在北洋大臣李鸿章眼里，此前的袁世凯只是他棋盘上一枚微不足道的棋子，甚至不记得那人长得什么样，印象中似乎见过面，但这种五品官他一生中不知见过多少。吴大澂从朝鲜归来后的重点推荐，让李鸿章对袁世凯发生了兴趣。而另一个人在特殊场合下的特殊提醒，则使李鸿章对袁世凯开始刮目相看。
这个人叫伊藤博文，日本内阁总理，著名的改革派首领。光绪十一年（1885）二月，伊藤来华访问，重点谈到了双方都很敏感的朝鲜问题。席间伊藤谈到要惩办袁世凯，言语中隐含试探。李鸿章的表情却很木然，他对袁世凯的情况并不熟悉，随口支吾应付了几句。这让伊藤大为惊讶，不禁说道：“放着这样的人居然不惩办，看来贵国人才真多啊。”李鸿章尴尬地笑了笑，当场不便说什么，心里却牢牢地记住了这个名字。惩办当然不可能，口头应诺却是外交场合必要的灵活手段，李鸿章答应伊藤，以私人名义对袁世凯警告。
送走吴大澂和伊藤博文后，李鸿章一道命令发到朝鲜，要召见袁世凯。
针对朝鲜局势，袁世凯侃侃而谈：从中日双方在朝鲜的势力优劣这个角度看，以前朝鲜是清廷藩属，百依百顺。现在情况有所变化，国王李熙性格懦弱，被亲日派王妃闵氏控制，形成了中日在朝鲜势力的均衡。北方的俄国又要从中插一杠子，争夺势力范围。打个形象的比方，朝鲜就像是一头人人眼馋的羚羊，中、日、俄三方为争夺这头羚羊急红了眼，而羚羊却狡猾地在其中周旋，拼命要逃脱任人宰割的命运。谈完了局势，再说人物的关系：国王李熙徒有虚名，不必多说。王妃闵氏颇有心计，不得不防。在中、日、俄三国的利益中她谁也不想得罪，经常还玩弄一下以一方制约另一方的小把戏，像杂技中的走钢丝。根据实际情况，非得由朝廷派遣一位大臣坐镇汉城，亲临监督，防止出现变故。袁世凯还帮李鸿章出了个主意：闵氏看样子靠不住了，不如放回软禁在保定的大院君李昰应，此人固然保守，但他忠实于清朝，又能制约李熙和闵氏，放这只虎归山，对中国、朝鲜两国都有好处。
后来，李鸿章果然是依照袁世凯的办法实施的。
这次召见结束后李鸿章仍命袁世凯回朝鲜供职。袁世凯恳求说：“不是我不听从中堂大人的安排，实在是家中老母亲病重多日，一再来信催促我回家探视……”袁世凯演技高超，说着眼泪哗哗流淌下来。李鸿章刚经历了丧母变故，袁世凯的泪水触动了他的心头之痛，一时间看得眼眶湿了，于是答应了他的请求，还半开玩笑地说了句：“王八肚里一杆枪—你真是归心似箭哪！”
过了不久，李鸿章派人把李昰应接到天津，要对朝鲜以前的摄政王进行考察。亲自交谈一番后，他感觉到正像袁世凯所说的，李昰应其人虽说保守，但是忠于清朝，于是决定放虎归山。
在李鸿章心目中，护送李昰应回朝鲜的最好人选是袁世凯。他多次问来天津办事的袁保龄：“你侄子还会不会出来做事？什么时候能出来？”袁保龄回答说：“小侄多年来有个心愿，要以科举正途为念，为叔父的也不便多加阻拦。”李鸿章遗憾地晃动脑袋，说出了他心中真实的想法，认为只有以袁世凯的应变之才，才能担当起护送李昰应回朝鲜的大任。说罢，眼巴巴地看着袁保龄，眼神中流露出几分期待。袁保龄看到此情此景，内心有些感动，答应催促袁世凯出山，当场表态说：“即使有千难万阻，也不能躲避。”
几乎是在同一天，袁世凯收到了四叔的家书和朝廷催促他出山的电报，展读过后心潮澎湃。他吩咐车夫备车，不顾正在下着的滂沱大雨，星夜兼程，从陈州直奔天津。
看到袁世凯从天而降，李鸿章喜不自禁，一改往日的严肃面孔，话语中洋溢出几分诙谐：“台已搭好，客也请到，只等你来登场了。”
按照原来议定的方案，为了震慑李熙、闵氏，还需委派一名高级武将随同前往。李鸿章告诉袁世凯，方案有所改变，只有袁世凯率水师小队数十人执行任务。袁世凯欲问其故，李鸿章笑着反问道：“听说袁大将军到，欢声雷动，谁敢抗拒？”
事实上这是个两边都不讨好的行动。对于朝鲜国王李熙和王妃闵氏来说，清廷将李昰应护送回韩，等于在他们身边安了颗定时炸弹，随时都有爆炸之忧，只不过迫于清廷的威力不敢公开反对罢了。对于李昰应来说，在他登临权力顶峰之际忽然被活捉到保定软禁几年，对清廷的怨恨不言而喻，尤其是对执行那次任务的袁世凯，一提到名字就咬牙切齿。
尽管情况相当棘手，袁世凯仍费尽口舌，两边做工作，圆满完成了这次任务。
袁世凯回天津复命，李鸿章听了汇报，对他更为器重，立马向朝廷上了一道奏折：“袁世凯胆略兼优，能知大体，前随吴长庆带兵东渡，久驻汉城，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人，咸相敬重。若令其前往接替驻朝商务委员陈树棠，当能措置裕如……拟请以知府分发，俟补缺后以道员升用，并赏加三品衔。”没过多久，朝廷批文下发，袁世凯赏加三品衔，接替陈树棠担任驻朝商务委员。
光绪十一年（1885）底，袁世凯携带新娶的美妾沈姑娘以及一帮亲信随员赴汉城上任，这一年他才26岁，正是英气逼人的年龄。袁世凯所担任的商务委员一职，简称为总理交涉通商大臣，这个官职是北洋大臣的属吏，地位或许稍逊于各国驻朝鲜公使，权力却在其上。此后9年，袁世凯在朝鲜大权独揽，做了藩邦实际上的“监国”，颐指气使，纵横捭阖，小钦差逞大威风。不但使朝鲜朝野大为慑服，环伺朝鲜的日、俄、英、美、法五大帝国，也为之瞠目结舌。
袁世凯在朝鲜八面威风，靠的是两项政治资本：其一，朝鲜成为中国的藩邦已有数百年历史，天下共知，这是使得袁世凯腰杆子硬最根本的一条；其二，受国王李熙之请，袁世凯帮朝鲜训练了五千亲兵，德式训法，欧美装备，这种现代武装使朝鲜军容大振。国王李熙在阅兵后大为赞赏，要封袁世凯为全国陆军大统领，只不过因为李鸿章怕袁太招摇会引起国际社会的反感，此事才算作罢。为了答谢袁世凯，国王李煕还是奖赏给袁世凯四个宫廷美女，一人早死，余下三人被袁世凯收做了姨太太。袁世凯的次子袁克文，就是一位姓金的姨太太所生。
对于袁世凯一手遮天的这种格局，五大帝国自然不满意，纷纷在朝鲜国内培植各自的势力，各种政治派别明争暗斗，或保守或激进，形成了错综复杂的局面。日、俄、英、美、法五大帝国相互之间虽说也有矛盾，但此时他们有一个共同点：要把清朝的小钦差袁世凯赶出朝鲜。
在这个人生的关键时刻，四叔袁保龄再一次写信为袁世凯指点迷津。四叔在信中说，“至人生当大任，须将生死祸福置之度外，认定道理去做就是了，犹如寡妇守节，守一年众望相孚，守三年大功告成。”四叔在信中还说，如今的天下事很难办，内有政府，外有北洋，大家都在敷衍了事，以稳定为大局，没有几个人真正在为国家着想的。你（袁世凯）办事锋芒太露，免不了会得罪一些人，今后切记要谨慎从事。“专靠才智做事而不济之以学问，自古及今未有不败者，戒之慎之！”
袁世凯在朝鲜专横跋扈的姿态，最终还是引起了国王李熙、王妃闵氏的极度反感。乘这个小钦差三年期满之机，请求清廷撤换袁世凯。尽管清廷驳回了李熙、闵氏的请求，但是袁世凯的日子仍然每况愈下，一天比一天不好过了。久而久之，他见不能驾驭朝鲜局势，身心疲惫不堪，再拖延下去甚至会有性命之忧，遂起了逃离苦海的念头。
经过多次恳求，李鸿章最终还是被他说动了。光绪二十年（1894）七月，袁世凯脱掉清朝官服，换了套平民百姓的服装，在一乘绿呢小轿的簇拥下仓促逃离朝鲜。登上“平远号”舰艇时，他回头看了一眼岸上稀疏的几个送行者，心里头百感交集。12年的朝鲜岁月，袁世凯堪称功不可没，风光无限，然而离开这个国家时却如此凄凉。
半个月后，清政府正式对日宣战，中日甲午战争爆发。