治国之道关键是要处理好君臣间的关系，《淮南子》认为君与臣职责不同，君制臣，臣事君，不可相无，二者相辅相成，各得其宜，虽异则宜。并提出“异道则治，同道则乱”。异道就是各司其职，不越位，不混则有序，从而达到异则一的殊途同归的整体和谐的效果。“不正本而反自然，则人主逾劳，人臣逾逸”，认为社会政治中君臣关系间应该遵循自然这一法则。这种自然就是事物的内在规律，不单是单个事物的特性，还包括事物间的本然联系。只有如实地把握这些自然特性，才能以逸待劳，使事物得以顺利地发展。
君制臣、臣事君的上下关系，是由道所决定的：
主道员者，运转而无端，化育如神，虚无因循，常后而不先也。臣道员者，运转而无方者，论是而处当，为事先倡，守职分明，以立成功也。是故君臣异道则治，同道则乱。各得其宜，处其当，则上下有以相使也。夫人主之听治也，虚心而弱志，清明而不暗。是故群臣辐凑并进，无愚智贤不肖莫不尽其能者，则君得所以制臣，臣得所以事君，治国之道明矣。文王智而好问，故圣。武王勇而好问，故胜。夫乘众人之智，则无不任也；用众人之力，则无不胜也。千钧之重，乌获不能举也；众人相一，则百人有余力矣。是故任一人之力者，则乌获不足恃；乘众人之制者，则天下不足有也。
故上下异道则治，同道则乱。位高而道大者从，事大而道小者凶。故小快害义，小慧害道，小辩害治，苛削伤德。大政不险，故民易道；至治宽裕，故下不相贼；至忠复素，故民无匿情。
从道的角度把道作为治理天下的理论依据，将君主的行为与权力限制在一定范围之内，警示统治者应慎用权力，不可妄为，反对苛刑暴政。在治理社会的系统中君臣应分工合作、齐心协力，才能实现整个社会的有序性。在君制臣的前提下，充分调动群臣的才能和积极性，推动社会的正常运行。人主的高明之处在于善用众臣之能，虽不见不知，却能通过他人之知获取对外界的认识。但君制臣要靠人主的清明、虚心，才能调动群臣的积极性，尽其所能，君臣协力才是国家实现治理的基础，而不是仅靠君主的权势。同时认为圣的内涵包括智慧和好问学，这明显的是吸收了儒家的圣人观念。
《淮南子》重视君主的作用，提出尊君，但没有对君主的权力和地位进行理论上的建构和论证。“所为立君者，以禁暴讨乱也”，君主应是人间正义的代表，能“禁暴讨乱”、治理社会。“故义胜君，仁胜父，则君尊而臣忠，父慈而子孝。圣人在上，化育如神”，尊君的前提是义胜君，即君主行义则君尊，才能制臣。“主者，国之心，心治则百节皆安，心扰则百节皆乱。故其心治者，支体相遗也；其国治者，君臣相忘也”，这是道家的君臣观。君主是国家的表率，因此，君主应寡欲无为，不扰民。“相忘”使臣不感到君权的威压，说明君臣间的某种平等性，实际抬高了臣的自主性。“上操约省之分，下效易为之功，是以君臣弥久而不相厌”，“上操其名以责其实，臣守其业，以效其功，言不得过其实，行不得逾其法，群臣辐凑，莫敢专君”，君主所操之名就是法和礼，以规范臣的行为。达到君制臣的目的。君无为，则臣效力。“夫疾风而波兴，木茂而鸟集，相生之气也。是故臣不得其所欲于君者，君亦不能得其所求于臣也。君臣之施者，相报之势也。是故臣尽力死节以与君，君计功垂爵以与臣。是故君不能赏无功之臣，臣亦不能死无德之君”，相连之物是相互依存、相互作用而并生的，君臣是相互依赖、相互回报的政治利益关系。臣尽忠，君尽赏，才能各得所需。而君之赏与臣之尽死都是有条件的，即君有德，臣有功。
君臣虽异道，但“君臣同志”，即目标一致，才能协同治国。“尽其地力以多其积，厉其民死以牢其城，上下一心，君臣同志，与之守社稷，？死而民弗离，则为名者不伐无罪，而为利者不攻难胜，此必全之道也”，“水下流而广大，君下臣而聪明。君不与臣争功，而治道通矣”，上下利益具有一致性，齐心协力共同治理社会，这是上全之策，并且君应善居臣下，不与臣争功，这样才能消除上下间的冲突与对立，有利于社会治理的整体和谐与发展。
要想使人无条件地服从、效法天，就必须在天人之间建立联系。在前面已论述过《淮南子》利用数偶、类推方式论证了天人的同类关系，进而从物类之间的感应推及到以气为中介的天人感应，这样，天人之间便自然地具有了一种相类相感的关系。但它与董仲舒赋予天以伦理的品格并将天神格化论证“天人感应”有极大的不同；另外，对君主主张其地位的长久要建立在行德施政方面，而不是对皇权来源的神圣性的论证。虽然用本末关系说明了二者确定的地位，但强调各尽其道、同志、相报、相忘等相互关系的论证，而不是一味地臣对君的服从上。实际是在一定程度上限制了君主的行为，这是《淮南子》未能被试图集权于一身的汉武帝接受的一个重要因素。
《春秋繁露》认为人世间的统治权来源于天，从而为君主的统治获得了合法性和至上性。董仲舒对天的尊崇实际是要建立人对君主的绝对服从，帝王既然是天之子，那么其权力的天赋性和至尊的权威性在人间应有体现，应当是完美的道德化身，是世人敬仰效法的楷模，且君主治理不善无须人们起而反抗，自有天的适时惩罚，而只有天具有这种权力，皇权是由天操控的。因此君主的立与废由天而定，由此君主只听从天、只对天负责，从而抽掉了人们反抗君主的基础与依据。人世间君主权力的至上性和权位的不可动摇性，使得只有宇宙的最高权威才能对人世间的最高统治者施予奖惩，因此百姓是被动无权的，对其现实不公平的命运不能作出任何反抗，一切都由天做主。而天地万物间的统治力量是神格化的天，这就为其后的君主专制制度提供了形而上的理论依据。天象的任何变动都是上天的启示，因此当时天文学的发达是与政治紧密联系的，观测天象是最重要的一项科学兼政治的活动，这样就使天文观测具有了深刻的政治目的。这既促进了天文学的发展，同时又左右着天文观察的实际效果。天国与人间对照，认为天子应像天管理自然与社会一样，不见其行为，而万物都由其决定，即“无为而治”，天子代为其治理，天子应将具体事物的处理交于大臣。
在历史上，对理想君主的讨论是思想家探讨的一个中心内容，这实际是对人类社会理想秩序如何管理的问题，各个学派都有不同的设想。道家是以无为与有为展开的，无为指行为的客观性，就行事的依据、原则而言，因此，无为之治是道在社会领域中的表现。有为是就济世利民的实际功效而言，圣人是将二者统一起来，表现为君制臣，君无为而臣有为。《淮南子》将无为置于广阔的历史背景和现实生活之中，更具有了新鲜的生命与活力。