前有御史台的控诉，跟着跳出来的事国子监博士李宜之、御史中丞李定。他们历数苏轼的罪行，声称必须将苏轼斩首。
李定举了四项理由说明为什么应当将苏轼处以极刑。他说：“苏轼初无学术，滥得时名，偶中异科，遂叨儒馆。”接着说苏轼急于获得高位，在心中不满之下，便讥讪权要。再次，皇帝对他宽容已久，期望其改过自新，但是苏轼拒不从命。最后，虽然苏轼所写的诗荒谬浅薄，但对全国影响甚大，陛下应该出去这颗毒瘤。
这李定也是人才，说什么不好，偏偏说苏轼不学无术，当然只能沦为笑柄。
然而，神宗终于相信了这些诬陷苏轼的言论，派皇甫遵为钦差大臣，前去拿办苏轼。
苏轼的好友王诜听到这个消息，连忙派人去给苏辙送信。此时，苏辙正在南京任“应天府判官”。苏辙得到信息，又立即派人去告诉苏轼。
苏轼毕竟是文弱书生，知道消息后，害怕极了，急忙请假，将一切事务交由通判处理。
皇甫遵达到湖州，太守官衙里乱成一团，都不知道要发生什么事。苏轼躲在内府，不敢出来。通判说：“事情已经到了这个地步，钦差大人到了，怎么也得出去见啊。”苏轼一听，准备出去。通判连忙提醒：“衣服，衣服。”苏轼此时已换穿了常服。苏轼说：“既然我有罪，就不能穿官服了。”通判道：“有什么罪，现在还不知道，还是应该穿上官府去见钦差。”苏轼觉得有理，慌手慌脚地换上官服官靴，出来面见钦差皇甫遵。
见了面，苏轼先说话：“苏轼自来疏于口舌笔墨，着恼朝廷甚多，今日必是赐死。死固不敢辞，乞归与家人诀别。”
皇甫遵淡然道：“不至于此。”命令士兵打开公文。原来是份普通公文，不过是苏轼以诗文讪谤朝廷，传唤进京而已，要苏轼立即启程。太守官衙的人全都吓得手足无措，人人躲躲藏藏。
苏轼随着钦差皇甫遵的队伍进京，途径扬州扥时候，想跳江自杀，皇甫遵的随从士兵看得紧，没有机会。后来经过太湖，他又准备跳水自杀，因为不知道究竟要判什么罪，又想真跳了水，不知道会连累到多少朋友，还会给弟弟招致麻烦，只得打消了自杀的念头。
家里烧了苏轼大部分与友人的通信和手稿。家人到了安徽宿县，御史台又派人搜查他们的行李，找苏轼的诗，书信和别的文件。
七月二十八日，苏轼被捕了。八月十八日被送进御史台的监狱。二十日，被正式提讯。
苏轼先报上年龄，世系，籍贯，科举考中的年月，再叙历任的官职和他推荐为官的人。他说，自为官始，他曾有两次记过记录。一次是任凤翔通判时，因与上官不和而未出席秋季官方仪典，被罚红铜八斤。另一次是在杭州任内，因小吏挪用公款，他未报呈，也被罚红铜八斤。此外，别无不良记录。
最初，苏轼承认，他游杭州附近村庄所作的《山村五绝》里“赢得儿童语音好，一年强半在城中”是讽刺青苗法的，“岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐”是讽刺盐法的。除此之外，其余文字都与时事没有半点关系。
到二十二日，御史台审问苏轼，问他《八月十五日看潮》里“东海若知明主意，应教斥卤变桑田”两句的用意，他拖了四天，才说是“讽刺朝廷水利之难成”。
当时御史中丞李定向皇帝报告案情进展，说苏轼面对弹劾全都承认了。神宗大怒，怀疑苏轼要么是受刑不过，要么是有更大的秘密要隐藏，于是问李定可曾用刑。李定答道：“苏轼名高，辞能惑众。为避人言，不敢用刑。”神宗更加愤怒，命令御史台严加审查，一定要查出所有人。
李定揣摩神宗的话，顿时喜出望外，他决定再好好审审苏轼。怎么审？打！
有一位官员也被关在这所监狱里，与苏轼的牢房只有一墙之隔，他写了这样一句诗：
遥怜北户吴兴守，诟辱通宵不忍闻。
原来，在上司的命令下，狱卒们只得狠打苏轼。他们轮流上阵，通宵不停。也许，狱卒里也有个别人是有良知的，只是地位低微，上司的命令不敢违背，只能心里满怀着对苏轼的同情，手里的鞭棒又不得不施加在他身上。再等许多年，面对不平之事，有一名狱卒表现就截然相反，他会挺身而出，为正义献身。当然，这是后事，以后再讲。
苏轼实在经受不住这样的拷打了，他承认以前的诗中有“道旁苦李”，是在说自己不被朝廷重视；诗中有“小人”字样，是在讽刺当朝大人。
苏轼知道自己不能活了，就等着死亡的到来。
正义来得有些迟，好在还是来了。
狱卒梁成知道苏轼是大文豪，在审问人员离开时尽力照顾生活，连每天晚上的洗脚热水都准备了；苏轼在朝中的朋友范镇、张方平不怕受到牵连，写信给神宗，说他在文学上“实天下之奇才”，希望宽大。
其实，苏轼之所以有此遭遇，起因就是他不赞成王安石变法才招致祸端。王安石的弟弟王安礼却仗义执言，对神宗说：“自古大度之君，不以言语罪人。如果严厉处罚了苏东坡，恐后世谓陛下不能容才。”
曾经从仁宗那里听说到苏轼的高太后，此时已经是太皇太后。他病得十分严重，已到奄奄一息的地步，神宗想大赦天下为她祈福，她说：“用不着去赦免天下的凶犯，放了苏东坡一人就够了！”
太皇太后的话毕竟有些分量，要不要严惩苏轼，神宗皇帝犹豫起来。
当朝左相吴充跟神宗谈起曹操。神宗对曹操的评价不高，吴充立即回道：“曹操猜忌心那么重还容得下祢衡，陛下怎么容不下一个苏轼呢？”
吴充的话，让原本已经有些由于的神宗开始重新考虑苏轼的事。