到九月份，御史台已从四面八方抄获了苏轼寄赠他人的大量诗词。十月十五日，御史台申报申报苏轼诗案的审理情况，其中辑集苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，包括司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。苏轼的罪名越来越大，李定、舒亶、王珪等人都为能扳倒这位大名人得意洋洋。他们欲置苏轼于死地而后快，但神宗一时举棋不定，太祖早有誓约，除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。
就在这个关键时候，王安石站出来说话了。他劝神宗说：“圣朝不宜诛名士。”尽管王安石已然“退休”，神宗对他仍是十分器重，他的话，神宗放在了心上。
同属于苏轼口中“新进”的章惇，也积极地营救了苏轼，并不惜与宰相王珪翻脸。
由于太皇太后在内的一些人的劝阻，神宗下令对苏轼从轻发落，苏轼终免一死，被贬为“检校尚书水部员外郎黄州团练副使本州安置”，轰动一时的“乌台诗案”就此销结。
所谓“乌台”，即御史台，官署内遍植柏树，又称“柏台”，柏树上常有乌鸦筑巢栖息，所以又称乌台。
十二月二十九日，圣谕下发，苏轼贬往黄州，充团练副使，但不准擅自离开该地区，并无权签署公文。这样的结果，李定等人大失所望。
受到牵连的人中，三个人的处罚较重。王诜因为泄露机密给苏轼，而且时常与他交往，调查时不及时交出苏轼的诗文，被削除一切官爵。其次是王巩，被御史附带处置，发配西北。第三个是苏辙，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪，他并没有收到什么严重的毁谤诗，但由于家庭连带关系，仍遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。司马光和范镇各罚红铜二十斤，张方平与其他大官都是罚红铜三十斤
值得一提的是，那些平时与苏轼互相诗文唱和，引为知己的保守派大臣们，在苏轼入狱其间，一个给他求情的都没有，反而是那些被保守派称之为“奸邪”、“小人”、“新进”的那些变法派大臣，不少人都上书为苏轼求情。
这看起来是一场“文字狱”，透射出来的，却是朝廷两大对立阵营的斗争，苏轼不幸地成了这场斗争的牺牲品。乌台诗案这一巨大打击成为苏轼一生的转折点。
团练副使的官位相当于现代民间的自卫队副队长。这个职位相当低微，也没有多少事情可干。而且，苏轼以及家人的生活陷入极度困境。苏轼便带领家人在城东开垦出一片坡地，种田帮补生活，苏轼自此自号“东坡居士”。
年纪轻轻便声名显赫的苏东坡，如今成了农夫，过起了与世无争的田园生活。这倒也好，这份恬静难得，反而使他文学艺术登峰造极。
在黄州期间，他闲来无事，多次到城外的赤壁游览，先后写下了千古名篇《赤壁赋》、《后赤壁赋》、《念奴娇——赤壁怀古》，成就个文学史上的顶峰之作。
到了公元1084年，苏轼离开黄州，奉诏赴汝州就任。由于长途跋涉，旅途劳顿，苏东坡的幼儿不幸夭折。汝州路途遥远，路费花光了，再加上丧子之痛，苏东坡便上书朝廷，请求暂时不去汝州，先到常州居住，被批准。
当苏东坡准备携带家人南返常州时，神宗驾崩。
常州一带水网交错，风景优美。苏东坡在常州居住，既无饥寒之忧，又可享美景之乐，而且远离了京城政治的纷争，能与家人、众多朋友朝夕相处，他便想终于将常州作为自己的终老之地。
公元1085年，宋哲宗赵煦继位。高太后以哲宗年幼为名，临朝听政，司马光重新被启用为相，以王安石为首的新党被打压。苏东坡也重新当上朝奉郎调任登州（今山东蓬莱）知州。四个月后，苏东坡以礼部郎中被召还朝。在朝半月，升起居舍人，三个月后，升中书舍人，不久又升翰林学士知制诰。
原来的“旧党”变成了如今的“新党”，拼命压制王安石集团的官员。苏东坡认为以司马光为代表的“旧党”也不过是为了自身利益而已，向皇帝提出谏议，对旧党执政后暴露出的腐败现象进行抨击。如此一来，“旧党”对他极度反感，也开始诬告陷害他。苏东坡深知自己既不能容于原来的旧党（现在的新党），又不能见谅于原来的新党（现在的旧党），再度自求外调。
公元1089年，苏东皮任龙图阁学士，再次到杭州任知州。他当年以通判的身份到杭州任职，没有做成什么事，这一次，他要为杭州的百姓做点实事了。
苏东坡刚到杭州时就遇到了严重的自然灾害。原来浙西一带在年初就已经遭到水灾，早稻无法栽种。到了五六月份，晚稻刚刚插下，又遭到了旱灾，再加上当时的米价狂涨，百姓缺乏粮食的现象很严重。知道详情以后，苏东坡马上投入到救灾工作中，他一面接连向朝廷上奏，希望马上拨出相当数量的粮食，来救济浙西的百姓，并且还请求朝廷免去秋税。另一面，苏东坡相信常平仓制度远远胜过饥荒之后的救济，所以他就不断购买谷子来存满粮仓，好应付荒年。
由于苏东坡采取了各种有效措施，以致在第二年青黄不接的时候浙西百姓没有因饥荒而饿死人。
苏东坡在杭州做的第二件事情是：由于水灾和旱灾的侵袭，百姓饥荒严重，再加上瘟疫的流行，百姓更是苦不堪言。苏东坡拨出公款，在杭州城中心的众安桥建立“安乐坊”，这可是杭州历史上最早的一家公立医院，专门收纳穷苦病人，给他们施舍药剂、稀粥，并请名医来坐堂问诊。
第三件事情是关心杭州居民的用水问题，以及清除杭州城的运河淤泥。在吴越时代，沿海曾经筑有一堵长墙，防止海潮进入运河，以免海盐污染城市内的淡水。但是那道长墙在苏东坡任太守的时候就已经年久失修。苏东坡决心解决这个问题。