因为周作人轻信了有些神经质的羽太信子的话，终于把长兄逼入困境。兄弟的决裂令鲁迅充满了痛苦与愤怒，他默默地牺牲自己而帮助过的兄弟，竟会这样蛮横地对待自己，实在太出乎意料了。他不能忍受这无端的屈辱，决定搬出这个宅院。
他通过自己的学生许钦文租来了砖塔胡同61号的空房子，这时周建人也已经离开八道湾，去上海商务印刷馆工作了。这样，周作人一家就独占了鲁迅用巨款买来的全部房子。
鲁迅新租的小房子十分拥挤。他的母亲仍和周作人一起住，但虽然他们雇了几个佣人，老人却仍需自己料理生活。后来病了，周作人夫妇也很少照顾，周老太太哭着来找鲁迅，有时就在这里住下看病。由于心情不好，又得为生活奔波，鲁迅大病一场，就是在病中，也不能休息。老太太住不惯租来的房子，鲁迅就带病到处看房子，在朋友的帮助下买下了阜成门内西三条胡同的房子，加上翻修，花了800元。这个价钱仅是原来八道湾房价的1/4，由于他手头拮据，还是都向朋友借的，一直到去厦门任教时才还清。
虽然他和周作人决裂了，但他因为周作人对新文化事业尚起一些积极作用，还是把私事放在了次要地位，继续与弟弟处于同一个文学团体中。而且，他还始终保有手足之情。
这一点，周作人也意识到了，后来他评价鲁迅的《伤逝》，是借男女爱情的悲剧来哀悼兄弟恩情的断绝。后来鲁迅又写了小说《弟兄》，实际上是在追念自己对周作人得病的忧思，表示只要弟弟有难，仍可以向他寻求帮助，周作人也很清楚这一点，他自己说《弟兄》所写，“十分之九以上是‘真实’的”。
1925年，段祺瑞执掌了中国的政权，他对人民进行思想和政治统治，对外维护帝国主义的利益，人民处于水深火热之中，北京以女师大学潮为中心掀起了斗争的风暴。
女师大的学潮起源于反对校长杨荫榆的封建家长统治，杨荫榆曾在美国得到过一个文学硕士的头衔，在她新派思想的伪装下，脑袋里却藏满了腐朽的封建观念。她让学生读四书五经，不允许参加爱国运动。她要把一群活泼的追求理想的年轻女子，变成死气沉沉和百依百顺的童养媳似的人。这个北京最高的女子学府，沉浸在一片阴冷和凄凉的气氛中。
在女师大国文系担任讲师的鲁迅，鼓励同学们走上解放的道路，对杨荫榆很不满。因为杨荫榆自己就是一个封建制度奴才的嘴脸，并且她还要扼杀年轻一代的生机和活力，也把她们变成奴才，所以鲁迅称她推行的政策为“寡妇主义”。
1924年5月7日，杨荫榆阻止学生们参加“国耻纪念日”的游行，引起了大家的公愤，纷纷要求撤换她校长的职务。初次闹起了风潮。这年秋天，国文系有三个回南方过暑假的女学生，因路遇军阀混战而晚归校两个月，杨荫榆平时对她们就不满，趁机勒令其退学。而哲学系两个无故旷课两个月的学生，却没有受到惩罚。学生自治会不满这种不公正的待遇，要求她收回成命，她坚决不肯，还厉声斥责学生，使大家情绪更激动起来，风潮顿时扩大了。
1926年1月18日，学生自治会同全校学生一致决定驱逐杨荫榆，但她有北洋政府的教育部为后台，进行破坏活动，学校在她的扰乱之下，变得一片混乱，学生们很苦闷。
在苦闷中，学生们所渴望的一场暴风雨终于来临了。
1926年5月，刚任北洋政府教育总长的章士钊禁止学生集会、游行和讲演，但“五一”和“五四”两天，进步的学生都集会了。杨荫榆则挑选5月7日“国耻纪念十周年”的日子，主持在学校的讲演会，以造成自己的合法地位。但自治会的学生却识破了她的诡计，在开会前，派刘和珍、许广平等6名学生跟她交涉，劝她不要入场，但她竟无耻地冲进去，爬上了讲台。台下顿时一片唏嘘声、喧哗声，杨在台上大骂，学生在台下和她僵持，她的几个党羽还混在学生中为她助威。但最后，学生们情绪激昂，终于让她出了会场。
在这个小礼堂发生冲突时，北京城里也掀起了空前的学生运动。
5月9日，女师大的公布处贴出告示，宣布开除刘和珍、许广平等6名不许杨入场的学生。而学生们则在校长办公室的门上贴了封条，轮流看守大门，不许她进来，学生们还要求罢免章士钊。
鲁迅在5月8日写成《北京通信》，抗议北洋政府镇压学生集会，公开表示了对女师大学潮的看法，斥责杨荫榆之流威吓和开除手无寸铁的学生。他还号召学生们起来战斗到底。5月12日，鲁迅给学生两次拟了《呈教育部文》，要求迅速撤换杨，5月27日，与沈君默、钱玄同等几位教师，联名发表《对北京女子师范大学风潮宣言》，坚定地站在正义的学生一边。
就在这一天，教务主任薛培云悄悄地在国文系的点名册上，将刘和珍、许广平等6个学生的名字用墨汁涂掉了。愤怒的学生要把她驱逐出校。3天后，五卅惨案发生了，整个6月，北京的学潮都在进行着。
在五卅运动中，鲁迅撰文表达了作为中国人的强烈自尊心，要求中国的前途应由中国人自己选择。并且写了大量文章驳斥陈西滢等人对学生运动的诬蔑，对帝国主义的妥协。
然而，正当大家沉浸在爱国主义斗争中时，8月11日在杨荫榆策划下，动用军警强行驱逐女师大的学生出校，8月18日又用不三不四的人洗劫女师大。鲁迅也因为以教育部官员的身份参加反对政府的学生运动，而被免职。
可笑的是，善于写文章的章士钊却在要求免鲁迅职的报告中出了个疏漏。免除鲁迅的理由是他于8月13日担任女师大校务委员，报告上的落款日期却是8月12日，未卜先知怎么可能呢？
善于斗争的鲁迅抓住了这一点，在好友许寿裳、齐寿山同进同退的支持下，向上控诉章士钊，终于赢了。
8月18日洗劫女师大的丑剧，激起了全国公愤，北大宣布与北洋政府脱离关系，与女师大并肩战斗的北京50多个学校还电通海内外，联合驱逐章士钊。
女师大的大部分学生团结在一起，另租校舍，筹备复校了。很少有学生去设在女师大原址的“国立女子大学”，复校的女师大学生向很多进步教师下了聘书，30多位教师踊跃受聘，声明义务来上课。9月21日，在同仇敌忾的气氛中正式开学，鲁迅参加了开学典礼，还发表了演说，鼓励同学们坚持学习，继续战斗。
11月，爱国将领冯玉祥支持革命，女子大学的校长潜逃了，于是11月30日傍晚，女师大的60多个同学，排着整齐的队伍，扛着战斗的旗帜，步行回到原校址。一路上放着鞭炮，唱着校歌，冲破军警的干涉，走进了自己原来的学校。鲁迅和许寿裳，就并肩走在这个队伍里，亲自护送学生回校，分享着她们的喜悦。
但章士钊等人又撰文抨击五卅运动，鲁迅则写了杂文回击。3个月后，1926年3月18日，段祺瑞政府使用了更残酷的手段，卫队向赤手空拳的请愿学生举起了木棍，射出了枪弹。政府门前，横陈着尸首，流淌着鲜血，有47个请愿者牺牲，200多个受伤，成为民国史上最大的一次屠杀。女师大学生刘和珍、杨德群，也是其中两个殉难者。
听说了这件事的鲁迅，在愤怒中写了著名的杂文《纪念刘和珍君》，又连续写了几篇杂文批驳诬蔑学生的文人，鼓舞真正的猛士直面惨淡的人生、淋漓的鲜血。
段祺瑞政府在杀戮的当天，就下了通缉令，要捉没有在当场被枪杀的李大钊等群众领袖。不久后，又扩大了通缉名单，指名道姓地抨击过段祺瑞的鲁迅当然在列。但鲁迅在《京报》上看到这个消息后，又写了杂文在《京报副刊》上发表，继续指名揭露段祺瑞政府。
此时被北洋政府通缉的鲁迅，在亲朋的劝导下，避其锋芒，躲进了医院的地下室，但他仍然没有忘记继续写作。
苏醒的爱情
鲁迅是无论如何不能再在这群魔乱舞的北京呆下去了，恰逢此时，厦门大学寄来旅费和薪水，聘请鲁迅去任教，他立即就答应下来。他盼望着到南方去，去呼吸一点新鲜的空气。
另外，还有一个令他心甘情愿去南方的原因。那就是他和许广平迅速增长的感情。
在女师大学潮中许广平崭露头角，她在1926年3月11日给鲁迅写了第一封信，向这位她一直敬爱的老师寻求斗争的指引。鲁迅当天就热情地写了回信，此后他们通信频繁，从开始到同年7月底，往返书信达40多封。
他们一起探讨工作、理想，鲁迅很赞赏许广平的才干和勇气，觉得她是个纯真、可亲的女性，在自己的心里，渐渐地留下了她的影子，只要几天没读她长长的来信，或者没有跟她说话，就觉得像是缺少了一些什么。
杨荫榆在开除许广平的布告里，说她是“害群之马”，鲁迅就用此给她取了个绰号——害马（即HM）。当教育部武装接管女师大时，鲁迅听到许广平失踪的消息，心里立即笼罩了一层浓重的阴影，赶紧托人继续打听她的下落。鲁迅在焦急地等待着这匹闯入他心中的“害马”的消息。
不久，许广平和朋友跑到了鲁迅家中，她们要在这里暂时躲避几天。见到了许广平后，鲁迅心里的乌云顿时消散了，他压抑不住内心的兴奋，老是大声说话，老是快步地走路。许广平在发表自己的意见时，总是透出一种聪明的灵气，也有坚定和勇敢的意志，在这短短的几天中，鲁迅更感到了她的可爱。
但一想到此处，鲁迅的心又沉下去了，因为他和许广平之间的距离太遥远了，他们虽是能为同一个理想奋斗的知己，但他们不能在一起生活。他们相差17岁，一个已婚，一个未婚，许广平正值青春年华，难道能让她为自己牺牲了吗？自己还有一个母亲送的礼物朱安，她该怎么办？
母亲包办的婚姻，长期困扰着鲁迅，本来不幸的无爱的婚姻，却具有法律的权威和道德的约束力。况且，朱安也是封建礼教的牺牲品，本身没什么过错。若是把她送回娘家，那么她必会终生忍受着别人的白眼和羞辱，在鲁迅的良心上是觉得过不去的。
鲁迅甚至想，就这么牺牲了自己的一辈子吧，用自己的奋斗，使下一代得到解放，使他们有美满和幸福的爱情也好。
1925年10月，许广平以“平林”的笔名，在鲁迅主编的《国民新报》副刊乙刊上发表《同行者》，热情地表示她要与他同行。这是他们的定情书，他们两个人，一个是青年人热烈大胆的爱情来潮，一个是中年人冷静的爱情的苏醒，为了共同的理想和事业，走到了一起。
可是，这个相互了解的战友，在战斗中结下的深厚感情，真的就能成为生活中的亲密伴侣吗？虽然许广平表示合法与不合法，相当与不相当都无所谓，但鲁迅还是觉得那个名存实亡的旧婚姻是自己沉重的枷锁。
在鲁迅看来，生活似乎过于太现实了。他的心像被鞭子抽打一样，无法平静下来。他该怎么办？应该离开这个让自己的内心感到痛苦的家，到外面的世界去走走，让自己的心镇静下来，于是他决定南下了。
这个时候，刚好许广平从女师大毕业，经一位熟人推荐，到广东女子师范学校任职，他们就相约结伴同行。
在8月26日，鲁迅告别已生活多年的北京，与许广平一道，乘车南下。他回想着自己走过的路，盼望着未来的日子，内心既有辛酸，又有欢快，未来或许是有希望的。
1926年9月4日，鲁迅抵达了厦门。
地处东南沿海的厦门，海风吹拂，四季如春。凤凰花火红耀眼，相思树翠绿欲滴，还有那挺拔的龙青兰，一丛丛，一簇簇，遍布在原野和山岗，宛如守护祖国海疆的哨所！给秀丽的景色增添了几分威武，几分气派。这一切，同落漠旷远的北国风光相比，鲁迅顿觉耳目一新。
鲁迅来到了爱国华侨陈嘉庚筹资创办的厦门大学，他的到来，在青年学生中反响强烈，他们欢呼雀跃，奔走相告，好像海潮也在欢笑，树木也显得青翠了。外地也有一批青年，闻讯转学到厦门。学生们经常来看望鲁迅。自治会主席、共产党员罗杨才同鲁迅有密切联系，曾邀请他外出演讲。
在这里，他担任“中国文学史”和“中国小说史”两门课程，还兼任国学院的研究教授。本来文科的教室，一般只有10来个必修的学生听课，很冷清的。可是鲁迅每次来上课，钟声刚响，教室里早就坐满了人，后来的只好凭窗倚墙站着听讲。当时不仅文科的学生来听，法科、理科、商科的学生也来听，甚至年轻的教员和校外的记者、编辑也闻风而至，簇拥一室。大家都说：
“文科今年有生气了。”
鲁迅的讲授，之所以特别吸引听众，是因为他态度认真，思想新潮，史料详实，分析透彻、精辟。他每周上4节课，有2节文学史需要新编写讲义，在厦大图书资料不足的情况下，为了编写讲义，他常常废寝忘食，锐意索求。
他在用时代背景分析作家作品的时候，能引证丰富而适当的材料，深入浅出地阐明问题，扫除陈腐的观点，指出哪些可以汲取，哪些应该批判。听他讲课的学生，就像小学生听老师讲有趣的故事那样，唯恐时间过得太快。
鲁迅的这些讲义，从文字的起源讲到汉代的司马相如和司马迁，先后在厦门大学和中山大学讲过，后来整理在《鲁迅全集》，就是著名的文学史著作《汉文学史纲要》。
青年学生不满足于只听先生讲课，更愿意直接向他提出问题，寻求生活真理的指导。在鲁迅搬到集美楼后，来访的人非常多。这里是学校的图书馆，有两层楼房，晚上楼上空落落的，只有靠两头的第二个房子里，不时传出青年们兴高采烈的声音，传出鲁迅亲切的话语和爽朗的笑声。
有一次，一群青年学生同他谈起当地的文学现状，感到很不满意。他们要求鲁迅指导，创办刊物，想要提倡本地的新文艺和白话文，与封建思想作斗争。鲁迅满口答应：
“好的好的，我一定帮助你们！”
“不过，我们的作品多半是幼稚的，会使先生失望的。”一位青年半是高兴，半是羞怯地说。
鲁迅站起来，热情地说：“你们不要怕幼稚，成熟是从幼稚变来的，初学的人，也只能如此。”
在他的帮助下，成立了两个文艺团体：一个叫涣涣社，出版《波艇》月刊；一个叫鼓浪社，出版《鼓浪》周刊。
青年写的文章确实幼稚，其中有些内容也不够健康，但鲁迅仍然十分爱护这些幼苗。他亲自为青年审阅、修改稿件，有时还把青年找来，提出自己的意见。
他还替青年联系刊物的出版，曾为此碰过钉子。后来他又把稿件寄到上海北新书局去，辗转周折，到了次年11月，草绿色封面的、精致可爱的《波艇》创刊号，才终于出版。
有些名人、学者不愿意自己的作品在小刊物上发表，鲁迅却相反，他把自己写的《厦门通讯》，同青年习作一起，登在这一期刊物上。
当时上海有一些刊物说，要把白话文写得好，先得精通古文，而且用了鲁迅的文章作为“论据”。当学生问他到底是不是这么回事的时候，他说：