对于恩师这样的安排，李鸿章十分不能理解，于是曾国藩说出了他用人的秘诀：第一个年轻人在庭院里等待的时候，就在用心打量大厅的摆设，刚才交谈的时候，也明显看得出来这位年轻人善于投人所好，由此可见，善于钻营，有才无德，不足以托付大事；第二个年轻人遇事唯唯诺诺，谨小慎微，沉稳有余，魄力不足，只能做一个刀笔吏；最后一个年轻人，在庭院里等待了那么长的时间，却不焦不躁，竟然还有仰观浮云的心情，正是这一份从容淡定，可以看出这位年轻人有着一般人少有的大将风度。更加难能可贵的是，在同自己谈话的时候，这位年轻人能够面对显贵不卑不亢地说出自己的想法而且很有见地，综合起来，可以断定，这位年轻人是一个少有的人才。
那位仰头看云的年轻人，就是台湾首任巡抚刘铭传。他没有辜负曾国藩的厚望，在后来的一系列征战中迅速脱颖而出，受到军政两界的高度关注。
第二，因量器使
曾国藩曾说用人应当“当其时，当其事”。如果“当其时，当其事”，那么庸才也能成神才。
“因量器使”是曾国藩用人的一个准则，“量”就是一个人的才。在哪个方面才大才小就是“量”，就是有多大的“量”。而“器使”就是你把这个人当作工具去使用，当作机器去使用。
曾国藩的手下曾有这么一个人，这个人没有别的什么才能，就只会写字，会写小楷字，蝇头小楷，一天可以写12000个字，而且还不用晚上熬夜。曾国藩说这是一个人才，于是就把他招到帐下，并决定一个月发给他30两银子。在当时来说，30两银子相当于二等秘书的待遇，酬劳是相当高的。于是别人就说我们这里写文章的人也就30两银子，他只不过就是个誊抄员而已。觉得给他30两银子不是太公平。曾国藩说没有什么不公平的，尤其是给朝廷发的奏折，就是要字写得非常好的人，我今天很需要这个人才。因为那个时候，每天都会有很多的公文需要写，而且要写得快。那么这个人就有这个本事，最起码在我这里就是人才，他就值得发30两银子，就是要给为你们起草报告、文书的人一样的待遇。对一个人能真正看到他的才干的地方，把他当作一个这方面的工具来使用，这就是曾国藩用人的一个特点。
第三，广收慎用
曾国藩在用人方面很有特色，最典型的就是“广收、慎用”。
曾国藩所处的时代是大量需要人才的时代，曾国藩也曾经跟皇帝说，当今的官场是一个没有人才的官场。他还用八个字形容当时的官场，说北京城的京官是“退缩、琐屑”，大家都不负责任，遇事往后退，都不务大事，不顾全大局；地方官员则是“敷衍，颟顸”。“敷衍”就是应付，“颟顸”的意思就是糊涂。所以他很尖锐地指出“将来一有艰巨，国家必有乏才之患”。数月以后，太平天国起义发生，国家从中央到地方，从军队到政府，几乎没有一个人可以对付这场突发性的事件，从某种程度上说，历史验证了曾国藩这一句话。
因为这个时期大量需要人才，曾国藩必须采取“广收”的政策。凡是有一技之长的人来投奔他，他就一定会收下来。但是他很慎重地用人，他说他不会轻易重用一个人才，但是进一个人就会提拔一个人，为了今后不轻易去罢免一个人，也不轻易去轻信一个人，不轻易去疏远一个人。
从体制以外，曾国藩把当时的人才集聚起来，经过千辛万苦。他在面对太平军起义，初创大团练的时候面临着重重的困难，他所建立的这支军队是一支体制外的军队，没有政府的保障，它没有名字，没有粮食，没有干部队伍，也没有体制上的一种认可。所有这些东西都要他白手起家筹办起来。而最大限度地网络人才就成为曾国藩平时要做的一项最重要的工作。在此期间，曾国藩听说彭玉麟很贤能，但是因为他正在守母丧，不愿意出山。于是他就三番五次地写信给他，请求他出来跟他共襄大义。而后来彭玉麟的出山完全是为他这番情意所感动。曾国藩所领导的这支军队不是清朝正式的部门，曾国藩没有吏部的大权，在这样的情况下凝聚起自己身边的一大批人才，这一点足可以显示出曾国藩高超的用人艺术。曾国藩的人才数量很多，其中特别有名的人就有460个，在这当中，总督巡抚三品以上的官僚，就已经达到了70多个人。封疆大吏也出现了23个人。
曾国藩不仅仅对广取天下的英才十分重视，此外对副手和接班人的培养更是十分注重。曾国藩个人有着独特的训练人才的方式。曾国藩始终认为从小事中便可见一斑。每一次吃饭，曾国藩都会与幕僚们同桌，在吃饭期间与幕僚们谈古论今、战略战术、吟诗作赋。这不仅从一个方面展示了自己各个方面的才华，好让下属会意，增强在下属面前的领导力和号召力；也从另外一个方面有意地去训导他们，指出他们的不足，发扬他们的长处。
创立湘军
咸丰二年，太平天国的起义席卷中国，为此，清政府颁发奖励团练的命令，想要利用各地势力遏止革命形势的发展，这恰好给曾国藩创立湘军提供了一个很好的机会。
作为湘军的创始者，曾国藩将湖南各地团练整合成湘军，形成了书生加山农独特的体制，构成了镇压太平天国的主要军事力量。满清政府虽然对地方汉族武装不信任，但是不得不倚重于湘军。曾国藩同时也借助了安徽本土力量，发展了淮军，并培养了淮军首领李鸿章。湘军虽然消灭了太平天国，还参与镇压了各地的其他起义，挽救了清王朝，但是兵权落入汉族，改变了当时清朝的政治格局。湘军的形成为后来的私家军队——北洋军阀——的产生提供了条件，造成军事割据。
湘军在镇压晚清的各地农民起义中迅速成长，使晚清一度出现了“中兴”的局面。“中兴将相十九湖湘”，湘军将领及其幕僚成为当时中国政治、军事舞台的主角。整个湘军系统中位至总督者15人，位至巡抚者14人，其他大小文武官员不胜数。全国各地的优秀人才投入到曾国藩麾下，还包括一批卓越的工程师、科学家（如李善兰、徐寿、容闳等），当时他的幕僚多达三四百人。
除了曾国藩外，还有曾国荃、左宗棠、李续宾、罗泽南、彭玉麟、郭嵩焘、李鸿章、刘坤一等等人物，成为晚清历史显赫的一页。后来的洋务运动也主要由湘军人物一手发起。左宗棠因为收复新疆的壮举，更是被誉为民族英雄。曾国藩、左宗棠和胡林翼也被史学界称为“中兴三名臣”。
咸丰四年末，自收复武汉后，湘军水陆并下，在田家镇大败太平军，随即进攻九江、湖口。水师一部冲入鄱阳湖，被太平军封锁湖口，不得不重返长江，水师遂被分割成外江、内湖两部分。外江水师多大船，不能近战；内湖水师多小艇，不利于补给。太平军坚守九江等处，又分兵攻击武汉、江西，准备活生生地把湘军“枯”死在长江中段。从咸丰五年被困到七年二月丁忧回乡，曾国藩一直困守江西，每天都处于愁苦凄凉的境况。在军事方面，名将塔齐布、罗泽南递相沦谢，后继无人，攻守俱惫。经济方面，江西省官方吝于给饷，晋、陕、川、浙等处拨饷则多数为空头支票，全靠湖南协饷和办捐收厘苦苦支撑。形格事禁，师久无功，朝廷不仅不予谅解，甚至以“顿兵不战，坐耗军需”，严词诘责。
自湘军创办开始，迄于困守江西，差不多五年时间；这五年，也是曾国藩生命中最重要的五年。
就在太平天国在军事上达到最鼎盛局面的时候，太平天国内部发生了一场严重的内讧，这就是天京变乱。天京变乱直接影响了战局，也为湘军当时的“突出重围”创造了机会。死于内讧的数万太平军将士中，既有功勋卓著、能征惯战的大将，更多则是从广西跟出来的“老兄弟们”，都是太平军的精锐。石达开率部出走，使太平天国少了一位智勇双全、德高望重的翼王，也使曾国藩和湘军失去了最为惧怕的对手。石达开率所部10多万人独立行动后，再也没有发挥出他那杰出的军事天才，始终没有打开局面，最后在四川大渡河畔兵败被杀。就在天京变乱的当年年底，胡林翼率湘军重占了武昌；就在石达开率军出走的当月月底，江西湘军攻陷湖口，内湖水师得以冲出鄱阳湖与外江水师会合。咸丰八年，李续宾督率湘军攻克九江，林启荣与17000余名守城将士全部战死，江西战场的主动权落入湘军手中。
安庆失陷后，太平军已经注定了失败的命运，天朝的统治已是摇摇欲坠。因此，从这一个方面来说，也有人说曾国藩是时势造就的英雄。
曾国藩出生在这样一个时代，他的中晚年又正好碰上了大清王朝最动荡不安、内忧外患最为严重的时代，更重要的是，还将他推到了与太平天国殊死斗争的前台。因此湘军是时代的产物，曾国藩是时势造就的英雄。团练尽管早就有，但是只有到了太平天国运动时期才真正走上前台，才成为一支举足轻重的战略力量。
天津教案
同治七年，曾国藩被调任直隶总督。同治九年，就发生了天津教案。
天津教案的发生并不是偶然的，从当时的大背景来看，天津教案的发生就带有一定的必然性。第二次鸦片战争结束以后，西方教会就利用不平等条约中规定的特权，大量涌入中国，然而事实上，西方教会涌入中国并不单纯地从事传教活动，更为重要的是，教会自觉或不自觉地成为西方资本主义列强推行文化侵略政策的工具。由于教会人员背靠本国政府，在中国享受治外法权，从而使教会成为中国社会的一个特权势力，成为西方列强侵略势力的突出代表。中国人民屡受欺压，而清政府却一味忍让，使得民众无处申诉，民族主义情绪越来越高涨，“怨毒积中，几有‘与尔偕亡’之愤”。因此，从19世纪60年代开始，中国民众多次掀起反对教会势力的所谓教案。正是在这种大背景下才发生了天津教案。
在当时，天津是清朝的京师门户，第二次鸦片战争以后，天津进一步被开放为对外通商口岸，由此也成为了西方列强在中国北方的侵略基地。西方列强不仅在天津划定租界，设立领事馆、教会，还进行租地造屋，一味逞强，早已激怒了当地的中国人民。
同治九年五月，在法国天主教育婴堂所收养的婴儿不明不白死亡的人数竟然达到三四十人。在当时，百姓的孩子是经常失踪不见的，正是因为这种情况的发生，在当地百姓当中就流行着这样一种谣言，说是天主堂的神甫和修女经常派人用蒙汗药拐了孩子去挖眼剖心。而天主堂坟地的婴儿尸体又有不少暴露在野外，被野狗刨出吃了，“胸腹皆烂，腑肠外露”。百姓们见了，更是群情汹汹，说这正是洋人挖眼剖心的证据。
之后，群众当场抓获了一个名叫武兰珍的拐犯，并将其扭送至天津县衙。经过审讯，武兰珍供出系受教民、天主堂华人司事王三指使，也是王三所授，先曾迷拐一人，得洋银5元。教民王三是一个开药铺的商人，依仗教会势力，欺压良善，在当地早已经惹起人们的公愤。
鉴于这种情况，当时的通商大臣崇厚和天津道周家勋拜会法国领事丰大业，就要求调查天主堂和提讯教民王三与武兰珍对质。丰大业也答应了调查天主堂和提讯教民王三与武兰珍对质，结果证明教堂并无挖眼剖心之事。谁知道当衙役送王三回教堂时，一出署门，百姓们就争骂王三，还用砖石掷他。王三向神父哭诉，神父又转告丰大业。丰大业两次派人要三口通商大臣崇厚派兵镇压。后来见崇厚先后只派两人，不肯应命捕人，丰大业怒不可遏，不仅鞭打来弁，而且还倒拖其发辫，赶往三口通商大臣衙门找崇厚算账。他脚揣仪门，打砸家具，接连两次向崇厚开枪，幸好被推开，没有伤人。但是枪声传出，却引起了误解，街市的市民哄传中法开战，鸣锣聚众，拥往通商大臣衙门“帮打”。崇厚害怕出事，便劝说丰大业等民众散去后再回领事馆。然而丰大业不仅不听劝告，还大声说不怕中国百姓，并气势汹汹冲出门外。人们见丰大业出来，自动让道。谁知丰大业走到浮桥时，遇到了天津知县刘杰。丰大业不分青红皂白，就向刘开枪。虽然没有打中刘，但却打伤了刘杰的跟丁。这个举动终于激怒了百姓大众，在场的百姓们一拥而上，你一拳我一脚，一直将丰大业打死。发怒的民众索性一不做，二不休，还赶到天主堂，烧毁望海楼教堂，并杀死了两名神父，还到仁慈堂，杀死了10名修女，又去了法国领事馆，杀死两人。就在同一天，百姓们还杀死法国商人两名和俄国人3名，信教的中国人34名，焚毁英国和美国教堂6座。这次事件中先后计打死外国人20人。这就是天津教案的经过。从天津教案的发展过程来看，它只是一次群众自发性的反帝斗争，但是其根源还在于帝国主义的压迫和侵略，它属于群众在忍无可忍的情况下被迫采取的自卫行动。
天津教案发生以后，法、英、美等国一方面向清政府提出抗议，一方面调集军队进行威胁。清政府感到十分恐惧，一面要各地严格保护教堂，弹压群众，避免类似事情再发生，一面派直隶总督曾国藩前往天津查办。
得到天津教案的消息以后，曾国藩十分惊恐。自从与洋人打交道以来，他深深知道中国远非外人对手，因此对外一直主张让步，避免同洋人开仗，通过维护洋人在华利益，换取中外所谓“和好”局面。他认为以往教案，仅仅是伤及教士，洋人就会出动兵舰相威胁，不达目的不罢休；而这次殴毙领事，是前所未有的情况，法国肯定不会善罢甘休。洋人凶悍成性，天津素有好斗的民风，双方各不相让，就很可能构怨兴兵，酿成大变，自己也可能因此而丧命。因此他便提前写下遗嘱，告诉长子曾纪泽在他死后如何处理丧事和遗物等事情。想到自己的这种估计，曾国藩只得勉强硬撑，硬着头皮前往天津。
曾国藩在到达天津以前，当地官绅对他寄予厚望，认为他会秉公办事，不会像崇厚一样，一味“媚外”。他们根据曾国藩的《讨粤匪檄》，还认为他是反洋教的代表人物。他们认为这次反洋教，完全是忍无可忍，理在华人这一边。他们的这种观点也得到朝廷的顽固派和清流派的支持，也代表了当时大多数中国人的心理。
当时为了围绕天津教案问题进行讨论，清廷内部分成了两大派别：即洋务派代表的“言势者”，顽固派和清流派代表的“言理者”。双方在处理天津教案问题上的意见有以下这样三大分歧：
第一，关于天津教案发生的原因和性质。洋务派代表的“言势者”认为民众纯属于愚昧无知，遽启边衅，曲在津民，此刁风不可长；而顽固派和清流派代表的“言理者”认为衅端由夷人所开，津民激于义愤，以至于造成巨案，天津百姓只知道畏官而不知畏夷，只知效忠国家而不自恤其罪戾，这正是夷务的一大转机，与刁民闹事不可同日而语。