李言闻常对李时珍说：“熟读王叔和，不如临病多”。王叔和是汉朝的一位名医，他曾总结了西晋以前的脉学，发展了脉学，写成一部完整而系统的论述脉学的专著——《脉经》，并整理和编纂了张仲景的《伤寒杂病论》。
李言闻的意思是说，学医不能光靠熟读医书，必须多接触病人，多看病人。
李时珍牢记父亲的话，既认真研读前人的医学理论，又在医疗实践中不断验证和总结，得出许多独到的结论，实施了不同的方法，取得了意想不到的效果。
一次，有一位病人由燥热伤肺引起了咽喉闭痛，小便不利。一般情况下，都以清热利尿的药治疗，疗程比较长，李时珍便另辟蹊（xī）径，用升麻之类的药使病人呕吐，疗效非常好。他总结这一治疗规律说：“上窃通而小便自利矣，所谓病在下取之上也。”他的目的就是不沿袭古人，怎样能尽快解除病人痛苦就怎样做。
古代名医陶弘景说，巴豆最能泻人，李时珍行医实践却发现，巴豆用量大，固然会引起腹泻，但用量小却能止泻，关键在于“配合得宜”，那么怎样掌握这个度呢，李时珍便反复试验，有时自己吃巴豆，来感觉巴豆的实际药效。
一次，有一位60多岁的老太太，患腹痛溏（táng）泻病已经有5年多了。平时，只要一吃生冷或油腻的食物，立即就肚子痛得受不了，腹泻不止。老太太求过许多医生，各位医生都用调脾升提收涩的药来治疗，但是仍然腹泻不止，反而更加严重。后来，有人提出到说李时珍李大夫常有妙方治疗一些不治之症，于是李时珍被请到病人面前。李时珍为老人把脉发现她脉象沉滑，认为这是脾胃长时间受到伤损，冷积凝滞，才引起的腹泻不止。而且腹泻仅仅是病症的外在表现，主要原因是因为冷积凝滞。那么，只有去除冷积，才能从根本上根治此病。
李时珍知道，巴豆“峻用则有戡乱劫病之功，微用亦有抚缓调中之妙”
（《本草纲目·木部》巴豆条，人民卫生出版社校点本，2054 页）。巴豆只要把握好用量，急用有去病的作用，少用也有调合的效用。这样，李时珍开出药方，用腊匮（kuì）巴豆丸五十丸与服。
药方一出，许多医生提出疑问，病人亲属也很不放心，因为在人们的观念中，巴豆一直是一味泻药，怎么治泻反而用泻药，这岂不是要出人命啊。
许多医生还用理论来责问李时珍，认为，巴豆本为峻泻药，老太太所患正是泄泻，以攻下药治泻下病，岂不怪异之极。
可是他们又提不出更为有效的方子来，于是在李时珍的一再坚持下，老太太胆战心惊地服用了这味有争议的药。服药后，病人连续两天没有大便，奇迹般地痊愈了。
人们对李时珍不得不佩服得五体投地。
而李时珍这一方子的提出，如果不是他天长日久地实践和摸索，他是不敢断然采用的。正是由于他认识了疾病的本质以及药物的特性，才取得药到病除的显著效果。
此后，他又用同样的办法，陆续治好了将近100个腹泻病人，用实际例子纠正了前人的片面论述。
李时珍在医学上坚持从实际出发的原则，他刻苦钻研，不断实践，想出了许多新办法，使他治好了许多当时看来稀奇古怪的疑难杂病。成为当时很有名望的医生。
他曾遇到这样一种病，一个小孩子喜欢吃灯花，还有一个小孩爱吃生米，许多医生无法理解，束手无策。李时珍研读了前人的医药书籍，根据前人的诊治经验和自己的分析、实践，仔细观察诊断后用百部、使君子、鹤虱、槟榔等药，很快把他们治好了。
一次，一个50多岁的老汉，因为长期便血而腹部剧烈疼痛、病势垂危，家中为他准备好了棺木，以便安排后事。家人抱着最后一线希望前来请李时珍救治。李时珍了解了病情，把脉观察，沉思片刻，开了一味药延胡索末3钱，米汤送服。药服下后，立即痛减一半。后来又用药调理，转危为安。
还有一位贵夫人，60岁左右，患便秘有很长时间了，大便10来天才一次，每次都痛苦万状，十分困难。有的医生认为是血燥，给她服用养血润燥药，服药后病人反而觉得胸膈胀满不舒畅。有的医生干脆用大黄、芒硝，为了让她泻，可是还是一点反应也没有。这样过了30多年，没有人能医治好她的病，没办法，她只好一边忍受着痛苦，一边自己尽量少吃，缩减饮食。
后来听人介绍说李时珍治一些疑难病症很有办法，便请李时珍治疗。他详细考察病情，观察舌苔，看到病人身体肥胖，又了解到病人平日所吃都是鱼肉荤腥，平时心情不好，常常郁闷不乐，每天要吐很多酸水痰涎。听了介绍之后，李时珍心中有了底，认为这是由于三焦气滞，有升无降，津液都化成痰饮，无法向下滋润肠腑的缘故。而其他医生没有发现这是肠燥，而把它作为血燥来医治，用养血润燥剂，其结果只能是滞郁胸膈，无法顺畅润肠。而用硝黄泻下是血分药，不能通气。李时珍决定着重医治她气滞肠燥。于是他单用牵牛子碾末，嘱咐病人与皂荚膏丸（祛痰药）一同送服。果然药到病除。以后病人只要稍觉便秘就用此法，每次用都立即见效，这回她不用再千方百计地控制饮食了。
李时珍还用蓖麻油和羊脂、麝（shè）香、鲮鲤甲等治好了偏风、肿痛、偏头痛等病。
李时珍一面行医，一面精读许多医药书籍。同时，他还学习前人经验，吸取民间药方。
10多年过去了，李时珍的医疗技术日益高超，不仅在蕲州有了名，而且成为荆楚一带的名医。好些远地的人生了病，人们就推荐说：“到蕲州找李大夫去！”
这样，李时珍接待了更多的疑难病人，解决了更多的疑难病症，使他成为当时走投无路的病人的希望。
病人寄希望于他，他感到肩上的担子越来越重，为了不辜负人们对他的期望，他更努力了。
一方面他大量地读所有能读到的医学书籍，每天繁忙的就医之后，他总也忘不了去书房，到那里他展开思维的翅膀，分析、鉴别和记录所有他感到有价值或有疑问的东西。
另一方面，李时珍进行了大量的实地考察，勇于实践，这使他积累了大量的确定的经验。在考察中，这位身体很弱的大夫经历了非常大的危险和困难。
李时珍曾研究过蕲蛇，还把自己的研究成果写成了《蕲蛇传》。
蕲蛇是李时珍故乡蕲州的一种特产。蕲蛇又叫白花蛇。这种蛇毒性很强，是一种重要的药材，能祛风湿，治疗半身不遂、关节疼痛。起初李时珍并不十分了解蕲蛇，他以为市场上出售的白花蛇就是名贵的蕲蛇。事实上，白花蛇虽然两湖和四川一带都有，但只有蕲州产的独负盛名，是正品，产量也不多。李时珍为了解它的疗效，特地去问收购这种蛇的药贩子，并在药贩子那里仔细观察了白花蛇。后来有人告诉他，白花蛇很难捕到，药贩子收的并不是真货，他们大部分都是从兴国州（今湖北阳新县）山中捕来的。要看真的，了解真正的蕲蛇，就要到它的产地龙峰山上去。别人还告诉他说：“蕲蛇的牙齿毒性非常大，手脚一旦被它咬了，必须马上截去，否则就会丧命。”
为了看到真正的蕲蛇，了解它的习性，李时珍谢绝了家人、朋友们的好意劝阻，带上干粮，冒着被蛇咬伤的危险，几次爬上了龙峰山。
在捕蛇人的帮助下，他在杂草丛生的洞里看到了凶猛的蕲蛇，看到了捕蛇人怎样捕捉它，并了解了它的制药过程。
当李时珍屏着呼吸，小心翼翼地伏在洞外时，心里扑扑乱跳，他深怕这紧张而又惊喜的心跳会惹怒灵活而凶猛的蕲蛇，他也担心趁他不注意时，有另一条蕲蛇会悄悄地爬进他的裤管里。但是他终究忍不住要探究这副名贵药材的习性和效能。在研究的目标下，他已经顾不上危险和艰难了。一伏就是几个小时，而且保持着高度的警惕，一会儿，他就汗流浃背了，可是他太珍惜这些机会了，他咬着牙坚持着，细细地看这些小巧而隐含着危机的生物，像对待宝贝一样观察揣摩。
他发现蕲蛇常在石南藤上活动。石南藤的叶子是椭圆带尖的，嫩叶是红色的，开白色小花，嫩叶和花都是蕲蛇喜欢吃的东西。每当捕蛇人发现蕲蛇，就先在它身上撒一把沙土，蛇就会马上盘曲起来，伏在地上不动。这时，捕蛇人就用叉子叉住它，用绳吊起来，破腹去肠，再用清水洗净，再用竹架支起来，最后把蛇盘成一团，扎缚好，用火炕干。
李时珍还发现蕲蛇独特的形态特征。蕲蛇身上的颜色是黑的，有白色花斑，肋下有24个斜方格的花纹，腹部还有佛珠似的块斑，嘴里有4个长牙。蕲州产的白花蛇即蕲蛇与其他地方所产的白花蛇不同：蕲地产的白花蛇炕干后眼睛睁着，药用效果高；别处所产的白花蛇干后闭着眼睛，药用效果不及蕲蛇。
就这样，李时珍不畏任何艰难险阻，不断进行实地考察，获取了大量的第一手材料，这是许多人所无法比及的，也是他医术高明的主要原因之一。
另外，李时珍非常善于思考问题，尤其遇到书籍中的论说与事实不符合时，还有几本书论说有差异时，他会首先思考哪一个提法更合理？为什么会各言其事？差别到底在哪里等问题，然后展开实地考察，或到各地搜集资料，进行分析论证。
这样，同样一味药，李时珍会千方百计地分析出它治疗的根据，总结出规律来，这样再举一反三，他便会收集大量的材料，形成许多能药到病除的方子来。
研究一味药，他常常先分析药效，然后亲自实验，所以许多药渣他都能经过再次品尝分析出到底含有什么药材，而且凡是他用的药方，都是经过他反复试验、有十分的把握了才用。
随着李时珍医名的传开，来找李时珍的病人越来越多，他接触到的怪病、奇病也越来越多。李时珍非常注重经验的积累。他将平时诊治的医案记录下来，收集成书，这就是《濒湖医案》。
《濒湖医案》记录的，大部分属于危重或疑难怪异的病症，它们往往经过了许多医生之手，在群医束手无策，而且许多药都没有办法医治的时候，李时珍不守俗套，另辟蹊（xī）径，意外地使患者转危为安。
一个男子患血尿，腹部胀痛难忍，以至于他唯一希望快快死了算了。李时珍为他切过脉，看了舌苔，了解了发病过程，用藕（ǒu）汁调血余炭（头发烧灰存性），令其口服，每次2钱。结果3日就血止痛除。
荆穆王妃胡氏有一次吃过荞麦面后，因为家里的一些事而生气，动了肝火，怒气冲天。事后就觉得胃堵得要命，“胃脘当心痛不可忍”。请来医生医治，医生用吐下行气化滞等药，想使她顺气，化解胃滞。可是药一入口，就引起呕吐，不能奏效，大便3日不通，当他们找到李时珍时，李时珍沉思了一会儿，忽然想起《雷公炮炙论》说：“心痛欲死，速觅延胡，”于是他分析了病情，于是开出药方，用延胡索末3钱，温酒调服下，胡氏服下药后，不一会儿，就觉得胃舒服了，疼痛也减弱了，而且能吃饭喝水。过不多久，大便顺畅了，疼痛立即停止了。
这样的事例很多。当时，李时珍积累下各种医治疑、难病症的过程，写成书《濒湖医案》、《艹过（kē）所馆医案》。这里所记载的医案具有很重要的临床价值。
但是，由于当时的统治者不重视自然科学、科学技术知识，对于李时珍经过千辛万难所积攒下来的各种临床诊治经验并未给予很高的评价，也没能当作知识宝库给予高度重视，结果，这两部书籍都已失传。人们只能从《本草纲目》的某些记载中，看见一鳞半爪。而就这些点滴的记载，也让人惊奇于李时珍当时处理的病有多怪、多难。
李时珍从小就很聪明，虽然体弱多病，但气度不凡。在他晚年的时候，当他首次与王世贞见面时，这位明代后期被誉为文坛盟主的王世贞便发现他相貌不凡，气宇轩昂，才华横溢，称赞他是“真北斗以南一人”。
李时珍家虽然几代行医，社会地位不高，但是，李家好学善施，在宗族和乡邻中声望很高，与当时蕲州四大名门之一的顾家是同里世交。顾问、顾阙（què）两兄弟家富而俭朴，为官但是非常讲究道德，而且博学勤思，名声很好，在官场和民间都享有很高的评价。
李言闻由于博学经史，又精通医道，对人孝义仁德，很受顾阙的敬重。
当时，顾家兄弟在蕲州崇正和阳明书院讲学，常常在他们家里聚集一些有名的儒生，谈古论今，讨论学问。李言闻也常到那里参与聚会，与顾氏兄弟结下了深厚的友谊。在李言闻去世的时候，顾阙悲伤痛哭，可见，他们之间交往深厚。
李时珍与顾问特别相知，俩人常在一起吟诗做对，讨论理学问题。顾问是当时的理学名家，常常在阳明书院做讲演。李时珍就程朱理学的许多问题，与他们进行探讨，交往日益加深。
一次，顾问梦见与李时珍对诗。顾问与李时珍二人把酒小亭，望见渺渺远山，顾问诗意大发，吟出一句优美雅致的诗句：“远山隔林静”，梦中的李时珍清风秀雅，从石凳上悠悠站起，远望与天相接的远山，欣然应答：“明霞对客飞”。从梦中醒来，梦中的情景久久不能忘怀。
第二天，顾问与李时珍见面后，顾问便将梦中自己的诗句说给李时珍，结果李时珍对答与梦中完全一致。
可以看出，两人相知相交，平日里吟诗答对，议事谈非的机会一定不少。
两人的交往一直持续到晚年，而且晚年后，二人往来更加密切，同游共议，十分投合。
当地还有一位姓赫的乡绅也与李时珍交往非常密切，赫家私人收藏了大量的医学著作，使李时珍有了更多的机会广泛阅读医学书籍，并与他人展开讨论。
由于李时珍医术高明，名扬远近，因而受到当地王侯和官僚的重视。荆穆王、富顺王、都昌王和府县衙门的大小官员，都经常请他看病。李时珍不奉迎权贵，不接受分外的财物，只是严格恪守医德，治病救人。治病不分贫富贵贱，有求必应。而且他非常同情贫苦百姓，治病常常不收诊费，济困扶危。常常连药费也不要，而且还资助那些生活艰难的穷人，帮助他们度过艰难的灾荒岁月。事后他不肯让人知道。
大约在李时珍38 岁的时候，在武昌的楚恭王朱英火佥（xiān），听到李时珍的为人和技术，对他十分赞赏，便聘请他当了楚王府“奉祠所”（掌管祭示礼节的官署）的“奉祠正”官职。因为李时珍医术高明，又让他掌管良医所的事务（良医所是专门负责王府宗亲的医疗保健的），李时珍在楚王府任职几年，他一边给王府的宗亲们治病，同时，他又惦记着穷苦的老百姓。
有一次，楚王的长子得了急病，突然昏厥，得了“暴厥症”，用现在的话来讲就是抽风病，李时珍凭着高超的医术，当时就把他救活了。
嘉靖三十七年（1558 年），大约在李时珍41 岁的时候，明朝皇帝命令各地举荐医学人才到北京太医院填补缺额，楚王推荐了李时珍。太医院是掌管医政和为宫廷服务的御用医疗机构。李时珍曾经担任太医院的院判，院判是京都太医院负责人之一，为六品。
在京都太医院期间，李时珍能够有机会出入“寿药房”和“御药库”。
这里堆放着民间所见不到的药材。有各地进贡的名贵药材，还有国外进口的形形色色的药材，这使他大开眼界。他带着书上所发现的问题，以极大的兴趣，研究这些过去没有机会见到的药材，进行鉴别和试验，做了大量的笔记。