李时珍还想通过楚王府、太医院供职的好条件，得到明朝廷的帮助和支持，用国家的力量实现他多年来的计划，编成《本草纲目》这部医学巨著。
可是，当他满腔热忱地把修订《本草》的建议提出后，不但朝廷根本不理，还被一些顽固守旧的人斥责为“擅动古人经典狂妄之极”，遭到粗暴的打击和恶意嘲笑。李时珍依靠国家的力量修订《本草》的希望破灭了。他非常失望，但是他仍没有放弃编撰（zhuàn）这部医学巨著的计划，他要为这个世界做点有用的事。
当时的最高统治者是历史上出名昏淫无道的嘉靖皇帝，他为了维持自己的尊位，笃信道教，热衷方术，一生不惜耗费大量的金钱财物，进行斋醮（jiào）活动，以求长生之术。这样他把大量的精力都放在企求长生不老的活动中，执掌朝廷大权的，不是皇帝本人，而是善于奉承讨好皇帝、欺骗人民、贪污腐败的严嵩父子。在他们专权的时候，朝廷上上下下十分腐败，官场里一片乌烟瘴气，贪污受贿、谄（chǎn）媚讨好成为风气。就是太医院这个清水衙门也不能例外。
这种情况，对于秉性正直的李时珍来说，是难以久处的。这样，任职一年后，李时珍就托病辞职，回故乡了。他要靠自己的力量来完成这一对于历史和人生意义都十分重大的事情。
大约1561 年左右，他回蕲州后，搬了一次家。新居在雨湖的北岸，地名红花园，打开沿湖的一面窗户，湖光山色，一览无余，正是著书思考的好地方。
他本字东璧，从这年起，便起了濒湖的别号，表示他对这块地方的喜爱。
他又引用《诗经》里“考（kǎo）艹过在阿，硕人之”两句诗的意思，在自己的门上题了“ 所馆”三个大字，就在这所“ 所馆”里，《本草纲目》的编写工作，又重新开始了。这时，他的父亲李言闻刚刚去世。
从这以后，李时珍开始了细致而辛苦的编撰工作，同时继续行医，救人民于危难之中。
修订本草，功绩不朽
李时珍修订本草的志愿，是他行医不久便确定的。
我国本草学有着悠久的发展史。
我国地大物博，历史悠久，古代文化灿烂辉煌，令世界各个国家的人们惊叹不已。药物学方面的遗产也丰富多彩。在很久很久以前，就有神农尝百草的传说。相传，神农传下的有365 种本草。神农被认为是我国药物学的始祖。《神农本草经》（简称《神农本草》）是我国第一部比较完备的本草学著作。据考证，《神农本草经》并不是神农所著，而是汉代人假托神农之名问世的。《神农本草经》总结了我们的祖先世世代代遗留下来的许多医疗经验和当时认识到的药物365 种。
从汉代到明朝的一千五百多年中，随着科学的发展，人们与疾病斗争的经验日益丰富，本草学也日益发展、完善起来。在这段时间里，历代医药家又编纂了很多新的本草，数目不下二三百种，大大地丰富了祖国的医药学宝库。
南朝齐梁时期大医药学家陶弘景编写的《神农本草经集注》，是一部很有影响的著作。《集注》将《神农本草》中所收载的三百六十五种药物加以注释和整理，又补充了汉、晋以来新发现的药物三百六十五种，共收载药物七百三十种。
唐高宗显庆四年（公元659 年），由大臣长孙无忌、李勣（jī）等领衔编纂、由苏恭实际负责编著的《新修本草》宣告完成，并由政府在全国统一颁行。
《新修本草》共收载药物844四种，是我国第一部官修药典。
宋朝编撰了许多医学书籍，有关本草的，影响较大的有刘翰、马志的《开宝本草》，有掌禹锡、苏颂的《嘉祐本草》；最值得重视的是宋神宗元丰五年（1082 年）由四川名医康慎微所著的《经史证类备急本草》，简称《证类本草》。《证类本草》是我国当时最完备的本草学著作，一共收载药物1455种，同时附有药方3000多个。
李时珍是一个喜欢读书并善于思考的人。当他23岁科考失败后，便一头扎进书屋，研读了大量的书籍，像《神农本草》、《新修本草》、《证类本草》这些医药类名著他都仔细地读过。
后来，李时珍经过自己的行医实践以及所见所闻，渐渐地感到我国古来的本草同明朝当时的用药的实际情况不完全符合，旧本草不只是品种不全，而且还有许多错误。
就拿唐慎微的《证类本草》来说吧，这是当时医药界公认的“全书”。
李时珍也非常赞叹唐慎微学问实在广博。《证类本草》汇集了名家本草的药物和民间许多的单方、验方，使这些民间和古来的用药经验能够流传下来。
这些功劳都是不可磨灭的。但是，李时珍也发现《证类本草》这部权威书籍存在着一些错误。
“本草”就是中药。由于绝大多数中药来源于植物，其中又以草类最多，所以中药书都以“本草”命名，其实“本草”中包含有虫、鱼、鸟、兽、矿物等不同的种类。
可是，在《证类本草》中却划分得很混乱，生姜、山药是两种菜疏，《证类本草》却把它们列入草部；槟榔、龙眼是两种果子，《证类本草》又把它们列入木部。
还有《证类本草》有的地方把两种甚至几种药混淆了。如把葳（wēi）蕤（ruí）、女萎二种药草并为一条使用，这就是个差错。葳蕤是一种矮小的多年生草本植物，开白色的钟形小花，叶子像竹子，所以又名玉竹，是一种常用的滋补强壮药。女萎，也称万年藤，茎长数丈，是止痢消食药。可见，这两种药外观与作用都是完全不同的，是完全不能混淆的。
其他本草书籍也有类似的错误。
如硝石与芒硝。硝石也称火硝，它的主要成分是硝酸钾。芒硝又名水硝，它的主要成分是含水硫酸钠。但是历代各家本草对硝石和芒硝的成份差别都弄不清楚，错加注释。
五倍子是一种用途广泛的药品，有收敛止血的作用，可治久痢脱肛、水火烫伤，也是当时的一种常用的解毒剂。但是五倍子究竟是怎样形成的，大家都不是很了解。宋朝的《开宝本草》中说五倍子是草部；《嘉祐本草》的作者看到五倍子生在盐肤木上，所以认为它是盐肤木的果实，又把它归入木部。李时珍发现了这两种说法，发现它们都有一个不可回避的缺点，那就是，五倍子到底是怎样形成的这一问题，哪一本书都没有搞清楚。他对现有的答案很不满意，认为不能因为这两部本草都是很有名的就去盲目相信，而应该根据事实得出正确的结论。于是他花了许多时间观察到了五倍子的形成过程。
他发现，五倍子是“ （bèi）窠（ké）也”。虫就是蚜虫，五倍子是蚜虫寄生于盐肤木上而形成的。五倍子蚜虫很像蚂蚁，每年五、六月就开始在盐肤木上活动，并渐渐在叶子间形成虫瘿（yǐng），也就是一些虫囊，这些虫瘿开始时很少，渐渐长得坚硬起来。大的像人的拳头一样，小的象菱角，形状有的圆、有的长，不很规则。开始时呈黄绿色，时间一长就变成红黄色。
缀在枝叶间，不细看，确实很像树木结的果实。但是敲开它那又薄又脆的壳，就可以看到里面有许多小虫。由此可见，它并不是树木的果实。山区的老百姓采来五倍子以后都要先蒸熟，再保存、用药等，防止时间长久了，虫子会穿壳而出或者五倍子腐败。
有的本草认为“黄精即钩吻”，“旋花即山姜”。黄精是一种补药，无毒，钩吻却有剧毒；旋花与山姜也是两种不同的植物，分别属于旋花科和姜科。这些东西怎么可以互相混淆呢？
在历代诸家的本草书中，这样的错误不胜枚举。李时珍越读书，越发现这个问题的严重性，也便越想及早修订《本草》，编撰出一本让人信得过的《本草》来。
药搞错了，尽管医生处方开得再好也还是不能治病，甚至会因此引起医疗事故。
李时珍的眼前时常浮现出那位渔夫老庞和他的妻子的样子，因为药局把“虎掌”和“漏篮子”两味药弄混了，差一点儿搞出人命来，幸亏李时珍发现的及时，才救了那位穷苦人的性命。而造成这样事故的原因就是，药书上说，漏篮子又名虎掌，把本来不同的药等同起来。
李时珍想起有些方子治死人的惨痛教训。一次，有个医生给患癫（diān）狂病（即精神病）的人开了方子，其中有一味防葵，不料病人服后马上就死去了。又有一个医生给病人开了一种叫黄精的补药，结果也吃死了。原来，药书上把防葵和狼毒、黄精和钩吻等同起来，而狼毒和钩吻都是毒药，这样不仅不能镇静和大补，相反却会导致人死去。
李时珍记起自己二十岁时的那场病，骨蒸病纠缠了他很久，而按照药书上说，柴胡和麦冬可以润肺治寒热，父亲为了止住他咳嗽发热，就曾用了不少这样的药，结果都不见效，还是后来父亲改用黄芩（qín），才治好了他的病。而黄芩为什么能治这种病？药书上并没有提到。
这样看来，老是照药书上说的去用药，不是要出更多的乱子吗！
李时珍深知病人们的痛苦和期盼，他立下宏愿：我一定要把古代传下来的药书，好好整理一下；把其中的错误改正过来，把没有提到的补充进去。
他认为只有这样，才无愧自己行医多年获得的名医称号，才对得起信任自己的诸多病人，才能让自己这颗善良的心平静下来。
考订本草，这是李时珍深思熟虑之后确定的主攻方向。由于李家的家庭环境和个人的切身经历，他深感“本草一书，关系颇重”（李建元《进本草纲目疏》），它不仅影响医生的技术发挥，更重要的是关系到病人的健康和生命安全。而且本草的各种错误代代相传，危害大，李时珍出于对国家和民族的高度责任感，更坚定了他考订本草的信心。
这一年大约是明朝嘉靖二十三年以后，李时珍30岁左右的时候。
李时珍把自己的想法告诉父亲，父亲惊奇地说：“你是想重修‘本草’吗？这可不是件简单的事啊！”
重修“本草”的艰难程度，李时珍当然是知道的。编修一部新的“本草”，必须要改正旧的，补充新的，而且要保证编修的正确性，不知要花多少人力、财力。
李时珍又问父亲：“唐慎微他们是怎样编修‘本草’的呢？”
李言闻说：“那是经朝廷批准的，不然的话，谁有力量去做呢？”
李时珍说：“我们也可以请求朝廷批准啊！”
李言闻苦笑着反问：“朝廷能批准我们这样的人来修订‘本草’吗？”
明知山有虎，偏往虎山行。李时珍发现修订“本草”这件事，实在是困难重重，可是，他太了解修订“本草”这件事的实际价值了，无论如何，他也不能任凭错误百出的“本草”再世代相传，误伤百姓了。
于是，他开始了漫长而艰难的编修“本草”的准备工作。
他一边行医，一边大量阅读与“本草”有关的各种书籍，以丰富自己在医学方面的学识。
为了提高自己的阅读、写作能力，他还读了大量的经史百家名著，做札记，谈认识。他还读了许多前人未加注意、未曾引用的书，企图从古代学术宝藏中挖出更多有价值的东西。如王维的《敕赐百官樱桃》诗，告诉他蔗浆是寒的，使他更了解蔗浆泻除中热的功用。他还从苏辙的“客来为说晨兴晚，三咽徐收百玉浆”两句诗中，得知了栗子的妙用。他用之于临床治疗，也发生了效力。
有一次，他读过《楚辞》中的“将与鸡鹜（wū）争食乎”，“将泛泛若水中凫（fú）乎”两句。立即发现了陶弘景、寇宗爽等人把凫与鹜混淆的说法，严格地辨明了二者的区别。认为古“凫”看作野鸭，而“鹜”则是一个家鸭。
李时珍也不轻视稗官小说，这使他收益很大。他利用行医的空闲时间，把握一切可读书的时机，阅读了好几百种像《泊宅编》、《两山墨谈》那样的笔记。刘贡父的《芍药谱》、沈立的《海棠谱》、范成大的《菊谱》、戴凯之的《竹谱》、叶廷珪（guī）的《香谱》、苏易简的《纸谱》等等，他也都细细地阅读、研究。在后来他为编撰《本草纲目》而对各种药物进行考证时，这些谱录式的作品给了他很大的帮助。
对于边远地方的药物生产情况，他不大容易了解。因此，李时珍对于像《南方草木状》、《桂海虞衡志》、《凉州异物志》这类书下过一番工夫。
明朝永乐、宣德年间，郑和等人七次下西洋。跟随他们去的一些人，如马欢、费传、巩珍等人，回来后都写了书，叙述沿途经历和各地风俗材料，李时珍便利用他们所供给的材料研究外国药。
在读书的过程中，李时珍总是细心地分析、研究、思考。他一方面肯定书中正确的方面，同时，对书中的矛盾的地方、有疑问的地方，都一一摘录下来，以便核实和更改。
在阅读各类书籍的过程中，李时珍发现“本草”书远远不能囊（náng）括医家的丰富经验。从《证类本草》问世到李时珍生活的明代，已经过去四个多世纪了。这四百多年来本草学仍然在继续向前发展。
随着医家与各种疾病的顽强斗争中，一些医生积累了大量的、有价值的经验，在古代医学的基础之上，又有了新的收获。
金、元时期有四大医家闻名于世，他们是：主张用寒凉药的刘完素，他针对宋代的古板的医务制度，规定医生处方用药必须使用官方颁布的方剂，使用成药也不许任意变化配方，主张处方用药要注重实际，因人而施。
病人的生活状况、所处环境及病情各不相同，用药也应该有差异，不能强求一律。常用攻下药的张子和，敢于用峻激的泻剂和吐剂，广泛应用“攻病三法”（即发汗、催吐、泻下），注重攻法，慎用补法。擅长用补养脾胃药的李东垣，研究滋阴降火药的朱丹溪。刘完素、张子和、李东垣（yuán）、朱丹溪四家，即所谓：“金元四大家”，提出了不应当盲目搬用古方的观点，指出了旧医书和本草的许多讹误不足之处。他们研究新药理，推广新药效，发现新药物，讨论如何组成新的有效方剂，出现了良好的争鸣气氛。他们的学术争鸣对李时珍的思想产生了深刻的影响，更增强了他重新修订本草的意愿。
另外，宋元时期海陆交通日益发达，对外贸易超过了唐朝。1973 年，考古人员在福建省泉州湾发现了一艘宋元时期沉没的海船，船舱中除有大量的古铜钱和瓷器外，还发现许多药物，如沉香、檀香、水银、朱砂、胡椒等。
由此可见，那时我国与国外医药学交流已经相当发达。那么，宋元时期引进的一些药品就没有归入“本草”书中，需要在书上填补新内容。
元朝时，由阿拉伯邀来了医生，在北京开设了“回回药物院”，并且翻译了阿拉伯医药书籍《回回药方》。
明朝时，郑和七次奉命下西洋，最远航行至非洲东岸。后来，随行人员不仅记录了旅行经历，还带回了芦荟、乳香等外国药材和许多国外的医药学知识。
随着本草知识的日益丰富、发展，旧本草早已经不够用了。应当早日有一本新的本草问世，来全面总结祖国本草学的新认识、新经验，以提高医药学的水平，更有效地为人们治病。
研读了大量书籍，探讨了新知识后的李时珍，修订“本草”的决心更大了。
一边行医、一边读书、一边做笔记的李时珍，读了许许多多的医药书籍，记下了好几柜子笔记。明嘉靖三十一年（1552 年），35岁的李时珍认为自己做了充分的准备工作，开始编写修订“本草”了。
他把这部著作取名为“本草纲目”，加上“纲目”两字，是因为他设想将这部书作新的归类，使它纲目清楚，查阅方便，便于使用。因此体例上一定要条例清楚，提纲挈领，细目分明，因而取书名《本草纲目》。
同一年，他收了一个叫庞宪的徒弟。徒弟很勤奋，为人忠厚仁德，后来成为研究《灵枢经》的名医。他也是后来李时珍著书和采药时得力的助手。