慈禧俨然成了这个王朝真正的主人，她一面呕心沥血地培养着自己的儿子，也就是未来的君主，一面又唯恐自己手中的权力被剥夺去，她只能在暗地里将权力握得更紧，甚至有点乱了阵脚，对于已成年的儿子同治，一定要让他做到言听计从。形同傀儡的同治在母亲的强压下早亡，慈禧为了继续自己至高无上的权力，在众大臣的反对声中，硬生生地扶植了只有四岁的载湉……
同治年间，大清国在慈禧太后的管理之下出现了短暂的复兴，与此同时，当初那个六岁的小皇帝也渐渐长大成人。同治十一年（1872年），同治帝已经十七岁了，两宫太后筹备着为他选后完婚。但是，在后妃人选的问题上慈禧与慈安太后发生了冲突。
慈禧太后看中了员外郎凤秀的女儿富察氏，虽然年仅十四，但是面容姣好，资质聪慧。而慈安太后则看中了翰林院侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏，崇绮有着很高的文化素养，他的女儿阿鲁特氏从小就端庄淑娴，慈安太后看中了她的德量，想要立她为后。这样一来，两宫太后各有所属，在这一问题上僵持不下，只能让同治帝自己选择。
同治帝在继位后的十几年中，只是坐在御座上的一个傀儡而已，从未真正的享有过任何权力，时刻都受制于自己的母后慈禧太后。这次选后，是同治帝第一次执行自己的意志，他选择了慈安太后推荐的人选——阿鲁特氏为后。
同治皇帝的选择得罪了慈禧太后，她认为这是同治帝在有意和自己作对，但在当时形势之下，她还是暂时忍让，同意了同治帝的选择。
人选确定之后，两宫太后便发布懿旨，选翰林院侍讲崇绮之女阿鲁特氏为皇后，员外郎凤秀之女富察氏为慧妃，并选定了其他嫔妃。同年九月中旬同治皇帝举行了隆重的大婚典礼，并为两宫太后加徽号。
慈禧虽然同意了同治帝的选择，但在同治完婚之后，她仍然不喜欢皇后阿鲁特氏。同治帝对德才兼备的皇后非常喜爱，夫妻二人恩爱有加，这更惹怒了慈禧，她见到皇后时从来没有好脸色，还以妨碍政务为由，阻碍同治帝与皇后亲近，而让他多多眷顾慧妃。
年纪尚轻的同治帝不敢违背太后的意愿，从此就冷落了皇后，但是他也不想亲近慧妃，因此他通常独自住在乾清宫，同治帝的婚姻生活在母亲的过分干涉之下并不幸福。
在大婚之后，同治帝马上就满十八岁了，两宫太后准备撤掉垂帘，让同治帝亲政。同治十二年正月，两宫太后发布谕旨，宣告天下撤帘归政，并对同治帝提出了严格的要求和殷切的期望，她们盼望同治帝能够成为圣祖康熙那样有所作为的皇帝，振兴大清王朝。
正月二十六日举行亲政大典，同治帝率领王公大臣在慈宁门举行庆贺礼，然后文武大臣到太和殿向同治帝行朝贺礼，同治帝发表其亲政上谕。同治帝在这道上谕中表达了对两宫太后多年来代理政务的感激之情，也表示了自己励精图治的决心，表示要“以敬天法祖、勤政爱民为念……恪遵训谕，兢兢业业，上禀祖宗缔造之艰，下慰中外臣民指望，用以袛承家法，仰答慈恩”，并要求文武大臣“共矢公忠，恪恭尽职，勤求吏治，乂安民生”，以不辜负“两宫皇太后谆谆训诫至意”。二月八日，崇上两宫太后为慈安端裕康庆皇太后和慈禧端佑康颐皇太后。
同治帝在完婚和举行完亲政大典之后，并没有履行亲政诏书中的诺言“敬天法组，勤政爱民”，他着手进行的第一件事却是大兴土木，修复圆明园。
慈禧很早以前就想要修复圆明园，但是，当时的大臣们认为这一工程耗资巨大，一旦开始则会引发无数的后患，由于大臣们的极力反对，这一工程并未实行。
同治皇帝在亲政之后又重新提起修园的事，主要有以下几点原因：首先是报答母恩，尽孝道。再过两年是慈禧的四十万寿之日，为了感戴慈恩要尽快将园林修复。十二年来两宫太后不仅将同治帝抚养成人，而且还将整个国家管理得井井有条，同治帝感到由衷的感激。他表示自从登基以来未曾让两宫太后在园内居住，感到于心不安。其次，是由于同治帝受到了怂恿。宫中一些势利小人为了中饱私囊，极力劝说同治帝大兴土木，修建园林，他们好从中得到利益。内务府的营造司负责掌管建筑修缮的事务，他们只有大兴土木，才有获得大量利润的机会。因此内务府的许多官员和同治帝身边的太监都劝说他修复园林，这样一来，同治帝更加坚定了修园的决心。最后，修建园林也是同治帝企图摆脱慈禧的控制、独揽大权的一种手段。太后撤帘归政之后，本应该颐养天年，但慈禧太后却并不安心于此，而是仍然时不时查看各种奏折和公务，干预同治帝管理朝政。同治帝想要尽快摆脱慈禧的干涉，因此想到修复园林为慈禧提供一个休闲娱乐的场所，使她逐渐远离朝政。
以上种种原因都使同治帝下定决心要修复圆明园，这个决定引起了很多大臣的反对。大臣们劝说同治帝不应把大量的钱财用到这样于国计民生无益的事情上。然而掌管内务府的户部侍郎桂清由于极力反对，遭到了同治帝的怒斥，并且被撤职。
同治帝不顾众多大臣的反对，执意进行修园，他派人到承办修园事务的工程设计师那里取来圆明园全图之后，便发布朱谕，下令对圆明园的局部建筑进行修复，主要为皇帝和两宫太后居住的宫殿，其余游览场所不进行修复。
至于资金来源，则是由各地官员出资捐助。虽然同治帝谕旨上说“择要”修复，但实际需要动工的范围却很广，需要重修的部分包括圆明园、万春园和长春园内的三千多间亭台楼阁。同治帝发布朱谕后几天，就接到了御史沈淮的上疏，请同治帝暂缓修复圆明园的事务。同治帝大发雷霆，立刻召见沈淮严厉斥责，并针对他的上疏又颁发了修园的上谕。几天之后，清理园内断壁残垣的工作已经正式开始进行，可见动工的速度是非常快的。出人意料的是，在同治帝发表朱谕命王公大臣们出资捐助之后，第一个捐赠的人是恭亲王奕。其实他并非真的支持同治帝的决定，而是想通过这一举动引起更多大臣的注意，好让更多的人出来劝阻同治帝的行动。这件事传出去之后，果然又有御史游百川来上疏劝阻，然而同治帝一怒之下革除了游百川的职务，以此告诫群臣，不准再上奏劝阻。
同治帝之所以如此固执己见、不听劝阻，实际上是因为背后有慈禧太后作为坚强的后盾，他才敢这样为所欲为，负责修园的工程设计师记录的皇太后的旨意透露了慈禧太后对于修园的态度。
内中记载了皇太后亲自绘制了“天地一家春”内的装修设计，并规定了装饰摆设的花纹图样。“天地一家春”是咸丰年间，慈禧在圆明园居住的场所，慈禧对它自然万分关切。
而万春园是这次专门为慈禧新设计的庭园，她对此地的修建也十分关心。从慈禧太后对她将来的享乐场所如此关心，可以看出她十分热衷于此次圆明园的重修。因此，同治帝实际上是在揣测慈禧太后的心意之后，投其所好才下令修园的。御史游百川上疏劝阻园工时，同治帝质问他：“你同样也有父母，你会违抗父母的意愿吗？”这就说明，修缮园林其实是慈禧的意愿。其实，慈禧不只想要大兴园工，她还想效仿先帝南巡，由于大臣们的劝谏最终才未能成行。
背后有了慈禧太后的支持，同治帝便更加坚定地进行修园计划。同治十三年（1874年）一月十九日，圆明园的修复工程正式开始。一个多月之内，同治帝多次颁谕进行催促，并且亲自到圆明园视察工程进行的情况。
三月中旬，朝内众多大臣感到不能不做出行动了，于是醇亲王奕譞、御前大臣伯彦讷谟祜、景寿等人联名上疏，劝阻同治帝巡幸圆明园。但是他们并没敢对修园一事提出异议，只是建议皇帝在工程告罄之后再临幸。但是他们的上疏没有起到任何作用，同治帝又一再亲自临视员工，既不料理政务，也无心于学业。翰林院侍读学士、南书房行走李文田终于忍耐不住，上奏明确请同治帝停止修园，并指出修园的危害。然而同治帝仍然不听任何人的劝阻，执意监督修园的进程，并且不考虑资金不足的问题，硬要将同乐园戏台恢复到原来的样子。
恭亲王奕、醇亲王奕譞等人终于忍耐不住上报奏折，劝说同治帝停止修园工程。他们在奏折中指出，同治帝亲政之后情况不如垂帘听政时期的原因之一，就是劳民伤财的圆明园工程，因此劝同治帝将他们的意见转达给两宫太后，并停止修园工程。奕等人在上奏之后要求召见，再三求见之后，同治帝这才允见。结果众大臣与同治帝发生了激烈的冲突，同治帝仍然固执己见，最后表明自己不能立刻停工，只同意将此奏折转给皇太后阅看。然而在慈禧太后还没有表明态度之前，同治帝仍然在查看督促工程的进度。
同治帝还对上奏劝阻的大臣们进行了报复。七月二十九日，同治帝下令革除了恭亲王的一切职务，降为不入八分辅国公，并将其送往宗人府，同时革除了恭亲王的儿子载澄的爵位。之后，同治帝又召见诸位王公大臣，反咬一口责问他们为什么不早奏修园的事宜，最后议定以兴修“三海”作为条件暂停园工。第二日，同治帝发布朱谕，以恭亲王“言语失仪”为由，革去他世袭爵位，降为郡王，仍在军机大臣上行走，并革去其子载澄的贝勒郡王衔。
对恭亲王的惩罚减轻，也许是同治帝冷静之后作出的决定，又也许是大臣们的劝谏起了作用。除此之外，同治帝又颁谕，将醇王、伯王、文祥等十位王公大臣革职，这简直是在胡作非为。
两宫太后听说以上事件之后，急忙跑来安慰恭亲王说道：“十多年来，如果没有恭亲王我们就没有今天，皇帝少不更事，将下发的一切谕旨全部撤销！”实际上，同治帝发布的惩治恭亲王的谕旨已经被慈禧扣下了，并没有发出。
八月一日，两宫太后发布懿旨，归还了恭亲王及其子载澄的职务和爵位，并加以恩赏，同一天下发了停止园工的上谕。一场延续了大半年的修园风波，终于在慈禧太后的干预之下平息了下来。
慈禧在撤帘之后，贪图享乐，因此想要修复园林，她躲在后台让同治帝出面，直到惹得文武大臣群起反对，才走出来出演正面角色，阻止了这一场闹剧。不论怎样，她并没有一意孤行，而是考虑到大局接受了大臣们的意见。