宋孝宗赵昚是宋太祖的七世孙，赵德芳的后人。高宗在扬州逃跑时因为受到了惊吓，而失去了生育能力，唯一的独子又在苗刘之变后死去，于是，他将赵昚收为养子。
赵昚被养在宫中将近二十年，却一直未被确定太子的名分。主要原因有三。首先就是高宗还是抱有幻想，想自己争取再生个儿子出来。其次是秦桧的强烈反对。再次是高宗的生母韦太后不喜欢赵昚，而喜欢另一个养育在宫中的赵琢。直到韦太后死去。高宗使出了最后一招，给两位准继承人每人送去美女十名，过了一段时间又把她们召回。经过检查，发现给赵琢的那十名都不是处女，而给赵昚的那十名都是完璧（赵昚是听从了史浩的意见），于是，确立了赵昚的皇太子地位。
赵昚颇有抗金雄心，在做皇太子的时候就有所表现。绍兴三十一年，完颜亮南侵，朝中多数大臣主张逃跑。时年三十五岁的赵昚十分气愤，主动上书，请求领兵与金兵决战。但经史浩的提醒，为了避免高宗疑心，他再次上书，请求在高宗亲征时随驾保护，以表孝心与忠心。
三十六岁的孝宗即位后，颇欲有番作为，他给岳飞平反，又将秦桧时期制造的冤假错案，全部予以昭雪。他重用主战派，重新拜张浚为相。并且整顿吏治，积极备战。在军事上，严肃军纪，培养军事人才，提高军队战斗力。当孝宗派遣使者，想通过外交努力收回河南地，改变不平等地位失败后，孝宗在经过和主和派的激烈斗争后，决定北伐。
隆兴元年（1163年），孝宗任命张浚为枢密使，都督江淮军马，负责抗金前线的军事指挥。此前，金人向南宋索取海、泗、唐、邓、商五州之地及岁币，被张浚拒绝。金朝屯兵虹县、灵璧，摆出一副马上要进攻南宋的架势，南北局势骤然紧张起来。张浚主张先发制人，立即进行北伐。此议一出，马上招来了主和派的强烈反对。此时的孝宗正是初生牛犊，锐气十足，北伐决心很大。当年四月，孝宗为了避开主和派的干扰，绕过三省、枢密院，直接命令李显忠、邵宏渊等出兵北伐。
北伐初期，宋军接连取得胜利，李显忠攻克灵璧、宿州，邵宏渊攻克虹县，金将蒲察徒穆、大周仁、萧琦等先后投降，北方人民纷纷响应，归附者络绎不绝。捷报传到临安，孝宗大喜，升李显忠为淮南、京东、河北招讨使，邵宏渊为副使。然而，就在宋军节节胜利的时候，军队内部的种种问题也暴露出来。首先是将领之间不和，邵宏渊为人心胸狭隘，争强好胜，孝宗任其为招讨副使，位在李显忠之下，对此他耿耿于怀。而张浚对这一问题又处理不当，听任邵宏渊不受李显忠节制，使宋军无法协调行动、统一指挥。其次，面对胜利，主帅李显忠产生了轻敌心理。攻克宿州后，他既不谋进取，亦不作防守，终日与部下饮酒作乐。当有人报告说金军万余人向宿州逼近时，他竟不以为然地说：“区区万人，何足挂齿！”此外，李显忠在犒赏军士时有失公平，士兵三人才分得一千钱，每人平均只得三百余钱，无法调动士兵们的作战积极性，邵宏渊又趁机暗中起哄鼓噪，士卒怨怒，宋军一度高昂的士气大为削弱。
就在宋军主将失和、军心浮动的时候，金人已经从前期仓促应战的慌乱中调整过来，调兵遣将，准备反击。孝宗和张浚对北伐面临的潜在危险也已有所觉察，以时值盛夏、人马疲乏、不宜连续作战为由，急令宋军撤退。然而，诏书尚未到达军中，金军已抵宿州城下。隆兴元年五月二十二日，金军向宋军发动进攻。李显忠通知邵宏渊出兵，夹击金军，邵宏渊却按兵不动，李显忠只得独自率军出战。战斗间隙，邵宏渊装模作样地出城巡视，对士兵们说：“天气如此炎热，就是手不离扇尚不得凉爽，更何况要在烈日暴晒下穿着厚重的铠甲作战！”言外之意是宋军几乎没有获胜的机会。宋军的二号统帅人物表现出如此悲观的情绪，使得宋军人无斗志，军心涣散。当晚，中军统制官周宏、邵宏渊之子邵世雄等将领各带所部逃遁，宋军顿时大乱，金人乘势大举攻城。李显忠率领部下奋力抵抗，而邵宏渊当此紧急关头，仍不肯与李显忠合力守城，极力主张弃城撤退。李显忠知道邵宏渊对自己心存嫉恨，不会援手，仅凭自己所部孤军守城已不可能，只得放弃宿州，连夜南撤。二十三日，宋军刚刚退到符离，就被追击的金兵赶上。在金兵的围攻下，宋军再无抵抗之力，士兵们丢盔弃甲，惊慌逃窜，连同随军民夫在内的十三万人马伤亡殆尽，粮草物资也拱手送与了金军。李显忠、邵宏渊二将在乱军中逃脱，侥幸保住了性命。至此，历时仅二十天的北伐以宋军溃败而告终。这也是孝宗在位期间唯一的一次北伐，虽然失败，但毕竟是南宋历史上第一次主动出击，与以前穷于应付金人的进攻不同。
主和派看到战争失败，又重开求和论调，于是主和派开始占上风。主战派不甘妥协，坚决作战。孝宗试探了金国的议和条件，觉得太苛刻，不能接受。但此时，宋在北伐失败后，已无力再打下去了。金又乘机继续进攻宋，宋岌岌可危。最后，孝宗答应了金国稍做退让的议和条件，就是将完颜亮入侵后，宋收复的唐、邓、海、泗四州还给金国；改宋对金称臣为叔侄之国，将岁贡改为岁币，数量比以前减少20万；将秦，商二州的土地割让给金。
孝宗虽然迫于时势，与金人媾和，但内心恢复中原的强烈渴望并没有因此而消失。鉴于张浚仓促北伐而导致失败，孝宗对用兵之事变得谨慎了许多，集中精力进行各种必要的战前准备，等待时机，再图恢复。
此时的南宋，内部问题多多，世风日下。官俸和军费占去了国家大量的财政收入。于是政府加重税，又使农民造反。一批支持孝宗恢复旧土的老臣相继去世，又使其辅弼无人。而且他的生母、皇后、太子都相继谢世，家庭生活也不幸福。孝宗虽然被迫向金屈服，但无时无刻不想着恢复。但张俊、陈康伯死后，却没有符合孝宗自己意愿的人当宰相。最后选用了陈俊卿和虞允文，但他俩虽然都是主战派却不和。最后陈去职。而且孝宗重用自己当皇子时的旧人，龙大渊和曾觌，遭到大臣们的反对。这两个小人，以善于察言观色，讨得皇帝欢心，人品都不佳。最后孝宗被迫把二人外放出去。
孝宗首先从整顿内政入手，安定民心，改变以往赈灾方式，就是社仓法。又改变盐钞，将官府拖欠盐商的钱还给盐商，又放宽了盐的专卖。孝宗又取消了很多加耗，大力削减冗官，又严格控制萌补任子，以前不加考核的官员儿子即可当官的情况没有了。对官吏还经常考察实际才能，不合格的都予以革职。
在军事上，整军兴武。孝宗在五年间，举行了三次大规模的阅兵，还积极选拔将领，自己也学习骑射。南宋的军队战力有很大的提高。又先后派遣使臣范成大和赵雄，出使金国。首先是要回河南，其次是改变宋朝皇帝接受金国使臣递交国书时，亲自下殿去取的礼仪。这两条都遭到了金世宗的拒绝。在孝宗想和平达到目的未能实现后，只好寄托于武力解决了，于是又开始整军备战。他准备让虞允文率一军从川陕主攻，自己亲领一军在淮南出师，兵分两路伐金。正当他等待虞允文的消息时，虞允文却在四川病死，致使孝宗的计划成为泡影。
虞允文的死，对孝宗打击很大。从此以后，他再也不提北伐了。为政求稳，渐趋于保守。对与金的礼节问题也不再强求力争。将全部精力全都转移到内政建设上。可能他想将这个任务（恢复）留给自己的继承人吧。太上皇高宗病死后，孝宗也倦政了，两年后传位光宗。在当了五年太上皇之后，孝宗病死。