两京制度是明朝一项独一无二的制度。两京分别为南京和京师（即北京）。它的独特之处在于两个都城各设一套中央机构，且多有相同之处，彼此独立，各不统属，同时也为大明朝埋下了隐患。
明朝立国之初，朱元璋的势力范围主要在南方。1368年，朱元璋在应天府称帝，并建都于此，改名为南京。此时朱元璋还有向北迁都的打算，不过他理想中的京师是开封，所以暂且将开封府称北京。但后来，朱元璋乐不思蜀，渐渐淡去了迁都开封的念头，遂去掉开封的“北京”称号，改“南京”为“京师”。
燕王朱棣在朱元璋去世后从北平发动靖难之役，攻占京师，夺取帝位，初时也定都南京。此时蒙古族的残余势力还在北方威胁着大明王朝的社稷安危，而北平“地势雄伟，山川巩固，四方万国，道里适均”，若迁都于此，即可以抵御蒙古贵族的威胁，又可以占据有利地形，控制南方各地。朱棣继位后于永乐元年改北平为北京，并大规模修筑北京城，做迁都的准备。
1421年，明朝迁都北京，并改北京为京师，同时复原南京的名号。明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。
不过，南京各机构设员较少，管辖范围也仅限于南京。虽品级与北京各官相同，权力却大大不如。时人均把南京官视为闲职，官员由北京调往南京，也往往是一种贬斥。明中期以后，党争激化，在北京失意的官员多集中在南京。一时之间，南京顿时成为反对派的大本营。于是便出现了对立的两党各据一京，互相贬斥，针锋相对的情况。
南北两京商业的发展，有相当的差异。南京地处江南经济发达地区，城市手工业、商业有着长久的传统和优越的发展条件，商品经济的水平历来高于北方城市。而北京地处内地农业区的北境，明朝建国后，与北边的蒙古连年作战，西北的商业通道也被阻塞，只有南方一条经济孔道与内地各省往来，依靠大运河输送粮食及其他物资。
南北两京的体制，以南京控制南方财赋，以北京控制北方边防，这不仅有其政治上的意义，也在经济上会构成一条联结南北的连锁轴线。这是和当时全国商业市场结构相符的，南北纵向的商业贸易联系成为明朝商业的特征。
延伸阅读
中国史上唯一被灭十族之人
方孝儒，明初浙江宁海人。一代名儒宋濂的得意门生。他博学强记，通晓经史，文章盖世。洪武25年被蜀献王特聘为世子之师，并为其读书处题额“正学”，时人遂尊称其为“方正学”。
明建文帝即位后，将方孝儒招至南京，委以翰林侍讲学士之职。建文帝年纪尚轻，缺乏治国治军的本领。因方孝儒是他的老师，更受到百般信赖和倚重，“国家大事，辄以咨之”。方孝儒对建文帝赤胆忠心，全力扶持。建文帝害怕他的叔叔们王权过大，拥兵为患，就采用齐秦、黄子澄的削藩建议，但遭到以燕王朱棣为首的诸王的反对。方孝儒替建文帝起草了一系列征讨燕王的诏书和檄文。
朱棣攻下南京后，篡得大明皇位。迫令方孝儒为他起草即位昭书。方孝儒宁死不从，掷笔于地说：“死即死耳，诏书不草！”燕王大声说：“诏不草，灭汝九族！”方孝儒针锋相对的说：“莫说九族，十族何妨！”朱棣又反复劝说方孝儒：“不要自找苦吃，我欲效法周公辅佐成王。”方孝孺依然不屈服，说“好，我写！”他从地上拾起笔来，大书四字“燕贼篡位”。
朱棣大怒，他命人拿刀来从方孝孺的嘴角直割到耳旁，并将他投入监狱。见方孝孺仍不屈服，朱棣就下令把方孝孺在午门内凌迟处死。相传明宫午朝门内丹墀上的血迹石，即为方孝儒鲜血所溅而成。
古代帝王处死大臣，一般都推出午门外斩首，在午门内杀人是没有先例的。由此可见朱棣对方孝儒怨恨之深。朱棣处死方孝儒后，仍不解心头之恨，下令灭他十族。方孝孺的九族加上他的朋友、门生也算作一族，全部处死。