第二，对参与反洋教斗争的群众的处理意见。洋务派代表的“言势者”认为杀人就应当偿命，这是天经地义的事情，也只有这样才能安抚洋人人心而消弭祸端；而顽固派和清流派代表的“言理者”则认为应该安抚百姓，以激其忠义奋发之心，民心不可失，否则无以制夷人。
第三，对于天津地方官的处理意见。洋务派代表的“言势者”认为地方官失于防范，致酿巨祸，不严惩不足以平洋人之气；而顽固派和清流派代表的“言理者”则认为天津地方官不可更动，以此维系民心。
根据当时中国的形势，在这两大派别的意见中，显然洋务派代表的“言势者”比较深合，最终被清政府最高统治者所采纳；而顽固派和清流派代表的“言理者”则在舆论上占上风，为广大官绅民众反对洋务派媚外求和方针提供了合法性，在全国形成强大的舆论压力，但是这根本并不能真正解决问题。
就曾国藩本人来说，他是比较支持洋务派的意见的。因此，在同治九年六月初十日一到达天津后，他就立即发布名为《谕天津士民》的告示，对天津人民的行动多方指责，告诫其不要再挑起事端，这引起了天津绅民的强烈不满；随后释放犯法教民和涉案拐犯，并在奏折中为洋人在中国的行为进行辩护和洗刷。该折传出后，全国舆论大哗，“自京师及各省皆斥为谬论，坚不肯信”，“议讥纷起”，“责问之书日数至”。曾国藩自己也承认：“敝处六月二十三日一疏，庇护天主教本乖正理”，“物论沸腾，至使人不忍闻”。
纵然情况已经到了这种地步，曾国藩仍然坚持自己的原则和意见，按照法国人的要求在天津大肆搜捕五月二十三日参加反洋教的群众，名曰“缉拿凶手”。但是天津民众却把他们当成英雄，致使曾国藩虽然抓了80多人，但其中供认不讳的所谓“真凶”只有七八人，其余的人都不肯吐供，更加不愿意指证。曾国藩认为只杀几个人数目太少，不能够让洋人感到满意，还不能很快结案。于是一面对被捕群众严刑拷打，一面加紧搜捕，一定要凑够20人，为丰大业等20个洋人抵命。曾国藩认为：“在中国戕官毙命，尚当按名拟抵，况伤害外国多命，几开边衅，刁风不可长。”他的得意门生李鸿章也认为“冀终归于一命一抵了案”。曾国藩认为只有这样才能使洋人满意，长保“和局”。他在给清廷的奏折中认为“中国目前之力，断难遽启兵端，惟有委曲求全一法”。
作为处理天津教案的负责人，曾国藩最后的处理结果是：判死刑20人，流放25人，天津知府、知县革职并流放黑龙江“效力赎罪”；支付抚恤费和赔偿财产损失银49万两；派崇厚作为中国特使到法国赔礼道歉。
天津教案的处理结果公示以后，曾国藩受到的谴责更加严重，诸如“诟詈之声大作，卖国贼之徽号竟加于国藩。京师湖南同乡尤引为乡人之大耻”，会馆中所悬曾国藩“官爵匾额”“悉被击毁”，还将名籍削去，意思就是不再承认他是湖南籍人。曾国藩闻之引为大恨，中经几许周折，财、力兼施，也只不过将难堪之处略为掩饰了一下。
因此，天津教案之后，曾国藩这位“中兴名将”、“旷代功臣”，瞬间就变成了“谤讥纷纷，举国欲杀”的汉奸、卖国贼，“积年清望几于扫地以尽矣”。
然而事实上，曾国藩之所以这样处理天教案，也只不过是秉承清王朝最高统治者的意志行事而已，后来接替曾国藩处理天津教案的李鸿章对最后判决并无多大改变，仅仅因为俄国只索经济赔偿，不要中国人抵命，并将原来20名死刑改为16名死刑、4名缓刑，其他方面没有任何变动。
湘中廉臣
在为官方面，曾国藩的为官清廉和处世勘俭等，都是值得后人学习和借鉴的地方。
曾国藩在为官期间，十分讲究清廉，这也是他对自己最基本的要求。曾国藩的祖父曾玉屏曾经对曾国藩的父亲曾麟书说：“虽然宽一（曾国藩的乳名）点了翰林，但我家仍靠作田为业，不可靠他吃饭。”曾国藩也将这番话作为一生的训示。曾国藩曾说：“我从三十岁开始，便以做官发财为耻辱，以官宦公饱私囊、为子孙聚敛财富为耻、为羞。因此我立下誓言。此生决不靠做官发财、为后人敛集财富。神明作证，我绝不食言!”
曾国藩一生都以勘俭二字严于律己。尽管他位居高官。权倾一时，但是生活却很简朴。居官期间。他身上的一衣一袜，都是夫人、儿媳妇或女儿亲手为其缝制的。在曾国藩30岁生日那天，他的家人帮他缝制了一件青缎马褂，他在家很少穿这件衣服，只有节庆之日或过新年时才穿，直到他死时，这件青缎马褂居然还像新的一样。
曾国藩的节俭还体现在了饮食方面。他曾说：“余为官二十年，不敢稍染官宦习气，饮食起居，尚守寒素家风，极俭也可，略丰也可。太丰则吾不敢也。”相传，他在吃饭时如果遇到饭里有谷时，从来不把它一口吐在地上，而是用牙齿把谷剥开，把谷里的米吃了，再把谷壳吐掉。曾国藩每顿饭只吃一道菜，除非有客人，否则从来不会增加菜的数量。他的幕僚们见他如此节约，还戏称他为“一品宰相”，这里的“一品”是一道菜的意思。据说，他担任两江总督期间，有一次到扬州巡视，扬州的盐商看到总督大人驾到，不敢怠慢，就设宴款待。吃饭时，面对满桌的山珍海味，曾国藩却只是捡自己面前的菜吃，其他人还以为总督大人嫌不够丰盛。直到退席以后才知道事情的真相，曾国藩对人说：“一食千金，吾不忍食，吾不忍睹。”
曾国藩在为官期间不仅讲究清廉，更是勤于政务。曾国藩每天都起床很早，从起床就一直工作到深夜，中途甚至都很少休息。下属呈送的公文，他都要亲自过目，亲手批改，很少要别人帮忙。晚年时期，曾国藩右眼不幸失明，但是他仍坚持工作，每日勘阅公文，写日记，从不间断，尤其是写日记，直至临死的前一天才停止。他任直隶总督期间，在清理陈旧案件时，凡是重大案件都要亲自审理，半年结案41000多件，因此我们可以说曾国藩的勤于政务绝非虚名。
曾国藩在要求自己一生坚守清廉的同时，还要求自己的儿女勤俭度日。他在家书中反复告诫后代，一定要一边种地，一边读书，以保持前辈的传统，千万不能沾染官场习气。他说：“凡世家子弟，衣食起居无一不与寒士相同，庶几可以成大器；若沾染富贵习气，则难望有成。吾虽为将相，而所有衣服不值三百金。愿尔等常守此俭朴之风，亦惜福之道也。”他对自己的两个儿子纪泽和纪鸿严加约束：“不许坐轿，不许使唤奴婢做取水添茶的事情；拾柴收粪之类的事情，必须一件一件去做；播种除草之类的事情，必须一件一件去学。只有这样，才能避免骄奢淫逸，才算抓到了根本!”
曾国藩在京城和长沙见到不少官宦子弟奢侈腐化，挥霍无度，因此，他始终让自己的孩子住在乡下老家，并告诫他们：饭菜不能过分丰盛，衣服不能过分华丽，门外不准挂“相府”、“侯府”的牌匾。出门要轻车简从，考试前后不能拜访考官，不能给考官写信等等。
在操办儿女的婚事方面，曾国藩还特意规定，嫁女的压箱银为一百两。嫁女如此，娶媳也同样如此。他在咸丰九年七月二十四日的日记中写道：“是日己刻派潘文质带长夫二入送家信，并银二百两，以一百为纪泽婚事之用，以一百为侄女嫁事之用。”
在曾国藩最后一次犯病突然倒在自家宅院竹林中并被家人背回屋里时，他已经不能开口说话了，但是手却指向桌案上的一卷纸。长子纪泽打开一看，原来是一份早已写好的遗书。在曾国藩的示意下，纪泽含泪念道：“余通籍三十余年，官至极品，而学业一无所成，德行一无可许，老大徒伤，不胜悚惶惭赧。今将永别。特立四条以教汝兄弟。其四条。一曰慎独则心安；二曰主敬则身强：三曰求仁则人悦；四曰习劳则神钦。此四条为余数十年人世之得，汝兄弟记之行之，并传之于子子孙孙，则曾家可长盛不衰，代有人才。”等到儿子纪泽念完，曾国藩又用手指了指自己的胸口。于是纪泽和纪鸿随即跪倒在父亲床前，并发誓道：“我们一定将父亲的教导铭记在心!”曾国藩这才满意地离开了人世。
幕府与幕僚
幕府
曾国藩幕府的盛大是十分罕见的。在将近20年的时间里，为了办理军政、粮饷及军工科技诸务，他所设的机构就不止数十家，招聘幕僚近400人，一方面治事，一方面育人，从中产生出一大批各类人才，其中不少的骨干成员，对曾国藩这个集团的发展和壮大起到了不可估量的巨大作用。他们不仅仅是助成曾国藩的一时之功，在曾国藩死后，他们还将他的思想政治路线传递下去，并使其影响深远，长期延续。
由于各种条件的制约和变化，曾国藩的幕府在其近20年的发展过程中也呈现出以下这四个不同的发展阶段：形成时期，办事机构不多，幕僚人数也比较少；发展时期，机构、人员日增，幕府初具规模，但是幕僚时聚时散，人数仍不太多；鼎盛时期，机构最多，人员最众，声望最隆，无论自古名臣抑或同时流辈，都无人能与之相比；萎缩时期，军务告竣，机构、人员日益减少，各种规章渐复旧制，幕府的职能和规模也逐步由战时回归平时状态。另外，其幕僚的来源主要是至亲好友、亲朋子弟、门生故吏以及其他征调、候补、降革人员，与平时师徒相承、以师荐徒的绍兴师爷之类也大不相同。
首先我们来了解一下曾国藩的幕府机构。曾国藩幕府的办事机构大体可以分为军政、粮饷两类。其军政办事机构有十几个，按照职能的不同，大致可以分为以下几种。
（一）秘书机构。这不仅包括曾国藩身边的谋士，还包括各类文案人员。曾国藩把它称为“幕府”，也有一些人称之为秘书处。这个部门的具体工作主要包括草拟咨、札、函、奏，管理文书档案，分工明确，各有专责。此外，有时还帮助曾国藩出谋划策和调查、处理重要事件。一般情况下，这个部门的人员在幕僚中地位最尊，待遇也是最为丰厚的，又由于工作性质的特殊与重要性，因此人员与曾国藩本人也最为接近。比如说左宗棠、李鸿章、钱应溥、刘蓉、郭嵩焘等都曾经担任过这个职务，他们都是与曾国藩关系比较密切而且后来有着显赫地位的人物。秘书处是整个幕府乃至曾系湘军的神经中枢，在军政办事机构中居于首要地位。曾国藩对上级的报告，下级的指令，前后左右的联络协商，内部关系的调整，都要通过这个机构进行。
（二）思想文化机构。这个机构包括编书局和忠义局。忠义局的全名是忠义采访局，也叫忠义采访科，这个机构的主要任务是采访在战争中为清王朝“阵亡殉难之官绅”，汇总事迹，由曾国藩奏请建立专祠、专坊，以扶持礼教，维持风化。事实上，这也是曾国藩为封建地主阶级做的一件思想政治工作。该局工作人员主要有陈艾、方宗诚、汪翰等。编书局简称书局，主要任务是刊刻名籍。其中不少宿学名儒，比如罗汝怀、莫友芝、汪士铎、李善兰、张文虎和刘毓崧父子，多入《清史稿》的《文苑》等传。
（三）军事和情报机构。包括营务处和采编所。营务处大致与现在军中的参谋部相似，但是职权又有所不同，营务处的任职条件是文武兼资，曾经任过该职位的有沈葆桢、李榕、李元度、罗萱等。采编所的人员主要有张德坚、邹汉章、程奉璜等人，这些人员的主要任务是通过降人、难民和侦察活动收集和整理太平天国的战略情报，根据这些资料，后来编成了《贼情汇纂》一书。
（四）司法机构。咸丰三年，曾国藩到长沙以后不久，就奏准在团练大臣衙内设立审案局，大肆捕杀有反清活动或者嫌疑的湖南民众。审案局办案废除一切司法程序，定罪不要证据，只需要根据团绅一言就可以置人于死地。司法机构是紧随秘书处之后设立的幕府机构，承办案件的刘建德、厉云官等人也成为最早的一批幕僚。曾国藩“东征”后审案局改名发审局，成为幕府中的常设机构，凡是遇到有案件，就交发审委员审理。这一时期大多审理军中犯案，比如万瑞书抢粮台案,李金旸“通贼”案等。曾国藩担任直隶总督期间，为清理历年积讼和办理天津教案，都曾设立发审局审理案件。在发审局任职的人员，主要有张丞实、李兴锐、庞际云、孙长绂、吴汝纶等。同治四年北上剿捻期间，曾国藩曾经仿照湖南“清匪”办法，派遣大批查圩委员赴捻军老家蒙、亳一带查圩，以整顿和重建地方基层政权，稳定社会秩序，割断当地绅民与捻军的联系。
查圩委员掌握着生杀大权。他们按照曾国藩的条令，对一切靠拢湘军的士绅，不管过去是否从苗从捻，一律加以提拔、重用、奖励；对一切不愿为其所用的士绅，即使并未从苗从捻，也要加以撤任和惩办；对一些回乡捻众或同捻军有联系的人，更是大加捕杀。曾国藩为了多捕多杀，对查圩委员以杀人多少定功过，多杀者大加鼓励，心慈手软者严厉斥责。不少人开始时缩手缩脚，被斥后胆大妄为，滥捕滥杀，遂成“能员”。
（五）善后机构。这个机构包括善后总局和团练、保甲、田产、抚恤等局。湘军攻占安庆和江宁之后，曾国藩曾经先后在两地设立善后总局，下设团练、保甲、田产、米粮、子弹、火药、抚恤等局，以维持秩序，清查田产，催收钱粮，供应军需，救济灾民等。负责这一机构的是万启琛、李榕等人。
其次，就是曾国藩的粮饷筹办机构了。
曾国藩的粮饷筹办机构分为供应和筹款两个系统。供应系统包括粮台、报销局和军工企业。粮台分为行营粮台、中转粮台和后路粮台，负责粮饷及各种军需物资的供应。然而不同的粮台则又有其不同的具体任务和工作特点。行营粮台又称支应粮台，主要负责前线各军的供应。它一般随曾国藩的湘军大营一起行动，有时候根据战争形势的需要，也常于行营总粮台之外另设分支粮台或者前敌支应所，比如祁门粮台（又名山内粮台）、无为粮台（又名江北粮台）、徐州粮台、安庆银钱支应所等，以就近解决前线某军或数军的供应问题。这些粮台实际上也属于行营粮台。李瀚章、张韶南、隋藏珠、王延长、李兴锐、李鸿裔、李作士等都是行营粮台的主要经办人员。
转运粮台又称为转运局，主要有岳州转运粮台、汉口转运局、河口转运粮台、清江转运粮台和灵宝粮台，负责粮饷及其他军需物资的居间转运。夏廷樾、胡大任、沈葆桢、钱鼎铭等都是其主要经办人员。后路粮台主要有长沙粮台、南昌粮台以及驻扎江宁的北征粮台，准备钱物以应行营粮台之需，在物资缺乏的情况下也负责外出采购或组织监制。另外，设在长沙的后路粮台还负责向裁撤回籍的湘勇发放欠饷，向新募湘勇提供就地训练和路途行军的费用。裕麟、厉云官、李瀚章、甘晋、李桓、孙长绂、万启琛、李宗羲等是后路粮台的主要经管人员。