序发展的整体系统。另一方面，从《管子·幼官》、邹衍的“阴阳消息”和“五德终始”、《吕氏春秋·十二纪》、《礼记·月令》、《淮南子·时则训》等所展开的阴阳五行系统论看，由那种荒诞的比附、虚构的联系所造成的神秘、迷信的非理性成分也依然存在。科学和迷信相杂，清醒的理性探索和神秘的、主观的比附并存，遂造成了这一系统此后向两个方向发展的可能性：或继续发挥阴阳五行的宇宙系统图式，在神秘化的方向上把它进一步推向迷信和神学目的论；或沿着理性的方向，进一步探寻阴阳五行系统的本源根据，建立起合乎自然本性的宇宙生成论。在汉代，前者以董仲舒和谶纬神学的神学目的论为代表；后者则以《淮南子》、《老子指归》、《太玄》、《论衡》等主自然论者为代表。
目的论：阴阳五行宇宙系统论的神学发展
———从《春秋繁露》到《白虎通》对两汉思想产生了重大影响的天人感应的神学目的论，是由汉武帝时期的政治家和公羊学家董仲舒创立的。神学目的论是以复兴儒学的形式出现的，它不仅强化了儒学的独尊地位，而且也愈益使之经学化、神学化。经学化的儒学经汉宣帝的扶植、东汉章帝的推崇，在汉代成为居于支配地位的学术思潮。后来儒家经学与谶纬神学相结合而使汉代思想愈加走向迷信。也正是这种迷信的蔓延，最终使儒家经学陷入困境，并日趋衰落。这就是汉代“新儒学”思想的发展逻辑。
一、神学目的论体系的创立
董仲舒的神学目的论体系是汉初以来思想综合发展的一种结果。董仲舒的哲学思想集中体现在《天人三策》和《春秋繁露》中，其体系虽然庞大，但是其思想“要素”有相当部分是从前人那里“拿来”的。例如，其君臣之义、尊卑之序的伦理思想主要来自孔子、荀子；其“三纲”思想可能受到孟子的“五伦”、《吕氏春秋》的“君臣、父子、夫妇六者当位”以及韩非的“三事”说的影响；其阳尊阴卑观念来自《易传》；其以阴阳五行为框架的宇宙图式主要来自秦汉以来的阴阳家。
即使最能体现其体系特征的天人感应思想，在董仲舒之前的阴阳家那里也已经有了；而其思想体系最核心的范畴“天”则是先秦墨子、孟子、荀子思想的结合。
董仲舒的创造则主要在于他以“天意”为核心，以阴阳五行为框架，把传统的儒家伦理、法家的法术思想等统统纳入到一个系统中。所以，从总体上说，董仲舒的哲学思想，“兼儒、墨，合名、法”（《汉书·艺文志》），继承、综合多于创造。当然这种综合也是一种创造，由综合而创造。这种综合创造是以儒家和阴阳家为主干的。儒家的伦理纲常、等级秩序是其全部思想的出发点和基础，阴阳家的宇宙图式是当时比较流行的思想，因而也是可资利用的形式。董仲舒的思想特点在于“相当自觉地用儒家精神改造了利用了阴阳家的宇宙系统”，把阴阳家的宇宙图式与儒家伦理相结合起来，从而使儒学在经历秦代的打击、汉初儒道互黜的较量之后获得了新的生命力，这一方面使儒学在百家之学中的地位凸显起来，另一方面也使儒学自身发生了不同于原始儒学的某些变化，而具有一些新的特征。
（一）“天”：以自然外貌形式出现的、具有意志、情感和目的性特征的实体如前所述，董仲舒的“天”带有杂糅诸家的特征：有殷周以来神学主宰之天的含义，有孟子道德化的义理之天的含义，也有荀子以气为基础的自然之天和阴阳家以阴阳五行结构为特征的物质之天的含义，但是却又与其中任何一种都不完全相同。因此，弄清其“天”的含义，是把握董仲舒哲学体系的关键，因为这里已孕育着其哲学体系诸多矛盾的契机。