5 月5 日，巴斯德在普伊—福特农场进行了一个伟大的试验。大批人群——医生、兽医、药剂师、农民参加了这次试验。巴斯德的助手鲁和尚贝朗对25 头绵羊和5头奶牛进行第一次免疫接种，并分别作了记号。接种后的第一天到第四天，经常测量免疫动物的体温，没有发现任何异常现象。5 月17 日，进行第二次免疫接种，其毒力比第一次强些。接种后，绵羊和奶牛没有发生死亡现象。5 月31 日，对所有实验动物接种了毒力强的菌液。6 月4日，检查时发现，未进行免疫接种的绵羊耷拉着头，不愿吃草。进行过免疫接种的绵羊中，有几头体温升高，其中一头体温升到40℃，另有一头有轻度水肿，这一组试验的绵羊除一头外，食欲正常。全部试验结束时未经免疫的绵羊死了22 头，有两头正在咽气，还有一头表现出典型炭疽病的症状；免疫过的一组绵羊全都健康，没有发病。罗西尼奥检验了两头死的绵羊，显微镜下看到血液中含有大量的炭疽杆菌。免疫过的奶牛没有异常表现，未免疫的奶牛表现出严重的水肿。
普伊一福特农场的公开试验造成了极大的轰动。巴斯德向科学院报告了试验的结果。一年内，厄尔卢瓦地区给8 万只羊注射了疫苗。和同一时期相比，羊的死亡率从9％降到0．65％；牛的死亡率从7％降到0．24％。1882 年底，德国开始应用炭疽杆菌疫苗。到了1894 年，疫苗已免疫了340 万头羊和43．8 万头牛，总有效率在99％，死亡率为0．3％—1％。
预防鸡霍乱与猪霍乱
1878 年，在巴斯德思考怎样使牲畜不感染炭疽病的时候，有个人请巴斯德去研究一种鸡病——鸡霍乱。患病的鸡不吃食，整天没精打采，耷拉下脑袋与翅膀，眼闭着，常常拉稀，全身出血，不到两天就死了。
巴斯德对死于鸡霍乱的鸡的血进行研究。他通过连续分离血中的微生物，得到了纯的菌种。这种微生物的形状像个“8”字。这种微生物在鸡汤培养基中的繁殖能力是惊人的，与弧菌完全不同。这种微生物的毒力很大，在面包屑上滴上很小的一滴，就可以使一只鸡死去。鸡吃了带菌食物，经过肠道感染上鸡霍乱。所以鸡的肠道是这种微生物良好的培养基。病鸡的粪便成了传染的病源。现在我们知道了巴斯德发现的这种微生物是败血巴斯德杆菌。
巴斯德把引起鸡霍乱的微生物找到了，他就把它培养起来，让它繁殖；然后把它注射到正常的鸡身上，看它会不会也引起鸡霍乱；如果鸡得了病，还会在这只鸡的身体内，找到同样的微生物。
巴斯德和他的助手把病鸡的一滴血放在肉汤里。再把它放在暖箱里去培养；第二天的同一时间，取出一滴培养液，放到另一瓶新鲜培养液里，再放在暖箱中继续培养。与此同时他们每天用新鲜培养液给鸡接种，成功地诱发了鸡霍乱，观察鸡霍乱病的情况。
这年夏天，巴斯德正在紧张研究鸡霍乱的时候，接到家里的来信，信中说他的女儿已经订婚，就要结婚了。巴斯德心中十分高兴，决定回去给女儿办婚事。他向助手鲁和尚贝朗交代了工作以后，就回家去了。
两位助手按照巴斯德吩咐，天天接种一次新培养液，给鸡注射一次，记录鸡的患病情况。有一天，两位助手决定去度假。他们把一瓶鸡霍乱的肉汤培养液放在碗柜里，锁上实验室的门就去了。过了些日子，巴斯德和助手们都回来了。尚贝朗取出碗柜里的鸡霍乱培养液给一只鸡注射了。第二天，意外的事情出现了，这只鸡竟然没有发病，仍然活蹦乱跳地活着。
两位助手商量了这件事：看来那瓶培养液过期了，我们还是到鸡场去要一只病鸡，重新培养新鲜的鸡霍乱菌吧。这件事可不能让巴斯德老师知道。
他们知道巴斯德老师严格认真，一丝不苟，这件事要是让老师知道了，非吃一顿批评不可。他们决定“保密”。
他们制成了新鲜鸡霍乱菌的培养液。第二天，他们用新制的培养液，给一些鸡注射了。惊人的事情发生了。所有的鸡都像往常一样，得病死亡，只有一只例外！经过仔细核对，正是那只注射过“无效”的过期培养液的鸡。
“这是怎么回事呢？”巴斯德问助手。两位助手低下了头。尚贝朗把事情的经过如实地说了出来，请求老师处罚他们。巴斯德没说什么，低头沉思。
他没有责备两位助手。突然，巴斯德跳了起来，喊道：“我明白了，那只鸡有抵抗力，所以它没有死。把这瓶培养液留下来，不能倒掉！” 巴斯德仔细地思考着过期的鸡霍乱菌为什么会使鸡有免疫力，也就是不得病，有抵抗力。他又从患有鸡霍乱的病鸡血中重新分离，培养出病原菌，并买来一批鸡做试验。鉴于上次试验的结果，他把未感染病的和新买的鸡分成四组。新鸡和老鸡两组都注射新制成的培养液，另两组分别注射保存的培养液和新制成的培养液。试验的结果是：注射过保存培养液的鸡群，抵抗住了新制的培养液中病原菌的攻击；与此相反的试验组，鸡都患病死了。
这次试验结果同假期归来后试验结果为什么不同呢？巴斯德想，除去培养液放置时间长外，也许还有别的什么原因。经过反复试验和验证，巴斯德发现，如果让培养液长期暴露在空气中，鸡霍乱菌就会失去致病的能力，其毒力减弱了。用减毒病原菌注射后的鸡，产生了对强毒病原菌抵抗的能力。
巴斯德继续研究引起病原菌毒力减弱的原因。他发现这与两次传代培养间隔时间长短有关，间隔的时间越长，减毒程度就越大。他刊登在《医学科学院学报》上第一篇探讨鸡霍乱病的文章说，鸡霍乱也能以毒力减弱的状态存在，它能诱发病症，但不造成死亡，用减毒病原菌注射的动物复原后，即使用强毒的病原菌接种，也能存活下来。巴斯德把减毒的鸡霍乱菌株称为“疫苗”，这个名词一直沿用到今天。
从这里开始，巴斯德又重新来研究炭疽杆菌。他用同样的方法，想制出炭疽杆菌的疫苗，给牛、羊、马预防炭疽病。可是他失败了。他仔细的思考着：为什么对鸡霍乱菌有效的办法对炭疽杆菌却无效呢？除去时间的长短、与空气接触不接触外，与温度是不是也有关呢？ 巴斯德把培养箱的温度提高到45℃，炭疽杆菌就变成芽孢。这时候，它的抵抗力极高，在滚开的水里煮它，它还能活十分钟；如果干热烧到100℃还能活1小时；而放在干燥地方，竟能活许多年，使牛、羊得炭疽病。可是，如果把温度调整到42℃—43℃之间，它就不会产生芽孢，而且危害牛羊的作用也变小了，可以作为疫苗给牛、羊接种防病。他这样做了多次试验，证明能预防炭疽病。
在完成炭疽病的研究之后，巴斯德又开始研究另一种给畜牧业带来巨大损失的牲畜疾病猪丹毒，就是猪霍乱。
巴斯德的助手L.蒂利埃于1882 年在维埃纳省从病猪体内分离出一种微生物。为了证明这种微生物与猪霍乱之间的关系，并寻求治疗的办法，巴斯德和他的助手于9 月到达博莱纳，进行研究试验。
11 月，巴斯德在给法国科学院的报告中写到：猪丹毒，即猪霍乱，病原菌是一种像“8”的微生物，很容易在体外培养。这种微生物可使兔子和绵羊患病和死亡，但不能感染鸡。所以它与鸡霍乱的病原菌不同。用少量病原菌的菌液感染猪，可迅速发病和死亡。用减毒病菌能很快制成新的疫苗。
巴斯德用兔子传代猪霍乱病原菌，几代后便得到了无致病作用的疫苗。
在1886—1892 年，用这种疫苗接种了10 万多头猪。
巴斯德抓住一件偶然的事件，认真思考，敏锐观察，周密试验，终于取得了战胜传染病的划时代成就创立了免疫学！ 1882 年，巴斯德被选为法国研究院院士，被选为研究院院士是学者的最高荣誉。
1883 年，法国内阁提议，作为国家褒奖，把1874 年巴斯德1．2 万法郎年薪，增加到2．5 万法郎，还成立了一个委员会，对巴斯德的贡献作出评价。
评价报告的起草人贝尔写道：“巴斯德的贡献主要是3 项伟大的发现：第一，每种发酵都是一种特殊微生物生命活动的结果。第二，各种传染病都是一种特殊微生物，在生物体内生命活动的结果。第三，把一种传染病的微生物在某种不利于生长条件下培养，就可以减弱其致病力，把病原菌变成了预防疫苗。” 运用第一项发现，巴斯德为生产酒和醋制定了原则，防止了在保存过程中的次级发酵、产物的变酸或进一步氧化。第二项发现的成果是，保护了牛、羊免受炭疽杆菌的感染，使蚕免受微粒子病的传染。在这一原则的指导下，外科医生控制了化脓感染。第三项发现的成果是，用人工减毒的办法制造出鸡霍乱、炭疽病和猪霍乱的减毒疫苗。
评价报告中表示希望不久的将来，狂犬病也将得到征服。
狂犬病被战胜了
巴斯德自小就对狂犬病的印象非常深刻，他忘不了小时候在阿尔布瓦街上所听到被疯狗咬伤的病人，当被烧红的烙铁烧烙伤口时发出凄惨的叫喊声。这促使他对狂犬病进行了研究。
狂犬病是由狂犬咬伤而传染。人被疯狗咬伤以后，经过一段时间，就发病了。病人先是发烧头痛；然后怕风，尤其怕强的光线或者大的声音；病人对水非常恐惧，随后四肢抽搐，头部和背部向后仰，牙关紧闭，抽风不止，十分痛苦。最后，病人总是死亡。狂犬病对人，对狗都是可怕的疾病。
巴斯德决定研究狂犬病的时候，他已经是60 多岁的老人了，头发斑白，行动不便。他的朋友们为他担忧，一位朋友说不得：“巴斯德不知道科学的界限，科学能解决的问题毕竟是有限的，我怕他徒劳无功。”但也有人认为：“就巴斯德以往的辉煌成就来看，他或许也能防止狂犬病。”忧虑与希望并存。
巴斯德知道自己选择了一道艰难的课题，但他具有炽热的研究热情和坚强的信念，他决定继续他的研究。