使台湾电影业陷入现今不景气状况的第二个因素来自台湾新电影自身。台湾电影业自八十年代初起就因侯孝贤和杨昌德等影人的影片开始获得广泛的国际关注。侯孝贤、杨昌德和他们的电影界同仁在台湾掀起的电影新浪潮运动深深植根于台湾70年代本地乡土文学和70年代开始出现的民族主义情怀，新浪潮运动起初为陈规陋习所束缚的台湾电影注入许多清新的活力，它用一种忧郁的风格和写实主义手法表现了本土/原居民这一主题。然而，由于新电影坚定不移地强调电影的艺术和文化成分，或多或少地忽略了电影的商业性和市场性。有关台湾电影衰落的一些深层次原因一直存在着争议。一些人指出台湾新电影没有商业存活价值，还有一些人坚定地维护电影新浪潮运动，认为应该在一个更广阔的背景下对本土电影工业所遭遇的环境恶化进行深入分析。一些因素比如“第四频道”（即专门非法播出电影的“社区频道”或是“地下频道”）的兴起、有线电视频道的繁荣，好莱坞进口电影对台湾电影市场的渗透以及新型媒体的出现都在改变着台湾的电影观看环境和观众的观影习惯。对这一观点的详尽论述可参见焦雄屏的《映像中国》（上海：复旦大学出版社，2005，190页）。台湾新浪潮电影自诞生之日起，即引起国际影坛浓厚兴趣。对台湾新电影运动最新研究成果包括ChrisBerry&FeiiLu，（eds.）IslandontheEdge：TaiwanNewCinemaandAfter），HongKong：HongKongUniversityPress，2005；和EmilieYueh–YuYeh&DarrellWilliamDavis，TaiwanFilmDirectors：ATreasureIsland，NewYork：ColumbiaUniversityPress，2005。总的来说，台湾新电影导演倾向于把电影作为一种表现个人经历和情感的手段。他们喜欢把自己的一些个人经验，如在一个快速变革社会中的成长经历，在银幕上表现出来。他们常常喜欢用固定摄像机位和长镜头进行拍摄，来表达一种乡愁和怀旧的情绪。作为具有自己风格的导演，他们更关注自己所要表达的情感而非观众的需求，而他们所要表述的对象常常决定着影片的内容和风格。这样一种创作手法在电影（作为一种艺术的、个人的表述）和市场（需照顾观众的需求）之间造成了鸿沟，逐渐导致本地观众对其电影的疏远。在观众的眼中，这些导演的作品缺乏娱乐性和吸引力。其结果，台湾电影业出现了一个矛盾的现象：新浪潮电影在各大国际电影节上获奖无数，但其本土电影票房却低得惊人。换一个角度来看，台湾新电影的经历说明“商业元素的失败已经成为催化剂，可以催生一种靠电影节、实验电影院、和社区活动来存活的艺术电影。”（Yeh&Davis：2005：2）。
好莱坞电影在台湾的“长驱直入”和本土电影缺乏市场竞争力造成了台湾电影行业从生产到发行到放映的多米诺骨牌效应。在生产方面，越来越多的投资商放弃投资本土电影，转而把资金投向1）香港电影和大陆电影；2）建造电影院/剧院；3）购买进口外语电影；4）在有线电视台设立电影频道。（刘：2005，210）。电影资金的流失很快导致电影人才的外流。台湾的电影创作人才或是寻求到海外发展，或是转行到其他行业，如广告业、电视业或是因特网。电影生产环境的恶化导致更多的投资商放弃台湾电影。本地除了一些屈指可数的具有国际声誉的导演能够凭借他们的名气从海外找到投资，大多数台湾导演不得不转向或是依赖政府的资金来继续他们的电影生涯。1989年，台湾政府为了保住台湾“文化的根”，建立了“台湾电影辅导金”，从某种意义讲，这个基金会的建立为奄奄一息的台湾电影业注入了生机。“台湾电影辅导金”自1990年运作以来，已经赞助了122部电影的生产和制作，是这一阶段来台湾影片生产总量的29.26%。自台湾电影辅导金初次发放后，台湾电影圈内外就对此有很多激烈的争辩和讨论，辅导金早期扶持艺术影片的做法受到责难，被指要为台湾生产缺乏市场吸引力和市场竞争力的电影负责。持这种观点的人们认为，电影辅导金的功能已经被降低到只是保护本地电影工业免于彻底消亡，而当初电影辅导金被设定来加强本地电影的生产价值的目标被严重忽视。有关“官方”对于电影辅导金的功能和发放策略的辩护以及对电影辅导金在近期的一些改革，可参见台湾新闻局电影处的文章“辅导金制度之效益于兴革说帖，”见2005年台湾电影年鉴，第223—230页。
与台湾电影恶劣的生产环境相应，本土电影的发行和上映也同样经历了一个恶性循环的过程。台湾电影发行商，像其他任何地方的发行商一样，有权决定一部影片的上映期限和上映时间。实际上，台湾电影发行商凭借着完善的生产、发行和上映“垂直整合”系统，对本地市场有着更大程度上的垄断。在影片生产、发行和上映“垂直整合”方面，台湾年代传播公司是一个突出的例证。该公司成立于1982年，开始只是一个录像带发行公司，但迅速发展成在台湾各地拥有1，000家发行点的巨大网络系统。自1986年成功地开始介入电影发行后，年代传播公司在八十年代末开始从事电影生产，投资和制作了一系列很有影响的华语电影，如《悲情城市》（侯孝贤，1989）、《大红灯笼高高挂》（张艺谋，1993）、《戏梦人生》（侯孝贤，1993）等。近年来，年代传播公司开始把精力放在有线电视和卫星电视发展方面。由于本土电影在首轮影院放映后不能很快吸引众多的观众，更由于好莱坞电影的强大市场魅力，用于宣传和促销台湾本地电影的资源和设施非常有限。大多数本地电影要么是在电影院中“悄悄地”上映，要么是很快被电影院强行撤下。本地导演经常被迫自己组织张罗影片的市场宣传推广。例如，在张作骥的电影处女作《忠仔》（1996）上映的一个星期里，虽然这部青年题材故事片在首轮院线上映中获得相当多本地观众的青睐，电影院老板仍然拒绝在影院中悬挂这部电影的海报。导演于是不得不亲自率领剧组人员行走台湾各地到一家家电影院去张贴电影海报。（李：2002，85）张作骥当然不是唯一亲自出马为自己影片做宣传促销的台湾导演。对于台湾国际知名导演蔡明亮来说，为自己的电影做促销宣传（包括在大街上卖电影票）也不是什么新鲜事。有关蔡明亮如何为自己影片进行市场推广的详细描述可参见张靓蓓的文章，“蔡明亮电影的行销方式及筹资”，2004年台湾电影年鉴，台北：行政院新闻局，pp.53–65.电影发行商有时干脆将一部本地电影在影院的首轮上映仅看作是增加影片知名度的一个渠道，为随后的—如果不是同时的–电影录像带发行做宣传准备工作。一般来说，一部电影在影院上映六个月后才开始做这部片子的VCD/DVD租借或在有线电视台播出。然而对于台湾本地生产的电影而言，发行商常常会趁着电影在首轮影院上映之后观众对之还有些许印象，就赶紧推出影片的录像带或是在电影频道播出这部影片。
与台湾强大的录像带出租市场并行的是强大的有线电视市场，早在1997年，台湾有线电视的渗透率就达到88%。台湾有线电视的电影频道数量在亚洲名列第一，而每台电影频道每天都要播出超过10部华语和/或外语电影，其中有些频道专门或是主要播放华语影片。（Wang：2003，106）由于电影在剧院的上映时间和在有线电视上映的时间相隔非常短，对大多数（潜在）的电影观众而言，他们不在乎多等数日在有线电视上观看本土电影。因此，许多台湾导演非常看重其影片的电视观众，因为影片卖给有线电视频道的价钱会大大超过其在影院放映的收入。台湾最成功的商业电影导演之一朱延平曾经说过，他一部电影卖给有线电视频道收入有可能达到600万到800万新台币，而他一部电影在影院的票房收入大约是10万新台币。（唐：2005，210）