到了汉章帝建初元年（76年），已在车师后部和前部坚守了一年多的戊、己校尉耿恭、关宠二人都派人给朝廷送去奏章，请求派兵增援。当时汉章帝刚刚即位，又偏偏遇上旱灾。征讨北匈奴的连年战争，使百姓长期服役，民怨很大。根据这种情况，汉章帝召开了一个御前会议，把文武大臣都召集起来商讨对策。文武大臣们意见不一，有的主张出兵，有人坚决反对。经过一番争论，汉章帝决定西域可以暂时放弃，但大汉的忠臣不可不救，于是令酒泉太守与谒者王蒙、皇甫提调张掖、酒泉、敦煌三郡的人马和鄯善国的骑兵共7000多人去救援耿恭、关宠等人。与此同时，汉章帝怕班超孤掌难鸣，也像陈睦、郭恂那样死于非命，而且他又远在南道，汉朝的援军只派向北道，顾不上他，就下令让班超离开西域，返回京城洛阳。
班超接到圣旨后，知道君命难违，便和随从默默地收拾行装，做好了出发的准备。这个消息很快就传了出去，疏勒国的人民听说后，举国上下一片恐慌，人们都想挽留班超。一个叫黎宾的疏勒国都尉，听到班超即将离开西域的消息后，悲痛地说：“汉朝的使者一旦遗弃了我们，我们必然会再一次被龟兹国灭亡，实在是不忍心让汉朝的使者离去。”说完就拔出佩刀自刎了。
班超听说此事后，心中非常难受，他对疏勒老百姓说：“我也不愿意离开西域，可是皇帝的命令我怎能违抗呢？”就这样，班超恋恋不舍地离开了疏勒。
经过艰苦的长途跋涉，班超他们一路向东，又来到了于阗国。于阗的君臣百姓早已听说班超一行要回汉朝，比疏勒人更加不忍让他离去。他们都出来拦阻班超，苦苦哀求他，希望他能留下来。有的人趴在地上堵住道路，说：“你们不能走啊，你们走了，我们就没有活路了。”
“你们走了，我们又要落入火坑啊！”
“我们需要汉朝，汉朝使者就像我们的父母，你们不能丢下我们不管啊！”还有许多人，干脆抱住了班超一行的马腿，不让他们走。
当时天色阴沉，日光昏暗，狂风卷起的砂土打在人们的脸上，目力所及，四处一片昏黄。加上人们哭声连天，哀声遍野，那凄凉的景象，实在让人难以忍受。不论谁看一眼，好像就会跟着哭出来似的。班超内心矛盾重重，一边是君命，一边是西域人民的心愿。然而君命难违，其实他又怎么舍得这些百姓呢？黎宾都尉自杀的情景又映人了班超的脑海，眼前那么多人恳求他，挽留他，他已经无法忍受这离别的场景。班超扫视了一下随从，看到众人也都眼圈红红地望着他，等候着他作出决定。
“大丈夫就算没有别的志向，也应当仿效傅介子、张骞，在异域立功封侯……”当年自己的这番豪言壮语，又在班超的耳边响起。是啊，他的理想和目标远远没有实现，如果现在放弃回去，那自己在南道上取得的成就不就会前功尽弃了吗？西域人民就会重遭匈奴的奴役，汉朝就会再次失去西部屏障。如果现在走了，将来就得一切从零开始，到那时西域的情形又不知会怎么样了。这一步如果走错了，真是一失足成千古恨啊！
“将在外，君命有所不受”。想到这儿，班超一勒马缰，调转马头，对他的部下和于阗人民说道：“我决定不走了……”话还没说完，四周就欢呼起来，刚才的景象霎时就变了，人们个个欢天喜地，好像有了心灵的寄托似的，高高兴兴地簇拥着班超进城休息。这是一个冒着巨大政治风险的艰难决定。东汉政府已定下了放弃西域的国策，班超等人如果抗命不归，不仅将要孤军奋战，短期之内也得不到国内半点援助。而且，抗旨的后果、政敌的攻讦、家人的埋怨、思乡的苦楚以及西域局势的恶化等等，这都是可以预见的可怕情形。一走一留之间，后事远没那么简单。然而班超顾不得那么多了，当他毅然决然调转马头的一刻，他已主动将自己的人生逼到绝路，后面是绝壁，前面是悬崖，只能怀抱未知，纵身飞向空中，要么无止尽的坠落，要么冲上云霄去翱翔。“水至深渊成瀑布，人无后路成英豪”。班超决定违抗君命，不离开西域后，就决定返回疏勒，他怕那里因为自己匆匆一走而发生什么意外。他率领部下休息一夜之后，立刻拍马向西连夜驰去。
一路风餐露宿，日夜兼程地赶回了疏勒国。果然不出班超所料，他走后不久，疏勒国就有两个城的首领反叛，投降了龟兹，并且和北边相邻的尉头国联合，企图让疏勒全国都投降龟兹。疏勒国位于帕米尔高原脚下，喀什噶尔河流淌其间，其绿洲广大，城郭繁多，土地肥美，草牧饶衍，稼穑殷盛，花果繁茂，更是汇通中亚东西南北的国际商都，它对班超的西域事业至关重要，绝不容有任何闪失。
班超回到疏勒后，由于时间紧迫，班超顾不上安顿下来，就立刻召集疏勒军民举行誓师大会。会上，班超表示，他已决定违抗上级命令，留在疏勒坚持斗争。西域不定，班超终不东归一步。
有了班超这一席话，疏勒人这才吞下一颗定心丸，对班超稍稍恢复了信任。否则汉使说走就走，丧失安全感后他们必将永远丧失抗争的勇气。
班超一看人心尚可用，立刻转入反攻，率领疏勒军队一路北上。疏勒王忠向他报告了这里的情况，班超毫不犹豫，立即调集了一部分军队去征讨反叛头领。
反叛的头领怎么也没想到班超会离而复归，更想不到一支人马会在那么短的时间里就已兵临城下，一下就慌了手脚。再说这次反叛本来不得人心，那两城的军民一见班超返回，立刻倒戈杀了叛乱首领，来见班超。班超趁机掩杀尉头来的侵略军，大获全胜。班超以迅雷不及掩耳之势，轻而易举地平息了这场叛乱。
跟着，班超乘胜率军向北追击，马不停蹄地去攻打尉头国。尉头国是个小国，实力不强，班超没费什么大力就把它攻破了，解除了对疏勒的威胁。打下尉头国后，班超又回到了疏勒。自从陈睦事变以来，西域局势已经变得相当严峻。北道诸国同汉朝关系本来就不太好，现在有了北匈奴大军的支持，非常狂妄。而且汉朝由于遭遇大旱，也放弃了伊吾庐，重闭玉门关。北匈奴重占伊吾庐后，气焰也更加嚣张，所以北道现在已无法控制，班超自然不能带着自己的36个随从去攻打，他只有把南道诸国团结起来，才能向北进军。
当时南道情况又怎样呢？南道各国人民长期生活不安定，而汉朝使者来了后，帮他们赶走了侵略势力，不再向他们征税，他们内心非常感激。而且南道诸国除莎车国原来尚未臣服以外，都没背叛汉朝，仍旧与汉朝友好，这一点对班超很有利。班超仔细分析了当前局势以后，就决定团结南道诸国，把它们联合起来，共同对付北方的敌人。
班超以疏勒为根据地，他和他的部下四处活动，来到疏勒的邻国于阗、抒弥（或称拘弥）、以及康居几个国家，说服他们的国王派兵，抗击北匈奴。经过一段时间的准备，到了建初三年（公元78年），班超已集结了疏勒、于阗、抒弥、康居四国的一万多士兵，准备向北攻打姑墨。
姑墨是龟兹的附属国，它在疏勒北部。既是龟兹的一条胳膊，也是疏勒北面的主要威胁。所以，攻打姑墨在战略上有很重要的意义。班超率领一万多人的军队，来到姑墨石城。姑墨将领出城迎战，班超身先士卒，率领军队大败姑墨军队，杀死了700多人，取得大捷，拿下了石城，姑墨国随之也就攻破了。龟兹的实力也因此大大削弱，疏勒的威胁解除了，整个西域又有了新的局面。
这时班超看到形势不错，便有心继续进兵，扫平西域。他给汉章帝写了一个奏章，大意是这样说：我曾经看到先帝想开通西域，所以派兵攻打北匈奴，派使者出使到西域。如今鄯善、于阗、抒弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居诸国都愿意归顺汉朝，共同出兵攻打龟兹。如果龟兹被攻打下来，那么西域同汉朝的道路基本就开通了，西域大部分国家也就可以归顺汉朝了。现在西域大部分国家都愿意同汉朝来往，只有焉耆和龟兹没有归降我们。这么多年来，我们留驻西域，对这里的风土民情、军政形势都了若指掌，许多地方的人都说，倚靠汉朝，就像倚靠上天一样。西域人心是向着我们大汉的，葱岭道路是可以打通的，这样就可以进攻龟兹了。现在应把在汉朝的龟兹侍子白霸封为国王，派人把他送来，然后联合西域各国军队，不久就会捉住龟兹王。‘以夷狄攻夷狄’是最好的政策……
“莎车和疏勒两国田地肥广，草木繁茂，在这里驻兵不用从汉朝运粮食来。龟兹的附属国姑墨、温宿的国王也都是龟兹派去的，这样一定会有人反对他们。姑墨、温宿如果能投靠我们，那么龟兹就不攻自破……”（原文：臣窃见先帝欲开西域，故北击匈奴，西使外国，鄯善、于阗即时向化。今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居复愿归附，欲共并力破灭龟兹，平通汉道。若得龟兹，则西域未服者百分之一耳。臣伏自惟念，卒伍小吏，实愿从谷吉效命绝域，庶几张骞弃身旷野。昔魏绛列国大夫，尚能和辑诸戎，况臣乘圣汉威神，出万死之志，而无铅刀一割之用乎？（此班超自谦之辞，因铅刀硬度很差，钝不足用）前世议者皆曰取三十六国，号为断匈奴右臂。今西域诸国，莫不向化，大小欣欣，贡奉不绝，惟焉耆，龟兹独未服从。臣前与官属三十六人奉使绝域，备遭艰厄。自孤守疏勒，于今五载，胡夷情数，臣颇识之。问其城郭大小，皆言“倚汉与依天等”。以是效之，则葱领可通，葱领通则龟兹可伐。今宜拜龟兹侍子白霸为其国王，以步骑数百送之，与诸国连兵，岁月之间，龟兹可擒。以夷狄攻夷狄，计之善者也。臣见莎车、疏勒田地肥广，草牧饶衍，不比敦煌、鄯善间也，兵可不费中国而粮食自足。且姑墨、温宿二王，特为龟兹所置，既非其种，更相厌苦，其势必有降反。若二国来降，则龟兹自破。愿下臣章，参考行事。诚有万分，死复何恨。臣超区区，特蒙神灵，窃冀未便僵仆，目见西域平定，陛下举万年之觞，荐勋祖庙，布大喜于天下。）
班超在奏章中提出了自己在西域活动的策略——‘以夷狄攻夷狄’，利用西域内部矛盾扶正驱邪，而且不需调动汉朝的军队粮草，这体现了他的战略眼光和政治头脑。凭自己纵横捭阖的手段，来使西域诸小国皆为我所驱使。因此，无需劳烦朝廷大军出马，只求皇帝派人将留侍洛阳的龟兹王族子弟白霸护送回西域，借助其便可将西域第一刺头龟兹控制于鼓掌之间，从而斩断北匈奴的最后外援。相信在洛阳“留学”过的白霸，一定比其他龟兹人更加清楚大汉的富庶与强盛，因而决计不敢背叛。并且，护送队伍的军饷粮草也完全不用朝廷操心，军饷可在西域各国筹集，粮草则可以屯田解决。反正一切都交给我班超，我班超就给大汉一个广袤万里的西域。
汉章帝看了奏章后很满意。自从放弃西域，玉门关重闭后，他就不了解班超在西域的情况了，也已经好几年没班超的消息，他几乎都把这个不肯回朝的臣子给忘了。如果没有这道奏疏，汉章帝怎么也不会相信，西域这几年竟然在班超手里发生了翻天覆地的变化。班超在不劳民伤财的前提下，全凭出色的外交活动和巧妙的用兵计谋，仅仅带着36名随从，竟然取得了这么大的成绩。孙子曰：“上兵伐谋，其次伐交，其次伐兵，其下攻城。”真如班超所奏，可用西域之人、西域之粮、西域之才、西域之兵，以平西域之不服者。如此伐交之道，帝国不用耗费多少人力物力财力便可完成西域大业，那又何乐而不为呢？