牦牛本种选育也叫纯种繁育，通过对一个牦牛类群或群体内公、母牦牛的选种、选配和改善饲养管理，不断提高生产性能和体型外貌，使其更适合牧民或市场的需要。本种选育是从内因入手来提高牦牛生产潜力的重要措施，虽无种间杂交见效快，但积极开展这项工作，会达到提高性能的目的。因此，忽视本种选育工作是不对的。
在牦牛生产中，实际并不需要群体中的全部个体都参与到繁殖后代的过程中，必须是有选择地繁殖，即进行选种，让基因型优秀或高产的个体多繁殖后代，借以增加后代群体中高产基因的组合频率，也就是说，选择高产或优秀公、母牛进行繁殖，执行严格的淘汰制度，才能不断提高和发挥群体的遗传潜力。一个牛群，大到一个类群，都是规模不同的群体，其生产性能的高低，取决于高产基因型在群体中的存在比例。选种和淘汰都能改变这一比例，是一个事物的两个方面，只不过选种着眼于未来，淘汰立足于现在。根据牦牛的生物学特性和从经济效益方面考虑，对公牦牛着重进行积极的选种，对母牦牛则采取消极的淘汰。