在纯种繁育的基础上，保持和提高牦牛优良类群原有的生产性能和特性，不断克服存在的缺点，形成稳定的遗传性或能稳定地遗传给后代，使其更适合国内外市场的需要。如天祝白牦牛、九龙牦牛等，生产性能、外貌有其独特的性状，但还有一定的缺点，生产性能也较低，只有通过较长时期的本种选育增加群体中良种的数量，才能不断提高生产性能。
确定选育方向，制订本种选育计划和选育标准，深入细致地进行选种和选配，始终坚持既定的目标进行选育。如当代欧洲肉牛的一些著名品种，是由原来的役用牛，经百年以上向肉用方向选育而成。在牦牛的选育中，我们也要采用现代的畜牧技术，进行严格的选种、选配。特别是选育核心群，对种用公、母牦牛要进行认真、科学的选种，选配。对优秀公、母牦牛要采用冻精人工配种和冷冻胚胎移植等技术，扩大繁殖，加快本种选育效果。
牦牛选育的效果，是遗传与环境或内因与外因共同作用的结果。因此两者都要兼顾，不可偏废。牦牛的生产是在自然环境下进行的，饲草、饲料是首要的限制因素。培育草原，解决冷季补饲的草料，创造良好的培育条件，才能充分发挥牦牛的遗传潜力。