在打倒了顾命八大臣之后，两宫太后终于掌握了国家的最高领导权力。政变成功之后，最重要的任务是将局势稳定下来，并且尽快组成新的领导集团。
奕是这次政变的主要功臣，慈禧对他给予了极大的信任，给了他很大的自由去谋划行动，两人之间配合十分默契。因此首先要奖励的功臣就是奕，十月一日和二日连发四道谕旨，任命奕为议政王兼军机大臣，补受宗人府宗令、总管内务府大臣，管理宗人府银库。这样一来，奕就掌握了除皇帝和两宫太后外的几个最重要的职务，使他的权力凌驾于其他王公大臣之上，成为仅次于两宫太后和小皇帝的第一大臣，享有很高的权力。
除奕之外，还奖赏了在这次政变中有功的其他官员，任命大学士桂良、户部左侍郎文祥、曹毓瑛等人为军机大臣，这样一来就形成了以奕为首的新的军机处。
在奖励有功人员的同时，还惩治了肃顺集团的相关人员。新领导集团对肃顺进行了严肃的惩罚，查抄了他在热河和北京的全部家产，并发布谕旨指明肃顺、载垣和端华等人的罪状，对他们处以极刑。
肃顺集团的其他成员也根据罪行的轻重分别加以不同程度的惩罚，两宫太后决定对罪行较轻的人员处以宽大处理，这种做法产生了很好的效果，赢得了许多前肃顺集团的官员的感恩和支持。慈禧运用高明的政治手段，不仅掌握了最高权力，而且又为自己赢得了宽容的美名，为她日后的执政打下了良好的开端。
慈禧发动这次政变的最终目的是要真正掌握皇权，途径是垂帘听政。中国历史上的垂帘听政起始于西汉的吕太后，后世出现了很多继承者，如东汉的邓太后和窦太后、北魏的冯太后、唐代武则天、宋代的高太后和辽代的萧太后等。这些女人是中国封建社会少见的政治家和巾帼英雄，但历史上人们对她们的评价往往是批评多于赞誉，认为妇道人家不应该涉足政治，并相信女人管理国家，注定会走向灭亡。但是，在皇帝年纪太小无法管理朝政的情况下，只有辅政和垂帘两种选择。虽然咸丰帝试图建立辅政和垂帘相互牵制的全新形式，但最终结果只能是一方被另一方所消灭。
“垂帘听政”与“女人不能干预政治”的传统相抵触，因此历代的垂帘都是经历过一番艰难斗争的，没有足够的才智和能力不可能成功地进行垂帘。而慈禧太后不仅拥有吕太后的才智而且有着武则天的勇气，既有高明的政治手腕又有着豪迈的气魄。虽然经历了千难万险，慈禧最终还是获得了胜利，扫清了垂帘的障碍，剩下的一步就是制订垂帘的具体事务。
在恭亲王奕的策划之下，朝内外的许多大臣都上奏请皇太后亲理朝政，为两宫太后垂帘听政造足了声势，慈禧太后顺水推舟，召见大臣们一起商定垂帘听政的具体内容。十月五日，大学士上奏请求修改肃顺前拟的年号“祺祥”，理由是这两字意义重复，周祖培建议改为“熙隆”或者“乾熙”。最后共同议定改为“同治”二字，有三层含义，第一是两宫太后共同治理朝政，第二是两宫太后与亲贵大臣共同治理，第三是两宫太后与幼帝共同治理。关于垂帘的具体方法，王公大臣们经过再三商议，也未能拿出使慈禧满意的方案。
实际上，慈禧是想集大权于一身，于是以皇帝的名义发布了两道上谕，亲自制定了垂帘听政的章程，并命令大臣们照办。这两道谕旨的中心旨意就是皇太后亲自管理一切政务，并对处理大臣们的奏章做出了严格的规定。王公大臣从这两道谕旨理解了太后的意思，那就是太后想要所有的权力都集中在她们的手上，这并非是简单的程序问题，而是最高领导权的归属问题，如果不按照太后的意思办理，垂帘听政的章程是不可能通过的。于是大臣们又商议了十几天，最终依照慈禧太后的意愿，制定出了垂帘听政的具体章程。慈禧太后看了之后非常满意，命令大臣们尽快照章办理。
十月九日，载淳在太和殿举行继位典礼，年仅六岁的同治皇帝身穿龙袍坐上了朱红镀金的御座，并颁行了咸丰帝的传位遗诏，文武百官叩拜之后由礼部官员宣告天下。
十一月一日，在养心殿举行了垂帘听政的仪式，养心殿的正中悬挂着雍正帝亲笔御书的“中正仁和”匾额，从雍正皇帝开始，养心殿就成了皇帝日常处理政务的场所。
幼帝载淳坐在养心殿东间的宝座之上，前面放置着一张御案，后面设一黄色幔帐，幔帐后也设一张御案，两位太后并端坐在黄幔之后，慈安太后坐在左边，慈禧太后坐在右边。
王公大臣们举止庄重地站在养心殿外，议政王兼首席军机大臣奕带领文武官员向两宫太后和皇帝行礼。
礼毕后，奕走入殿内，站在同治帝御案的左侧，引见王公大臣或者上呈奏章时，首先由奕接过来捧到御案之上，从此清朝历史上的首次垂帘听政便正式开始。
慈安太后素来宽厚贤良，疏于心计，才智平庸，而且在政治上也没有什么野心。而慈禧太后则工于心计，心狠手辣，并且有着极大的野心和抱负。因此垂帘听政的主要任务就落到了慈禧肩上，她终于如愿以偿的独揽大权，从此之后开始了对清朝长达四十八年的统治。
两宫太后垂帘听政实际上是以慈禧太后为主，为了巩固自己的权力和地位，慈禧在政策上进行了一些调整，这些政策使得同治时期出现了一个短暂的恢复阶段，历史上称之为“同治中兴”。
1860年，清政府与英法签订了和平条约消除了外患，1864年太平天国被彻底剿灭内患也随之解决，因此政治上开始了一个和平发展的阶段，并开启了自强求富的洋务运动。
中国历史上曾经有过夏代的“少康中兴”、汉代的“光武中兴”和宋代的“高宗中兴”，属于较为少见的现象。中兴通常是衰弱或濒临灭亡的王朝短暂复兴得以延续一段时日，但中兴通常只是一个时期内的复兴，而并非整个国家和民族的复兴，并不能从根本上挽救濒死的王朝。
同治时期的中兴主要表现在内忧外患的解除上面，而此时掌管政务的并非同治皇帝，而是慈禧太后。在慈禧太后垂帘听政期间，平定了太平天国叛乱，协调了满汉大臣之间的矛盾，并重用曾国藩、左宗棠、李鸿章等一大批汉人，使得国家民生得以缓解和复苏。虽然后人对慈禧的垂帘听政贬抑颇多，但西太后办事的魄力与驾驭人才的能力却是值得赞赏的。
慈禧在同治中兴时的政绩主要表现在以下几点。
第一，平定太平天国。太平天国运动爆发于1851年，几年之内其势力扩展到全国范围内，直到1864年才彻底平息。
慈禧太后掌权之后，重用善于外交的恭亲王奕，使得清朝在外交方面得到了外国的支持，在外国政府的协助之下，清朝将力量集中在安内。而且慈禧重用曾国藩，给予他很大的权力进行征伐，使得负责剿灭太平天国的清军有了统一的指挥，战斗力大大增强。已经延续十几年绵延大半个国家的“太平天国运动”，在慈禧垂帘听政后的第三年便以失败告终，足可证明慈禧在平定太平天国运动中起到的重要作用。
太平天国被镇压巩固了大清王朝的统治，但是同时使得外国的侵略势力进一步渗透进了清王朝，长远来看，实际上加速了清朝的灭亡。
第二，协调满汉关系。清王朝统治的最初，满汉之间有着严格的界限，例如汉族女子不得入宫，满汉分地而居，满汉不得通婚，汉族官员不得担任要职等。
但是随着社会现实的改变，清王朝的统治已经日渐衰落，为了赢得更多汉人的支持，这种限制逐渐开始放松。咸丰时期就已经起用了曾国藩、左宗棠、沈桂芬、李鸿章等汉族官员，慈禧掌权之后又将这一做法进一步扩大了。慈禧取消了“满汉不得通婚”的限制，这在一定程度上促进了满汉的融合，有利于国家和民族的统一。此外慈禧还重用汉族官员，例如重用曾国藩，给予他很多的特殊优待。虽然慈禧重用汉人，本质上是为了维护满人的统治，但在客观上还是起到了调节满汉关系的作用。
第三，支持洋务运动。19世纪末，清朝在内忧外患之下日益衰败，统治者也意识到必须进行改革才能维护自己的统治。有识之士提出了“师夷长技以制夷”的思想，一些开明的大臣，中央以恭亲王奕为代表，在地方以曾国藩、李鸿章、张之洞等人为代表，提倡兴办洋务以图自强。他们兴办招商局、机器制造厂，修建铁路、开办矿产等，并派学生出国学习外国的先进技术。洋务运动在同治年间兴起，正值慈禧太后掌权时期，没有慈禧太后的支持，奕诉是不可能大力发展洋务的，而没有朝廷内部的支持，地方官员也不可能取得很大的成效。因此，慈禧太后对于洋务运动是持支持态度的，客观上推进了清朝在技术方面的进步。
第四，勤政纳谏。慈禧太后在垂帘听政之后，勤于政务，善于学习，她吸取历代垂帘听政的经验教训，钻研统治的方法，以稳固自己的权力和地位。
慈禧太后读过许多史书，又经过八大臣掌权的教训，深知跋扈专权的危害。因此她非常善于纳谏，曾颁布诏书鼓励大臣们直言劝谏，对政务有意见的都要照直说明，提出有用意见的官员予以一定的奖励，这种政策在当时确实起到了一定的作用。
由以上几点可以看出，慈禧在垂帘听政期间并非是无所作为的摆设，而是实际的执政者。在同治年间，她与奕等大臣共同治理国家，确实起到了恢复江山社稷的作用。可以说同治中兴时期的慈禧，是一个开明勤奋的君主、有所作为的政治家，她通过自己的努力在一定程度上巩固了清政府的统治，使清朝得到了一个短暂的复兴，可以称得上是同治中兴的幕后推手。