金朝在靖康之难中俘虏了众多的宋朝宗室，康王赵构得以幸免。靖康二年（1127年），赵构从今天的河北南下到陪都南京应天府（今河南商丘）即位为南宋高宗，改元建炎。之后赵构一路南行，过淮河渡长江，建炎三年改江宁府为建康府（今南京市）作为行都，称“东都”。绍兴元年（1131年），升杭州为临安府（今杭州市）作为“行在”，绍兴八年正式定临安为行都，建康改为留都。金朝也一路南扑，直逼临安，高宗无路可逃，只得入海逃避，在温州沿海漂泊了四个月之久。由于南方气候潮湿河道纵横，加上南宋军民的英勇抗战，金主帅完颜兀术决定撤兵北上。在北撤到镇江时，被宋将韩世忠断掉后路，结果被逼入黄天荡。宋军以八千人之兵力围困金兵十万，双方相持四十八日，最后金军用火攻才打开缺口，得以撤退，金军又在建康被岳飞打败，从此再也不敢渡江。
在南宋“中兴四将”中，最著名的就是岳飞。他通过北伐夺取了金朝扶植的伪齐政权控制的土地。但宋高宗赵构因为种种政治原因一心议和，和岳飞的北伐意向相左，为岳飞之后被杀埋下伏笔。绍兴十年（1140年）五月，金人再度撕毁和议南侵，由于宋朝军民抗战英勇，金军在川陕、两淮的进攻皆告失败。七月，金将兀术转攻郾城，被岳飞打败，转攻颖昌，又败。岳家军乘胜追击，一直打到距开封仅四十五里的朱仙镇，兀术逃出开封。北方义军也纷纷响应岳飞，以至于金人叹“撼山易，撼岳家军难”。但此时高宗连下十二道金牌催促岳飞班师，北伐之功毁于一旦。绍兴十一年（1141年）十一月，宋与金于书面达成《绍兴和议》，两国以淮水—大散关为界。宋割让从前被岳飞收复的唐州、邓州以及商州、秦州的大半，每年向金进贡银二十五万两，绢二十五万匹。除夕夜（1142年1月27日），赵构和秦桧以“莫须有”的罪名杀岳飞与其子岳云、部将张宪于临安（今杭州）。《绍兴和议》立刻实现，宋高宗生父徽宗的灵柩和生母韦氏本人被送回南宋。
高宗任用秦桧为相。秦桧在靖康年间曾主张抗金，后被金人掠去。建炎四年（1130年）十月，秦桧南返，由于他奉行投降政策，与高宗之意甚合。秦桧归朝仅三月就成为副宰相，八月后又成为右丞相。由于秦桧大力提倡的“南自南，北自北”，当时尚与高宗的想法相左，一年后就被高宗罢免。罢相后的秦桧韬光养晦，伺机而动。绍兴八年（1138年）五月，高宗又任命秦桧为右丞相。秦桧上台后，迫害与自己意见不同的官员，联姻外戚，结交内臣。高宗对于秦桧的行为也只是默许。后期由于秦桧权势太大，引来高宗的警觉。例如高宗亲下命令，使秦桧的孙儿失去状元。秦桧的权势日渐下降。绍兴二十五年（1155年），秦桧病重，他又策划让其子接替相位，被高宗否决，不久就一命呜呼。
秦桧死后，高宗一方面打击其余党，一方面重用投降派官员。高宗没有生育能力，因此他从太祖的两名后裔赵瑗和赵璩中选择继承人。最后赵瑗胜出。绍兴三十二年（1162年），赵瑗被立为太子，并改名赵昚。绍兴三十一年（1161年），金帝海陵王完颜亮南侵，被虞允文在采石之战中击退。此时金国发生内乱，金帝海陵王被杀，金军北返。此事让高宗萌生退意。绍兴三埂二年六月，五十六岁的高宗下诏退位，太子赵昚即位，是为孝宗。他自己则称太上皇，居德寿宫。高宗成为太上皇以后，纵情享乐，花费巨大。淳熙十四年（1187年）十月八日，高宗逝世。
孝宗即位后，改革朝政，力图恢复，宋朝进入到一个相对兴盛时期。孝宗平反岳飞冤狱，起用主战派人士，锐意收复中原。隆兴元年（1163年）四月，孝宗令李显忠、邵宏渊等出兵北伐。北伐虽然一度胜利，但由于各路将领不和加上轻敌思想，北伐历时仅二十日就告失败。之后，孝宗不得已与金和谈。隆兴二年（1164年）十二月，宋、金正式签订和议，史称隆兴和议。但孝宗仍然念念不忘恢复中原，继续整顿军备。不过由于虞允文等一批主战派将领的辞世，最后北伐事业不了了之。在内政上，孝宗积极整顿吏治，裁汰冗官，惩治贪污，加强集权，重视农业生产。总体说来，宋朝的内政形势有所改观。高宗死后，孝宗对政治日益冷淡，最后决定让位于其子赵惇，也就是光宗。光宗即位不久就患了精神疾病，且对孝宗十分不孝。绍熙五年（1194年）七月，孝宗去世。
光宗性好猜忌，非常不信任其父孝宗的周遭大臣，因此他即位两年后就日渐疯癫。绍熙五年七月，孝宗病死后，光宗不服丧。临安城内混乱不堪，局势不稳。宗室赵汝愚和赵彦逾便开始秘密策划立新君。最后，太皇太后下诏，光宗被奉为太上皇。1195年，他的儿子赵扩即位，是为宁宗，改元庆元。六年后，光宗去世。史载宁宗“不慧”，智商低下。宁宗一朝被韩侂胄和史弥远两名权臣操控。
宁宗初期，赵汝愚任宰相。赵汝愚本人政治操守良好。但由于皇室任职宰相本就不合礼法，加上韩侂胄煽风点火，最后他被罢去相位。但是，民间依然十分怀念他，临安城门上每天都有悼念的诗文。韩侂胄为了彻底清除赵汝愚的影响与排斥异己，假借学术之名，制造庆元党禁，将理学称为“伪学”，而朝中信仰理学的大臣又多反对韩侂胄。韩侂胄借此将信仰理学的士大夫全部赶出朝廷。庆元六年（1200年），韩侂胄见理学已构不成威胁，便解除党禁。但是，党禁不得人心，为了笼络士人，韩侂胄又借北伐的名义蛊惑人心。开禧二年（1206年），韩侂胄贸然进行开禧北伐，结果很快就遭到了失败。北伐的失败让韩侂胄成为众矢之的，他的政敌史弥远借此与主和派和韩的反对派集结成联盟。而金人又以杀韩侂胄作为和谈条件之一。开禧三年（1207年）十一月三日，史弥远等伪造密旨，将韩侂胄杀死。从此之后开始了史弥远专政时期。史弥远与杨皇后勾结，大权独揽。
宁宗本有八子，但都夭折了。于是他立沂王的儿子赵竑为太子。赵竑对史弥远的专政非常不满。因此史弥远废赵竑太子之位，改立赵昀为皇位继承人。嘉定十七年（1224年）闰八月三日，宁宗去世。赵昀接替即位，是为理宗。但是，史弥远继续其专政，而赵昀也奉行韬光养晦的策略。绍定六年（1233年）十月，史弥远去世。理宗终于摆脱了史弥远的阴影。次年，理宗改元端平，实施一系列改革措施，史称“端平更化”。理宗将史弥远旧党尽数罢斥，朝政一度得到了改观。同时在北方，金朝正面临蒙古的步步紧逼，面临亡国。宋朝中的对外政策也分成了两派，一派认为应该联蒙抗金；另一派认为应该铭记唇亡齿寒之道理以及海上之盟的教训，援助金朝，让金成为宋的藩屏。
绍定五年（1232年）十二月，蒙古遣使来商议宋蒙合作夹击金朝。由于当时金国主力已在“三峰山之战”被蒙古军歼灭，金国已是亡国之态，宋廷当朝大臣大多赞同联蒙灭金，只有赵范反对。理宗答应了蒙古的要求，蒙古也允诺灭金之后将河南还给宋朝。但是这只是口头协定，没有留下书面协定，因此埋下了后患。金哀宗得知后，也派使节来宋朝陈述利害，希望联合抗蒙，但被理宗拒绝。理宗任命史嵩之主管灭金事宜。绍定六年（1233年），宋军攻克邓州。端平元年（1234年）五月，蔡州被攻克，金哀宗自缢，金朝灭亡。宋将孟珙将金哀宗遗骨带回临安。理宗将金哀宗遗骨供奉于太庙，以告慰徽、钦二宗在天之灵。
金朝灭亡后，蒙军北撤，河南空虚，理宗意图据关（潼关）、守河（黄河），收复东京开封、西京洛阳、南京归德三京，光复中原。端平元年（1234年）五月，理宗任命赵葵为主帅，全子才为先锋，下诏出兵河南。六月十二日，全子才收复南京。七月五日，宋军进驻开封。但由于粮草不济，贻误战机，宋军进攻洛阳时被蒙军伏击，损失惨重。各路宋军全线败退，“端平入洛”宣告失败。宋在此役中损失惨重，大量精兵与物资付诸流水，也为之后蒙古侵宋提供了借口。“端平入洛”之后，理宗怠于政事，沉迷于声色犬马，朝政大坏。
端平二年（1235年），蒙军首次南侵，被击退。蒙军并不甘心失败，于次年九月和第三年两次南侵，其前部几乎接近长江北岸。由于宋军奋勇作战，打败蒙军，再一次挫败蒙军渡江南下的企图。而后，南宋军民又在抗蒙将领曹友闻、王坚、孟珙、孟瑛、余玠、张钰等人的指挥下，多次击败蒙军，使其不得不企图绕道而行。开庆元年（1259年），蒙古汗蒙哥在征战合州时受宋军的流矢所伤因而死于军中。其弟忽必烈正于鄂州与宋军交战，听到蒙哥死讯后，又得知幼弟阿里不哥准备在和林称汗，立即准备撤军以争夺大汗之位。贾似道借机派人与忽必烈议和，以保太平。这样，忽必烈直接返回北方自立为汗。
理宗两子早夭，因此最后理宗择其弟赵与芮之子赵禥为皇储。由于赵禥其母曾在怀孕期间服用过堕胎药，因此赵禥先天不足。景定元年（1260年）六月，理宗下诏立赵禥为太子。
景定五年（1264年）十二月二十六日，理宗去世，赵禥即位，是为度宗。赵禥即位后不理朝政，整日沉湎于声色犬马之中。右丞相贾似道因此擅权。贾似道结党营私，排斥异己，终日在葛岭别墅中与妻妾玩乐。由于他好斗蟋蟀，时人称他为“蟋蟀宰相”。他禁止让前线战事让度宗了解。襄阳、樊城被围三年后，度宗才得知此事。
景定元年（1260年），忽必烈继承蒙古汗位。在蒙古贵族和汉人地主的支持下，忽必烈定都燕京（今北京），建立了新的封建王朝，咸淳七年（1271年）建国号为元。忽必烈在战胜了蒙古贵族中的反对派和巩固了自己的统治地位以后，便把兵锋转向南宋王朝，准备最后消灭南宋，统一全国。
咸淳三年（1267年），降将刘整向忽必烈建议攻灭南宋当首取襄阳，再从汉水渡长江东下，即可灭宋。第二年，忽必烈便出兵进攻南宋，首先围攻襄阳、樊城，经六年的攻战，于咸淳九年（1273年）占襄阳、樊城，打开了南宋的大门。
咸淳十年（1274年）六月，忽必烈命左丞相伯颜率大军伐宋。伯颜分兵两道：一道攻淮西淮东，指向扬州；一道由伯颜亲率大军沿汉水入长江，沿江而下，直指临安。自襄阳失守后，南宋宰相贾似道继续推行民族投降政策，包庇重用在襄樊战斗中逃跑的范文虎以及叛将吕文焕的亲属；对准备灭宋的元军，却不采取积极的防范措施。南宋军队遇到元军，不是一触即溃，便是叛变投降。七月，宋度宗死，贾似道立了四岁恭帝赵。九月，伯颜率元军主力从襄阳南下。首当其冲的是郢州（今湖北钟祥），郢州主将张世杰在汉水设防坚守。由于郢州军民的奋勇抗击，伯颜所统元军主力被阻郢州城下。伯颜决定不再攻打郢州，而率元军由旁边水道绕过郢州，再入汉水，进至沙洋。沙洋守将王虎臣、王大用顽强抵抗，元军用金汁炮焚毁民居，沙洋城破，元军屠城。元军接着进围新城，新城守将居谊拒不投降，并射伤前来劝降的吕文焕。终因寡不敌众，居谊同三千战士全部壮烈殉国。元军到达长江边的阳罗堡后，又遭到王达领导的军民奋勇抵抗，使元军进攻多日未能占领此城。于是伯颜分兵从上游四十里的青山矶强渡，攻占了阳罗堡，王达及刘成与八千将士英勇战死。元军渡江后，鄂州、汉阳相继降附。伯颜命阿里海牙守鄂州，并攻取湖南，自己亲率大军沿江而下。黄州（今湖北黄冈）奕喜、蕲州（今湖北蕲春东南）管景模、江州（今江西九江）吕师夔、安庆范文虎均不战而降。南宋沿江各州守将，大都是吕氏亲属和旧部，也是贾似道重用包庇过的将领，他们望风而降不足为怪。
鄂州等地失守后，迫于朝野舆论的压力，贾似道不得不在德祐元年（1275年）二月率诸路精兵十三万，到芜湖抵御元军，并与夏贵合兵。即使大战在即，他还派宋京去与伯颜议和，许以输岁币称臣，被伯颜拒绝。贾似道不得不命孙虎臣率七万步兵驻池州的丁家洲，夏贵以战舰二千五百艘横亘江中，自率后军驻鲁港。宋元大战开始，伯颜分步骑夹岸而进，又用战舰巨炮轰击孙虎臣军。宋军先锋姜才率军英勇战斗，主将孙虎臣却弃阵逃走，夏贵也不战而跑。贾似道惊慌失措，急命收军。元军乘胜追击，宋军大溃，军资器械尽为元军所得。贾似道与孙虎臣乘船逃到扬州。这次丁家洲之战，南宋水陆两军的主力几乎全部丧失。
贾似道兵败逃到扬州后，上书请迁都逃跑。谢太后（宋理宗皇后）不许，并命陈宜中为相。陈上书请斩贾似道，谢太后只罢了贾似道的官，贬循州。押解途中，贾似道被押送官郑虎臣杀死。
元军乘丁家洲大捷，沿江而下，南宋地方官相继逃遁或投降。沿江重镇，先后为元军占领，南宋朝中官员也纷纷出逃。抗元名将张世杰率军从荆湖入卫临安，收复了吉安、平江、广德、溧阳，刘师勇收复了常州。这样，浙江降元的一些地方官又反正归宋。在扬州，李庭芝、姜才打败了元军的多次进攻。七月，张世杰与刘师勇率万余战船主动进攻元军，进到镇江焦山，反为元军火攻所败。张世杰退往端山，刘师勇退回常州。张世杰要求南宋朝廷增兵继续进攻元军，南宋政府却不予理睬。
面对越来越险恶的形势，南宋朝廷下达了“勤王”诏书，但只有文天祥从赣州组织了一支勤王军于八月到达临安。随后，文天祥被委任为抗元前线的平江（今江苏苏州）知府。元军在推进过程中，遭到沿途人民的英勇抵抗。在无锡，军民顽强阻击元军；在金坛，人民组织义勇兵与元军奋战。在常州，姚訔、陈炤、王安节、刘师勇等率军坚守达二个月，至十一月城破，姚、陈、王、刘仍率军民抗争，坚持巷战；最后仅刘师勇等八人逃出，全城惨遭屠杀。
从十月起，元军发起向临安的最后攻击，从镇江兵分三路：右军出广德攻独松关，左军入海奔澉浦，伯颜率中军攻常州，三路会师攻临安。南宋命文天祥从平江赶赴独松关，人未到，关已失，文天祥退回临安。南宋命张世杰知平江府，还未到任，伯颜已进入平江，张世杰只好也退到临安。
德祐元年（1275年）底，临安军队有三四万人，文天祥与张世杰商议，要同元军决战，但宰相陈宜中正向元求和，不予同意。南宋统治集团不断派出乞和使者：先是求元军班师通好；后求称侄纳贡；再求称侄孙；最后求封小国、称臣。伯颜利用南宋投降求和，步步进迫。宋德祐二年（1276年）正月，元军游骑到临安北关，文天祥、张世杰请谢太后、恭帝逃到东海上，由他们率临安军民背城一战，又被陈宜中反对。正月十八日，谢太后与陈宜中派使臣送出传国玺和向元投降书。陈宜中随后逃走。十九日，谢太后命文天祥为右丞相兼枢密使，让他接洽投降事宜。文天祥与其他执政官至元军营谈判，梦想保住南宋小朝廷，被伯颜扣押。
三月，伯颜率元军入临安，全太后（度宗后）、恭帝赵被送往大都（今北京）。谢太后因病暂留临安，之后也被押往大都。南宋临安朝廷灭亡。此后，文天祥、张世杰、陆秀夫领导南宋军民继续抗元。南宋皇室益王赵昰于该年五月即位为端宗，景炎三年（1278年）四月病亡，八岁的赵昺继立为新皇帝改元景炎。祥兴二年（1279年）二月，元军大举进攻在大海中弅山的赵昺小朝廷，宋军大败，眼看要被俘虏，宰相陆秀夫背起赵昺跳海自尽。至此南宋朝廷彻底覆亡了。