如何制服那些使酒变酸的乳酸酵母？巴斯德想起他曾用加热的方法抑制醋酸菌和杂菌的活动和生长。在日常生活中，人们为了防止一些食物变坏，总是把它们煮沸。巴斯德也想采用这一方法试试。开始时，他把酒煮沸。在显微镜下观察，那种使酒变酸的乳酸酵母的确不活动了，但同时那种使酒变香的酵母菌也被“煮”死了，所以，煮沸的酒没有那种酒香味了。
怎样才能既可以杀死使酒变质的微生物，却又不伤害使酒变香的微生物？巴斯德经过不断试验，终于摸索出一个最为理想的温度。这个温度是50℃—60℃。
巴斯德告诉葡萄酒制造商们，制造葡萄酒时使用的酒桶和其他用具都必须洗涤干净，将酿成的葡萄酒保持于50—60℃的温度，经过一些时间，使酒变质的微生物就会死亡。
将葡萄酒加热以防腐败的方法——低温处理法，对发酵学有极大的贡献。巴斯德为工业微生物学奠定了基础。
巴斯德使法国的制酒工业重整旗鼓，欣欣向荣。当时，法国向英国输出大量的葡萄酒，一旦酒质酸败，不仅酒商们有经济损失，对整个国家的财政也会造成不利影响。由于巴斯德的研究结果，葡萄酒可以顺利酿造，源源输出，为法国带来了巨大的利益。
值得一提的是，对于这项发明，巴斯德并没有申请专利，而是公开了方法，使任何人都可以采用。假如申请专利的话，巴斯德可以赚大钱，但他认为由研究获利的行为是科学家的耻辱，因为他研究酒精发酵是为了帮助有困难的人。巴斯德的信念终其一生都没能改变。后来，许多食品生产部门都应用这种方法，既能保证食品的香郁味道，又不会变质，至今在全世界各地仍广泛地应用这种防腐方法。为了纪念巴斯德提出的这种方法，人们把它叫做“巴斯德氏消毒法。”
与蚕病搏击
当巴斯德研究葡萄酒，取得让人兴奋的研究结果时，法国又碰到了另一个大难题，这就是蚕丝业面临破产。
法国南部的蚕丝业很发达。可是，在1865 年，不知道什么原因，蚕儿不断地生病，不吐丝，不作茧，浑身起棕黑色的斑点，并且成批地死亡，使养蚕业受到很大的损害。贫穷困苦的养蚕者请求政府援助。最后，人们还是纷纷推荐巴斯德来解决这个问题。因为人们认为，研究这一类问题，没有比巴斯德更有良心的科学家了。他们晓得，巴斯德只要知道有许多人陷于困境，为了救人，他必定会以不屈不挠的精神来研究的。
上议院议员、巴斯德的恩师窦马写信给巴斯德，邀请他到自己的家乡阿莱研究蚕病。
接到恩师的委托，巴斯德感到一阵心慌与紧张。他是一位化学家，只与酒的发酵打过交道，没与动物、昆虫的疾病打过交道。他也从来没有见过蚕。
但蚕病如此严重，他知道这是一件大事。他在给恩师的回信中写道：“老师说的事情，使我很烦恼。我很感激老师瞧得起我，何况研究目标又很大！可是，我很担心，因为从我生下来到今天，一次也没看过和摸过蚕。假如我和老师一样生长于养蚕的地方，而多少对蚕有些知识的话，我是决不犹豫的。”
“但是，也许我能做也说不定，假如辞谢了老师紧急的委托，我一定会后悔的，我岂能辜负了老师的关怀？一切就请老师安排吧。” 巴斯德为了拯救法国蚕丝业，勇敢地担负起了这个艰巨的任务。
他在临出发去阿莱之前，前去拜访了法国著名的昆虫学家法培尔，在法培尔那里他了解了许多蚕的知识。他还阅读了有关蚕的种种书籍。在经过相当的准备后，他才出发去阿莱。
在阿莱，巴斯德和助手们进行了广泛深入的调查。他们发现这种黑斑病见于蚕卵、蚕身及蛾身上，好像撒散开的胡椒一样，呈现出棕黑色的小斑点。大部分病蚕是在结茧之前就死亡。
这种病到底是从哪里来的呢？如何才能使蚕避免它呢？巴斯德走访了许多养蚕户。得到的回答是：不知道这病是怎么得的，但这病蔓延得很快。养蚕人曾用过种种办法对付蚕病，但都没有收到效果。他们把硫磺和木炭粉撒在蚕身上，用胡椒和糖，或用灰和煤屑还有人把葡萄酒撒在桑叶上喂蚕等。
任何方法都防不了这种小黑斑病。
巴斯德选在一个小养蚕场进行研究工作。这一次他仍然使用显微镜帮助他工作。
就在巴斯德到达阿莱的第九天，发生了一件意外的事，使他不得不停止了手中的实验。
巴斯德接到来自家乡阿尔布瓦的电报：“父病急。”他忧心如焚地赶回家乡时，敬爱的父亲已经逝世了。巴斯德心中非常悲痛，但他没有沉浸于悲痛之中，为父亲办理好后事，马上返回了阿莱，又开始了蚕病的研究工作。
他知道许多人正为蚕病苦恼，他要尽全力为他人服务，以慰父亲在天之灵。
巴斯德把蚕放在水中，然后把它磨成纸浆一样的汁。他取一滴蚕的浆汁放在显微镜底下进行观察。巴斯德发现，在病蚕体内布满呈球状的病原体，是一粒粒微小的棕色颗粒。由于病蚕身上呈褐色或黑色的小点，巴斯德把这种蚕病称为微粒子病。终于弄清楚了使蚕得病的病源是原生动物。
巴斯德根据调查和研究，提出在蚕蛾交配前将公蛾和母蛾成对分开，交配后解剖蚕蛾，在显微镜下检查蛾的皮下脂肪，看不到小球状的病原体，就可以确定这对蚕是健康的，所产的孵便可孵育新蚕。可是用这种方法选育蚕子，第二年在春蚕结茧时，仍患了微粒子病。
在以后的研究中，巴斯德的助手杰内斯用病蚕未吃过的桑叶饲养健康的蚕，并结了茧，茧出了蛹，蛹变成了蚕蛾。这些蛾子也是健康的。而把病蚕的磨碎物涂抹在桑叶上，用这些桑叶饲养蚕，蚕便患了微粒子病。病蚕变态成为蛾子后，体内所有器官都布满了球状的病原体。由此得出这样的结论：
这些引起蚕发病的球状物是活的，是蚕的病原体。它侵入蛾子体内的各个部位。如果对蛾子体内的所有器官都进行检查，找不到病原体的蚕蛾便是健康的，所产的卵就可以用作蚕种。
于是，巴斯德建议：凡是产完卵的蛾，都要进行检查，发现有病原体的，应当把蚕蛾、蚕卵统统烧掉。蚕农们按照这一方法去做，第二年孵出来的新蚕没有再患微粒子病。巴斯德还建议：健康的蚕不要吃病蚕玷污过的桑叶，把健康的蚕与表现出感染微粒子病的蚕群隔离饲养。
在巴斯德紧张的研究蚕病的过程中，不幸的事接连不断：父亲去世后不久，他的两岁的小女儿也因病去世；1866 年大女儿因患伤寒病也离开了人世。
巴斯德又累又急，紧张的研究工作又放不下。这时一些持不同学术观点的人在杂志报刊上对他研究蚕病进行恶意诽谤和攻击。1868 年10 月19 日，巴斯德患脑溢血而半身瘫痪。
医生告诉巴斯德，这种病是治不好的。可是，巴斯德顽强地与疾病斗争，坚持治疗和锻炼偏瘫的肢体。坚强的意志创造了奇迹，使他从病床上爬了起来，又回到了实验室。
12 月，巴斯德拖着仍不很灵活的左手、左脚回到阿莱，继续进行他的关于蚕病的研究。巴斯德的助手们则分赴法国南部各地，进行实地试验。
前后共用了5 年时间，终于解决了微粒子病给蚕丝业造成的危害。法国南部的丝绢协会正式承认巴斯德的预防方法绝对正确有效。
后来，不只法国，其他各国都广泛采用巴斯德的预防法，蚕病被消灭了。这样，巴斯德救了法国的蚕丝业，为国家带来了巨大的财富。
对医学的贡献
1870 年，法国和普鲁士之间爆发了战争，也就是普法战争。巴斯德18 岁的儿子参战，巴斯德与家人回到阿尔布瓦。他为自己的祖国忧虑，时刻关心着战争的情况。
从巴黎传来的战况都是法军战败的不幸消息。遭受普鲁士蹂躏的地方，人们纷纷逃难，难民络绎于途。车上乱堆着家具、行囊，扶老携幼的人们奔波不停，到处是悲惨的画面。
巴斯德对于普鲁士军队的暴行无比愤怒，他把1868 年波恩大学授予他的名誉教授的文凭退了回去，以示对那个国家入侵法国的抗议。
普法战争给法国人民带来了极大的灾难和痛苦，也使巴斯德中断了他心爱的科学研究工作。普法战争后的巴斯德对别人的痛苦抱有更大的同情心。
他觉得自己应该从事保护人类不受伤害的研究。巴斯德是位科学家，只能从科学的角度为人类提供帮助，当时造成人类死亡率高的，除战争之外就是疾病。巴斯德希望能获得医学证书，这样就可以权威性指导对疾病病因的研究。
一个偶然的机会，使巴斯德的愿望实现了。
1873 年医学研究院自由院士部有一名空缺，有人提议巴斯德参加竞选。
他以得票的多数当选。51 岁的巴斯德异常欣喜，具有这样的身份，今后就较容易做医学的研究了。
当时的医学相当落后。普法战争中，伤员或接受手术的患者的伤口都化脓，以至于一个接一个的死亡。对此，医生手足无措，无计可施。战争接近结束的时候，一位名叫A.盖兰的外科医生联想到化脓性的感染很可能是由于巴斯德在空气中发现的微生物所引起的。于是他仿效巴斯德的办法，在动手术时先将空气经过过滤，用石炭酸或樟脑酒精洗涤伤口，先敷上一层薄的棉花，再覆盖一层厚的棉花，然后包扎起来。这种方法于1871 年3—6 月，在圣路易医院治疗巴黎公社的34 名伤员，存活者达19 人。当时外科和妇产科的死亡率极高，取得这样的效果简直可以说是奇迹。
1874 年英国著名的外科医生J.李斯特写信给巴斯德，信中告诉巴斯德：
他认为伤口化脓感染是由于腐败性微生物进入伤口所致，经过长期的研究，终于发明了杀菌法。这一方法经9 年使用而臻于完善。李斯特的杀菌法是：
将在病房里、手术中需要使用的东西，如海绵、器具和其他任何东西，都事先用石炭酸浓溶液洗净，外科医生和助手们的手也用石炭酸水洗涤。在手术过程中，不断地用喷雾器喷射石炭酸水于伤口周围，以杀死空气中的微生物。
手术后伤口要用石炭酸溶液清洗，最后，用在树脂、石蜡和石炭酸的混合液中浸过的纱布等包覆伤口。即全部手术过程都在无外来杂菌的条件下进行。
这样的话，伤口就不会化脓，死亡人数大为减少。
李斯特的杀菌方法极为成功，他使外科医学跨越了一步。他认为这该归功于巴斯德的学说。为此，他写信给巴斯德，感谢他的帮助。李斯特在信中写道：“请允许我借此机会向您表示衷心感谢，您通过杰出的研究证明了腐烂因子的理论的正确性，给我提供了唯一的、使我能让防腐方法取得好结果的基础。” 法国学者们对李斯特的杀菌法持不关心态度，所以，巴斯德在医学研究院对外科医生提出忠告：“外科用的器具于使用前，必须放在火焰中烧烤，如果用显微镜检查外科使用的器具，可以看到上面有小沟和孔穴，里面积满了尘埃，无论如何小心刷洗，都没法清除，如果放在火焰中烧灼，就可以完全杀死尘埃中的微生物了。”用这种极为简单的方法，可预防伤口的感染。
后来李斯特的杀菌法在法国也得以提倡推广。
普法战争中战败的法国实行了共和政体。1874 年，巴斯德获得政府颁发的国民议会的国民奖。政府每年给予巴斯德12000 法郎的年金，假如他去世，他的妻子也可享受一半，以表彰他对养蚕业和酿酒业作出的贡献。
1876 年，巴斯德被任命为法国的代表，前往意大利的米兰出席国际养蚕会议。会议之余，巴斯德参观了米兰附近的大型养蚕场。在入口的大门上，高挂着欢迎巴斯德教授的横幅标语，表示了当地养蚕人对巴斯德的敬意。
牛羊被拯救了
回到巴黎的巴斯德，开始着手在当时成为重要问题的炭疽病的研究。
炭疽病是牛、羊、马等牲畜易患的可怕的疾病。患这种疾病的牲畜，刚刚还好好的，突然颤抖，鼻口流血而死亡，而且死亡率极高，从发病到死亡为时极短。这种病在法国和俄国都有流行。法国受害最为严重的是厄尔卢瓦尔省和夏尔特尔省一带。每年都有很多牛、羊因患这种病而死亡，年损失达2000 万法郎。法国农业部长委托巴斯德研究炭疽病在羊群中爆发的原因，找出预防和治疗的方法。巴斯德觉得他有责任拯救牛、羊，于是转向炭疽病的研究。
巴斯德从病羊的血液中找到了引起炭疽病的是炭疽杆菌。对炭疽杆菌病原的研究证明：炭疽杆菌与引起败血症的弧菌不同，毒性来自炭疽杆菌的芽孢。
炭疽杆菌芽孢是怎样使牛羊发病的呢？巴斯德做了一个试验。他在饲料中加入炭疽杆菌芽孢喂羊，结果这些羊没有感染上炭疽病。他又在饲料中加带刺的植物，如蓟属植物或大麦穗，羊在吃饲料时带刺的植物可以刺破舌头或喉头，结果，这些羊感染了炭疽病死去。巴斯德找到了炭疽杆菌芽孢感染的渠道，他建议：在埋有死于炭疽病动物尸体或炭疽杆菌芽孢多的地方，必须防止羊群吃带刺的植物。
至于那些深埋在土壤中的炭疽杆菌怎么又会重返地面的呢？巴斯德一直思考这个问题，但始终找不到答案。有一天，巴斯德在圣·热尔曼农场看到一块泥土的颜色与附近其他土地的颜色不同。有一堆蚯蚓翻起来的土粒。这里的农场主告诉巴斯德，去年死于炭疽病的羊就埋在这块地里。巴斯德把从这块地里捉到的蚯蚓带回去研究，他发现蚯蚓肠道中的土粒带有炭疽杆菌的芽孢。根据观察，巴斯德提出：土中深处的炭疽杆菌芽孢，是由于蚯蚓的活动把它们翻到地表面上来的。这是使羊群感染炭疽杆菌的途径。多么可怕的掘墓人！ 如何预防羊群感染炭疽病？这是巴斯德要解决的重要问题。巴斯德和他的助手用鸡汁培养基在42~43℃温度下培养炭疽杆菌。在这一温度培养，炭疽杆菌只能生长繁殖，而不能形成芽孢。培养6、8、10、12、15 天后，分别测定它们的毒力。原来在常温下培养6天后的菌液可以致死10 头绵羊，培养8 天后的菌液只能使4—5 头绵羊致死，培养10 天或12 天后的菌液便不能使绵羊致死，而只是表现出轻微的症状。将减了毒的炭疽杆菌放在常温下培养，形成的芽孢再萌发成细胞后，仍是毒力很弱的炭疽杆菌。这样在一系列的减毒炭疽杆菌中，可以检验出使绵羊、牛、马只表现轻微症状的杆菌。
1880 年，巴斯德宣布炭疽病人工免疫取得了重大进展。兽医H.罗西尼奥建议默隆农学会邀请巴斯德将新免疫法进行公开实验。1881 年4 月底，巴斯德与农学会协商好进行公开试验，并由罗西尼奥进行安排。农学会提供了50 头绵羊。按照计划，其中的25 头用减毒炭疽杆菌菌液进行两次免疫接种，间隔12—15 天。几天之后，免疫的和未免疫的绵羊，同时接种毒力强的炭疽杆菌菌液。